Sakai Yuúji estudiante de secundaria del instituto Misaki, quien llevaba una vida normal, se ve en serios aprietos cuando se ve atrapado en una batalla contra un “guze no tomogara” seres devoradores de almas, sin embargo es salvado dramáticamente por una “neblina ardiente” llamada “La cazadora de ojos y pelo ardientes” que le cambia por completo su vida cuando el chico se entera que ya había muerto… que él era una “antorcha” que iba a desaparecer sin dejar rastro.

La chica de cabello llameante descubre la verdad sobre el mundo en el que vive Yuuji. Se entera de que ya está muerto, y sólo durará hasta que su llama se apague. Mientras veía la llama de su compañero de clase a punto de apagarse, Yuuji se sintió inútil por no hacer nada y quiere ayudar. Él hace todo lo posible para hacer un esfuerzo por darle un buen momento antes de que se vaya

Yuuji le dio un nombre a la chica "Flaming-hair", y ese nombre es "Shana". Al día siguiente, Yuuji fue a la escuela luciendo completamente deprimido. Escuchó a su amigo hablar sobre la niña que desapareció ayer y se emocionó porque su amigo la recuerda. Todo cambió cuando el salón de clases fue atacado por un Tomogara. De repente, Shana salió de la nada. Para salvar a las personas que lo rodean, debe sacrificar parte del poder de su antorcha para que todo vuelva a la normalidad. ¿Pero lo hará Yuuji?

Yuuji y Shana parecen llevarse bien y ella inesperadamente se queda dormida en su habitación. El problema es que Shana comienza a sentirse diferente acerca de esta Antorcha (Yuuji) que cualquier otra, ¿podría estar desarrollando sentimientos por él? Mientras tanto, otra Flame Haze llega a la ciudad. ¿Cuál es el motivo de esta persona?

Shana se las arregla para regresar toda golpeada de su batalla anterior con Margery Daw, y está demasiado enojada para recibir ayuda del preocupado Yuuji. Debido a que no hay nada que pueda hacer, Yuuji va a la escuela, solo para ser recibido por una chica, Kazumi, quien le invita a salir. Sin embargo, en su cita, Yuuji se encuentra con un hombre misterioso que ha estado borrando Antorchas.

Shana ha llegado a la conclusión de que Yuuji está restringiendo su papel como Flame Haze y se ve obligada a tomar decisiones terribles. Justo cuando está a punto de llevar a cabo su decisión, Friagne comienza a hacer su movimiento en sus planes de devorar ciudades. ¿Puede ser detenido a tiempo?

Margery Daw y Marchosias continúan buscando a Rammie, con Shana y Yuuji justo detrás de ellos. Mientras continúan persiguiendo a Margery, Shana y Yuuji esperan darle a Rammie la oportunidad de salir de Misaki y permitirle viajar a algún lugar más lejos. Yuuji también quiere luchar junto a Shana. Con eso, Shana comienza a entrenarlo para futuras batallas.

La batalla entre Margery Daw y Shana finalmente ha comenzado, mientras que el destino de toda la ciudad está en juego. ¿Qué puede hacer Yuuji para ayudar a Shana a ganar la batalla?

Debido a que hace tanto calor afuera, Hayato Ike reparte boletos para un parque acuático y finalmente se decide que Yuuji y sus amigos vayan allí después de la escuela. Una vez allí, Margery Daw aparece inesperadamente, aunque Shana no puede sentir ninguna intención de matar.

El entrenamiento de Yuuji no va tan bien por lo que Shana quiere aumentar el nivel creando un Fuzetsu un día después de la escuela. Sin embargo, los asuntos de la escuela con el consejo estudiantil no le permiten hacer esto, por lo que Shana se enoja con él. Además, aparece otro Rinne.

Los sentimientos de Shana hacia Yuuji son cada vez más fuertes y ahora Shana le pide consejo a la madre de Yuuji sobre el significado de un beso. Además, dos habitantes más están buscando a Shana.

Después de ver a Yuuji y Shana juntos en el río una noche, sus sentimientos por Yuuji están llegando al punto de ruptura hasta que finalmente se enfrenta a Yuuji al respecto. De repente, los dos hermanos Denizen se muestran y Shana se lanza a la batalla.

Shana encuentra una manera de escapar de las garras de los dos incestuosos Habitantes durante su batalla. Mientras tanto, Yuuji recibe ayuda de Margery Daw para ayudar a destruirlos también.

Antes de que Shana se convirtiera en una Flame Haze, vivía en una gran estructura similar a un castillo flotando en el cielo junto con Alastor y una criada que la cuida. Un día, un habitante ataca a la criada, cuyo nombre es Wilhelmina Carmel, que también es una Flame Haze.

Con Tendo-kyu, el castillo en el que residían Alastor y Shana, destruido, ha llegado el momento de que Shana finalmente se convierta en la Cazadora de ojos abrasadores de pelo en llamas. Sin embargo, primero debe contar con la ayuda de Tenmoku Ikko, un Mystes muy poderoso.

Ahora que se ha convertido en una Flame Haze, Shana debe derrotar a Tenmoku Ikko y tomar su espada: Nietono no Shana.

El Festival de Misago llegará pronto y Kazumi ha decidido confesar sus sentimientos allí. Sin embargo, conoce a una nueva Flame Haze que le dice la verdad sobre el mundo.

Cuando Yuji no regresa a casa después de la escuela el día del festival, su madre y Shana van al festival a buscarlo, pero al poco tiempo aparece otro habitante. Además, Kazumi descubre la verdad de que Yuji es de hecho una Antorcha.

The Seeking Research Denizen ya ha comenzado su plan para abrir una puerta a otra dimensión y ahora las tres Flame Haze deben trabajar juntas para derrotarlo.

Wilhelmina llega a Misaki y se encuentra con Shana nuevamente. Mientras tanto, Margery Daw finalmente deja a Misaki sin despedirse de Eita o Keisaku. Además, Wilhelmina llega a la conclusión de que Yuji debe ser destruido para proteger el equilibrio del mundo.

Después de sufrir una herida grave, Shana debe recuperarse al cuidado de Wilhelmina. Mientras tanto, Hécate comienza a sincronizarse con el Reiji Maigo que reside dentro de Yuji.

Mientras luchan dentro del Seirei-den, se lanza un hechizo que agota su poder de existencia por un tiempo, sin embargo, Margery Daw regresa y destruye el hechizo. En última instancia, ahora depende de Shana decidir el destino de Yuji.

Después de lograr derrotar a Hécate, la ciudad está a punto de ser destruida independientemente. Sin embargo, hay un plan final, aunque la vida de Shana puede estar en juego si tiene éxito.