夏休みが終わり、2学期が始まった。いつもと変わらない校舎。積極的に吉田さんに声を掛けてる池。妙にぎこちない緒方と田中。シャナを心配し、学校を視察しようとするヴェルヘルミナ。シャナと共に闘ったあの夏祭りの夜がまるで嘘だったかのような風景に、悠二は嬉しささえ感じていた。だが、悠二はそんな風景に違和感をおぼえ始める。シャナが英語教師に意見するのも、吉田さんが持って来てくれた手作りのお弁当も、まったく同じことを自分は経験しているのではないか。それはやがて確信に至り、この世界から抜け出すべく、悠二は1人で姿の見えない“徒”に立ち向かおうとする。

夢を操る“徒”、“戯睡郷メア”。だが、悠二の活躍でその自在法は破られ、シャナが振り下ろした一太刀であっけなく倒れた。封絶が解かれた世界はそれ以前と変わりなく、翌日もまた、悠二はいつもと変わらぬ朝を迎えていた。ただそこにも僅かながらも変化があった。朝の鍛錬の相手がヴィルヘルミナだったこと、そして鍛錬を終えた悠二にシャナが｢悠二は強くなるよ｣と声を掛けたことだ。……しかし、戦いの時は再び始まった。封絶の中に取り込まれた悠二とシャナの前に本当の姿を現す“戯睡郷メア”。その力によって現実化する強大な敵。夢を覚ます為のキーはどこにあるのか。そして“メア”の狙いとは……。

その少女を見た時、悠二は驚き、シャナは封絶によって空間と時間を止めた。少女の名は近衛史菜。ついさっき、クラス担任から紹介されたばかりの転校生だ。御崎市を襲ったバル・マスケのひとり、ヘカテーにあまりにも似過ぎている史菜。とはいえ、封絶で動けない史菜が“徒”とは思えず、シャナ達はしばらく様子をみることにする。海外暮らしが長く、学校生活での勝手が分からないのか、まるでどこかのお姫様のような言動や行動をしてしまう史菜に、優しく接するするクラスメイトたち。だが、シャナは疑いを解くことはなく、とある計画を準備していた。そして、その時が訪れる。

ヘカテーと同じ顔を持つ転校生・近衛史菜。優しいクラスメイトたちのサポートもあり、次第に学校生活に慣れた彼女は、悠二やシャナ、吉田や緒方たちとも一緒に昼食をとるようになっていた。だが、彼女への疑惑が消え去ったわけでない。マージョリーとヴィルヘルミナは、バルマスケの動きを世界各地に散らばるフレイムヘイズからも収集するなど、わずかな不安要素も見逃さない気構えでいた。そんなことを知ってか知らずか、悠二は新規オープンしたデカ盛りの店に行ってみようとみんなを誘う。そして、悠二と佐藤がデカ盛りラーメンの早食い勝負をしている最中、史菜が姿を消す。

ヴィルヘルミナによる、シャナ以上に厳しい鍛錬。その皆あってか、悠二は徐々にだが新たな力を身に付けようとしていた。まだ確実ではないものの、それを｢存在 の力を操れるようになった｣成果とヴィルヘルミナは言う。一方、鍛錬を休んだ理由として、ヴィルヘルミナにシャナは｢都合が悪い｣とだけ伝えていた。いや、本当の理由は他にあった。とある抑えようのない気持ちが苛立ちとな り、シャナの態度を悪化させているのだ。そしてついに、シャナはその苛立ちをヴィルヘルミナにぶつけてしまう。そんなシャナの苛立ちを知ってから知らずか、悠二はその翌日、史菜の屋敷へと足を踏み入れる。

急遽、明日から行なわれることになった一斉テスト。その対策のため、緒方の発案で悠二たちは勉強会を開くことになった。メンバーは、一緒にお弁当を食べている仲間に、会場を提供してもらう佐藤と田中、そして史菜を加えた8人。勉強会が始まると、自然と池とシャナがみんなに教える形になっていく。しかし、シャナは史菜が当然のように悠二の隣に座っているのが気に食わない。一方、みんなのためにとキッチンで夕食を作っていた一美も、史菜に優しすぎる悠二の態度に、寂しさを感じずにはいられなかった。だがその後、ふいに現れたマージョリーによって、少女たちの思いは大きく変わって行く。

暗闇にシャナが縦横に振った剣先がきらめき、その刹那、魔物たちの断末魔が響き渡る。だが、シャナの手に握られていたのは贄殿遮那ではなく、そんなシャナを暗闇の外で迎えたのも悠二ではなかった。そう、シャナたちは、史菜に遊園地デビューをさせるため、いつものメンバーと一緒に｢ファンシーパーク｣へ来ているのだ。幹事は、｢いい思い出は、いい段取りから生まれる｣が信条の池速人。誰もが彼を段取りをさせたら御崎高一と思っていた。また、彼自身も今回の段取りを成功させ、リーダーシップのとれる頼りになる男として、一美に少しでもアピールしようと決意を新たにしていたが…。

ヴィルヘルミナと加えた鍛錬は徐々にその成果を見せ始め、悠二は次の段階へまた一歩踏み出そうとしていた。一方、悠二の状況を知りつつも何も出来ない自分の腑甲斐なさを感じていた佐藤は、ついにマージョリーに｢俺を、鍛えて下さい｣と懇願する。マージョリーと一緒に街を出て、マージョリーの力になりたい。その｢力が欲しい｣と。だが、その真剣は眼差しに対し、マージョリーは冷たく言い放つ｢アンタ、死ぬわよ｣。そして、彼女がこれまでどんな生き様を味わって来たのか、その一部を…世界恐慌から数年経った頃のニューヨークで、あの“千変シュドナイと繰り広げた戦いとひとりのフレイムヘイズとの出会いとを語り始める。

先の大戦の残り香が漂うニューヨーク、エンパイアーステートビルにマージョリーはいた。対するは“穿徹の洞”(せんてつのほら)アナベルグ。だが、彼女が纏う青く燃えるトーガから次々に放たれた炎弾は、一向にアナベルグに当たる様子がない。その時、鈎爪が青いトーガを切り裂く。シュドナイによる不意打ち。絶対の危機に、半人前のフレイムヘイズ“魑勢の牽き手”(ちせいのひきて)ユーリィが駆けつける……。自らの過去を語り出したマージョリー。だが、その最中、ふいに話をやめ佐藤たちに質問を投げかける。｢もし、仮にあんたたちがフレイムヘイズだとして…｣。ある訳もない前提の質問、その意図とは…。

悠二の鍛錬は、自在法の構築を試みる段階にきた。幾度かの失敗の後、悠二が封絶に成功した時、シャナとアラストールからの祝い言葉はなかった。二人は封絶を染める銀色の炎から目が離せずにいたからだ。その日、学園祭まで3週間を切り、悠二のクラスでは出し物の最終決定と、地域の商店街まで繰り出すパレードへの代表者選考が行なわれていた。そして、シャナや一美だけでなく、史菜と悠二もまた出場者として選ばれた。シャナがその怪しい影に気付いたのは、そんな一日の夕刻だった。悠二の家から彼女を尾行する影に、シャナは容赦ないケリを入れる!

御崎高校学園祭｢清秋祭｣まであと3日。教室を使った研究発表、屋外テントでの模擬店、そして仮装パレードの衣装作り。準備に忙しいのは悠二のクラスだけではなく、クラス単位で泊まり込みを含めた作業が行なわれていた。祭りはその準備が最も楽しいと言われる。特に気の知れた仲間で作り出す祭りは特別であり、共に過ごす夜は格別だ。だが、その雑然とした興奮と歓楽の中、一美は自分自身に正直でいるための決意を新たにし、シャナもまた己の心に真正面から向か合おうとしていた。そしてヴィルヘルミナが帰ってきたその夜、悠二に新たな試練が突きつけられる。

｢清秋祭｣初日、商店街を練り歩く仮装パーレドがスタートした。1年2組の仮装は、ロミオとジュリエットに扮した悠二と一美、ドロシーのシャナや魔法使いの史菜を有するオズの魔法使い。狙うはもちろんグランプリだ。コース沿いには多くの見物客に混ざり悠二の両親、そしてちょっと離れた場所にはヴィルヘルミナに無理矢理連れてこられたマージョリーの姿もあった。悠二の自在法に現れた銀色の炎、零時迷子を追うフィレス。悠二へ科せられたこの二つの試練が生んだ疑問に彼女の力を借りるため、ヴィルヘルミナはマージョリーに銀のことを打ち明ける決意をしたのだった。

それは、清秋祭初日。校庭の特設ステージで、1年を中心とした仮装パレードの優勝者が発表された直後だった。突如ステージ上に竜巻が出現。悠二がその中心に捕らえられてしまう。琥珀色をまとう風…。だが、その中心から新たな色の炎が走り封絶が張られた刹那、マージョリーの表情が一変。群青の炎を爆発させたマージョリーは、トーガと化しその中心へ飛ぶ。｢お願いだから、どうか話を…｣。ヴィルヘルミナの必死の説得も自分を失ったマージョリーには届かないのか。一方、シャナは悠二を狙う“徒”と対峙していた。琥珀色の風を操るその者は、“彩飄”フィレス。その昔、零時迷子を作ったエンゲージリンクの一人だった。

フィレスが求めるヨーハン。マージョリーが狙う銀。それは本当に悠二の中にあるのか?その答えを知るため、シャナたちは二人に休戦と協力を約束させる。その夜、悠二が衰弱したフィレスに力を分け与える時、複数の自在法がマージョリーによって展開された。フィレスと彼女が作った零時迷子の間に流れる力を観測することで、零時迷子の全容を知ろうというのだ。だが、解ったのは新たな謎…正体不明の自在式の存在とフィレスがかけた“戒禁”の変質だった。進展ゼロ。その場にいた誰もが、全ての中心にいる悠二に視線を向けていた。とその時、一美がフィレスに言葉をかける。｢私と、清秋祭を歩いてください｣。

意識だけを宿した傀儡を操る自在法『風の転輪』によって、マージョリーやシャナを、そしてかつての盟友ヴィルへルミナをも利用したフィレス。彼女は寸分の間も置かず、悠二へ……愛すべきヨーハンへと手を伸ばして行く。だが、悠二の胸から現れた腕は銀の炎に包まれていた。腕だけでなく、頭部、首、肩と、悠二の胸から這い出るように次第に露になっていく銀。その光景を見つめていたのは、シャナたちだけではなかった。遥か遠く、とある古城の一室でも幾組かの眼が、冷ややかにそして意味ありげな笑いを浮かべ見つめていた。そして、この事態に干渉する新たな存在が登場する。群青に輝く自在法へと歩み寄る影は……。

清秋祭が終わりを告げた時、そこに近衛史菜の姿はなかった。ヘカテーの偽りの器だった個としての彼女はヘカテーと同化され、この数ヶ月を共に過ごしたクラスメイトたちの記憶からも失われてしまったのだ。その違和感に戸惑う一美。しかし、それが悠二のいる場所なのだ。その夜、佐藤の家ではマルコシアスが嘆いていた。｢フレイムヘイズが3人もいて、まったく情けねぇ話だぜ｣。零時迷子を作ったフィレスとヨーハンとの再会。銀の出現。降臨したヘカテー。手に余るほど謎の断片があるようで、彼らが手に出来た解答はほんのわずか…。だが、その場に居た他の二人…悠二と一美の心には、新たな決意が生まれていた。

悠二から望んだ新たな鍛錬。それは、ヘカテーが打った刻印で｢逃げも隠れもできない｣なら、自分が強くならなくては…という意思表示でもあった。時を同じく、自分の道を見つけた佐藤は、共に｢マージョリーに付いて行く｣と決意した田中にその意思をぶつけていた。しかし、元通りになったとはいうものの、マージョリーの手により緒方を失った事実は、田中の心を大きく揺るがしていた。一方、迂闊に動けないシャナたちにとって不可欠な情報収集は停滞していた。アウトローから送られた情報に、依頼した調査以外の書類があまりも多く混在していたからだ。その状況に対し、ヴィルヘルミナは疑念を抱くのだが。

悠二が｢封絶｣で見せた“銀”の炎。それは共に戦ってきたフレイムヘイズだけでなく｢紅世の王｣たちも大きなショックを与えた。誰も知らない“銀”の正体とは。何故その力が悠二の中にあるのか。答えの見つからない疑問と疑惑が交錯する中、シャナたちは悠二に新たな力の開花を期待する。以前から指摘されていた、悠二の研ぎすまされた感覚と状況分析能力から連想される自在師としての適正だ。マージョリーの指導で始まったその鍛錬は、悠二自身の頑張りもあり順調に進んで行く。だが、その頑張りをマージョリーは違和感として感じ言葉をかける｢覚悟っていうのは、頭じゃなく腹で決めるものよ｣。悠二の母、千草が体調を壊したのはそんな日の夜だった…。

いつか｢いなかったこと｣になる存在だから、大切な人を傷付けないためにも街を出なくてはいけない。新たに抱いた決意をひとり繰り返す悠二に声を掛けたのは、｢紅世の徒｣ザロービだった。実際に会うまで気付かないほど小さな存在の力の持ち主に、悠二は｢マージョリーから炎弾の自在法を教わった自分ならひとりでも…｣という気持ちを一瞬抱くが、それはすぐに押し止める。5つの身体を持つザロービが、近くの住宅地を指差し不敵な微笑みを浮かべたからだ。絶えず人質を取られた形のまま、悠二は河川敷から繁華街そして駅前のアケードへと為す術もなく進んで行く。これほどまでに小さな存在の力しかもたない敵の策略とは何か。悠二が見つけた答えとは…。

ザロービの計略を推測し、自らの力で最前の策を成し遂げた悠二の元へ、シャナとヴィルへルミナが合流した。だが、安心する間もなく新たな攻撃が3人を襲う。シャナの体を刻む無数の刃、ヴィルへルミナと悠二を飲み込んだ巨大な茜色の炎。それが一瞬にして同時に行われたのだ。そして、崩壊した商店街の瓦礫の上にかろうじて立ちあがった悠二の胸に、剣が突きつけられる。剣の主の名は懷刃サブラク。悠二を繁華街に誘ったザロービも、その動向を睨み照準を付けていたビフロンスも、サブラクが張った罠でしかなかったというのだろうか。気配を消し、時とともに傷を広げる自在法を操る敵に、ヴィルヘルミナ、マージョリー、そしてシャナ、3人のフレイムヘイズが翻弄する。

戦いの最前線にシャナが躍り出た時、彼女の傷は桜色の文様が浮かぶ包帯によって覆われていた。時とともに傷を広げていく自在法『スティグマ』。誰もが破れぬと思っていたその自在法は、幾たびにも渡る戦いの中、ひとりの有能な自在師によって完成の域まで練られ、今の戦いで完成を見たのだ。だが、サブラクの驚きはそこで終わらなかった。ザロービが現れた時からあり、彼との戦いが終わった後でさえ消えなかった違和感。ヴィルへルミナがひとりサブラクの相手をしている間、その正体に悠二は着目し、考え、結論を得たのだった。そして、3人のフレイムヘイズと1人のミステス、佐藤と一美の2人の人間が加わった作戦が始まる。

2学期の最終日。メガネマンこと池速人はある決意をしていた。一美が悠二を好きだと知ってはいるものの、自分の気持ちにケリをつけるためにも行動しなければ、と。その夕方、一美もまた自分の気持ちにケリを付けるため、同じ思いを抱くシャナと待ち合わせをしていた。怖いけど、悠二にどちらかを選んでもらおう、と。一方、佐藤啓作は選択を終え、結論に至っていた。サブラクとの戦いの最中マージョリーの質問に対し出した答えを、確固たる意思に変え、最も頼りたくなかった父親の力も借りる決意をし、マージョリーに宣言する。｢アウトローで働きたいんです｣と。決意を固めたのは、悠二も同じだった。急用で帰って来た父・貫太郎から告げられた吉報。その事実が彼の思いを後押しする。｢この世界を守りたい｣と。

御崎市に突如現れた、この世のものではない“殻”。その中に悠二の存在を感じたシャナだが、マージョリーの自在式だけでなく、ヴィルヘルミナのリボンですらその殻には傷一つ付けられない。これほど大掛かりな仕掛けを施せる者とは誰か? シャナの口から言葉が漏れる｢バル・マスケ…｣。 しかし、“殻”の中で何が行われているのか、シャナたちには推測すらままならない。一美がシャナの元に駆けつけたのはそんな時だった。そして彼女から告げられた言葉にシャナ達は驚愕する。 一方その頃、バル・マスケの三柱臣が一柱ヘカテーは、その目前に悠二から奪い取った零時迷子を置き、大杖『トライゴン』の錫杖を鳴らそうとしていた。