Michael forsøger at forsinke Lincolns henrettelse ved at pille ved den elektriske stol, men han fejler, og tiden er ved at løbe ud.

Lincoln, som tror han ser sin far til henrettelsen, vinder to ugers ekstra tid, da en dommer beslutter, at Terence Steadmans lig skal graves op.

Flugten er blevet opdaget, og Bellick leder en storstilet jagt på de flygtede. Viceinspektør Reynolds bruger sin magt, og en vild flugt mod landingsbanen får en dramatisk afslutning.

Michael og gruppen tvinger Bellick til at overgive kontrollen til FBI. Specialagent Mahone opdager Michaels flugtplaner, og T-Bag tager drastiske metoder i brug for at få sin hånd tilbage.

Michael besøger Mahones ekskone og regner hans mørke hemmelighed ud. Bellick angriber T-Bag og helmer ikke, før han får at vide, hvor pengene er. Lincoln og LJ kommer til vejs ende.

Kellerman arrangerer et møde mellem Michael, Lincoln og Steadman, men det går ikke helt som planlagt. Bellick bliver uvenner med den forkerte fange i Fox River.

Michael forsøger at redde sig selv og Lincoln fra Mahone. Et uventet vidne ændrer alt ved Saras retssag. Sucre risikerer alt for at finde Maricruz, og T-bag vælger den forkerte side.

Michael kæmper for overlevelse i Sona-fængslet, da han kommer på kant med fængslets herre, Lechero. Lincolns søgen efter Sara får store konsekvenser.

Whistler bliver anklaget for mord umiddelbart før flugten, Mahone får et godt tilbud, og Lincoln og Sofia bliver nødt til at bedøve vagten.

Michael, Whistler og McGrady flygter fra Sona, men ikke alt går efter planen, og udvekslingen kommer i fare.

LJ og Whistler bliver endelig udvekslet, men der er flere overraskelser i vente. T-bags planer giver endelig pote.

Michael falder over utrolige nyheder, da han søger hævn over Saras død. Michael og Lincoln får et uimodståeligt tilbud fra Homeland Security. Mahone lider et frygteligt tab.

Gruppen sætter deres indviklede plan for at stjæle Scylla i værk, sammen med en skrantende Michael. Gretchen får problemer med at få fingre i det sjette kort.

Lincoln, Self, Gretchen og T-Bag tager til Florida for at få fat i Scylla. Michael, som bliver holdt fanget af The Company, får uventede oplysninger om sin mor.

Michael har en sidste konfrontation med sin mor, og modtager et tilbud om hjælp fra Kellermand, der måske er for godt til at være sandt.