Syv år er gået, og med alle fortsat med sine liv, da det viser sig, at Michael stadig er i live. Lincoln får besøg af et velkendt ansigt og får information om Michael og hans opholdssted.

Mens Lincoln og C-Note søger efter "Sheik of Light," forsøger Michael og hans cellekammerat, Whip, at flygte fra Ogygia.

T-bag lokker Sara i baghold og advarer hende om, at to af Poseidon's håndlangere, Van Gogh og A&W muligvis forfølger hende. I mellemtiden forsøger Lincoln at få sit pas tilbage, og Michael planlægger sit næste træk.

Michael, Whip og Ja gør et sidste forsøg på at flygte fra Ogygia, men er nødt til at lave en aftale med djævlen for at lykkes.

Lincolns frustrationer øges da han forsøger at forstå, hvad der egentlig skete med Michael. Samtidigt kæmper Sara med tanken om at Michael måske stadig er i live.

Mens Michael, Lincoln og de resterende i Ogygia-gruppen forsøger at flygte ud af Yemen, befinder de sig midt i et kapløb gennem ørkenen med en hævntørstig kyklop.

Sara bliver bekymret for sin families sikkerhed, da hun finder ud af, hvorfor Michael iscenesatte sin egen død. Michael og Lincoln får hjælp af Sucre, og Poseidons sande identitet afsløres.

Da Sara og hendes søns sikkerhed bliver truet, får Michael og Lincoln hjælp fra Sheba og C-Note for at fange Poseidon. Samtidig er Whip på en separat mission og T-Bag afslører en hemmelighed.

Michael og Lincoln kæmper fortsat for Sara og Mikes sikkerhed. Samtidig fortsætter Poseidon med at forsøge at snyde Michael og gruppen, hvilket ender med et opgør, som ikke alle slipper levende fra.