2128年，火星。

在运河城登上舞台的歌手“莎拉·菲茨杰拉德”与名为“露鸠·蕾德斯塔”的不可思议的少女相遇。

与此同时，人造人〈奈安〉维持生命所需的药品〈内克塔尔〉的走私贩子被某人袭击的事件发生了。

那个走私也涉及到奈克塔尔的制造商帕纳凯亚公司火星分公司的董事“赫尔曼·海沃德”的情人莎拉。演出结束后，和赫尔曼在的莎拉身边也出现了袭击者。

接近逃跑的她的神秘男人。然后，在露鸠面前出现了自称“娜奥米·奥尔特曼”的女性，并传达了关于莎拉的信息。

莎拉隐藏的过去，以及露鸠的真正目的是什么......?

为了寻找下一个“不朽九人”的线索，乘坐前往火星荒野的巴士的露鸠和娜奥米。公交车上除了调查歧视奈安的记者女性“吉尔·斯特金”之外，还有各种情况的乘客。突然袭击那辆巴士的武装团体。赫尔曼雇佣了佣兵来抓莎拉的仇人露鸠。和乘客一起展开逃亡的露珠和娜奥米。公交车出现故障，在逃跑的树林里，露鸠遇到了一个男人。曾经在火星上进行的地球人和外星人〈来访者〉的联合军和敌对外星人〈篡夺者〉的战争，据说正在调查其战场遗址的男性。在他和露鸠的眼前，剩下的篡夺者的战斗兵器苏醒了。

到达火星威尔斯敦的露鸠和娜奥米。这个城市的奈安居留地好像有不朽九人之一的“幻影的维德”。但是，只有相关人员才能进入居留地。两人在餐厅讨论作战，突然发生了争吵，露鸠跑出了店里。独自在镇上徘徊的她遇到了乘坐同一辆巴士的医生“阿夫达尔·巴沙尔”和他的助手奈安的少年“里昂”。在居留地内工作的两个人的协助下成功潜入的露鸠。她在那里了解了被人类歧视和虐待的奈安们的现实。出现在露鸠面前的自称“CFN(奈安自由委员会)”的人。那个领袖“尤巴尔”对露鸠说，希望她能成为奈安的希望。

流动嘉年华的精彩表演开始。 与此同时，露鸠因涉嫌杀害尤瓦尔而被CFN拘留。 通过消息鸟，娜奥米劝导她逃跑。 然而，露鸠却怀疑是幻影的维德所为，选择故意留下，并接受了 CFN 高层 杜马的审问。 与此同时，警方收到尤瓦尔被杀的消息之后，向奈安定居点派遣了治安部队。 娜奥米试图趁乱救出露珠，与同样打算进入居留地内的守护局搜查官 "阿什-斯塔尔 "和他的奈安伙伴 "诺伊德 262 "会合。 治安部队开始对尼安的镇压。 凝视着这场骚动的艾哈迈尔眼中看到的是......。

娜奥米在奈安定居点发现了里昂的尸体。但却没有看到露鸠的身影。这时娜奥米面前出现了一个人。那是以前探寻篡夺者遗迹的神秘男子。他知道露鸠的下落，并说要带娜奥米去那里。另一方面，被抓住的露鸠在不知道是梦还是记忆的幻觉中徘徊。刚出生的自己。是和温柔温暖的哥哥“吉恩·荣格哈特”、父亲“罗伊·荣格哈特”的日子。还有陌生的女人和戴面具的男人。与此同时，娜奥米和男人一起来到了某个地方。那里是移动狂欢节。男人说露鸠就在里面，和自称“艾登·维洛克”的男人一起，娜奥米潜入了移动狂欢节。

在火星上完成任务后，乘坐联络船返回地球的露鸠和娜奥米。两人认识了隔壁客舱的乘客，叫做“艾斯·马基亚斯”和“爱丽丝·马基亚斯”的双胞胎姐弟。在“人偶师”中看到的幻觉很在意的露鸠。他对自己做了什么？在同一艘船上，接到返回命令的阿什和诺伊德也有乘坐。突然，在他们面前发生的杀人事件。靠着监控录像，犯人立刻被抓住了，但同时，在拍摄其他地方的摄像机里，也看到了那个样子。第二个和第三个谋杀案发生在混乱的阿什身上。阿什以嫌疑人的身份拘留了娜奥米。监控录像显示了她犯下谋杀罪的样子。为了证明无辜，抓住真正的犯人，露鸠和娜奥米开始行动。

在家继续软禁的吉恩。露鸠是法律禁止制造的“原型奈安”，吉恩私下使用原型奈安的事被发现，被解除了真理部次长的职务。娜奥米来找他。他的真实身份是守护局神祇官。两个人交换关于在火星上遇到的移动狂欢节和自称是傀儡师的男人的信息。其背后一定有篡夺者。另一方面，被囚禁在真理部本部的露鸠。真理部和守护局之间，将对其处分进行讨论。守护局说应该马上拆除。主张在自己管理下的真理部。出现在谈话的场合的娜奥米。与此同时，神秘的影子接近了被俘虏的露鸠。

与不朽九人之一的“双头阿尔科斯”的阿斯、爱丽丝姐弟分开的露鸠。“为了探讨“闪光的西尔维娅”所说的“你对你一无所知”这句话的意思，和阿什、诺伊德一起去曾经生活过的父亲罗伊·荣格哈特博士的馆，和吉恩重逢。像被某人引导一样下到馆地下的露鸠们。于是，那里有把荣格的记忆转移到外部存储器中保管的〈记忆图书馆〉。追溯荣格的记忆，探索自己隐藏的谜团。（代码夏娃）是什么？荣格的真正目的是什么？出现在那样的露鸠面前的一个少女。自称是露鸠的妹妹“锡安”......

为了拯救吉恩，阻止不朽九人的阴谋，露琼与直美出发前往金星。就在她们两人与伊甸和亚许商讨作战时，意外发现偷溜上船的希安。恢复意识后的希安，她的个性完全转变，像个孩子一般。是真心将露琼当成姊姊般仰慕，并表示要一共前往金星。直美表示不可能带她一起去。结果希安死抓着露琼不放，无奈只能带上她共行。看着露琼与希安情同姊妹般的来往，直美内心出现一种复杂的心情。另一方面，抵达金星的希尔维雅一行人带着吉恩见到了操偶师，接着被带到了一个房间，在那里等待着他的，是个令人怀念的光景…。

宇宙船遭受攻击，迫降金星。露琼一行人为了前往希尔维雅与吉恩所在的移动嘉年华而向〈造云设备〉前进。但他们的动向早已被希尔维雅所掌握，露琼与直美，尹甸、亚许以及希安被迫兵分两路行动。注视这一切的操偶师对被捕的吉恩讲述起艾娃・克利丝缇勒与CODE EVE的过去。吉恩不断向希尔维雅喊话，希望她停止对人类发起反叛。然而她却坚持掀起战火。艾斯也对两人对谈中产生的新事实感到震惊。吉恩对这样的他，说出了自幼对不朽九人的想法。

目击操偶师真面目的亚许逃了出去。露琼与直美找到了吉恩。但她们却对趁乱逃出吉恩所表现的举止觉得有异。取回伊德的伊甸变形为斗士，与格劳芬展开了战斗。两人为了心中的信念与重视之物相互冲突。同一时间，被操偶师捉住的希安，被夺走了意识走，并被要求达成某项任务。

The true identity of the Puppetmaster is revealed. Rouge, Silvia, and all the others listen in shock as he explains his plans and the world he wishes for. Were Rouge and the rest no more than puppets in his play?