明太祖朱元璋微服出巡，明教教主韩俊及妹清儿为报父仇刺杀璋，惜事败逃入胡惟庸丞相府，庸念及与俊父交情放了他们。璋以庸结党营私罪名处斩庸及其余党，惹来百姓非议，武青侯遂向璋建议成立锦衣卫作为耳目监视天下。

璋委任侯为锦衣卫指挥使。程立雪与兄程楼寄居郭德成家，雪与成女郭宁相恋；雪与楼得罪谗臣高见贤，被成赶走。侯欣赏二人胆色和武功，招揽加入锦衣卫却为雪所拒。雪与楼被贤当猎物般追捕，二人逃脱后决定加入锦衣卫。

雪、楼与化名赤四的朱四、化名王子五的朱五，以及隐瞒与侯父子关系的武继祖等人接受锦衣卫艰苦训练，雪在训练时为救祖而暴露身份，被侯重罚。侯带众学员至荒岛历练，四为夺魁暗算五，五受伤幸得雪相救，终赶及归队。

侯以真人作活靶训练学员，又密令他们除内奸而互相残杀，众人听令行事而通过考验，正式成为锦衣卫。儿在街头卖武收取情报，五路经欣赏儿武艺不凡，二人互有好感。儿与俊入宫行刺璋，事败，儿逃走，五追捕揭开儿面纱。

五得悉刺客竟是儿，放走了她。雪与楼戏弄贤，贤报复使宁被皇上召入宫选妃。五担心儿，违命外出找她，却被侯得知，幸得雪解围。贤陷害侯与锦衣卫，使皇上下旨责备侯，侯遂施计令贤说出皇上忌讳之言，二人积怨加深。

五与雪查出贤勾结山贼假扮锦衣卫嫁祸之事，侯率锦衣卫成功捉拿贤等人，并赞赏五、雪二人，更升五为副指挥使。楼妒忌雪，又指雪夺其所爱，对雪心生怨恨；雪不想兄弟失义，假扮贼打劫抄贤家之银，欲藉此被革职却不果。

儿假意胁持五逃去，侯率众追至前，五放走儿再向侯谎称施苦肉计接近反贼以一网打尽。儿揭穿凤天尊为成为明教教主，加害她以嫁祸龙天游之奸计。成见宁顿起色心，幸侍婢蓉儿往通报静，静却迁怒宁勾引成，对宁百般刁难。

宁不甘受辱上吊，幸雪及时相救。静与成施计，趁宁往寺庙拜祭时取其性命，雪出手阻止，宁则趁机逃跑，可惜被杀手追至，宁跌下山崖大难不死。宁历尽艰辛求存，对静恨之入骨，后得雪之助回宫，宁接近皇后伺机向静报仇。

宁遇四得知其皇子身份，欲利用四以助她对付静，雪担心宁玩火自焚。四暗中施计诬蔑五收贿勾结贼人，又陷害五杀人灭口，侯相信五，但为平息众怒，故撤除五副指挥使之职。四猜出宁巴结皇后来对付静，藉此对宁图谋不轨。

雪摆脱成及时救宁逃出四之虎口。宁报仇心切，不惜与虎谋皮和四合作。四助宁嫁祸静用魇胜之术害皇后，静收押天牢被赐毒酒，静以为劫数难逃，醒来却受尽百般凌辱，更被宁生葬沙下。雪痛骂宁不知廉耻，二人不欢而散。

宁借酒浇愁，四乘宁饮醉将她强暴，宁以揭露四王子身份，要胁四助她成为皇上宠妃；四藉皇后发恶梦，假借术士之口使宁得偿所愿。雪心灰意冷离开皇宫重返锦衣卫，却得知五被嫁祸，遂施计令五洗脱罪名，但未能引出真凶。

五复职后，四遇与五有婚约的汤王爷之女宛文，遂利用文令五的王子身份败露，五被皇上下旨革职并勒令回王府。侯此时才知皇上并不信任他，枉费自己一片忠心，故侯着祖小心提防皇上的耳目。雪遭四挑衅欲杀四，被五劝阻。

雪因五被革职而责怪自己，终日酗酒自暴自弃，甚至甘愿捱打以换酒，其行径引起徐达之女玉凤对他的好奇心。雪经祖严斥后醒悟，决重新做人，侯遂委以卧底重任予雪。雪以假身份接近达，查探其勾结明教叛逆皇上的罪证。

雪与达立下赌约，若于限期内杀不到他，甘愿在徐家为仆。凤死缠雪图阻他杀父不果，雪巧妙地输了，遂留在徐家监视达的一举一动。达赏识雪又知凤喜欢他，擢升雪为近身侍卫。达收到书函得知凤被掳即秘密赴约，雪跟踪达。

雪发现达与游见面，怀疑他勾结明教，却原来游绑架了凤，藉此要胁达偷取皇上的金刚经，达要求与教主见面。儿应约，却被锦衣卫围捕，儿受伤与游逃去，达被收监。祖等人擒获明教余孽并得知达拒与他们合作，终还达清白。

儿与游躲在徐府被雪发现，雪见儿有五之玉佩遂放走二人。楼妒忌雪并受四唆使写告密信，揭露雪之锦衣卫身份，幸达相信雪。雪将此事告知侯，侯警告楼勿再生事端。游劝儿以大局为重，利用她与五之关系混入宫中盗取经书。

五与汤宛文成婚之夜，儿引五出府相见，五指父命难违并向儿表白。侯奉皇命插赃嫁祸达，侯搜徐府时，幸雪及时将经书掉包，侯无功而还。达旧病复发，大夫指若吃鹅会致命；达寿辰收到皇上以鹅肉作贺礼，达无奈领旨吃鹅。

达原来已知雪的身份，着他好好收藏经书。雪取回经书时，被徐福发现，原来福是锦衣卫，雪杀死福但惊动了其他锦衣卫。雪与凤被追捕，楼请缨捉雪，侯遂绑楼作饵引雪；雪现身救楼，双方激战，祖假意被雪所擒，助其脱险。

祖决定随雪离开锦衣卫，却被侯暗中跟踪；侯发现雪、凤藏身处，祖与雪遂合力打退侯。祖找师父指点迷津，并决意剃度出家。五与儿会面被文发现，文诈作不知对五关怀备至，五感内疚。雪偕凤投靠五，并着五替其隐瞒身份。

四请缨往捉雪，幸雪与凤离周王府暂避。四跟踪五，发现他私会儿，故捉了儿要胁五说出雪下落，五不从，四无功而还。四发现祖踪迹，遂带祖回去迫侯惩治祖，混乱间，侯错手杀了祖，妻遂自尽，时皇上赐毒酒，侯悲愤自戕。

文提议五纳儿为妾，儿拒。五得知指挥使一职悬空，文劝五争取机会。五听见游与儿的对话，误会儿假意接近他，赶走儿。宁助五争取职位，璋定下灭明教者得此位。雪拒儿之邀加入明敎，却被怀有身孕的凤得知雪之真正身份。

凤得知雪之真正身份后，忿而折磨自己，令雪痛苦万分。四捉了凤，要雪自断一掌才放凤，雪照办，凤感动原谅雪，更为救雪而被杀，雪遂加入明教找璋报仇。游发现经书是假的，仍决定召开武林大会讨伐璋，五则趁机灭明教。

儿受伤被押走，群雄则为夺经书互相残杀，五追至，雪以经书交换释放众人。五中了四坐收渔人之利之计，抢去灭明教之功劳。四告发五窝藏儿，五为保文一家周全，亲手杀了儿。四着楼散布皇上出巡消息，引明教余孽现身。

（大结局）雪与明教余孽伏击皇上，雪将宁与璋带回明教总坛处置。群雄齐集，露出真面目，时四率锦衣卫来至，混战间，楼救走璋欲杀他反被杀。宁向雪晓以大义，雪放过璋。四谋害皇兄，璋禁四踏足京城，另送宁回雪身边。