Майкл, Ти-Бэг, Беллик и Махоун заключены в тюрьму «Сона». Линкольн пытается придумать, как помочь брату. Сьюзан Би, представительница «Компании» заключает с Линкольном договор, что Майкл поможет Уистлеру бежать из тюрьмы. При этом шантажирует его видеозаписью, из которой видно, что Сара и Эл-Джей у них в заложниках. Махоун хочет стать другом Майкла и в подстроенном бою помогает Майклу избежать смерти от удара ножом в спину. Беллик драит сортиры и в подвальном помещении, куда выносят мусор, через стену знакомится с незнакомцем, который за еду просит передать его записку Майклу. Ти-Бэг становится помощником Лечеро, неофициального тюремного короля.

Майкл спускается в канализацию и обнаруживает за стеной Уистлера. Говорит, что поможет ему бежать из Соны. Сукрэ приходит в «Сону» и угрожая Беллеку, пытается выяснить, где его Марикруз. Махоуни тоже обнаруживает Уинстлера. Заключённые бунтуют из-за нехватки воды. И Майкл дает им воду, взорвав водопровод. Махоуни выводит из подземелья Уистлера. Лечеро отдает Уистлера Майклу, потому что тот дал заключённым воду, тем самым оставив Лечеро на должности короля Соны. Девушка Уистлера в ячейке банка забирает книгу для него. Но на улице её поджидает Линк и вырывает у неё сумку.

К Майклу приходит Линк. Показывает фотографию Сары. На ней она держит газету так, что её пальцы как бы указывают на статью, в которой идет речь о городе Санта-Рита. Братья предполагают, что таким образом Сара указала на город, где их держат в заложниках. Майкл пытается выяснить, кто на самом деле Уистлер и что «Компании» нужно от него. Взамен на молчание о преступлениях Ти Бэга Майкл получает доступ к мобильнику Лечеро. Адвокат Махоуни сообщает ему, что суд над ним состоится только через год! Воспользовавшись мобильником Лечеро, Майкл едва успевает положить его обратно на базу. Линк тем временем в городе ищет памятники со Святой Ритой, покровительницей отчаявшихся, о которой намеками дала понять Майклу Сара в телефонном разговоре. Сара замечает через окно Линка, снимает одну туфлю и кидает её, разбивая окно. Сару и Элджея успевают посадить их в фургон и увезти в другое место. Линк снова приходит к Майклу и говорит, что освободить Сару и Элджея ему не удалось. Уистлер рассказывает Майклу, что однажды в море он выходил с одним человеком, который брал пробы воды. Через несколько месяцев Уистлеру позвонили и спросили, где этот человек брал пробы. Уистлер сказал, что не помнит. Тогда ему подстроили драку в баре и посадили в «Сону». А в той книге, которая сейчас у Майкла, координаты и ориентиры маршрута. Ти Бэг подставляет окружение Лечеро, сообщая боссу, что они готовят против него заговор.

Сьюзан Би за попытку освободить Сару и Элджея присылает Линку, в коробке отрезанную голову Сары. Майкл просит Линка попросить помощи у могильщика. Во время переговоров могильщика убивает Сьюзан Би. Из за «ломки» Махоуни видит мертвого Психа, просящего убить Майкла. Личеро назначает Ти Бэга новым наркоторговцем. Беллик рассказывает «королю» про план Майкла бежать из тюрьмы. Махоуни угрожает Майклу, что убьет его, если тот попытается его обмануть. Сукрэ становится новым могильщиком.

Майкл, Уистлер и Махоуни продолжают работать над планом побега. Майкл достает бинокль и с его помощью следит за часовыми. Увидев блик от бинокля, охранники решают, что из тюрьмы за ними следят в оптический прицел оружия и врываются в тюрьму. Найдя в камере Майка бинокль, охранники запирают её вместе с частью плана побега. В тюрьме появляется новый заключённый — Тиг. Он называет Уистлера МакФаденом и утверждает, что видел его в 97-м в Ницце вместе с послом. Уистлер все отрицает.

Майкл не доверяет словам Уистлера, и интересуется у Тига, правду ли он сказал на счет него. В тот же день Тига находят мертвым с перерезанным горлом, и подозрения в его убийстве падают на Уистлера. Теодор хочет подставить Семи, правую руку Личеро, подкинув улику против него на место преступления. Майкл находит в камере Алекса окровавленный нож и с этой уликой идет к Лечеро, но они не успевает схватить Алекса, так как его выпускают из Соны и депортируют в США в обмен на показания против президента Рейнольдс. Майкл узнает о смерти Сары и в отчаянии бросает вызов Уистлеру.

Вызов Майклом Уистлера на драку был отвлекающим манёвром. В то время, как все заключённые собираются во дворе в ожидании боя, Майкл и Уистлер пытаются убежать, но это им не удается. Им приходится вернуться на ринг и вступить в бой. Охранник замечают лестницу у окна камеры Семи и врываются в тюрьму, наказывая за попытку побега человека из окружения Лечеро. Полковник выказывает недоверие Лечеро, и он, чувствуя, что его трон шатается, решает бежать вместе с Майклом. Линкольн совершает неудачную попытку освободить Эл-Джея. После неудачной попытки побега, Сьюзен приходит в тюрьму навестить Уистлер, и они решают перенести побег ещё на 4 дня. Слушанье по делу Махоуни постоянно откладывается и ему начинает казаться, что целью ФБР является он сам, а не заинтересованность в его показаниях.

После провала плана побега, Компания приказывает Сьюзен избавиться от Майкла, Линкольна и Эл-Джея и штурмом освободить Уистлера из Соны. Догадавшись об этих планах, Майкл срывает их. Подозревая Майкла в двух неудачных побегах, новый начальник тюрьмы забирает его из «Соны». Находясь в неадекватном состоянии из-за наркотической зависимости, Махоуни проваливает своё слушанье и его оставляют в «Соне».

Генерал Завалья, новый начальник тюрьмы, давит на Майкла и тот признается во всем, что связано с Уистлером. Уистлер сдает Гретхен Морган (Сьюзен Би) генералу, он допрашивает её и, сдавшись, она соглашается отвезти их к месту, где держат Эл-Джея. Приведя генерала в ловушку, она вырывается из рук военных и убивает генерала. Бэгвел хочет руками невменяемого Махоуни покончить с Семи, чьё влияние в «Соне» постепенно возрастает. Линкольн и Сукре инсценируют ссору. Сукре начинает докладывать Сьюзен о каждом шаге Линкольна, ведя двойную игру.

Семи устраивает переворот, занимает место Лечеро и устанавливает награду за поимку Майкла. Бэгвелл через Беллика предпринимает неудачную попытку покончить с Семи. Люди Семи находят тоннель, в котором скрывается Майкл. Заманив Семи в ловушку, Майкл осыпает на него тоннель, а Лечеро, разделавшись с остальными людьми Семи вновь возвращается ко власти. Линкольн с помощью Сукре подбрасывает в машину Сьюзен взрывчатку. В это время Сьюзен сообщает Сукре, что она догадывается об их с Линкольном замысле и угрожает убить Марикруз.

Люди Компании захватывают Софию. Шантажируя Сукре, Сьюзен узнает про планы Линкольна. Из-за дождя Майкл переносит дату побега — теперь они должны выбраться как можно скорее, пока не обрушится тоннель. Бэгвелл, Лечеро и Беллик объединяются против Майкла с Уистлером и решают бежать первыми. Когда к побегу все готово, все замирают на своих позициях в ожидании, когда отключат свет.

Как только выключился свет, Бэгвелл, Лечеро и Беллик вышли на нейтральную полосу, но свет внезапно включился и их поймали. Лечеро ранили. Пока охранники считали людей и искали тоннель, остальные участники побега (Скофилд, МакГрэди, Махоун, Уистлер) успевают выбраться за пределы тюрьмы. Линкольн помогает беглецам скрыться, уплывая под водой с баллонами. Сукре арестовывают. Сукре отпускают, но тут же арестовывают снова, так как Ти-Бэг сдаёт его. Отец парня-баскетболиста приезжает за беглецами на лодке. Гретхен вычисляет, где они находятся, но они успевают оторваться. Братья, Уистлер и Махоуни приезжают на склад. Уистлер сбегает.

Майкл догоняет Уистлера. Майкл назначает встречу с Гретхен в людном месте, но не для обмена, а для того чтобы убедиться что София и Эл-Джей живы. Следующая встреча проходит в фойе музея античности, на входе которого стоят металлодетекторы. Обмен состоялся. При выходе Софию ранят. Сукре пытают чтобы выяснить где Майкл Скофилд и после этого сажают в «Сону». Там Ти-Бэг с помощью Лечеро и его подруги достает деньги, а затем убивает Лечеро, захватывая власть в «Соне». София сказала, что у неё дома под кроватью есть кое-что, связанное с Уистлером. Майкл решает добраться до Уистлера.