En mand sender sig selv i fængsel for at befri sin bror, der sidder på dødsgangen og påstår, at han er uskyldig.

Mens racespændingerne ulmer inde i fængslet og Veronica arbejder med Lincolns sag, forsøger Michael at få fingre i et stof, der vil få ham til at teste positiv for diabetes.

Michael får problemer, da han indvier Abruzzi og Sucre i sin plan. Veronica får fat i en udtalelse fra Leticia, men hun slipper væk.

Michael får fat i nogle kemikalier til sin flugtplan. Haywire udvikler en ubehagelig fascination af Michaels tatovering, og Veronica får yderligere juridisk assistance i sin efterforskning.

Mens Kellerman og Hale presser Michaels overflytning igennem, forsøger Michael at trække tiden ud for at teste den første del af sin flugtplan.

Michaels planer om at købe sig tid ved at forårsage en nedlukning af afdelingen fører til et kæmpe fængselsoprør. Nick overbeviser Veronica om, at han virkelig gerne vil hjælpe hende.

Under fængselsoprøret redder Michael Sara, lejemorderen forsøger at myrde Lincoln, og Bellick udfordrer Pope til at tale med guvernøren.

Michael forsøger at finde ud af, hvordan han skal føre en tunnel gennem bygningen med vagternes pauserum. Kellerman og Hale forsøger at dræbe Veronica og LJ.

T-Bag mister en slave og udser sig en anden. Kellerman og Hale fortsætter med at forfølge LJ, der forsøger at kontakte Veronica for hjælp.

For at få Abruzzi tilbage på toppen i fængselshierakiet, og flugtplanen tilbage på sporet, må Michael afsløre for Philly Falzone, hvor Fibonacci befinder sig.

Quinn terroriserer Veronica, Nick og LJ. Michael bygger et apparat, der hjælper ham med at regne ud, hvor lang tid gruppen har til deres flugt.

Der opstår en anspændt stemning, efter Lincoln advarer Michael om, at et medlem af flugtgruppen må blive tilbage. Abruzzi truer med at dræbe T-Bag, hvis han ikke frivilligt forlader gruppen.

Da Lincolns henrettelse rykker nærmere, sætter Michael skub i flugtplanen. Veronica bruger nyhedsmedierne til at komme med en erklæring om en udvikling, der kan bevise Lincolns uskyld.

Michael forsøger at forsinke Lincolns henrettelse ved at pille ved den elektriske stol, men han fejler, og tiden er ved at løbe ud.

Lincoln, som tror han ser sin far til henrettelsen, vinder to ugers ekstra tid, da en dommer beslutter, at Terence Steadmans lig skal graves op.

Tilbageblik kaster lys over, hvordan Michael, Lincoln, Sucre, C-Note og T-Bag endte i fængsel, og hvordan Sara begyndte at arbejde der.

Da Michael bliver sendt i isolation, er han ved at gå til af fortvivlelse. Sucre må dække over flugthullet i vagternes rum, før et hold håndværkere opdager det, og LJ finder Kellerman.

Michael er på psykiatrisk afdeling, hvor han forsøger at få Haywire til at huske den manglende del af hans tatovering.

Michael forsøger at regne ud, hvordan han får fingre i Saras nøgle til ambulatoriet. Lincoln hører om sin fars rolle i de begivenheder, der har ødelagt hans liv.

Westmoreland bruger Bellick til at sætte en stopper for flugtplanen, hvilket tvinger Michael til at rykke flugtdatoen nærmere.

Michael tvinger Pope til at flytte Lincoln til ambulatoriet. De flygtende når sikkert frem til Saras ulåste kontor og Westmoreland afslører sin store hemmelighed.

Flugten er blevet opdaget, og Bellick leder en storstilet jagt på de flygtede. Viceinspektør Reynolds bruger sin magt, og en vild flugt mod landingsbanen får en dramatisk afslutning.

Michael og gruppen tvinger Bellick til at overgive kontrollen til FBI. Specialagent Mahone opdager Michaels flugtplaner, og T-Bag tager drastiske metoder i brug for at få sin hånd tilbage.

Mahone bruger LJ som lokkemad for at fange Lincoln og Michael, T-Bag får sin afhuggede hånd tilbage, og en desperat redning på målstregen bringer brødrene ansigt til ansigt med deres forfølger.

Michaels vigtigste aktiv ender i Mahones hænder. Guvernøren giver Sara en chokerende nyhed, og Sucre og C-Note forsøger at blive genforenet med deres familier for hver en pris.

Bellick fanger Michael og resten af gruppen, men det er ikke politiets dusør han er ude efter. Nika laver en fælde, men vi ved ikke for hvem.

Brødrene ankommer endelig til Utah, men de er ikke alene. Sucre bliver forladt ved alteret. C-Note kæmper for sit liv, og Double K Ranch afslører ikke sine hemmeligheder uden kamp.

Millionerne er gemt et sted under et hus, så Michael må lokke kortet ud af T-Bag for at finde ud af, hvordan han får pengene ud. Mahone nærmer sig sit bytte, og en af de flygtende nærmer sig enden.

Flugtfangerne finder skatten, men Sucre har sine egne planer. Lincoln risikerer alt for at finde LJ. The Company retter deres opmærksomhed mod Sara, og Mahone sætter Tweener på den ultimative prøve.

Sucre forråder gruppen og flygter med de nyfundne fem millioner dollars, hvilket giver Michael problemer.

Michael besøger Mahones ekskone og regner hans mørke hemmelighed ud. Bellick angriber T-Bag og helmer ikke, før han får at vide, hvor pengene er. Lincoln og LJ kommer til vejs ende.

Michael og Sara bliver genforenet, men deres tid sammen bliver kort, da Mahone endelig indhenter dem. Lincoln møder sin far.

For at blive genforenet med Michael må Lincoln efterlade LJ. Michaels planer om at skaffe et flugtfly mislykkes. T-Bag flygter fra politiet, men må betale en høj pris.

Sara flygter fra sin plageånd. Aldo slutter fred med Michael, men må betale den ultimative pris. Michael og Lincoln beslutter sig for at holde op med at flygte.

T-Bag tager kreative metoder i brug for at finde Mrs. Hollander.

Kellerman arrangerer et møde mellem Michael, Lincoln og Steadman, men det går ikke helt som planlagt. Bellick bliver uvenner med den forkerte fange i Fox River.

Michael og Lincoln fortæller deres historie på landsdækkende tv, mens de er på flugt sammen med Kellerman.

Endnu en fange bukker under, men først går Michael, Lincoln, Kellerman og Sara ombord på et tog mod Chicago, og Bellick får en særdeles velkommen gæst på besøg i Fox River.

Michael og Sara henvender sig til Henry Pope for at få de informationer, der kan vælte The Company. En flugtfange må vælge mellem sin datter og sine venner.

Michael, Lincoln og Sara finder endelig det bevismateriale, de har brug for, for at rense Lincoln, men de har brug for en hjælpende hånd indefra for at få sandheden frem.

Michael møder endelig præsidenten ansigt til ansigt. En uventet alliance opstår mellem Bellick og Sucre. T-Bag mister sine penge, og C-Note får et godt tilbud.

Mens brødrene forbereder sig på et liv i frihed, er Sara tvunget til at ofre sig selv for at bevare deres sikkerhed. T-Bag myrder på livet løs syd for grænsen.

Sara er i retten, Michael er fast besluttet på at få de fem millioner og på at standse T-Bags terrorregime. Kellerman ser sine dæmoner i øjnene, og Lincoln og Mahone ender i en konfrontation.

Michael forsøger at redde sig selv og Lincoln fra Mahone. Et uventet vidne ændrer alt ved Saras retssag. Sucre risikerer alt for at finde Maricruz, og T-bag vælger den forkerte side.