明太祖朱元璋微服出巡，明教教主韓俊及妹清兒為報父仇刺殺璋，惜事敗逃入胡惟庸丞相府，庸念及與俊父交情放了他們。璋以庸結黨營私罪名處斬庸及其餘黨，惹來百姓非議，武青侯遂向璋建議成立錦衣衛作為耳目監視天下。

璋委任侯為錦衣衛指揮使。程立雪與兄程樓寄居郭德成家，雪與成女郭寧相戀；雪與樓得罪讒臣高見賢，被成趕走。侯欣賞二人膽色和武功，招攬加入錦衣衛卻為雪所拒。雪與樓被賢當獵物般追捕，二人逃脫後決定加入錦衣衛。

雪、樓與化名赤四的朱四、化名王子五的朱五，以及隱瞞與侯父子關係的武繼祖等人接受錦衣衛艱苦訓練，雪在訓練時為救祖而暴露身份，被侯重罰。侯帶眾學員至荒島歷練，四為奪魁暗算五，五受傷幸得雪相救，終趕及歸隊。

侯以真人作活靶訓練學員，又密令他們除內奸而互相殘殺，眾人聽令行事而通過考驗，正式成為錦衣衛。兒在街頭賣武收取情報，五路經欣賞兒武藝不凡，二人互有好感。兒與俊入宮行刺璋，事敗，兒逃走，五追捕揭開兒面紗。

五得悉刺客竟是兒，放走了她。雪與樓戲弄賢，賢報復使寧被皇上召入宮選妃。五擔心兒，違命外出找她，卻被侯得知，幸得雪解圍。賢陷害侯與錦衣衛，使皇上下旨責備侯，侯遂施計令賢說出皇上忌諱之言，二人積怨加深。

五與雪查出賢勾結山賊假扮錦衣衛嫁禍之事，侯率錦衣衛成功捉拿賢等人，並讚賞五、雪二人，更升五為副指揮使。樓妒忌雪，又指雪奪其所愛，對雪心生怨恨；雪不想兄弟失義，假扮賊打劫抄賢家之銀，欲藉此被革職卻不果。

兒假意脅持五逃去，侯率眾追至前，五放走兒再向侯謊稱施苦肉計接近反賊以一網打盡。兒揭穿鳳天尊為成為明教教主，加害她以嫁禍龍天游之奸計。成見寧頓起色心，幸侍婢蓉兒往通報靜，靜卻遷怒寧勾引成，對寧百般刁難。

寧不甘受辱上吊，幸雪及時相救。靜與成施計，趁寧往寺廟拜祭時取其性命，雪出手阻止，寧則趁機逃跑，可惜被殺手追至，寧跌下山崖大難不死。寧歷盡艱辛求存，對靜恨之入骨，後得雪之助回宮，寧接近皇后伺機向靜報仇。

寧遇四得知其皇子身份，欲利用四以助她對付靜，雪擔心寧玩火自焚。四暗中施計誣蔑五收賄勾結賊人，又陷害五殺人滅口，侯相信五，但為平息眾怒，故撤除五副指揮使之職。四猜出寧巴結皇后來對付靜，藉此對寧圖謀不軌。

雪擺脫成及時救寧逃出四之虎口。寧報仇心切，不惜與虎謀皮和四合作。四助寧嫁禍靜用魘勝之術害皇后，靜收押天牢被賜毒酒，靜以為劫數難逃，醒來卻受盡百般凌辱，更被寧生葬沙下。雪痛罵寧不知廉恥，二人不歡而散。

寧借酒澆愁，四乘寧飲醉將她強暴，寧以揭露四王子身份，要脅四助她成為皇上寵妃；四藉皇后發惡夢，假借術士之口使寧得償所願。雪心灰意冷離開皇宮重返錦衣衛，卻得知五被嫁禍，遂施計令五洗脫罪名，但未能引出真兇。

五復職後，四遇與五有婚約的湯王爺之女宛文，遂利用文令五的王子身份敗露，五被皇上下旨革職並勒令回王府。侯此時才知皇上並不信任他，枉費自己一片忠心，故侯著祖小心提防皇上的耳目。雪遭四挑釁欲殺四，被五勸阻。

雪因五被革職而責怪自己，終日酗酒自暴自棄，甚至甘願捱打以換酒，其行徑引起徐達之女玉鳳對他的好奇心。雪經祖嚴斥後醒悟，決重新做人，侯遂委以臥底重任予雪。雪以假身份接近達，查探其勾結明教叛逆皇上的罪證。

雪與達立下賭約，若於限期內殺不到他，甘願在徐家為僕。鳳死纏雪圖阻他殺父不果，雪巧妙地輸了，遂留在徐家監視達的一舉一動。達賞識雪又知鳳喜歡他，擢升雪為近身侍衛。達收到書函得知鳳被擄即秘密赴約，雪跟蹤達。

雪發現達與游見面，懷疑他勾結明教，卻原來游綁架了鳳，藉此要脅達偷取皇上的金剛經，達要求與教主見面。兒應約，卻被錦衣衛圍捕，兒受傷與游逃去，達被收監。祖等人擒獲明教餘孽並得知達拒與他們合作，終還達清白。

兒與游躲在徐府被雪發現，雪見兒有五之玉珮遂放走二人。樓妒忌雪並受四唆使寫告密信，揭露雪之錦衣衛身份，幸達相信雪。雪將此事告知侯，侯警告樓勿再生事端。游勸兒以大局為重，利用她與五之關係混入宮中盜取經書。

五與湯宛文成婚之夜，兒引五出府相見，五指父命難違並向兒表白。侯奉皇命插贓嫁禍達，侯搜徐府時，幸雪及時將經書掉包，侯無功而還。達舊病復發，大夫指若吃鵝會致命；達壽辰收到皇上以鵝肉作賀禮，達無奈領旨吃鵝。

達原來已知雪的身份，著他好好收藏經書。雪取回經書時，被徐福發現，原來福是錦衣衛，雪殺死福但驚動了其他錦衣衛。雪與鳳被追捕，樓請纓捉雪，侯遂綁樓作餌引雪；雪現身救樓，雙方激戰，祖假意被雪所擒，助其脫險。

祖決定隨雪離開錦衣衛，卻被侯暗中跟蹤；侯發現雪、鳳藏身處，祖與雪遂合力打退侯。祖找師父指點迷津，並決意剃度出家。五與兒會面被文發現，文詐作不知對五關懷備至，五感內疚。雪偕鳳投靠五，並著五替其隱瞞身份。

四請纓往捉雪，幸雪與鳳離周王府暫避。四跟蹤五，發現他私會兒，故捉了兒要脅五說出雪下落，五不從，四無功而還。四發現祖蹤跡，遂帶祖回去迫侯懲治祖，混亂間，侯錯手殺了祖，妻遂自盡，時皇上賜毒酒，侯悲憤自戕。

文提議五納兒為妾，兒拒。五得知指揮使一職懸空，文勸五爭取機會。五聽見游與兒的對話，誤會兒假意接近他，趕走兒。寧助五爭取職位，璋定下滅明教者得此位。雪拒兒之邀加入明敎，卻被懷有身孕的鳳得知雪之真正身份。

鳳得知雪之真正身份後，忿而折磨自己，令雪痛苦萬分。四捉了鳳，要雪自斷一掌才放鳳，雪照辦，鳳感動原諒雪，更為救雪而被殺，雪遂加入明教找璋報仇。游發現經書是假的，仍決定召開武林大會討伐璋，五則趁機滅明教。

兒受傷被押走，群雄則為奪經書互相殘殺，五追至，雪以經書交換釋放眾人。五中了四坐收漁人之利之計，搶去滅明教之功勞。四告發五窩藏兒，五為保文一家周全，親手殺了兒。四著樓散佈皇上出巡消息，引明教餘孽現身。

（大結局）雪與明教餘孽伏擊皇上，雪將寧與璋帶回明教總壇處置。群雄齊集，露出真面目，時四率錦衣衛來至，混戰間，樓救走璋欲殺他反被殺。寧向雪曉以大義，雪放過璋。四謀害皇兄，璋禁四踏足京城，另送寧回雪身邊。