2128년 화성. 캐널시티의 클럽에서 공연하는 가수, ′사라 피츠제럴드′는 ′루쥬 레드스타′라는 수수께끼의 소녀를 만난다. 비슷한 시기, 인조인간 <네안>의 생명 유지에 필요한 약품 <넥타르>의 밀매상들이 누군가에게 습격당하는 사건이 일어난다. 그 밀매에는 사라의 애인이자 넥타르의 제조원인 ′파나케이아 코퍼레이션′의 화성 지사 중역 ′허먼 헤이워드′도 관여하고 있었다. 무대를 마치고 허먼과 함께 있던 사라의 곁에도 나타나는 습격자. 위기를 피한 그녀에게 접근하는 수수께끼의 남자. 그리고 루쥬 앞에는 ′나오미 올트만′이라고 자칭하는 여자가 나타나 사라에 대한 정보를 건네주었다. 사라에게 숨겨진 과거, 그리고 루쥬의 진정한 목적은?

다음 <임모탈 나인>의 단서를 찾아 화성의 황야를 달리는 버스에 탄 루쥬와 나오미. 버스에는 네안에 대한 차별을 조사하는 언론인 여성, ′질 스터전′ 외에 제각기의 사정을 가진 승객도 있었다. 그리고 갑자기 버스를 습격하는 무장단체. 허먼이 사라의 원수인 루쥬를 잡기 위해 용병을 고용한 것이다. 승객과 함께 추적극을 펼치는 루쥬와 나오미. 루쥬는 버스가 고장 나 도망간 숲속에서 한 남자와 마주친다. 일찍이 화성에서 일어난, 지구인과 외계인 <방문자>의 연합군과 적대적 외계인 <찬탈자>의 전쟁, 그 전쟁터에서 유적 조사를 하고 있다는 남자. 그와 루쥬의 눈앞에서 남아있던 찬탈자의 전투 무기가 깨어나고 만다.

화성 웰스 타운에 도착한 루쥬와 나오미. 이 마을에 있는 네안 거류지에 임모탈 나인 중 한 명인 환영의 베르데가 있다고 한다. 그러나 거류지에는 관계자 이외에는 들어갈 수 없다. 두 사람은 레스토랑에서 작전을 논의하지만 어쩌다가 말다툼을 벌이고 루쥬가 가게를 뛰쳐나온다. 외딴 마을에서 헤매는 그녀는 같은 버스에 탔던 의사 ′아프달 바샤르′와 조수인 네안 소년 ′리온′과 마주친다. 거류지 내에서 일하고 있는 두 사람의 도움으로 잠입에 성공하는 루쥬. 그녀는 그곳에서 인류에게 차별받고 학대받는 네안들의 현실을 알게 된다. 그런 루쥬 앞에 나타난

화려한 쇼를 시작하는 이동 카니발. 한편, 루쥬는 유발의 살해 혐의로 CFN에 구속돼 있었다. 메시지 버드를 통해 탈출을 권유하는 나오미. 하지만 뒤에서 환영 베르데가 관여하고 있다고 알아차린 루쥬는 남기로 한다. CFN의 간부 ′뒤마′가 지휘하는 루쥬에 대한 심문. 그 무렵, 경찰은 유발의 살해 첩보를 입수하고 네안 거류지로 치안부대를 출동시킨다. 혼란을 틈타 루쥬를 구출하려 했던 나오미는, 역시 거류지 안으로 들어가려던 수호국 수사관 애쉬 스탈과 그의 파트너 네안 노이드 262와 합류한다. 치안 부대가 앞장 선 네안에 대한 탄압. 이 소란을 바라보는 아프달의 눈에 비치는 것은...

네안 거류지에서 환영의 베르데의 시신을 발견하는 나오미. 하지만 그곳에 루쥬의 모습은 없다. 그런 나오미 앞에 나타난 인물. 그는 이전에 찬탈자의 유적을 뒤지던 수수께끼의 남자였다. 그는 루쥬가 있는 곳을 알고 있으며 그곳으로 나오미를 안내하겠다고 한다. 한편, 붙잡힌 루쥬는 꿈인지 기억인지 모를 환상 속을 헤매고 있었다. 갓 태어난 자신의 모습. 상냥하고 따뜻했던 오빠 ′진 융그하르트′, 아버지 ′로이 융그하르트′와의 나날. 그리고 낯선 여자와 가면의 남자. 그 즈음, 남자와 함께 어느 장소를 찾은 나오미. 그곳은 이동 카니발이었다. 나오미는 루쥬가 그 안에 있다는 남자, 에덴 발록이라고 자칭하는 그와 함께 이동 카니발로 잠입하려 하고 있었다.

화성에서의 임무를 마치고 연락선을 타고 지구로 귀환하는 루쥬와 나오미. 두 사람은 옆 객실 승객인 ′아에스 마키아스′와 ′아리스 마키아스′라는 쌍둥이 남매를 알게 된다. 인형술사 곁에서 본 환상이 신경 쓰이는 루쥬. 그는 자신에게 무엇을 하고 있었는가? 같은 연락선에는 귀환 명령을 받은 애쉬와 노이드도 타고 있었다. 그리고 갑자기 그들 앞에서 발생하는 살인사건. CCTV 영상을 확인하여 범인을 곧바로 잡았지만, 같은 시각에 다른 장소를 비추는 카메라에도 그의 모습이 담겨 있었다. 혼란스러워하는 애쉬를 놀리듯 일어나는 제2, 제3의 살인사건. 애쉬는 용의자로 나오미를 구속한다. CCTV에 살인을 저지르는 그녀의 모습이 담겨 있었기 때문이다. 결백을 증명하고 진범을 잡기 위해 루쥬와 나오미가 움직이기 시작한다.

자택 근신을 계속하는 진. 루쥬는 법률로 제조가 금지된 〈프로토 네안〉으로, 진이 사적으로 프로토 네안을 사용하고 있던 것이 들통나면서 진리부 차장 자리에서 해임당한 것이다. 그런 그를 찾아온 나오미. 그녀의 정체는 수호국 신기관이었다. 화성에서 만난 이동 카니발과 인형술사라는 남자에 대한 정보를 교환하는 두 사람. 그 배후에 찬탈자가 있음을 확신한다. 한편, 진리부 본부에 감금돼 있는 루쥬. 진리부와 수호국 사이에서 그녀의 처분에 대한 검토가 이루어지고 있었다. 당장 해체해야 한다는 수호국. 자신들의 관리하에 있다고 주장하는 진리부. 그리고 그 자리에 나타난 나오미. 그즈음, 잡혀 있는 루쥬에게 의문의 그림자가 다가오고 있었다.

임모탈 나인 중 한 명인 ′쌍두머리 아르코스′였던 아에스, 아리스 남매와 헤어진 루쥬. ′섬광의 실비아′가 말한 ′넌 너에 대해 아무것도 모른다′는 말의 의미를 찾기 위해 애쉬, 노이드와 함께 전에 지냈던 아버지 로이 융그하르트 박사의 저택을 찾아가 진과 재회한다. 누군가에게 이끌리듯 지하로 내려가는 루쥬 일행. 그러자 그곳에는 융그하르트 박사의 기억을 외부 메모리로 옮겨 보관한 〈기억 도서관〉이 있었다. 융그하르트 박사의 기억을 더듬어 자기에게 숨겨진 수수께끼를 찾는 루쥬. 〈코드 이브〉란 무엇인가? 융그하르트 박사의 본심은? 그리고 이들 앞에 나타난 한 소녀. 자신을 루쥬의 여동생 ′시안′이라고 자칭하는데......

임모탈 나인 중 한 명 ′부동의 그라우폰′과 아르코스, 실비아와의 싸움에 고전하는 루쥬. 그러던 중 그녀를 구하러 나타난 에덴. 그 정체는 임모탈 나인 중 한 사람인 ′칠흑의 누아르′였다. 자신들과 행동을 함께하기를 거부하는 누아르를 향해 분노하고 공격을 가하는 실비아. 루쥬에게로 향하려는 진. 하지만 그의 앞을 가로막는 그라우폰. 게다가 모습을 드러낸 찬탈자의 우주선, 그리고 시안도 나타나면서 사태는 극도로 혼란스러워진다. 글래디에이터가 되어 싸움을 벌이는 루쥬와 시안. 두 사람의 능력은 막상막하다. 시안은 정말 루쥬의 여동생인가? 끝없이 사투가 이어지는데 마침 달려온 나오미가 루쥬에게 제안을 한다.

가면 밑에 숨겨진 인형술사의 정체는 죽은 줄 알았던 융그하르트였다. 동요하고 혼란스러워하는 루쥬와 실비아 일행에게 전하는 진실. 융그하르트의 계획과 그가 바라는 세계. 모든 것은 융그하르트가 만든 희곡, 루쥬 일행은 그의 꼭두각시에 불과했던 것인가?

인형술사의 본모습을 보고 도망치는 애쉬. 루쥬와 나오미는 진과 합류한다. 그러나 루쥬 일행이 찾아온 혼란을 틈타 도망쳐 왔다는 그에게 어딘가 위화감을 느낀다. 이드를 되찾은 에덴은 글래디에이터가 되어 그라우폰과의 전투를 시작한다. 서로의 신념과 소중한 사람에 대한 마음으로 맞붙는 두 사람. 그 무렵, 인형술사에게 붙잡힌 시안은 의식을 빼앗기고 어떤 역할을 지시받는다.

공격을 받아 금성에 불시착하는 우주선. 루쥬 일행은 실비아와 진이 있을 이동 카니발로 향해 <클라우드 플랜트> 안으로 들어간다. 하지만 그 움직임을 실비아 일행이 알아차리며 루쥬와 나오미, 에덴과 애쉬와 시안은 두 갈래로 나뉘고 만다. 그 상황을 지켜보는 진에게 그의 어머니 에바 크리스텔라와 그녀가 만든 코드 이브에 대해 이야기하는 인형술사. 인류에 대한 반란을 잠재우기 위해 실비아와의 대화를 이어가는 진. 하지만 완강하게 싸움을 멈추지 않으려는 실비아. 두 사람의 대화에서 드러난 새로운 사실에 경악하는 아에스. 그런 그에게 진은 어릴 적부터 품고 있던 임모탈 나인을 향한 마음을 이야기한다.