Yûji Sakai, lycéen ordinaire habitant dans la ville de Misaki, aspire à une vie paisible. En rentrant de cours, il constate avec effroi que le temps s’est figé autour de lui, et que des monstres, les « Tomogara » font émaner de ses camarades des flammes bleues avant de les dévorer. Alors qu’il s’apprête à subir le même sort, il est sauvé par une mystérieuse jeune fille aux yeux et cheveux écarlates qui lui révèle qu’il n’est désormais plus de ce monde…

La jeune fille révèle à Yûji qu’elle est une « Flame Haze », une personne assurant le maintien de l’équilibre entre les mondes. La flamme de son amie, Yukari Hirai, semble être sur le point de s’éteindre complètement…

Shana prend la place de Yukari Hirai afin de pouvoir surveiller Yûji de près. Tandis qu’elle semble s’acclimater à la vie lycéenne, le Rinne qu’elle avait affronté précédemment survient et l’attaque de nouveau. C’est alors qu’un homme mystérieux, Friagne, le « Chasseur », entre en scène…

Yûji invite Shana à s’installer chez lui, mais la jeune fille commence à éprouver des sentiments envers lui, ce qui la met en émoi. En parallèle, une autre Flame Haze fait son apparition. Quelle est donc sa motivation ?

L’Interprète des Condoléances, Margery Daw, fait face au Chasseur, Friagne, qui comprend que son plan ne se déroule pas comme prévu. En parallèle, Shana est toujours confuse tandis Kazumi voit ses sentiments croître envers Yûji, qui l’accompagne à une exposition du musée d’art. Là-bas, il y fait la rencontre de Rammie, un Tomogara de Guze, qui lui révèle de terrifiantes informations…

Le Mirakokurai a été déchaîné par Friagne, qui s’apprête à dévorer la ville. Shana se précipite sur le champ de bataille afin de la défendre. Pendant ce temps, Yûji prend une décision importante, mais se fait capturer par leur ennemi…

Yûji, souhaitant se rendre utile, demande à Shana de lui dispenser un entraînement. En parallèle, aveuglée par sa haine envers les Tomogara, Margery Daw, qui recherche Rammie, reçoit l’aide de deux camarades de classe de l’adolescent, Keisaku Satô et Eita Tanaka.

La Guerrière de Feu et l’Interprète. Deux Flame Haze qui oscillent entre accomplissement de leur mission et vengeance. La bataille entre Margery Daw et Shana a fait rage. Qu’adviendra-t-il pendant celui-ci ?

Pour inaugurer l’ouverture d’un parc aquatique dans la ville de Misaki, Hayato demande à ses camarades de l’y accompagner, qui s’y ravis de pouvoir profiter des bienfaits qu’il propose. Cependant, c’est également l’occasion pour Kazumi d’entreprendre une tentative de rapprochement auprès de Yûji, ce qui déplaît fortement à Shana.

En dépit de ses entraînements quotidiens, Yûji ne semble pas s’améliorer au combat ; Shana lui prévoit donc de nouvelles sessions, mais les obligations scolaires du jeune homme l’empêchent de s’y rendre, ce qui déçoit profondément la Flame Haze. C’est alors qu’elle doit de nouveau se servir de son épée contre un Rinne qui se montre particulièrement tenace.

Les sentiments de Shana envers Yûji se renforçant, la jeune fille demande conseil auprès de Chigusa, la mère de ce dernier. Cependant, les changements qui s’opèrent inquiètent particulièrement Alastor qui craint que cela puisse avoir une incidence sur la mission de la Flame Haze.

Après avoir aperçu pendant la nuit Yûji et Shana près de la rivière une nuit, Kazumi ne peut plus faire fi de ses sentiments envers le jeune garçon. Elle confronte enfin sa rivale, qui consent à accepter son défi. Pendant ce temps, les Aizen, Sorath et Tiriel, décident de mettre en place leur piège.

La ville s’est teintée des couleurs des fleurs de montagne, dont les pétales de plantes géantes contrôlées par Sorath et Tiriel, qui visent le Nietono no Shana, dansent dans le ciel. La jeune Flame Haze se retrouve prise au piège. Parviendra-t-elle à leur échapper ?

Alors qu’il la voit manger du pain melon, dont Shana se délecte à chaque fois, Yûji s’interroge sur la raison qui l’a fait tant apprécier cet aliment. C’est l’occasion pour la jeune fille de se remémorer de son passé et notamment de Wilhelmina Carmel.

L’attaque des Tomogara de Guze, l’apparition du Mystes le plus fort de tous les temps, Tenmoku Ikko, sont autant d’événements qui ont permis à Shana, habitant au sein du Château Céleste, d’entreprendre son parcours initiatique pour devenir une Flame Haze.

Maintenant qu’elle est devenue une Flame Haze, Shana doit vaincre Tenmoku Ikko et lui dérober son épée, Nietono no Shana. Mais le combat s’annonce ardu. Qui des deux en ressortira vainqueur ?

Kazumi, décidée à avouer ses sentiments à Yûji lors du prochain festival, fait la rencontre de Khashim, un Chôritsu-shi, qui lui révèle vérité sur ce monde. Pendant ce temps, Margery met en garde Shana et Yûji en contre le Bal Masqué, une organisation dirigée par de puissants rois de Guze connus sous le nom de « Trinity ».

Yûji n’étant toujours pas rentré de cours, sa mère et Shana partent à sa recherche. Khashim, ayant révélé la vérité à Kazumi, attend que cette dernière agisse afin de mettre son plan à exécution.

Alors que le professeur se cache, le sort se complète lentement dans le ciel de Misaki. Yûji découvre que Satô et Tanaka s’associent à Margery et s’éloigne de Shana, qui révèle son identité de Flame Haze à Kazumi.

Wilhelmina, qui vient d’arriver dans la ville de Misaki, remarque un changement dans le comportement de sa protégée, Shana, qui est complètement désarmée après la déclaration qu'a Kazumi à Yûji. La jeune femme pose un ultimatum à la Flame Haze…

Le Reiji Maigo devenant une menace majeure pour le monde, Yûji se voit emmener au Sereiden. En parallèle, avec le soutien de ses amis, Shana est amenée à prendre une décision.

Shana et Wilhelmina ont infiltré le Palais Sereiden. Mais elles tombent directement dans le piège du Bal Masqué. La bataille finale commence enfin.

Yûji, parvenu à battre Hecate, rejoint Shana, mais la ville de Misaki est sur le point d’être détruite. La jeune Flame Haze est déterminée à tout faire pour endiguer cette catastrophe, quitte à mettre en jeu sa propre vie…