Στη φυλακή Σόνα, ο Μάικλ μπαίνει στο μάτι του "μεγάλου αφεντικού". O Λίνκολν αναζητά τη Σάρα, γεγονός που έχει σοβαρές επιπτώσεις.

Ο Μάικλ προσπαθεί να προστατεύσει έναν άλλο κρατούμενο, τον Τζέιμς Γουίστλερ, ο οποίος κρατά στα χέρια του τη σωτηρία του Μάικλ. Ο Λίνκολν κάνει έρευνα για τη Σοφία.

Ο Μάικλ βρίσκεται σε αδιέξοδο αλλά μαθαίνει περισσότερα πράγματα για τον Γουίστλερ, ο οποίος του λέει την αλήθεια. Ο Λίνκολν προσπαθεί να σώσει τη Σάρα και τον Ελ Τζέι.

Ενώ ο Μαχόν αρχίζει να έχει παραισθήσεις και ο Τι-Μπαγκ ανεβαίνει στην ιεραρχία, ο Μάικλ θέτει σε εφαρμογή ένα σχέδιο απόδρασης.

Ο Μάικλ επιχειρεί να εκτελέσει μια επιτυχημένη απόδραση. Στο μεταξύ, καταφθάνει ένας νέος κρατούμενος που ίσως να γνωρίζει κάτι για το παρελθόν του Γουίστλερ.

Ο Γουίστλερ κατηγορείται για φόνο λίγο πριν από την απόδραση. Αργότερα, ο Μαχόν δέχεται μια καλύτερη προσφορά και ο Λίνκολν κι η Σοφία πρέπει να ναρκώσουν τον φρουρό.

Οι ισορροπίες αλλάζουν καθώς ο Μάικλ και ο Γουίστλερ αναγκάζονται να παλέψουν μέχρι θανάτου. H δύναμη του Λετσέρο δοκιμάζεται.

Η Σούζαν κάνει μια τελευταία προσπάθεια για να βγάλει τον Γουίστλερ από τη Σόνα, με ένα σχέδιο που καθιστά όλους τους άλλους αναλώσιμους.

Ένας νέος δεσμοφύλακας στη Σόνα βάζει τον Μάικλ στην απομόνωση αλλά τελικά του δίνει ελπίδα. Αργότερα, ο Μαχόν και ο Τι-Μπαγκ συμμετέχουν στην ομάδα απόδρασης.

Οι Μάικλ, Μαχόν, Γουίστλερ και Λετσέρο προσπαθούν να δραπετεύσουν μέσω της σήραγγας. Η Σοφία ανακαλύπτει ένα κρυμμένο πορτοφόλι μέσα στην τσάντα του Γουίστλερ.

Καθώς ο Μάικλ ολοκληρώνει το σχέδιο διαφυγής, οι υπόλοιποι αρχίζουν να στρέφονται εναντίον του. Ο Γουίστλερ υποψιάζεται προδοσία μετά από τις απειλές που δέχεται η Σοφία.

Οι Μάικλ, Γουίστλερ και ΜακΓκρέιντι δραπετεύουν από τη Σόνα, αλλά τα πράγματα δεν πηγαίνουν σύμφωνα με το σχέδιο και η ανταλλαγή βρίσκεται σε κίνδυνο.

Καθώς η τρίτη σεζόν πλησιάζει προς το τέλος, η ανταλλαγή του Ελ Τζέι και του Γουίστλερ ολοκληρώνεται με εκπλήξεις. Το σχέδιο του Τι-Μπαγκ τελικά αποδίδει καρπούς.