Nyolc órával a szökés után Michael, Lincoln, Sucre, C-Note és Abruzzi Oswego felé tartanak, míg Alexander Mahone különleges FBI-ügynököt állítják a szökött fegyencek üldözésének élére. Zsebes egy állatorvossal varratja vissza levágott kezét, majd végez a férfival. Veronicára rátalálnak Steadman házában, és végeznek vele az ügynökök.

Mahone ügynök megzsarolja a börtönbe került LJ-t, miközben Michael és Lincoln a szöktetését tervezik. Abruzzi, C-Note, és Sucre saját útra kelnek, mialatt Tweener megoldja utazási gondját. Bellick és Pope vizsgálóbizottság előtt felel a szökésben játszott szerepükért.

Michael és Lincoln Nikától kérnek segítséget. Amíg Sucre Maricruzt keresi, C-Note kapcsolatba lép a családjával, bár ők a hatóság megfigyelése alatt állnak. Sarát őrizetbe veszik a szökés elősegítése miatt. Bellick és Geary vadászatra indulnak a nyomravezetői díjért.

Bellick és Geary elkapják Michaelt, Lincolnt és Nikát. Abruzzi elhatározza, hogy bosszút áll Fibonaccin, ám Mahone tőrbe csalja és mivel nem adja meg magát, a kommandósok végeznek vele. Kellerman Sara környezetébe férkőzik. Debra rájön, ki is valójában Tweener.

Míg Mahone-t egyre inkább a Westmoreland által elrejtett milliók foglalkoztatják, Michael és Lincoln Utah felé veszik az irányt, hogy megszerezzék a pénzt. Sucre Las Vegasba tart, hogy megakadályozza Maricruz esküvőjét.

Michael, Lincoln, T-Bag és Tweener együtt keresik Westmoreland pénzét. Zakkant Wisconsinban bukkan fel. Tancredi kormányzó meglátja Kellermant a Fehér Házban, és gyanakodni kezd.

Míg Michaelék elkezdik kiásni a pézt, C-Note és Sucre jelenik meg, akik szintén a milliókért jöttek. Lincoln otthagyja Zsebeséket és elindul, hogy felvegye az újonnan szabadult LJ-t. Mahone elfogja, majd lelövi Tweenert. Sara apját is megölik.

A szökevények útjai ismét szétválnak, a pénz Zsebeshez kerül. Mahone ellen vizsgálatokat indítanak a Belső Ügyosztálytól Tweener és Abruzzi halála miatt. Lincoln elmegy Arizonába és megtalálja LJ-t. Sarával is végezni akar az a bizonyos Cég. Bellick és Geary visszatér az embervadászathoz.

A szökevények megpróbálják felvenni a kapcsolatot szeretteikkel, mialatt a testvérek a találkájuk felé tartanak. Michael meglepő dolgot fedez fel Mahone-ról. Sara megfejti Michael kódolt üzenetét, ahogy Kellerman és Mahone is. Lincolnt és LJ-t elfogják a rendőrök.

Michael és Sara találkoznak Új-Mexikóban, ám Mahone rájuk talál. Lincolnt és LJ-t Aldo menti meg a rendőrségtől, majd elmondja: van egy hangszalag, ami felmentheti Lincolnt. Sucre megpróbálja telefonon elérni Maricruzt Nebraskában. Bellick és Geary elfogják, majd megkínozzák Zsebest.

Michael elintézi a repülőt, amivel később majd kiszöknek az országból. Aldo két emberét a Cég egy beépített embere megöli. Kellerman megkínozza Sarát, Mahone pedig rájön, hol található a Bolshoi Booze nevű hely. Lincoln ismét magára hagyja fiát, míg Zsebes rátalál Geary-re.

Mahone rátalál a régi emlékeket felelevenítő Michaelékre, és lelövi Aldót. A férfi meghal, egy folyóparton temeti el két fia. Sara elmenekül Kellerman elől, akinek emiatt szembe kell néznie Kim ügynök haragjával. Michael és Lincoln Sara után indul, így csak Sucre ül fel a repülőre. C-Note megpróbálja felvenni a kapcsolatot családjával. Bellicket megvádolják Roy Geary megölésével. Mahone elfogja a két testvért.

Zsebes tovább folytatja Susan Hollander keresését. Bellick rabként tér vissza a Fox Riverbe. Sucre kiugrik a repülőgépből, amelyikkel elmenekült volna az országból. C-Note együtt menekül családjával. Michael és Lincoln kiszökik az őket szállító autóból, majd mikor Mahone ismét elfogja őket, az elnök bizalmát vesztő Kellerman jelenik meg és lelövi az FBI-ügynököt.

Michael, Lincoln és Kellerman Montanába indul Terrence Steadmanért. Bellick összerúgja a port a foglyokkal a börtönben. C-Note egyedül folytatja útját a lányával, Zsebes pedig foglyul ejti a Hollander családot. Michael-ék elrabolják Steadmant, ám mikor a sajtó kiér, a férfi öngyilkos lesz.

Michael, Lincoln és Kellerman elrabolnak egy operatőrt, hogy kódolt üzenetet sugározhassanak Sarának. Bellicket a betegszobába küldik. Zakkant két tizenévesnek vesz sört, majd gyilkosságot követ el. Sucre ellop egy autót Mexikóban, hogy Maricruzzal találkozzon.

Michael és Sara meghitt pillanatba kerülnek, Chicago felé menet Lincoln és Kellerman társaságában. Mahone maga mellé állítja Bellicket, hogy sarokba szorítsák Zakkantat. C-Note bajba keveredik egy étteremben. Zsebes fogva tartja a Hollander családot. Mahone tanácsára Zakkant öngyilkos lesz.

Michael és Sara felkeresi Henry Pope-ot, hogy segítsen megszerezni a szalagot, amiről Aldo beszélt. Mivel lánya betegsége rosszabbodik, ezért C-Note úgy dönt, hogy feladja magát. Sucre és Maricruz újra összejönnek. Zsebes meglátogatja gyerekkori otthonát. Mikor Michaelék megszerzik a szalagot, Bill Kim jelenik meg a helyszínen.

Kellermant hátrahagyva, Lincoln, Michael és Sara meghallgatja a bizonyítékot, ami leleplezné az összeesküvést. Mahone Zsebest használja fel arra, hogy rátaláljon Michaelre. Bellick Mexikóba indul, hogy megkeresse Sucrét. Zsebes ellopja egy pszichiáter személyazonosságát. Kellerman merényletet tervez az elnök ellen. C-Note meglepő lépésre szánja el magát, családja érdekében.

Michael megzsarolja az elnököt a szalaggal, míg Lincoln segítséget kap egy régi barátjától. Mahone Sara nyomára akad. Mexikóban Zsebes elveszti Westmoreland pénzét. Bellick rátalál Sucréra. C-Note kap egy ajánlatot az FBI-tól.

Sara feladja magát a FBI-nak, lehetőséget adva Michaelnek és Lincolnnak arra, hogy elszökjenek Panamába. Bellick kényszeríti Sucrét, hogy segítsen megtalálni Westmoreland pénzét, cserébe Maricruzért. C-Note beleegyezik, hogy tanúskodik Mahone ellen, az ő és családja szabadságáért cserébe.

Michael, Sucre és Bellick más-más okból összefog, hogy elkapják Zsebest. Lincoln megpróbálja keresztezni Mahone tervét, ám csapdába kerül. Zsebes leszúrja Sucrét. Bill Kim és emberei tűzpárbajba kerülnek Mahone-nal, mialatt Lincoln és Michael elfut. Chicagóban elkezdődik Sara pere. Kellerman az öngyilkosságot fontolgatja. Bellicket, és Zsebest a panamai hatóságok elfogják.

Kellerman vallomása után ejtik a Sara és Lincoln ellen felhozott vádakat. Michael kimenti bátyját Mahone-tól, akit később letartóztatnak. Sucre megpróbálja megkeresni Bellicket, aki eközben Zsebessel együtt egy börtönben van. Kellermant feltehetőleg megöli a Cég, Sara pedig Panamába jön, ahol meglepetésszerűen lelövi a testvérekre támadó Kimet. A hatóságok jelennek meg és elfogják Michaelt.