Michael recebe novidades inacreditáveis quando procura vingar a morte de Sara. Entretanto, T-Bag é abandonado no México durante o seu voo para a liberdade.

O grupo tem de conseguir entrar na bem vigiada casa do homem da empresa, Stuart Tuxhorn. Por outro lado, T-Bag luta pela sobrevivência.

Michael e a equipa têm um dia para encontrar o próximo cartão ou arriscam-se a voltar para a prisão. Entretanto, Mahone quer vingar-se de Wyatt.

Para obterem o próximo cartão de dados, Michael, Lincoln e Sucre têm de se infiltrar numa festa da polícia. Entretanto, T-Bag atrai suspeitas no primeiro dia de emprego..

O grupo, com a ajuda de Don, tem de arrombar um cofre no Departamento do Tesouro para conseguir o próximo cartão Scylla. Longe dali, Gretchen consegue fugir.

Mahone é preso, colocando o grupo todo em risco e cruza-se com Wyatt. Entretanto, T-Bag é descoberto.

Lincoln, Sucre, Sara e Roland seguem o portador do quinto cartão até Las Vegas, onde Roland é preso após ser apanhado no casino.

É elaborado um plano ousado para conseguir a última carta de Pad Man, e é formada uma difícil aliança com Gretchen. Mas há um traidor entre eles.

A equipa tem de atravessar um depósito de água para chegar até Scylla. Entretanto, T-Bag tenta defender-se de uma investigação.

Michael desmaia e vai para o hospital. Sucre pisa uma mina terrestre, e o segredo surpreendente de Trishanne é revelado.

A equipa executa o seu plano para roubar Scylla, com Michael como aliado. Entretanto, Gretchen enfrenta um contratempo ao tentar obter o sexto cartão.

Michael e o grupo roubam Scylla das profundezas da sede da empresa, mas têm à sua espera uma surpresa terrível.

Enquanto o grupo lida com a traição de Don, Lincoln é capturado. Entretanto, Don obriga Gretchen a ajudá-lo, fazendo a filha e irmã reféns.

Don e Gretchen, Michael e A Companhia estão atrás de Scylla. Entretanto, T-Bag tem de tomar uma decisão difícil enquanto mantém refém a família de Gretchen.

Ao ser operado, Michael tem visões de Westmoreland. Enquanto isso, Lincoln e Sucre tentam reaver Scylla antes que Don e Gretchen o vendam.

Lincoln, Don, Gretchen e T-Bag vão a Miami para recuperar Scylla. Michael descobre algo chocante sobre a sua mãe enquanto o mantêm cativo.

A empresa coloca Lincoln, Mahone, T-Bag e Don contra Michael e Sara numa corrida para recuperar Scylla e todos os caminhos vão dar à mãe dos dois irmãos.

Michael e Lincoln aproximam-se de Scylla enquanto Christina coloca o seu plano em ação. Entretanto, T-Bag faz uma cena na embaixada da Índia.

Michael tem uma reunião desconfortável com Christina, que revela algo chocante sobre Lincoln. Entretanto, Lincoln corre a travar o plano de Christina.

Começa um pandemónio no Panda Bay Hotel depois de um assassinato na conferência global sobre energia.

Um rosto familiar regressa para ajudar Michael na sua missão de destruir A Companhia, e Lincoln faz uma descoberta importante sobre a sua relação com Michael.

Quando o general captura os irmãos e sobe a fasquia ao raptar mais familiares, Michael foge com Scylla.

Após serem exonerados como prometido, Michael e Sara finalmente se casam, mas uma reviravolta muda drasticamente os planos do casal.

Após finalmente conseguir sua liberdade, Michael precisa planejar uma nova fuga da prisão, mas dessa vez não é a dele. E uma grande decisão é tomada por Michael.