En un mundo en el que los humanos conviven con unos androides llamados Neans, Rouge, una joven empleada del gobierno, tiene que seguir la pista de unos Neans muy poco comunes: los Nueve Inmortales. Mientras un misterioso personaje causa problemas en la ciudad, Rouge recaba información sobre una mujer llamada Sarah.

De camino a su nueva misión, Rouge y Naomi viajan de incógnito entre la población civil. En el viaje conocen a una periodista y a un médico, pero unos mercenarios atacan su transporte.

Rouge y Naomi llegan a un pueblo donde hay un asentamiento Nean. Su próximo objetivo parece estar allí, pero la entrada al campamento está estrechamente vigilada. Un doctor llamado Afdal podría ser el pasaporte de nuestras protagonistas para poder entrar.

Apresada por el Consejo de Neans Libres tras el asesinato de Juval, a Rouge la interrogan los líderes rebeldes. Mientras, las fuerzas de Ochrona atacan el asentamiento.

Rouge está en manos del misterioso marionetista mientras Naomi acude en su búsqueda para rescatarla.

Naomi y Rouge viajan de nuevo a la Tierra, pero una serie de asesinatos en la nave y un misterioso joven las llevarán a una situación complicada.

Naomi tiene una charla con Gene y la situación se sale de control por completo. ¿Quién es Naomi realmente?

Rouge se reúne con Gene y los dos visitan la biblioteca de recuerdos del doctor Junghardt. Rouge rastrea sus recuerdos para aprender sobre sí misma, el Código Eve y los objetivos del doctor Jung.

Los Alters han lanzado un ataque contra la sede de Aletheia. Rouge y Gene ya están luchando por su supervivencia cuando Cyan interviene...

De camino a Venus, Rouge, Naomi, Ash y Eden descubren que Cyan se ha autoinvitado a bordo de su nave. Los otros miembros de los Nueve Inmortales, mientras tanto, se reúnen para comer y rememorar tiempos de calma pero pasados.

El grupo protagonista llega a Venus cargando con Cyan mientras el Marionetista y el resto de los Nueve Inmortales preparan el final de su plan.

El Marionetista se hace con Cyan, Gene se reúne con Rouge y comienza el acto final. ¿Qué futuro espera a los Neans? ¿Qué secretos se desvelarán? ¿Quién mueve los hilos de todo?