Kellerman és Hale ügynök átszállítási utasítást ad Henry Popenak, hogy Michaelt egy másik börtönbe helyezzék át. Abruzzi is csatlakozik a szökésbe, és segítségével Michael tovább szövögeti tervét.

Michael kap egy tárgyat feleségétől, ami elengedhetetlen a szökéshez. Tweener segít Michaelnek. Westmoreland is csatlakozni akar a szökevényekhez, ugyanis megtudja, lánya rákos lett. Quinn megtalálja Veronicáékat.

Ebben a visszaemlékezős részben megtudhatjuk, hogy a különböző szereplők hogyan kötöttek ki a Fox River Állami Fegyintézetben: Zsebest az új szerelme, Susan Hollander, míg Sucrét bolti rablás miatt saját kuzinja adja fel, mivel féltékeny Sucre barátnőjére. C-Note illegális csempészetér, Lincoln pedig egy el nem követett gyilkosság miatt kerül börtönbe, mivel állítólag megölte az alelnök öccsét.

Lincolnt apja, Aldo megmenti Kellerman karmai közül. Aldo elmondja, hogy egy bizonyos Cég áll a Steadman-gyilkosság hátterében. Michaelnek szüksége van a betegszoba kulcsára, így ismét felesége segítségét kéri. Abruzzi visszatér. Tweener felfedi Bellick előtt, mire készülnek Scofield-ék.

A megkötözött Bellick miatt Michael kénytelen előre hozni a szökést, ám idő és alternatívák nélkül belekeveri Sarát is. Tweener is csatlakozik a csapathoz. Veronica talál egy bizonyítékot, ami a montanai Blackfoothoz vezet.

Michael és Lincoln Nikától kérnek segítséget. Amíg Sucre Maricruzt keresi, C-Note kapcsolatba lép a családjával, bár ők a hatóság megfigyelése alatt állnak. Sarát őrizetbe veszik a szökés elősegítése miatt. Bellick és Geary vadászatra indulnak a nyomravezetői díjért.

A szökevények útjai ismét szétválnak, a pénz Zsebeshez kerül. Mahone ellen vizsgálatokat indítanak a Belső Ügyosztálytól Tweener és Abruzzi halála miatt. Lincoln elmegy Arizonába és megtalálja LJ-t. Sarával is végezni akar az a bizonyos Cég. Bellick és Geary visszatér az embervadászathoz.

Zsebes tovább folytatja Susan Hollander keresését. Bellick rabként tér vissza a Fox Riverbe. Sucre kiugrik a repülőgépből, amelyikkel elmenekült volna az országból. C-Note együtt menekül családjával. Michael és Lincoln kiszökik az őket szállító autóból, majd mikor Mahone ismét elfogja őket, az elnök bizalmát vesztő Kellerman jelenik meg és lelövi az FBI-ügynököt.

Michael, Lincoln és Kellerman elrabolnak egy operatőrt, hogy kódolt üzenetet sugározhassanak Sarának. Bellicket a betegszobába küldik. Zakkant két tizenévesnek vesz sört, majd gyilkosságot követ el. Sucre ellop egy autót Mexikóban, hogy Maricruzzal találkozzon.

Sara feladja magát a FBI-nak, lehetőséget adva Michaelnek és Lincolnnak arra, hogy elszökjenek Panamába. Bellick kényszeríti Sucrét, hogy segítsen megtalálni Westmoreland pénzét, cserébe Maricruzért. C-Note beleegyezik, hogy tanúskodik Mahone ellen, az ő és családja szabadságáért cserébe.

Michael beszélni akar Sarával telefonon, ezért Zsebes segítségét kéri. Lincoln megtalálja LJ-t és Sarát, ám a Cég emberei elmenekülnek a két tússzal. Mahone rossz híreket kap ügyvédjétől, míg Bellick ellenséget szerez magának a börtönben.

Michael és Whistler belevág a szökésbe, ám az őrök miatt kénytelenek lesznek visszamászni. Kényszerpárbajba kezdenek, amit később a katonaság zavar meg. Mahone beleegyezik a Cég elleni tanúskodásba. Lechero is beszáll a szökésbe.

Egy vihar miatt Michael előbbre hozza a szökést. Lincoln és Sucre a szökést készítik elő, ám a hatóságok valamiért elfogják Sucrét. A szökésbe a fiatal McGrady is beszáll. Eljön a szökés ideje, ám a csapat két felé szakad: Lechero, Bellick és Zsebes akar ugyanis előbb indulni.

Michael és a csapat megkezdi bosszúhadjáratát a Cég ellen, ám ez egyre inkább kezd bonyolulttá válni. Zsebes Whistler madaras könyve alapján próbál Michael nyomára bukkanni, ám az életben maradásáért brutális dologhoz folyamodik. Wyatt egyre közelebb jut a fivérekhez. Ebben az epizódban ismerhetjük meg Roland Glennt, aki szintén csatlakozik az akcióhoz, hogy lebuktassák a Céget.

Michael a legvalószínűtlenebb helyről kap orvosi segítséget, Charles Westmorelandet pedig újra láthatjuk, aki segít megfejteni Michaelnek, hogy mi is valójában a Scylla. Ezalatt Lincoln és Sucre igyekeznek megállítani Selfet és Gretchent, mielőtt a Scylla örökre elveszne.

Michael és Mahone tervet eszelnek ki, hogy túl járjanak Christina és a Tábornok eszén is. Eközben viszont láthatjuk Zsebes régi énjét, miközben Sarát tartja fogva és ismerős arcok is visszatérnek, hogy segítsenek Michael tervének megvalósításában.