Er zijn zeven jaar verstreken sinds Michael stierf en iedereen poogde verder te gaan met hun leven. Bewijs duikt op dat Michael nog leeft, hij wordt vastgehouden in een gevangenis in Jemen. Wanneer Lincoln dit te horen krijgt, herenigt hij zich met Sara. Ook C-Note, Sucre en T-Bag zijn van de partij.

Terwijl Lincoln en C-Note op zoek gaan naar de ‘Sheik of Light’ pogen Michael en zijn celgenoot Whip te ontsnappen uit Ogygia. Sara's onderzoek naar de terugkeer van Michael leidt haar naar het ministerie van Buitenlandse Zaken, en een ongemakkelijke reünie met Paul Kellerman.

Sara loopt in een hinderlaag van T-Bag die haar informeert dat twee handlangers van Poseidon, genaamd Van Gogh en A&W, haar achtervolgen. Ondertussen probeert Lincoln zijn in beslag genomen paspoort terug te krijgen zodat hij Jemen kan ontvluchten. Michael bedenkt zijn volgende zet.

Wanneer Michael niet veel opties meer heeft komt hij voor een moeilijke beslissing te staan.

Lincoln raakt gefrustreerd als hij probeert te begrijpen wat er echt met Michael gebeurd is. C-Note komt met een nieuw ontsnappingsplan. Sara worstelt met het idee dat Michael nog in leven kan zijn.

Michael, Lincoln en de Ogygia-bende pogen nog steeds uit Jemen te ontsnappen, maar komen in de woestijn terecht. Daar willen ze uit de handen van de wraakzuchtige Cyclops blijven. A&W en Van Gogh stellen hun rol in vraag wanneer hun zoektocht naar Michael en consorten hen naar een onverwachte bestemming leidt.

Sara vreest voor de veiligheid van haar familie nadat ze de ware reden ontdekt achter de geveinsde dood van Michael. Michael en Lincoln krijgen hulp van Sucre om terug thuis te komen en de ware identiteit van Poseidon wordt onthuld.

Wanneer Sara en haar zoon Mike in gevaar zijn, vragen Michael en Lincoln hulp aan Sheba en C-Note om Poseidon te pakken te krijgen. Whip onderneemt een missie en T-Bag onthult een geheim.

Michael en Lincoln blijven knokken om zowel Sara als Mike te beschermen. Poseidon poogt Michael en de bende een stap voor te blijven en het leidt tot de ultieme confrontatie.