עונה שלישית, כלא חדש, צרות ישנות. סקופילד מצא את עצמו שוב בכלא, הפעם בכלא סונה שבפנמה, בלי תכנית בריחה וללא לינק שקיבל חנינה נשיאותית. האם יכול להיות שהוא שפן ניסיונות בניסוי ממשלתי מפלצתי?

מייקל מוצא את ויסלר, אבל מתברר שיש פרס על ראשו, וכשמהון מגלה שהוא נמצא בביוב הוא מחליט למצוא אותו ולהסגיר אותו, תמורת שחרורו האפשרי. לינק עוקב אחרי חברתו של ויסלר.

ויסלר מספר למייקל איך הסתבך עם החברה. מייקל מנסה ליצור קשר עם שרה אבל הטלפון היחידי בכלא נמצא אצל לוצ'רו ומייקל נאלץ לסמוך על טי-באג שיעזור לו. מהון ממשיך להיאבק בהתמכרות שלו.

לינקולן מקבל חבילה מסוזן שמבהירה לו שכדאי לו ולמייקל להצליח בתוכנית הבריחה. מייקל ממשיך לתכנן את הבריחה ומנסה לבדוק את השטח מחוץ לכלא. טי-באג מנסה להתקדם בסולם הדרגות בצוות של לוצ'רו.

לכלא מגיע אדם חדש, אנדרו טייג, שמתעקש שהוא מכיר את ויסלר וששמו מקפדן. מייקל מתכנן בריחה לאור יום ומנסה ללמוד את הרגליהם של השומרים. לינק וסופיה מתכננים אמצעי מילוט לחבורה לאחר הבריחה.

יום הבריחה מגיע. מייקל מאיים על ביטול כל עניין הבריחה בתנאי שהוא יראה הוכחה חדה ומוכחת ששרה עדיין חיה. טיג, שעקב אחרי ויסלר, נרצח, והחשד נופל על ויסלר ולמאהון יש דרך אחרת לצאת מסונה, ולא כגופה.

מייקל משתמש בקרב עם ויסלר כהסחת דעת. הם מנסים לברוח בחסות המהומה, אבל המצב משתבש והם נאלצים להילחם. מעמדו של לוצ'רו כמנהיג הכלא מתערער והוא מאשים את מייקל בכך. העסקה עם מהון נדחית והוא כמעט מתמוטט.

המפעיל של סוזן לא מרוצה מהתקדמותה ופוקד עליה להפעיל תכנית חילוץ שעלולה לסכן את מייקל. סופיה מגלה פרטים חדשים על העבר של וויסלר. מהון מנסה להעיד אבל הגמילה משפיעה עליו.

מייקל מסרב לשתף פעולה עם מפקד הכלא גנרל זוואלה ונשלח לבידוד ב-"תא החום" תא קטן ושקוף בשמש הקופחת. מהון חוזר לכלא. טי-באג רוצה שמהון יחסל את סמי ומסכם עם ויסלר שבתמורה הוא ישתתף בבריחה.

סמי משתלט על הכלא ומוציא חוזה על מייקל. טי-באג משכנע את בראד להרוג את סמי בזירה. סוזן בי מאיימת על סוכרה שאם לא ימסור לה מידע על לינק היא תפגע במריקרוז. סופיה מוצאת מזוודת סתרים בדירה של ויסלר.

בגלל הגשמים יש קשיים בחפירת המנהרה, מוכרחים לצאת באותו לילה. לינקולן צריך לנתק את האורות שמקיפים את הכלא והבורחים אמורים לנצל פער של 30 שניות עד להפעלת הגנרטור, כדי לעבור את שטח ההפקר.

הבריחה מסונה יוצאת לדרך. מייקל נותן לטי-באג, לוצ'רו ובליק לברוח ראשונים ונראה שתוכנית הבריחה של מייקל לא תצא לפועל. לוצ'רו חוטף כדור בעוד ניסיון בריחה שאי אפשר לדעת מה עומד מאחוריו. בליק פותח את הפה ומגלה לסוהרים על המנהרה.

בפרק סיום העונה, מייקל ולינק תופסים את ויסלר ומשנים את מקום הפגישה עם סוזן. הסוהרים מענים את סוכרה ומנסים להוציא ממנו מידע בנוגע למיקומו של מייקל. טי-באג מנסה לנצל את מצבו של לוצ'רו.