Ο μηχανικός Μάικλ Σκόφιλντ καταλήγει στη φυλακή για να οργανώσει την απόδραση του θανατοποινίτη αδελφού του, ο οποίος υποστηρίζει ότι έχει πέσει θύμα πλεκτάνης.

Ο Μάικλ προσπαθεί να αποκτήσει δύο πράγματα: ένα φάρμακο που θα τον βγάλει θετικό στο τεστ για διαβήτη και ένα μεγάλο μπουλόνι για το σχέδιο απόδρασης που έχει ετοιμάσει.

Ο Μάικλ αντιμετωπίζει προβλήματα όταν βάζει τον Αμπρούζι και τον Σούκρε στο σχέδιο. Ο Λίνκολν σκέφτεται ότι θέλει ένα μέλος της οικογένειάς του στην εκτέλεσή του.

Ο Μάικλ αποκτά μερικά καυστικά χημικά για το σχέδιο απόδρασης. Ο Ζουρλομανδύας, ο νέος του συγκάτοικος στο κελί, ενθουσιάζεται ιδιαίτερα με το τατουάζ του Μάικλ.

Ενώ οι Κέλερμαν και Χέιλ πιέζουν για τη μεταφορά του Μάικλ, εκείνος προσπαθεί να την καθυστερήσει για να δοκιμάσει το πρώτο μέρος του σχεδίου απόδρασης.

Το σχέδιο του Μάικλ να κερδίσει χρόνο κλειδώνοντας τα κελιά οδηγεί σε ολοκληρωτική ανταρσία. Στο μεταξύ, ο Κέλερμαν αναθέτει σε έναν κρατούμενο να σκοτώσει τον Λίνκολν.

Κατά τη διάρκεια της ανταρσίας, ο Μάικλ σώζει τη Σάρα, ο δολοφόνος προσπαθεί να σκοτώσει τον Λίνκολν και ο Μπέλικ αψηφά τον Πόουπ για να μιλήσει στον κυβερνήτη.

Καθώς ο Μάικλ προσπαθεί να βρει τρόπο να φτάσει υπογείως στο καθιστικό των φρουρών, οι Κέλερμαν και Χέιλ προσπαθούν να σκοτώσουν τη Βερόνικα και τον Ελ Τζέι.

Ο Τι-Μπαγκ χάνει έναν "σκλάβο" και βάζει στο μάτι έναν άλλο. Στο μεταξύ, ο υποβιβασμός του Αμπρούζι στην ιεραρχία της φυλακής θέτει το σχέδιο απόδρασης σε κίνδυνο.

Για να ανακτήσει τον έλεγχο της ομάδας εργασίας και να αποκαταστήσει τις ελπίδες για απόδραση, ο Αμπρούζι πείθει τον Μάικλ να δώσει τον Φιμπονάτσι στον Φαλζόνε.

Ο Μάικλ φτιάχνει μια συσκευή που τον βοηθά να υπολογίσει πόσο χρόνο θα χρειαστεί η ομάδα για να αποδράσει, ενώ ο Γουεστμόρλαντ μπαίνει στην ομάδα απόδρασης.

Ο Λίνκολν προειδοποιεί τον Μάικλ ότι κάποιος από την ομάδα πρέπει να μείνει πίσω. Αργότερα, ο Αμπρούζι απειλεί να σκοτώσει τον Τι-Μπαγκ αν δεν βγει από την ομάδα.

Καθώς η μέρα εκτέλεσης του Λίνκολν πλησιάζει, ο Μάικλ θέτει σε εφαρμογή το σχέδιο. Ο Κέλερμαν έρχεται αντιμέτωπος με τον Χέιλ και η Βερόνικα κάνει μια ανακοίνωση στα ΜΜΕ.

Ο Μάικλ προσπαθεί να καθυστερήσει την εκτέλεση του Λίνκολν πειράζοντας την ηλεκτρική καρέκλα. Η Βερόνικα και ο Νικ προσπαθούν να πάρουν άδεια για την εκταφή του Στέντμαν.

Ο Λίνκολν κερδίζει παράταση καθώς ο δικαστής διατάσσει την εκταφή του πτώματος του Στέντμαν, ενώ ο Σούκρε βοηθά τον Μάικλ να βρει μια νέα διαδρομή για το ιατρείο.

Αναδρομές στο παρελθόν δείχνουν πώς οι Μάικλ, Λίνκολν, Σούκρε, Σι-Νόουτ και Τι-Μπαγκ κατέληξαν στη φυλακή, αλλά και πώς η Σάρα έπιασε δουλειά εκεί.

Ο Μάικλ κλείνεται στην απομόνωση, ενώ ο Σούκρε αναλαμβάνει να καλύψει την τρύπα απόδρασης στο καθιστικό των φρουρών.

Ενώ ο Μάικλ προσπαθεί να κάνει τον Ζουρλομανδύα να θυμηθεί το χαμένο κομμάτι του τατουάζ, οι υπόλοιποι πρέπει να καταφέρουν να μείνει κενό το κελί των Μάικλ και Σούκρε.

Ο Μάικλ προσπαθεί να βρει πώς να πάρει το κλειδί του ιατρείου από τη Σάρα. Ο Λίνκολν μαθαίνει τον ρόλο που έπαιξε ο πατέρας του στα γεγονότα που κατέστρεψαν τη ζωή του.

Η ανακάλυψη της τρύπας επισπεύδει την απόδραση. Ο Λίνκολν όμως βρίσκεται υπό 24ωρη παρακολούθηση, γεγονός που ίσως αναγκάσει τον Μάικλ να τον αφήσει πίσω.

Ο Μάικλ αναγκάζει τον Πόουπ να μεταφέρει τον Λίνκολν στο ιατρείο και οι δραπέτες καταφέρνουν να φτάσουν με ασφάλεια στο ξεκλείδωτο γραφείο της Σάρα.

Με την απόδραση να έχει ξεσκεπαστεί, ο Μπέλικ οργανώνει ένα τεράστιο ανθρωποκυνηγητό ενώ η αντιπρόεδρος κάνει ένα σοκαριστικό παιχνίδι εξουσίας.