Alors que les frères s'apprêtent à embarquer pour la liberté, Sara se sacrifie par amour pour leur permettre de fuir.

La tentative d'évasion est compromise lorsque Whistler est accusé de meurtre. Mahone se voit offrir un marché intéressant, et Lincoln et Sofia doivent droguer un gardien.

Une valse des allégeances s'engage à l'occasion du combat à mort entre Michael et Whistler, et le pouvoir de Lechero est sérieusement mis à mal.

Susan, dans un dernier effort désespéré pour sortir Whistler de Sona, met tout le monde en danger.

Tout juste mariée à Michael, Sara est arrêtée pour le meurtre de Christina et internée dans la prison d’état de Miami où sont incarcérés T-Bag, le général Krantz et Gretchen. Le FBI réintègre Mahone pour surveiller Michael. Justement, celui-ci prépare un plan pour faire évader sa femme…

Michael prévoit de faire évader Sara par les airs, destination le Costa Rica. Le jour prévu, une émeute éclate au pénitencier dans le quartier des femmes…