Avec l'argent envolé et la police aux trousses, Michael et Sucre n'ont pas d'autre solution que de se jeter à l'eau, mais le fleuve leur réserve un piège mortel.

Michael rend visite à l'ex-femme de Mahone et commence à comprendre le sombre secret de l'agent. Quant à Kellerman, il continue sa traque morbide de Sara.

Pour mettre son fils à l'abri et rejoindre Michael, Lincoln doit se séparer de L.J. T-Bag échappe à la police, en payant le prix fort, et Kellerman torture Sara.

Arrêtés, Michael et Lincoln sont en route pour la prison de Fox River, mais Mahone et Kellerman font tout pour que les frères n'arrivent pas vivants à destination.

Pendant leur cavale avec Kellerman, Michael et Lincoln racontent leur histoire à la télévision nationale, et Michael en profite pour envoyer un message codé à Sara.

Michael, Lincoln et Sara ont enfin mis la main sur l'enregistrement qui innocente Lincoln, mais il leur faut un allié au gouvernement pour faire éclater la vérité.

Michael rencontre enfin la présidente. Pendant ce temps, l'agent Wheeler propose à C-Note de le libérer, à condition qu'il trahisse Mahone.

Alors que les frères s'apprêtent à embarquer pour la liberté, Sara se sacrifie par amour pour leur permettre de fuir.