Michael Scofield ist ein erfolgreicher Ingenieur, doch er ist verzweifelt. Sein Bruder Lincoln Burrows wurde eines schrecklichen Mordes schuldig gesprochen und sitzt nun in der Todeszelle des Fox River Staatsgefängnisses. Trotz der erdrückenden Beweislage gegen Lincoln ist Michael von der Unschuld seines Bruders fest überzeugt. Michael sieht keinen anderen Ausweg mehr und entschließt sich zu einem waghalsigen Ausbruchsversuch. Notgedrungen überfällt Michael also eine Bank und wird kurzerhand in dasselbe Gefängnis gesteckt, in dem sein Bruder sitzt. Zusammen wollen die beiden nun Ausbrechen und die Unschuld von Lincoln beweisen. Pikanterweise verdient sich Michael mit dem Bau von Gefängnissen seinen Lebensunterhalt, was dazu führt, dass er die gesamten Pläne des Fox River besitzt..