Michael, Lincoln, Sucre, C-Note i Abruzzi jadą do Oswego. T-Bag znajduje "pomoc" dla swojej ręki. Do pościgu za uciekinierami zostaje przydzielony agent FBI Alexander Mahone. Veronica ginie z rąk agenta Firmy.

Mahone próbuje dopaść uciekinierów, wykorzystując LJ-a. Sucre, C-Note i Abruzzi uciekają w swoje strony. Bellick i Pope stają przed komisją więziennictwa w związku z ucieczką więźniów z Fox River.

Michael i Lincoln udają się po pomoc do Niki. Sucre szuka Maricruz. C-Note usilnie próbuje skontaktować się z rodziną. Sara zostaje aresztowana za pomoc w ucieczce. Bellick i Geary zostają łowcami nagród.

Bellick i Geary łapią Michaela, Lincolna i Nikę. Kellerman jest coraz bliżej Sary. Abruzzi pragnie zemsty na Fibbonaccim. Mahone jest na tropie szefa mafii. Wkrótce dochodzi do spotkania obydwóch panów, z którego tylko jeden wychodzi żywo.

Mahone zaczyna interesować się pieniędzmi, które ukrył Westmoreland. Michael i Lincoln zmierzają do Utah. Sucre za wszelką cenę próbuje powstrzymać Maricruz od wzięcia ślubu.

Michael, Lincoln, T-Bag i David "Tweener" Apolskis poszukują pieniędzy Westmorelanda. Nieoczekiwanie dołączają do nich Sucre i C-Note. Tymczasem, Świrus widziany jest w Wisconsin.

Lincoln zostawia Michaela i jedzie szukać LJ-a. Ekipa znajduje pieniądze Westmorelanda. Sara i jej ojciec są na celowniku Firmy. Mahone przesłuchuje Tweenera.

Ekipa znów się rozłącza. Mahone jest przesłuchiwany w związku ze śmiercią Tweenera. Lincoln jedzie do Arizony w poszukiwaniu syna. Bellick i Geary "wracają do gry".

Uciekinierzy próbują kontaktować się z rodzinami. Michael jedzie na spotkanie z Lincolnem. Michael odkrywa tajemnicę Mahone'a. Sara rozszyfrowuje wiadomości od Michaela. To samo udaje się Kellermanowi i Mahone'owi.

Michael i Sara spotykają się w Nowym Meksyku. Mahone śledzi ich. Lincoln i LJ zostają odbici z rąk policji. Bellick i Geary torturują T-Baga. Sucre stara się skontaktować z ukochaną.

Michael stara się zorganizować transport. Lincoln ponownie zostawia LJ-a. T-Bagowi udaje się uciec i dopaść Geary'ego. Kellerman torturuje Sarę. Mahone odgaduje, co oznacza Bolshoi Booze.

Mahone jest na tropie Michaela. Ten spotyka się ze swoim ojcem. Sara ucieka Kellermanowi. C-Note ryzykuje zdemaskowanie się. Bellick jest podejrzany w sprawie zabójstwa Geary'ego.

Michael i Lincoln zostają zatrzymani przez policję. Bellick trafia do Fox River jako więzień. T-Bag szuka swej dawnej miłości. Sucre, już na terytorium Meksyku, zmuszony jest do wyskoku z lecącego samolotu.

Michael, Lincoln i Kellerman jadą do Montany, by odnaleźć Steadmana. Bellick ma problemy w Fox River. T-Bag znajduje Susan. C-Note kontynuuje podróż wraz ze swoją córką.

By przekazać wiadomość Sarze, Michael, Lincoln i Kellerman uprowadzają kamerzystę. Bellick zostaje wysłany do izby chorych. Sucre w poszukiwaniu transportu kradnie samochód w Meksyku.

Michael, Lincoln, Sara i Kellerman jadą do Chicago. Mahone i Bellick są na tropie Świrusa. T-Bag przetrzymuje rodzinę Susan. C-Note ma poważne problemy.

Michael i Sara przekonują Pope'a, by ten pomógł im w uzyskaniu informacji. C-Note podejmuje zaskakującą decyzję. Sucre spotyka się z Maricruz. T-Bag jedzie do rodzinnej miejscowości.

Michael, Lincoln i Sara znajdują dowód, pozwalający ujawnić spisek. Mahone wykorzystuje C-Note'a, by namierzyć Michaela. Bellick jedzie do Meksyku w celu odnalezienia Sucre. Kellerman przygotowuje się do zamachu na Panią Prezydent.

Michael szantażuje Reynolds. Lincoln udaje się po pomoc do swojego dobrego przyjaciela. Bellick odnajduje Sucre. T-Bag traci pieniądze Westmorelanda.

Sara poddaje się policji, tym samym umożliwiając ucieczkę Michaelowi i Lincolnowi. Bellick zmusza Sucre, by ten pomógł mu w poszukiwaniu pieniędzy. C-Note godzi się zeznawać przeciwko Mahone'owi w zamian za oczyszczenie z zarzutów.

Michael, Sucre i Bellick wspólnie starają się złapać T-Baga. W Chicago rozpoczyna się rozprawa Sary. Kellerman rozważa popełnienie samobójstwa.

Dzięki zeznaniom Kellermana Sara i Lincoln zostają oczyszczeni ze wszystkich zarzutów. Michael robi, co może, by uchronić swego brata. T-Bag spotyka się z Bellickiem w panamskim więzieniu.