Sette anni dopo l'ultima evasione, avvenuta l'11 aprile 2005, Lincoln riceve da T-Bag degli indizi che farebbero credere che Michael, da tutti creduto morto proprio durante l'ultima evasione, sarebbe invece ancora vivo e si troverebbe imprigionato ad Ogygia, un carcere dello Yemen, paese in cui è in corso una guerra civile. Nel frattempo da 3 - 4 anni Sara si è sposata di nuovo, con Jacob Anton Ness, un professore di economia specializzato nella teoria dei giochi e insieme al quale ha cresciuto Mike, il figlio avuto con Michael. Quando Lincoln le mostra la foto che ritrarrebbe Michael vivo a fianco di una finestra, lei crede che si tratti solo di un fotomontaggio creato con Photoshop o altro software di fotoritocco. Lincoln invece è deciso a recarsi ad Ogygia, e per farlo chiede aiuto a C-Note, che nel frattempo si è convertito all'Islam e sa molte cose sulle condizioni pericolose del Medio Oriente. Lui inoltre informa Sucre, che fornirà il suo aiuto alla squadra più in là nel tempo. Scopo di tutto è sia far evadere Michael dal carcere sia farlo uscire dallo Yemen e tornare negli Stati Uniti, dove lo stesso Michael potrà mettere a punto un piano per far arrestare e incarcerare Poseidone, un ex-agente della CIA che è la persona a causa di un ricatto della quale Michael sette anni prima ha dovuto far credere a tutti di essere morto.