Michael Scofield zostaje osadzony w więzieniu stanowym Fox River. Jest to częścią jego planu, mającego na celu wyciągnięcie z więzienia brata, Lincolna Burrowsa, który został wrobiony w morderstwo brata wiceprezydent i oczekuje na wyrok śmierci.

W Fox River szykują się zamieszki między białymi a czarnymi skazańcami. Michael wie, że potrzebuje czegoś od dwóch stron. Veronica Donovan wydaje się być pewna, iż to Lincoln jest winny śmierci Terrence'a Steadmana.

Michael sprawdza, czy jego współtowarzysz z celi, Fernando Sucre, jest w stanie dotrzymać tajemnicy. Ten nie ma zamiaru wziąć udziału w ucieczce. T-Bag planuje zemstę na Michaelu. John Abruzzi stara się odnaleźć Fibonacciego w inny sposób.

Michael kontynuuje przygotowania do ucieczki. Sucre odkrywa, że jego kuzyn Hector stara się zdobyć przychylność jego narzeczonej, Maricruz Delgado, i postanawia uciec razem z Michaelem.

Agenci Paul Kellerman i Daniel Hale odkrywają, że Michael jest spokrewniony z Lincolnem. Szantażują naczelnika Wardena Pope'a, by ten wyraził zgodę na transfer. Michael werbuje kolejne osoby do ucieczki.

By wyrobić się z czasem, Michael poprzez manipulację inicjuje zamieszki, w wyniku których zostaje zamknięty cały blok. Zaczynają się kłopoty, ponieważ zamieszki przybierają nieoczekiwany obrót sprawy.

Michael, ryzykując niepowodzenie planu, postanawia ratować Sarę Tancredi. Tym samym pozostawia Sucre, Abruzzi'egoo i T-Baga, by ci kontynuowali kopanie. Lincoln musi walczyć o życie. Veronica i Nick Savrinn jadą do Waszyngtonu.

Michael odkrywa, że droga ucieczki wiedzie pod "kanciapą" strażników. Postanawia zwerbować Charlesa Westmorelanda. Veronica, Nick i LJ Burrows wiedzą, że są w niebezpieczeństwie. Firma usiłuje się ich pozbyć.

Michael chroni młodego więźnia przed T-Bagiem. Plan ucieczki zostaje zagrożony z chwilą, gdy Abruzzi traci władzę nad ekipą budowlaną. Benjamin "C-Note" Franklin zaczyna mieć pewne podejrzenia względem Michaela.

Michael i Abruzzi zastanawiają się, jak odzyskać kontrolę nad ekipą budowlaną. C-Note wymusza na Michaelu dopisanie do listy uciekających. Veronicę, Nicka i LJ-a ściga agent Firmy.

Ekipa oraz Sara dowiadują się, że Michael ma żonę, Nikę Volek. Westmoreland zmienia zdanie, odnośnie ucieczki. Veronica, Nick i LJ uciekają przed agentem Firmy.

Napięcie w ekipie wzrasta, gdy okazuje się, że jest zbyt wielu chętnych do ucieczki. Michael dopracowuje szczegóły. T-Bag dokonuje zamachu na życie Abruzziego. Veronica otrzymuje pomoc od tajemniczego sojusznika.

Ekipa jest gotowa, lecz Michael nie wyraża zgody na ucieczkę; nie chce zostawić brata, którego osadzono w izolatce. Veronica wygłasza przemówienie w telewizji.

Do egzekucji Lincolna pozostaje kilka godzin. Michael stara się przekonać Sarę, by ta porozmawiała ze swoim ojcem, gubernatorem Frankiem Tancredi, i przekonała go, by ten jeszcze raz przejrzał akta sprawy Linca.

Dzięki dostarczeniu nowych dowodów, egzekucja Lincolna odracza się w czasie. Michael zyskuje dodatkowy czas. Musi obmyślić nowy plan ucieczki.

Odcinek poświęcony wydarzeniom, mającym miejsce 3 lata wcześniej. Dowiadujemy się informacji na temat życia Michaela, jego drodze do Fox River. Ukazany jest również wątek o ukartowaniu zabójstwa Terrence'a Steadmana.

Michael zostaje wysłany do izolatki w związku z jego bliznami po poparzeniu. Zadaniem Sucre jest utrzymanie planu ucieczki w ścisłej tajemnicy. Veronica, Nick i LJ wracają do New Glarus w poszukiwaniu dodatkowych informacji.

Michael stara się przekonać Charlesa "Świrusa" Patoshika, by ten pomógł mu zrekonstruować brakującą część mapy. Roy Geary sprzedaje dawną celę Michaela i Sucre. Reszta ekipy musi zdobyć pieniądze na jej kupno.

Lincoln zostaje uratowany z wypadku samochodowego przez swojego ojca, Aldo Burrowsa. Michael potrzebuje klucza do izby chorych. Do Fox River powraca Abruzzi.

Po tym, jak Brad Bellick odkrywa dziurę w "kanciapie", ekipa postanawia niezwłocznie wdrożyć plan ucieczki w życie. Michael jest zmuszony wtajemniczyć Sarę. Veronica odnajduje dowody prowadzące do Montany.

Michael zdradza naczelnika w celu wyciągnięcia brata z izolatki. Nick okazuje się być człowiekiem na usługach Abruzziego. Ekipa rozpoczyna ucieczkę z Fox River.

Poza murami więzienia, uciekinierzy walczą o jak najszybsze uwolnienie się od pościgu, na czele którego stoi Bellick. Caroline Reynolds zastaje zaprzysiężona jako nowa prezydent USA. Veronica jedzie do Montany w celu odnalezienia Steadmana.