为了抢夺地球防卫机构AEGIS所开发的新武器“闸门引擎”，人类的敌人“侵略者”发动了猛烈的攻击。拥有特殊能力的「捍卫者」生泽琉璃子虽然一直奋勇作战，却仍然在侵略者压倒性的攻击下陷入困境。令人意外的是，最後救她脱困的竟是一个非常普通的高中生，浮矢瞬；而且他还是琉璃子的青梅竹马……

对於已经确定是捍卫者的浮矢，极东支部司令提出了加入捍卫者队的邀请，可是浮矢却因为放心不下妈妈和妹妹而无法下定决心。浮矢想起了关於父亲的回忆，他一直无法原谅那个老是给母亲添麻烦，然後不负责任两手一摊就死掉的父亲。不过，妈妈和妹妹被卷入侵略者攻击的这件事，却也唤醒了浮矢正义的心……

在加入AEGIS之後不久，浮矢也转学进入盾神高中，他的第一次任务，就是和琉璃子一起去发掘捍卫者候补名单中的朝雾丽子。丽子拥有利用钢琴声当作媒介来开启「迷幻之闸」的能力，而侵略者为了杀害丽子，此时也出现在演奏会会场。虽然浮矢与琉璃子及时发现侵略者的企图并对他们展开迎击，可是……

为了寻找新的捍卫者，浮矢与琉璃子等人来到了姬路，没想到在经过一阵相处後才发现，这个被列为候选对象的番场长太郎其实只是个拥有过人蛮力的普通人。此时，侵略者潜入了企图在盐田地带进行开发工程的企业，并向浮矢一行人展开攻击，这些侵略者在合体之後发动威力强大的海啸，打算一举将浮矢一行人淹没……

近卫薰是捍卫者队所期待的新战力，她在百米赛跑中不小心使出了闸门能力，因此被外界怀疑她在比赛中作假，同时也失去了继续在田径场奔驰的圆梦机会。一开始，她虽然对地球防卫这件事一点都不感兴趣，并拒绝加入捍卫者队；不过，当她看到浮矢为了保护人们所做出的努力後，便决心要为地球再努力一次……

捍卫者队即将要由队员投票选出队长。由於薰一意想让浮矢当上队长，因此就拜托浮矢到她刚搬进去的女子宿舍「紫罗兰宿舍」，调查最近发生的离奇案件。这起原本被大家以为是侵略者所干的离奇案件，到後来才发现事情根本不是如此；它其实只是紫罗兰宿舍的长久传统，是为了迎接新同学的欢迎派对而做的准备……

年仅12岁，却已是个“炽热的捍卫者”的上海姑娘凤妃玲，为了消灭伪装成巨无霸客机的巨大侵略者，於是从上海来到了日本；没想到侵略者巨无霸客机在机场又融合了新的侵略者们，使其本身的体型变得更加强大。凤妃玲最後借助极东支部的闸门引擎力量，总算顺利摧毁了这架大闹羽田机场的侵略者巨无霸客机。

期末考当天，小惠为了抗议考卷印刷错误而来到教职员办公室，没想到福冈老师居然在小惠面前变身成侵略者。小惠虽然当场使出此刻第一次察觉到的「铁壁之闸」加以阻挡，但是随後抵达的浮矢却不听小惠的制止，二话不说马上出招将化身为侵略者的福冈老师加以消灭。当浮矢发现自己杀的是福冈老师後，他的思绪也随即陷入一片混乱……

捍卫者队完成了保护阿波罗11号的任务，并消灭了意图攻击阿波罗11号的侵略者。他们在回到日本的途中，遇到自称恶魔伯爵的侵略者干部，一行人并掉入了诡异的空间。浮矢与其他人在恶魔伯爵「让人想起悲伤过去」的幻觉攻击下，完全找不到逃脱的出口，没想到最後却因为发生了一件琉璃子最痛恨的事，让他们得以成功的击破幻觉攻击。

浮矢与妈妈、妹妹所搭乘的新干线列车「HIKARI号」，居然被侵略者的干部_机械将军抢夺占领了，而捍卫者队也随即出动，前往阻止这辆化为诡异机器人的新干线列车。虽然他们使用闸门引擎试图阻挡，但新干线机器人的威力实在太强，令捍卫者队完全无法招架。最後，靠著浮矢的灵敏反应与小薰的努力，总算顺利击退了机械将军。

AEGIS的运输机在北海道大雪山上空突然失去联系，浮矢与琉璃子奉命前往搜寻。他们两人在执行任务过程中遇见了一名不可思议的少女，而这名自称是「北条雪乃」的少女，居然是个拥有超强闸门能力之人。後来，在雪乃的协助下，浮矢不但找到了在大雪中失散的琉璃子，也发现了失踪的运输机。

世界各地的捍卫者陆续来到了日本，他们的主要任务是前来消灭侵略者两大干部。在这些人抵达日本之後，浮矢等人接到上级指示要全力支援他们，这也让一直站在第一线抵抗侵略者的他们十分沮丧。投入闸门机器人的这场两大干部讨伐战役，就在外国捍卫者的带领下正式展开，而这些来自海外的捍卫者实力果然不同凡响，一出手就成功地击退了机械将军，只不过……

两大干部制造出一艘巨大的地面战舰，并开始对闸门机器人展开反击。侵略者凭藉其压倒性的强大火力，使吉姆等三名的外国人部队与琉璃子渐渐败退，并面临著生死存亡的危机。就在此时，浮矢突然驾驶闸门机器人0号机出现；靠著这架谁都无法驾驭的脱韁野马，浮矢终於成功消灭了两大干部所控制的巨大战舰。

听说秘书小姐要结婚了，而且对象还是看起来个性非常恶劣的讨厌男人；即使如此，秘书小姐还是无法找到拒绝的理由，因而一直在这桩婚事与自己的真正情感之间摇摆不定。看到秘书小姐这样，琉璃子不禁想到自己的处境也极为相似，她一直自问究竟要不要更诚实地去面对自己的感情？然而谁也没想到，原来秘书小姐的结婚对象竟然是个侵略者……

丽子因为在战斗中察觉自己完全没有帮上大家的忙，因此感到非常沮丧。虽然岛村鼓励她说「只要借助布偶的力量，你就能发挥出数十倍的威力。」，丽子也因为这句话而鼓起勇气挑战驾驶闸门机器人，但最後还是失败。此时，侵略者出现在动物园；为了拯救陷入苦战的浮矢们，丽子将发挥她真正的力量。

由于大学时代的好友_泷川的未婚夫参加车赛，秘书小姐落合惠子因此来到赛车场参观。由於司令对於落合的报告感到不安，因而决定亲自前往调查，没想到真的被司令给猜中，泷川的未婚夫居然变成了侵略者，并朝著司令与落合乘坐的汽车发动攻击。不具备闸门能力的两人，是否能够顺利击退侵略者呢？

小妃认识了一名卖烤蕃薯的老伯，这名老伯说话虽然粗暴，但气氛却很像小妃已过世的爷爷。小妃在偶然中发现这名老伯居然是侵略者，她很明白如果被队友们知道的话，大家一定会赶来消灭他。小妃虽然为此感到十分迷惑，但最后她还是决定要保护老伯到底……

影山即将参加电视节目发表演说，浮矢等人也来到节目现场为他加油打气。後来有一群狂傲的嬉皮年轻人出现在会场捣乱，影山不仅称呼这些人「臭虫」还使用暴力处罚他们；由于影山的行为过於残酷，浮矢於是出面制止，没想到影山居然完全不理会。就在这时候，这群嬉皮年轻人突然变身成凶恶的侵略者，会场随即陷入一片混乱……

1969年的除夕就要到了，得到特别休假的琉璃子与小薰，在朗美的邀请下来到浮矢家吃年夜饭，除了她们两人之外，就连雪乃也被朗美硬拉来一起作客。起初雪乃对朗美还是抱持著戒心，但由於朗美的天真个性，雪乃也开始渐渐地接纳她，最后还努力地让朗美能与班上的同学阿毅和好。就这样，大家一起在浮矢家迎接1970年的新年到来。

预定在3月举办的大阪万国博览会，会场居然被侵略者给占领了，捍卫者队在接获消息後随即赶往现场，只是没想到这一切都是影山所设下的陷阱。在影山的诱惑下，不但让原本为捍卫者队员的小惠开启了黑色负闸门能力，更使得琉璃子陷入假死状态。最后，浮矢虽然成功地击败再度复活的两大干部，不过琉璃子却被侵略者掳走了……

过去从未曾出现过的大规模怪电波，透过东京铁塔朝各地发射。捍卫者队接获命令後前往调查，却在途中遭到高中生的阻挡，迟迟无法前进；另一方面，由於这个怪电波的出现，全日本的侵略者也开始纷纷地觉醒。在浮矢等人的开路之下，一行人总算来到了东京铁塔的底部，然而浮矢在那里看到的，居然是影山所呼唤出的漆黑机器人……

闸门机器人被影山彻底摧毁，而AEGIS极东支部也落入了侵略者手中。失去藏身之处的捍卫者们，决定前往浮矢家的车库避风头，没想到浮矢居然在车库中找到父亲遗留下来的梦幻试作型闸门引擎。为什么父亲会做出这台引擎？在浮矢的追问下，浮矢的母亲说出了他父亲过世的真正原因……

为了夺回重要的东西，浮矢与其他夥伴一同前往遭影山占领的国会议事堂，浮矢身旁的夥伴为了让他能顺利抵达决战地点，无不全力抵抗着侵略者的攻击。经过一番激战後，不仅番长的闸门能力觉醒了，甚至连吉姆等海外的捍卫者也及时前来支援。最后，浮矢使用父亲所留下的闸门引擎，正式与影山展开一场最後的决战！