Jetzt eingesperrt in einem panamaischen Gefängnis namens Sona, Michael, T-Bag, Bellick und Mahone versuchen, einen Ausweg zu finden. Zu ihrer Verwunderung finden sie bald heraus, dass das Gefängnis von den Behörden wegen der immensen Bedrohung durch die abscheulichen Häftlinge verlassen wurde. Michael sucht einen Häftling namens Whistler in der Gefängnisleitung. Als Lincoln durch Saras plötzliches Verschwinden verwirrt ist, erfährt er, dass LJ in Schwierigkeiten geraten ist. Er versucht auch, die 5 Millionen Dollar wiederherzustellen.

Michael und Mahone versuchen, Whistler aus seinem Versteck zu locken. T-Bag gewinnt in der Gefängnishierarchie etwas an Dynamik, da die Wasserversorgung knapp wird. Lincoln trifft auf bekannte und weniger bekannte Gesichter auf seiner Suche nach der Befreiung von Michael.

Whistler sagt Michael die Wahrheit. Michael versucht, mit Sara in Kontakt zu treten, aber das einzige Telefon ist in Lecheros Quartier, also muss er sich auf die Hilfe von T-Bag verlassen. Mahone bekämpft seine Sucht. Bellick tritt auf einige Zehen.

Nachdem Lincoln ein Paket von The Company erhalten hat, erkennt Lincoln, dass sie es tödlich ernst meinen. Michaels neuer Ausbruchsplan basiert auf Strom. Haywire ist nur scheinbar von den Toten auferstanden und verfolgt den desorientierten Mahone in seinen Visionen. Bellick und T-Bag erhalten besondere Aufmerksamkeit von Lechero.

Ein neuer Häftling namens Tyge wird nach Sona gebracht. Nachdem er Whistler scheinbar erkannt hat, entstehen Michaels Zweifel. T-Bag betritt ein neues Geschäftsfeld und Lincoln geht mit Sofia an die Küste. Sucre übernimmt das Nebengeschäft seines Vorgängers.

Michael droht, den Fluchtplan abzusagen, es sei denn, er sieht einen Beweis, dass Sarah noch am Leben ist. Whistler wird beschuldigt, einen Häftling getötet zu haben, und es liegt an Michael, seine Unschuld zu beweisen und sein Leben zu retten. Lincoln und Sofia helfen bei der Überwachung der Morgenwache. Mahone hat vielleicht einen anderen Weg, um aus Sona herauszukommen.

Für Michael läuft alles schief, als er versucht, eine Ablenkung zu schaffen. Lincoln versucht, Susan zu überlisten, die seinen Sohn hat. Sucre bietet Lincoln seine Hilfe an.

Susan gefährdet Michaels Leben, als sie ihren eigenen Fluchtplan in die Tat umsetzt. Whistlers Vergangenheit holt seine Freundin ein. Die Firma ist hinter Lincoln und Sucre her. Für Mahone herrscht Gerechtigkeit. Und Lechero wirft Licht in einen leeren Tunnel.

Die panamaische Armee arrangiert Michael, um einen Geschmack von Einsamkeit zu bekommen. T-Bag reserviert einen Platz auf der Flucht. Bellicks Leben verwandelt sich in einen harten Kampf. Susan fängt Sucre ein.

Lecheros Degradierung verwüstet Michaels Ausbruchsplan, als Sammy die Herrschaft in Sona übernimmt. T-Bag zwingt Bellick, in einem Kampf zu kämpfen, in dem die Chancen schwer gegen ihn gerichtet sind. Lincoln und Sucre haben ein Überraschungsfeuerwerk für Susan.

Michaels Flucht könnte durch starken Regen in Gefahr sein. T-Bag und Lechero schließen sich zusammen, während Bellick hofft, dasselbe mit Mahone zu tun.

Michael, Whistler und Mahone machen ihre Pause von Sona. Aber Mahone scheint der seltsame Mann auf dem Weg dorthin zu sein.

Michael und Lincoln haben keine andere Wahl, als Whistler zu übergeben, um LJ und Sofia zu retten. Ein vertrautes Gesicht kommt nach Sona, während ein anderer Häftling geht.