坂井悠二の高校生活は始まったばかりだった。また、それはずっと続く日常になるはずだった。だが、悠二は見てしまった。学校の帰り道、商店街の風景が止まり、人々が燃え、その炎をマネキンと巨大な人形が吸い込んでいく、あまりにも異様な景色を。大太刀を振るう、炎髪と灼眼の少女を。それは、悠二の高校生活に終止符を打つに十分な事件だった。

坂井悠二は死んでいた。今の彼は、“紅世の徒”に存在を食われた後の残りかす。残りわずかな時間で、誰にも気付かれず消え去っていく灯火。人間には見えるはずのないそれを、灼眼の少女はトーチと呼んだ。だが、悠二には見えた。そして、クラスで机を並べているクラスメイト・平井ゆかりの中にもトーチがあった。今にも消えそうなトーチが。

平井ゆかりは死んでしまった。正確にはトーチの火が消えたのだが、悠二にとってそれは死と同じ意味を持っていた。その悲しみの中、悠二は灼眼の少女に名前を付ける。｢君はシャナ、もうただのフレイムヘイズじゃない｣。だが、その翌日、学校に行くとクラスメイトが過去の存在も消え失せたはずの平井ゆかりを覚えていた。…彼女はそこにいた。

シャナは悠二の家にいた。その身に宝具を納めた“ミステス”である悠二を、頻繁に事件を起こしている“紅世の徒”フリアグネから守るため。悠二を囮にフリアグネを狩るために。だが、“紅世の徒”を追う新たなフレイムヘイズが現れた。“紅世の王”蹂躙の爪牙マルコシアスと、弔詞の詠み手マージョリー。今、フレイムヘイズ同士の戦いが始まる。

フリアグネは気付いた。自らの計画のため配置したトーチが徐々に消えて行くことを。 フレイムヘイズではない何者かがこの街にいることを。そして、その者を狩るため力を使った時、弔詞の詠み手マージョリーと接触する。一方、シャナと離れ同級生の吉田と出掛けた美術展で、悠二は新たな“紅世の徒”と会話をしていた。彼の名は、屍拾いラミー。マージョリーが追っている徒だった。

シャナは自分の気持ちに苛立っていた。ただのトーチである悠二の存在が、その要因なのか。その苛立ちが頂点に達した時、フリアグネの計画が動き出した。それに気付き、戦いの場へ急ぐシャナ。奴の自在式を止めなくては、この街は崩壊する。残された悠二の中で、ラミーの言葉がリフレインする。｢本当にいいのか、今のままの君で｣。そして悠二は決断する。

｢シャナと一緒に戦う｣そう悠二は言った。共に戦うために鍛えてもらおうと自ら申し出た、それが認められただけではない。シャナにとって、悠二はただのトーチではなくなったのだ。だが、その切っ掛けを与えてくれたラミーは、マージョリーの手に落ちようとしていた。シャナとは相入れないフレイムヘイズ。その原動力は“紅世の徒”への過剰なまでの復讐心だった。

マージョリーは戦闘狂と化していた。群青の炎を散らすトーガをまとい、“紅世の徒”の討滅を実行するために。だが、その目前に立ち塞がった少女は言う、自分たちの使命は“この世と紅世のバランスを守る”ことだと。マージョリーはトーガを分裂させシャナを囲むが、それは先の戦いと同じ結果は生まなかった。悠二という力を得て、シャナは変わっていた。二人の戦いの結末は……。

シャナはそれが始めてだった。｢お風呂みたいに気持ちいいのかな?｣。太陽が容赦なく照りつける日、クラスメイトの池が持ってきた｢御崎ウォーターランド｣の招待券。オープンしたばかりの話題の巨大屋内プールに、誰も喜んだ。だから、その場で日曜日に一緒に行こうと盛り上がった。それは悠二も同じだった。だが、そこには戦いが待っていた。シャナがココで悠二と一緒にいる限り、受けなければならないもう一つの戦い。悠二の母が、せっかくだからと用意してくれた水着を付けたシャナと、やはり学校では見ることの出来ない水着姿の吉田一美が、各々の思いをぶつける。

悠二にとって、それは日常になりつつあった。｢強くなり、シャナと…炎髪灼眼のフレイムヘイズと共に戦いたい｣。だからこそ、行なっていた日々の鍛錬。だが、家で、学校で、シャナといる時間が長くなると、悠二はそれが以前と同じ日常の延長かのように感じ始めていた。一方、シャナの思いはより強くなっていた。｢重要なのは悠二が強くなること。一緒に戦うこと｣。今、ふたつの思いは、互いの影すら見失おうとしていた。燐子が現れたのは、そんな時だった。出会い頭に人を襲い、存在の力を喰らう燐子に対峙するシャナ。しかし、彼女の側に悠二の姿はなかった。

シャナは新たな力に慣れ始めていた。アラストールの力をシャナがイメージすることで具現化する炎の翼と炎の大太刀。その鍛錬のためにシャナは悠二の力を必要とし、悠二はシャナに必要とされることで自信を得ていた。以前とは違う間柄へ変わりつつある二人。だが、アラストールはそこにひとつの問題を見出していた。シャナに対する悠二の有り様をどこまで許容するか。そして、シャナに優しく接する悠二の母・千草の存在。このままでは、優秀なフレイムヘイズとしての教えしか受けてこなかったシャナが変わってしまう…。満を持したアラストールは、千草との直接対決を決意する。

悠二は池に、シャナは吉田に問いつめられた。自分の気持ちから逃げることが、人の好意を無心で受けることが、他の人たちを苦しめているのだろうか。誰もが若き日に味わう葛藤。しかし、二人にはそれ以上に心を向けなければならないことがあった。紅世の徒の討滅。日常を破壊する奴等が、再びこの街に現れたのだ。それも3人。その力に不審を感じたシャナとアラストールは、悠二にその調査を任せ、敵の封絶に向かう。しかし、封絶の中には2人の兄妹しかいなかった。ソラトとティリエル。彼らの真の狙いは人の存在の力ではない。シャナの持つ大太刀・贄殿遮那だった。

街は山吹色に染められていた。贄殿遮那を狙うソラトとティリエルが操る巨大な植物の花びらが空を舞っている。その中で、真紅の炎を纏ったシャナの大太刀が、植物の蔦を切り、ソラトを蒸発させる。だが、それは一瞬でしかなかった。前もって仕掛けられていた自在法のためか、ソラトの再生は異常に早い。やがてシャナは捕らえられ、その手から贄殿遮那が落ちた。一方、シャナの戦いを知ったマージョリーとマルコシアスは、封絶の中で動くトーチを見つけていた。悠二とマージョリー。目的は違うが、望む結果は同じ二人が、手を組む。

まずカリカリな部分を少し食べて、次にモフモフの部分を食べる。それがシャナが一番好きなメロンパンの食べ方だ。シャナがメロンパンを好きになったのは、まだシャナがフレイムヘイズになる前のこと。場所は、この世からも紅世からも見えない場所・天道宮。そこに居たのはアラストールと、シャナの生活面を世話するヴィルヘルミナ、そしてシャナがシロと呼ぶ鍛錬の相手。限られた人物が、理想のフレイムヘイズを生み出すため、十分な時間を掛けシャナを育てていた。そして、その日が来た。いや、予定より、予想より早くその日が来てしまった。

天道宮から虹が登った。その輝きは天道宮を離れていたヴィルヘルミナの目にも入っていた。ショッピングモールで徒と対峙していたヴィルヘルミナは、その場から逃げる様に、天道宮へ踵を返す。だが一足遅く、天道宮の中にいたシャナの前には、ひとりの徒が現れていた。新たなフレイムヘイズ、新たな炎髪灼眼の誕生を阻止するため、現れたその男の名はウィネ。シロを驚かせ、徒を天道宮へ招いてしまった責に動揺するシャナに、戻ってきたヴィルヘルミナは言う｢この生活は不要になった｣｢もう大丈夫｣だと。それは、新たな道、フレイムヘイズへの扉が開かれた瞬間だった。

炎に照らされ、ひとりのフレイムヘイズが生まれた。｢よくぞ降り立った、我がフレイムヘイズよ｣｢ようこそ私に、天壌の劫火アラストール｣。長い炎髪が揺れ、鋭い灼眼が煌めく。長らく待ち望んでいた契約は達成された。だが、彼女がこの世に慣れるまでの期間を邪魔されないためにも、天動宮に踏み込んだ徒を逃すわけにはいかない。ヴィルヘルミナとシロは新たな決意を胸にその一歩を踏み出す。一方、フレイムヘイズになったばかりの少女は、数々の徒やフレイムヘイズを倒してきた伝説のミステス｢天目一個｣を前に、初めての、そして最大の危機に陥っていた。

悠二にひとりでの鍛錬を言いつけ、シャナは台所に立っていた。毎日のように悠二に渡される吉田一美の弁当が、それを食べている悠二が嫌だった。だから、千草に料理を教わることにした。しかし、これまで一度も料理をしたことのないシャナがそうそう上手くなるはずもない。そこで千草は、気分を変えさせようとミサゴ祭へ行くよう提案する。一方、そんなシャナの気持ちを知らない悠二は、祭に一緒に行きたいという吉田の誘いを受けてしまう。ミサゴ祭を明日に控え、悠二へ告白をする決意を固める吉田一美。だが、その前にひとりの少年が立ち塞がる。少年の名はカムシン。御崎市に現れた新たなフレイムヘイズ。

吉田一美は、世界の本当の姿を見てしまった。調律師カムシンから手渡された片眼鏡。それを覗くことでトーチの存在を目の当たりにした吉田は、ある心配を抱く｢…坂井くんは?｣一方、悠二はシャナと共に御崎市から出ることを考え始めていた。それは、マージョリーと一緒にいる佐藤や田中も同じだった。そして、ミサゴ祭当日。各々の思いと決意を胸に神社へと集まる面々。だがその時、何者かが配した自在式が動き出した。気配を察し、3人のフレイムヘイズが走りだす。そして、悠二や田中たちも…。

シャナは吉田一美に告げた｢私はフレイムヘイズ｣だと。人々を襲う徒という化け物、悠二がトーチだったこと、そして“クラスメイトのゆかり”=“シャナ”が違う世界の存在だったこと…。一度に押し寄せた非日常の荒波に、吉田一美は混乱した。だが、シャナは言う｢この街の歪みを直すのにお前が必要｣だと。一方、悠二は封絶の中で動く佐藤に出会い、自分がミステスであることを知られてしまう。紅世の存在を知る者たちが次第に連なって行く中、祭の空を飛び交う鳥の燐子を生み出した徒、教授の目的が見えてくる。

悠二の頬に涙が流れた。それは、もう死んでいる自分に温かい体と心があると言われたから。生まれ育った温かな街を思い出したから。悠二の心が自分と共にいないことに気付き、戸惑うシャナ。その時、ひとりの人物が現れた。ヴィルヘルミナ。フレイムヘイズになる前の自分を知り、フレイムヘイズになろうとした自分を知る存在に、シャナは暫しの安息を得る。だが、ヴィルヘルミナの目的は、零時迷子を徒に渡さないため如何にするか…その策を実行すること。そこにはミステスである悠二の破壊も含まれていた。

悠二がシュドナイにさらわれてしまった。連れて行かれた先は、御崎市上空に現れた星黎殿。シュドナイたちバル・マスケの城砦だ。バル・マスケは悠二を、零時迷子を使って一体何をしようというのか。ベルペオルの口から出た｢存在の泉｣とは何か。一方、佐藤と田中、そして吉田一美は、悠二を助けるためにはどうすればいいかを考えていた。そして、決断する。佐藤と田中は宝具・ブルートザオガーをシャナに託し、一美はシャナに悠二を助け出して欲しいと願う。フレイムヘイズであるシャナは、悠二の死をも厭わない相手かもしれない、しかし平井ゆかりになら頼めると。

シャナは星黎殿へ突入した。だがそこには、教授と呼ばれる紅世の王・探耽求究よって罠が仕掛けられていた。その罠に捕らわれ、シャナとヴィルヘルミナの身体から抜けて行く存在の力。そして、襲いくる数多の燐子たち。一方、零時迷子によって生み出され、星黎殿から溢れ落ちる存在の力は御崎市を満たし、これまでにない現象を見せ始めていた。頂の座・ヘカテーの中に取り込まれていく零時迷子と悠二の記憶。だがその時、星黎殿の存在に気付いたもうひとりのフレイムヘイズが現れる。

幾本もの光の柱が立ち並んだ御崎市。その上空では、いつ終るとも言えぬ戦いが繰り広げられていた。ヴィルヘルミナのリボンが舞い、ベルペオルの鎖と交錯する。トーガをまとうマージョリーと、変身したシュドナイが激しい炎を撒き散らす。存在の力が尽きることなく供給されるがゆえに、熾烈を極める戦い。その根幹にある零時迷子=悠二と、彼を取り込んだヘカテーを前に、シャナは言う。｢悠二を返してもらう｣。それは、ただのフレイムヘイズではなく、炎髪灼眼のシャナの決意だった。シャナとそして悠二の戦いの結末は…。