Michael, Mahone, Zsebes és Bellick egy bizonyos Sona nevű börtönbe kerül, amit egy lázadás óta csak kívülről őriznek. A börtön feketebőrű "nagyfőnöke", Norman St. John/Lechero különböző bánásmódban részesíti a négy új elítéltet. Eközben Lincoln Sara után nyomoz.

Michael beszél a csatornában élő James Whistlerrel. Zsebes Lechero mellé szegődik, Mahone pedig megkísérli feláldozni Whistlert, hogy kijuthasson a börtönből. A Sona vízkészletét elzárják, ami konfliktusokhoz vezet. Sucre Maricruz nyomára bukkan. Lincolnt megzsarolja egy Gretchen Morgan nevű nő a Cégtől: ha Michael nem juttatja ki a börtönből Whistlert, megölik az elfogott LJ-t és Sarát.

Michael beszélni akar Sarával telefonon, ezért Zsebes segítségét kéri. Lincoln megtalálja LJ-t és Sarát, ám a Cég emberei elmenekülnek a két tússzal. Mahone rossz híreket kap ügyvédjétől, míg Bellick ellenséget szerez magának a börtönben.

Miután Lincoln csomagot kap a Cégtől rájön, hogy halálosan komolyak. Michael új szökési terve az áramon múlik. Zakkant visszatér a holtak sorából, hogy a zavart Mahone-t kísértse. Zsebes és Bellick különleges figyelmet kap Lecherótól.

Új rab érkezik a börtönbe, aki azt állítja, ismeri Whistlert. Lincoln felkészül egy tengeri szökési tervre Sofiával, Susan megváltoztatja a szökési időpontot. Zsebes legújabb csábításával kísérti a sorsot, Sucre pedig kísérletezik, hogy a Sonába csempésszen néhány árucikket.

Mivel veszélyezteti a szökést, Mahone megöli az új férfit, így a börtönben ismét konfliktusok kezdődnek. Miután megtudja, hogy Sara halott, Michael párbajra hívja Whistlert. Mahone ajánlatot kap az FBI-tól.

Michael és Whistler belevág a szökésbe, ám az őrök miatt kénytelenek lesznek visszamászni. Kényszerpárbajba kezdenek, amit később a katonaság zavar meg. Mahone beleegyezik a Cég elleni tanúskodásba. Lechero is beszáll a szökésbe.

Susan megbízza Whistlert, végezzen Michaellel. Miután ez nem sikerül, a Cég megtámadja helikopterekkel a börtönt, hogy kihozzák Whistlert. Az akció nem sikerül, Michael pedig bajba kerül: a katonaság valamiért kihozza a börtönből. Lincoln, Sucre és Sofia élete veszélyben forog Susan emberei miatt.

Michael és Whistler elmond mindent a szökési kísérlettel kapcsolatban a Sona új vezetőjének, aki elfogja Susant, mialatt a nő Lincolnnal találkozik. A Sonában egyre jobban érződik a hatalomátvétel szele. Sammy egyre inkább azon van, hogy kivonja Lecherót a forgalomból. Mahone visszakerül a Sonába, miközben Bellicket párbajra hívják. Az új tábornok magánakciója váratlan fordulatot vesz.

Sammy átveszi a hatalmat a börtönben, és hajtóvadászatot indít Scofield után. Míg Zsebes azon ügyködik, hogy bekerüljön a szökésbe, Bellick vakmerő lépésre szánja magát - szintén a csapatba kerülés miatt. Lincoln, Sucre és Sofia azon ügyködik, hogyan tudnák kivonni a forgalomból Susant. Sammy és bandája megtalálja Michaeléket, ám végül Lechero segítségével "leölik" a bandát.

Egy vihar miatt Michael előbbre hozza a szökést. Lincoln és Sucre a szökést készítik elő, ám a hatóságok valamiért elfogják Sucrét. A szökésbe a fiatal McGrady is beszáll. Eljön a szökés ideje, ám a csapat két felé szakad: Lechero, Bellick és Zsebes akar ugyanis előbb indulni.

A szökés során Lecherót meglövik, majd Bellickkel és Zsebessel együtt visszaviszik a börtönbe. Michaeléknek sikerül megszökniük, majd találkoznak Lincolnnal. Sucre kilétére rájönnek a hatóságok. McGrady apjával folytatja tovább útját, míg Michaelék a Cég elől menekülnek. Mikor Lincoln végezni akar Mahone-nal, Whistler ellopja az autójukat.

Egy ismerős arc a Sona rabja lesz, míg egy másik örökre eltűnik. Michael és Lincoln elfogják, majd kicserélik Whistlert LJ-re, ám Gretchen emberei lövöldözni kezdenek és Sofia megsebesül. Mahone Whistler és Gretchen szolgálatába áll. Michael elindul, hogy bosszút álljon Saráért.