2128年，在運河市擔任歌手的「莎拉・費茲傑羅」遇見了一位奇妙少女「露瓊・雷德斯塔」，並讓她跟著自己。同一時刻，秘密交易人造人＂涅安＂維持生命的必須藥品＂涅克托＂的買賣雙方被神秘人物襲擊。而這項秘密交易，身為涅克托製造商萬靈企業・火星分公司高層的「赫爾曼・霍華德」，亦是莎拉情夫的他也參與其中。演出結束後，那名襲者出現在正與赫爾曼在一起的莎拉眼前。一名神秘男子接近了大難不死的莎拉。而一位名為「直美・奧德曼」的女性出現在露瓊的面前，並給了她關於莎拉的相關情報。莎拉的神秘過往，以及露瓊的真正目究竟為何…？

為了找尋下一個「不朽九人」的線索，露瓊與直美坐上前往火星荒野的巴士。巴士上還有研究涅安歧視現象的記者「吉兒・史特金」以及其他有著各自原由的乘客。巴士突然遭遇武裝分子襲擊。是赫爾曼為了替莎拉報仇而雇來抓捕露瓊的傭兵。露瓊與直美和同車乘客演出了一場追逐戲碼。巴士故障，逃入森林之中的露瓊，遇見了前來調查過去來到火星的地球人與外星人「來訪者」的聯合軍與敵對外星人「篡奪者」戰後遺跡的男子。就在他和露瓊的面前，一架篡奪者遺留下來的戰鬥兵器醒了過來。

移動嘉年華的精彩表演開始了。另一方面，露瓊以殺害猶八嫌疑人的身分被CFN關押。直美透過通信鳥勸露瓊逃出來。但露瓊懷疑此事可能與幻影的維杜有所關聯，於是刻意選擇靜觀其變。CFN的幹部「仲馬」決定要來對露瓊進行審問。同一時間，警方得到猶八遇害的情資，派遣維安部隊前往涅安居留地。想乘亂前往救出露瓊的直美，與同樣想進入居留地的守護局探員「亞許・斯塔爾」以及其搭檔「諾伊德262」會合。維安部隊開始對涅安進行鎮壓。這個混亂場面看在阿夫戴爾的眼中是片什麼樣的光景…。

直美在涅安居留地裡發現了幻影的維杜的屍體。然而卻沒看到露瓊的蹤跡。這時在直美面前出現了一個人。是之前調查篡奪者遺跡的那名神秘男子。他說他知道露瓊的下落，並且能帶直美前往。另一方面，被抓住的露瓊身陷不知是夢境還是記憶的幻覺之中。剛誕生的自己。與對自己非常溫柔的哥哥「吉恩・容格哈特」、父親「羅伊・容格哈特」所度過的日常。以及素不相識的女性與戴著面具的男人。在同一時刻，直美與男子共同來到某個地方。該處就是移動嘉年華。男子說露瓊就在裡面，直美與自稱是「艾登・維洛克」的男子一同潛入移動嘉年華的內部。

露瓊與直美結束了火星任務，正在搭乘運輪船回去地球。結識了住在她們隔壁，名為「艾斯・馬柴厄斯」與「艾莉斯・馬柴厄斯」兩姊弟。露瓊依然很在意「操偶師」讓她看見的幻覺。想著他到底對自己做了什麼？而亞許與諾伊德也同樣接到歸隊命令，坐上同一艘船前往地球。突然之間，船上發生了殺人事件。雖然根據監視器畫面馬上逮捕了凶手，但從監視器畫面上發現嫌犯的身影同時出現在其他場所。在亞許一行人拿不定主意時，又發生第二、第三起殺人事件。亞許逮捕了嫌疑犯直美。因為監視器畫面捕捉到她殺人的瞬間。為了證明自己無罪、並揪出真凶，露瓊與直美開始展開行動。

吉恩被處以在家閉門思過。露瓊是法律嚴令禁止製造的〈原形涅安〉，而吉恩私自運用原形涅安一事曝光，使得他被解除真理部次長一職。而來到吉恩宅邸見他的直美。其真實身分為守護局神祇官。兩人交換在火星遇到的那位名為操偶師之人的情報。認為其背後肯定與簒奪者有所牽連。另一方面，關於被囚禁在真理部的露瓊，真理部與守護局正商討著要如何處分她。守護局認為要馬上將她解體。真理局則是主張她是真理局管理下的資產。直美也現身於雙方的談話現場。同一時刻，一道神秘黑影接近了露瓊。

不朽九人之一“雙頭的亞格斯”艾斯與艾莉斯兩姊弟告別了露瓊。為了查明“閃光的希爾維雅”所說的「妳對自己一無所知」這句話，露瓊與亞許以及諾伊德一起來到了父親羅伊・容格哈特的宅邸，並在那裡見到了吉恩。露瓊一行人像是被引導般來到宅邸下方。那裡是以外部記憶體保存容格記憶的〈記憶圖書館〉。露瓊順著容格的記憶，探究著自身的秘密。〈CODE EVE〉究竟是什麼？容格真正的目的為何？就在這時，一名少女出現在露瓊面前，她稱自己為『希安』，是露瓊的妹妹…。

露瓊在不朽九人一的“不動的格勞芬”與亞格斯以及希爾維雅的進攻下陷入苦戰。就在這時，伊甸現身救場。他的真實身份是不朽九人一的“漆黑的諾瓦爾”。面對拒絕加入自己陣營的諾瓦爾，希爾維雅向他展開攻擊。吉恩試圖前去露瓊身邊。但格勞芬阻擋在前。這時篡奪者的太空船出現，希安亦來到現場，局勢變得更加混亂。露瓊與希安雙雙變形為鬥士，兩人的戰鬥能力不相上下。希安真的是露瓊的妹妹嗎？就在這場死鬥僵持不下時，趕到現場的直美，對露瓊提了出一個提案。

為了拯救吉恩，阻止不朽九人的陰謀，露瓊與直美出發前往金星。就在她們兩人與伊甸和亞許商討作戰時，意外發現偷溜上船的希安。恢復意識後的希安，她的個性完全轉變，像個孩子一般。是真心將露瓊當成姊姊般仰慕，並表示要一共前往金星。直美表示不可能帶她一起去。結果希安死抓著露瓊不放，無奈只能帶上她共行。看著露瓊與希安情同姊妹般的來往，直美內心出現一種複雜的心情。另一方面，抵達金星的希爾維雅一行人帶著吉恩見到了操偶師，接著被帶到了一個房間，在那裡等待著他的，是個令人懷念的光景…。

宇宙船遭受攻擊，迫降金星。露瓊一行人為了前往希爾維雅與吉恩所在的移動嘉年華而向〈造雲設備〉前進。但他們的動向早已被希爾維雅所掌握，露瓊與直美，尹甸、亞許以及希安被迫兵分兩路行動。注視這一切的操偶師對被捕的吉恩講述起艾娃・克利絲緹勒與CODE EVE的過去。吉恩不斷向希爾維雅喊話，希望她停止對人類發起反叛。然而她卻堅持掀起戰火。艾斯也對兩人對談中產生的新事實感到震驚。吉恩對這樣的他，說出了自幼對不朽九人的想法。

目擊操偶師真面目的亞許逃了出去。露瓊與直美找到了吉恩。但她們卻對趁亂逃出吉恩所表現的舉止覺得有異。取回伊德的伊甸變形為鬥士，與格勞芬展開了戰鬥。兩人為了心中的信念與重視之物相互衝突。同一時間，被操偶師捉住的希安，被奪走了意識走，並被要求達成某項任務。

隱藏操偶師在面具底下的真面目，是早已死亡的容格。在詫異的露瓊以及希爾維雅等人面所揭開的真相。容格的計畫與他所期望的世界。一切都是容格所打造的劇曲，露瓊等人不過是掌握在他手中的傀儡嗎？