The seaQuest próbuje znaleźć przyczynę zniknięcia pewnej liczby wozideł z jednej z najodleglejszych kolonii w Strefie Wolnej, gdzie Hudson spotyka się z osobą z przeszłości.

Hudson musi uwolnić swojego starego dowódcę od służby na silnie uzbrojonej podwodnej bazie po podpaleniu bazy na Macronesii.

Po powtórnym popełnieniu śmierci po raz drugi, radykalny ekolog, Max Scully, wraca i zostaje ułaskawiony za swoje mordercze zbrodnie, a kapitan Hudson zostaje wysłany na eskortę do ekologicznej utopii pod wodą, nieświadomy prawdziwych intencji Scully.