警視庁特別銃装班、通称・ＳＧＵ（Special Gun Unit）。「銃には銃を…」それまでの組織と違い、彼らは独自ルールのもと、銃犯罪に銃で立ち向かうことができる特別部隊。チーム発足の会見が行われる最中、ＳＧＵの拠点である「ベース」に、銃声検知システムのアラートが鳴り響く。都内で警察官への発砲事件が発生し、容疑者は車で逃走。逃走車の位置情報を掴んだＳＧＵベーススタッフからの連絡を受け、ＳＧＵメンバーそれぞれが逃走車を追う。しかし、容疑者との接触直前に“ある事実”が判明する。

逃走犯を追い詰めたＳＧＵ。車に積まれていたのは大量の違法銃。銃の売人・丸野はその日、銃の違法取引に向かうところだった。花田は、丸野をおとりに、取引相手の確保を行うよう真木に告げ、出動初日から禁断のおとり捜査を実行に移すことに。取引現場は、大音量で音楽が鳴り響くナイトプールのパーティーイベント会場。一般客に影響が出ないよう、銃を積んだ車のキーの受け渡しを見届け、会場外での身柄確保を目指すのだが…。銃の試し撃ちを要求する狂気の取引相手。その銃が会場に向けられたとき、真木が無謀とも思える作戦に打って出る。

元アイドルの人気動画配信者・貝原が逮捕された。多くのファンを持つ彼女の逮捕にネットはざわつき、「ダブエ」を名乗る白いマスクの男はライブ配信を行い、5000万円の懸賞金をかけて貝原の身柄奪還を呼びかける。タイミングは送検時。護送車襲撃のための武器までばら撒くダブエ、懸賞金につられ武装し襲撃に加担する一般人たち。ＳＧＵはダブエの計画を阻止できるのか？

同じマスクに同じ衣装。誰が本物のダブエかわかならないまま、ＳＧＵの戦いは続く。その中で加成屋を見つめる謎のダブエマスクがひとり…。一方、護送車は襲撃を受け、武装した集団が待ち受けるポイントへ誘い込まれてしまう。そしてダブエマスクに取り囲まれた護送車から降りてきたのは？貝原逮捕に端を発し、多数の一般人を巻き込んだ事件は思わぬ形で結末を迎える。

密輸銃の奪い合いで勢力を拡大する組織への対応を求められたＳＧＵ。アジトをつきとめるべく組織のリーダーを尾行中、吉良が拉致されてしまう。結果、吉良の位置情報から敵組織のアジトが判明するも、場所は入り組んだ廃墟。吉良不在のＳＧＵによる潜入作戦が開始する。

ベースで働くサポートメンバーが何やら動画を撮影している様子。彼らはＳＧＵの予算の補填のため、PR動画を公開しＳＧＵの注目度を上げる計画を立てる。カメラに収められるのは、これまで語られることのなかったＳＧＵメンバーの過去の数々。一方、ベースには差出人不明の荷物が続々と届き…。

ＳＧＵの解散を求める姿の見えない敵。加成屋につづき、不審な動きをしていた花田も敵の銃弾に倒れた。行く先々で襲撃を受けるＳＧＵメンバー。組織内の情報をリークするスパイは存在するのか。さらに、花田搬送のため駆けつけた救急車に同乗した真木とも連絡がとれなくなり…。ＳＧＵは絶体絶命の危機を打開できるのか。警視庁特別銃装班の物語はクライマックスへ。