為了搶奪地球防衞機構AEGIS所開發的新武器“閘門引擎”，人類的敵人“侵略者”發動了猛烈的攻擊。擁有特殊能力的「捍衞者」生澤琉璃子雖然一直奮勇作戰，卻仍然在侵略者壓倒性的攻擊下陷入困境。令人意外的是，最後救她脱困的竟是一個非常普通的高中生，浮矢瞬；而且他還是琉璃子的青梅竹馬……

對於已經確定是捍衞者的浮矢，極東支部司令提出了加入捍衞者隊的邀請，可是浮矢卻因為放心不下媽媽和妹妹而無法下定決心。浮矢想起了關於父親的回憶，他一直無法原諒那個老是給母親添麻煩，然後不負責任兩手一攤就死掉的父親。不過，媽媽和妹妹被捲入侵略者攻擊的這件事，卻也喚醒了浮矢正義的心……

在加入AEGIS之後不久，浮矢也轉學進入盾神高中，他的第一次任務，就是和琉璃子一起去發掘捍衞者候補名單中的朝霧麗子。麗子擁有利用鋼琴聲當作媒介來開啓「迷幻之閘」的能力，而侵略者為了殺害麗子，此時也出現在演奏會會場。雖然浮矢與琉璃子及時發現侵略者的企圖並對他們展開迎擊，可是……

為了尋找新的捍衞者，浮矢與琉璃子等人來到了姬路，沒想到在經過一陣相處後才發現，這個被列為候選對象的番場長太郎其實只是個擁有過人蠻力的普通人。此時，侵略者潛入了企圖在鹽田地帶進行開發工程的企業，並向浮矢一行人展開攻擊，這些侵略者在合體之後發動威力強大的海嘯，打算一舉將浮矢一行人淹沒……

近衞薰是捍衞者隊所期待的新戰力，她在百米賽跑中不小心使出了閘門能力，因此被外界懷疑她在比賽中作假，同時也失去了繼續在田徑場奔馳的圓夢機會。一開始，她雖然對地球防衞這件事一點都不感興趣，並拒絕加入捍衞者隊；不過，當她看到浮矢為了保護人們所做出的努力後，便決心要為地球再努力一次……

捍衞者隊即將要由隊員投票選出隊長。由於薰一意想讓浮矢當上隊長，因此就拜託浮矢到她剛搬進去的女子宿舍「紫羅蘭宿舍」，調查最近發生的離奇案件。這起原本被大家以為是侵略者所幹的離奇案件，到後來才發現事情根本不是如此；它其實只是紫羅蘭宿舍的長久傳統，是為了迎接新同學的歡迎派對而做的準備……

年僅12歲，卻已是個“熾熱的捍衞者”的上海姑娘鳳妃玲，為了消滅偽裝成巨無霸客機的巨大侵略者，於是從上海來到了日本；沒想到侵略者巨無霸客機在機場又融合了新的侵略者們，使其本身的體型變得更加強大。鳳妃玲最後藉助極東支部的閘門引擎力量，總算順利摧毀了這架大鬧羽田機場的侵略者巨無霸客機。

期末考當天，小惠為了抗議考卷印刷錯誤而來到教職員辦公室，沒想到福岡老師居然在小惠面前變身成侵略者。小惠雖然當場使出此刻第一次察覺到的「鐵壁之閘」加以阻擋，但是隨後抵達的浮矢卻不聽小惠的制止，二話不説馬上出招將化身為侵略者的福岡老師加以消滅。當浮矢發現自己殺的是福岡老師後，他的思緒也隨即陷入一片混亂……

剛轉學到盾神高中的影山零士，他對內心受到打擊的浮矢説：「你不能感到迷惘！」因為浮矢自從上次的福岡老師事件以來，面對侵略者時總是感到退縮，不敢使出全力對付。不久，邪惡的捍衞者突然出現在浮矢等人面前，並發動一連串猛烈攻擊，所幸在最後一刻覺醒的浮矢總算抵擋住了邪惡捍衞者的攻擊。隔天，浮矢主動地向影山握手道謝，感謝他當初所説的那句話……

捍衞者隊完成了保護阿波羅11號的任務，並消滅了意圖攻擊阿波羅11號的侵略者。他們在回到日本的途中，遇到自稱惡魔伯爵的侵略者幹部，一行人並掉入了詭異的空間。浮矢與其他人在惡魔伯爵「讓人想起悲傷過去」的幻覺攻擊下，完全找不到逃脱的出口，沒想到最後卻因為發生了一件琉璃子最痛恨的事，讓他們得以成功的擊破幻覺攻擊。

浮矢與媽媽、妹妹所搭乘的新幹線列車「HIKARI號」，居然被侵略者的幹部_機械將軍搶奪佔領了，而捍衞者隊也隨即出動，前往阻止這輛化為詭異機器人的新幹線列車。雖然他們使用閘門引擎試圖阻擋，但新幹線機器人的威力實在太強，令捍衞者隊完全無法招架。最後，靠著浮矢的靈敏反應與小薰的努力，總算順利擊退了機械將軍。

AEGIS的運輸機在北海道大雪山上空突然失去聯繫，浮矢與琉璃子奉命前往搜尋。他們兩人在執行任務過程中遇見了一名不可思議的少女，而這名自稱是「北條雪乃」的少女，居然是個擁有超強閘門能力之人。後來，在雪乃的協助下，浮矢不但找到了在大雪中失散的琉璃子，也發現了失蹤的運輸機。

世界各地的捍衞者陸續來到了日本，他們的主要任務是前來消滅侵略者兩大幹部。在這些人抵達日本之後，浮矢等人接到上級指示要全力支援他們，這也讓一直站在第一線抵抗侵略者的他們十分沮喪。投入閘門機器人的這場兩大幹部討伐戰役，就在外國捍衞者的帶領下正式展開，而這些來自海外的捍衞者實力果然不同凡響，一出手就成功地擊退了機械將軍，只不過……

兩大幹部製造出一艘巨大的地面戰艦，並開始對閘門機器人展開反擊。侵略者憑藉其壓倒性的強大火力，使吉姆等三名的外國人部隊與琉璃子漸漸敗退，並面臨著生死存亡的危機。就在此時，浮矢突然駕駛閘門機器人0號機出現；靠著這架誰都無法駕馭的脱韁野馬，浮矢終於成功消滅了兩大幹部所控制的巨大戰艦。

聽説秘書小姐要結婚了，而且對象還是看起來個性非常惡劣的討厭男人；即使如此，秘書小姐還是無法找到拒絕的理由，因而一直在這樁婚事與自己的真正情感之間搖擺不定。看到秘書小姐這樣，琉璃子不禁想到自己的處境也極為相似，她一直自問究竟要不要更誠實地去面對自己的感情？然而誰也沒想到，原來秘書小姐的結婚對象竟然是個侵略者……

麗子因為在戰鬥中察覺自己完全沒有幫上大家的忙，因此感到非常沮喪。雖然島村鼓勵她説「只要藉助布偶的力量，你就能發揮出數十倍的威力。」，麗子也因為這句話而鼓起勇氣挑戰駕駛閘門機器人，但最後還是失敗。此時，侵略者出現在動物園；為了拯救陷入苦戰的浮矢們，麗子將發揮她真正的力量。

由於大學時代的好友_瀧川的未婚夫參加車賽，秘書小姐落合惠子因此來到賽車場參觀。由於司令對於落合的報告感到不安，因而決定親自前往調查，沒想到真的被司令給猜中，瀧川的未婚夫居然變成了侵略者，並朝著司令與落合乘坐的汽車發動攻擊。不具備閘門能力的兩人，是否能夠順利擊退侵略者呢？

小妃認識了一名賣烤蕃薯的老伯，這名老伯説話雖然粗暴，但氣氛卻很像小妃已過世的爺爺。小妃在偶然中發現這名老伯居然是侵略者，她很明白如果被隊友們知道的話，大家一定會趕來消滅他。小妃雖然為此感到十分迷惑，但最後她還是決定要保護老伯到底……

影山即將參加電視節目發表演説，浮矢等人也來到節目現場為他加油打氣。後來有一羣狂傲的嬉皮年輕人出現在會場搗亂，影山不僅稱呼這些人「臭蟲」還使用暴力處罰他們；由於影山的行為過於殘酷，浮矢於是出面制止，沒想到影山居然完全不理會。就在這時候，這羣嬉皮年輕人突然變身成兇惡的侵略者，會場隨即陷入一片混亂……

1969年的除夕就要到了，得到特別休假的琉璃子與小薰，在朗美的邀請下來到浮矢家吃年夜飯，除了她們兩人之外，就連雪乃也被朗美硬拉來一起作客。起初雪乃對朗美還是抱持著戒心，但由於朗美的天真個性，雪乃也開始漸漸地接納她，最後還努力地讓朗美能與班上的同學阿毅和好。就這樣，大家一起在浮矢家迎接1970年的新年到來。

預定在3月舉辦的大阪萬國博覽會，會場居然被侵略者給佔領了，捍衞者隊在接獲消息後隨即趕往現場，只是沒想到這一切都是影山所設下的陷阱。在影山的誘惑下，不但讓原本為捍衞者隊員的小惠開啓了黑色負閘門能力，更使得琉璃子陷入假死狀態。最後，浮矢雖然成功地擊敗再度復活的兩大幹部，不過琉璃子卻被侵略者擄走了……

過去從未曾出現過的大規模怪電波，透過東京鐵塔朝各地發射。捍衞者隊接獲命令後前往調查，卻在途中遭到高中生的阻擋，遲遲無法前進；另一方面，由於這個怪電波的出現，全日本的侵略者也開始紛紛地覺醒。在浮矢等人的開路之下，一行人總算來到了東京鐵塔的底部，然而浮矢在那裏看到的，居然是影山所呼喚出的漆黑機器人……

閘門機器人被影山徹底摧毀，而AEGIS極東支部也落入了侵略者手中。失去藏身之處的捍衞者們，決定前往浮矢家的車庫避風頭，沒想到浮矢居然在車庫中找到父親遺留下來的夢幻試作型閘門引擎。為什麼父親會做出這台引擎？在浮矢的追問下，浮矢的母親説出了他父親過世的真正原因……

為了奪回重要的東西，浮矢與其他夥伴一同前往遭影山佔領的國會議事堂，浮矢身旁的夥伴為了讓他能順利抵達決戰地點，無不全力抵抗着侵略者的攻擊。經過一番激戰後，不僅番長的閘門能力覺醒了，甚至連吉姆等海外的捍衞者也及時前來支援。最後，浮矢使用父親所留下的閘門引擎，正式與影山展開一場最後的決戰！

人類的時代結束了...2001年，世界正悄悄地遭到侵略者的侵蝕。然而，「A.E.G.I.S.網路」—由少部份志願者所組成的地下反抗組織，隸屬於此組織的成員，正在對侵略者進行最後的抵抗。五十鈴綾音她是個高中生，但同時也是「A.E.G.I.S.網路」的侵略者獵人。透過行動電話及電腦，並利用本身的虛擬閘門能力狩獵入侵者。真鶴美羽雖然擁有跳躍的捍衛者能力，但是自己卻完全不知道這件事的女高中生。

綾音與美羽初次見面後經過了兩個月。季節即將步入初夏。認為這一陣子突然暴增的失控車事故都是侵略者搞的鬼的綾音，雖然與美羽一同進行追查侵略者的下落，但是因為美羽的侵略者狩獵技術一直提升不起來，所以每天都得靠自己孤軍奮戰。剛好在這個時候，盾神高中傳出了校內鬧鬼的謠言。當綾音與美羽在校內調整侵略者探測器的程式時，突然看到了類似幽靈的物體，兩人於是跟隨著到了地下室，最後竟然發現了被埋藏於地底的「A.E.G.I.S.」基地。而幽靈的真正面貌又是？

在經過與機械將軍的一番死鬥之後，美羽終於知道這些被消滅的侵略者其實都是人類的化身，內心因而產生極大的動搖與震撼，再加上綾音的鄙視與冷言相向，美羽於是又回復到從前的生活方式，而綾音也回到獨自一人狩獵侵略者的日子。某日，美羽跟同學一起到新宿唱卡拉OK時，在店內突然遭到大批侵略者的襲擊，為了脫困，美羽在情急之下只好在同學面前發動「跳躍之閘」......

為了應付近來在東京地區大量遽增的侵略者，影山找來了第三位捍衛者太刀川裡香。裡香所擁有的超能力是能將能源物質化的「寸斷之閘」，憑藉著從閘門中取出的大刀，裡香斬殺起侵略者可說是又快又狠又准，與綾音較勁的意味是格外強烈。面對已經放棄戰鬥的美羽，此時的綾音依然是毫不留情地冷言相向，而內心正處於掙扎狀態的美羽卻又總是無言以對。另一方面，融合了肉體與植物的惡魔伯爵出現了，在其強力的幻覺攻擊下，急汁撰i的裡香陷入了危機之中......

綾音是否能恢復意識？遭到侵略者攻擊而負重傷的綾音，雖然因為A.E.G.I.S.網路及影山的努力而救回了一命，不過至今仍昏迷不醒。感到擔心的美羽來到了影山公寓，並在聆聽了影山的一番話後陷入了沉思。此時，幽靈少女突然出現在綾音身旁，並帶走了她所收集的所有侵略者結晶，並在離開時留下了一句話：「這孩子跟我是一樣的」。就在同時，都內侵略者的活動也突然跟著開始頻繁了起來。

現身於台場的漆黑巨人吸收了大量的侵略者、使自己的身軀迅速膨脹的巨人，原來是漂浮於其頭頂的幽靈少女所創造出的怪物。另一方面，美羽向昏迷不醒的綾音訴說著自己的真正想法。她下定了決心，獨自朝著決戰場走去......雪乃為了要保護美羽她們，因而使出僅剩的力量直接挑戰幽靈少女，但最後仍不敵其強大力量而倒在美羽懷中；由於侵略者的數量實在是太龐大了，使得在一旁負責掩護的影山與裡香也陷入了苦戰。下定決心的美羽雖然使出閘門力量，打算跳躍至漆黑巨人的頭頂，但是卻屢次失敗，此刻也只能喟歎自己力量之薄弱而落瓷C最終時刻逐漸逼近，四周也陷入了一片寂靜。就在此時，遠處突然傳來了一陣陣的鈴鐺聲......伴隨著復活的綾音，美羽振翅飛翔。這都是因為要去做更有趣的事！