増加するレイバー犯罪に対し日夜奮戦する特車二課第２小隊。しかし第１小隊おさがりの旧式レイバーが大破し、遊馬と太田は新型レイバー受け取りのため、篠原重工八王子工場へ。そこにはレイバー適性検査を受けに来た新人巡査・泉野明の姿があった。その矢先、最新鋭レイバー・98式AV「イングラム」を乗せたキャリアが強奪され逃走。単身キャリアに追いついた野明は、乗り込んだレイバーを「アルフォンス」と命名し、起動を成功させる。

イングラムの正式導入を前に、奥多摩のレイバー教習所で特訓を受ける第２小隊メンバー。そこへニューヨーク市警から香貫花クランシー巡査部長が研修のために来日。香貫花を交えて、イングラムの披露と小隊編成の決定を兼ねた模擬戦が行われる。野明は遊馬、太田を負かして順当に勝ち進むが、香貫花も第１小隊の精鋭である五味丘を一蹴。野明と香貫花の対決となった決勝戦は、イングラムの稼働時間の限界まで長引く持久戦となる。

ついに特車二課にやってきた野明。研修データのインストールに始まり、マニュアル駐機、空き地の草刈り、食糧確保の釣りと、特車二課ならではの生活に馴染んでゆく。その日も平穏に過ぎるかと思いきや、整備班の高速艇が座礁。引き上げに向かった予備のイングラム３号機も太田が水没させてしまう。榊整備班長の不在中に失態を片付けようとする一同だったが、帰宅したはずの榊が特車二課棟に戻ってきた。引き上げ作業は間に合うのか!?

秋川渓谷のハイキング客から謎の巨大生物の目撃情報が入った。事態の真相究明は早くも警察内部でお荷物扱いの特車二課に押しつけられ、後藤らは地元警察や青年団と協力して現場の調査に乗り出す。山中での調査が難航するなか、太田の２号機が怪しげなレイバーを発見。一方、野明の１号機は件の生物と遭遇するが、素早い動きにあしらわれて取り逃がしてしまう。はたして巨大生物の正体は!?

御殿場に急行せよとの密命を受けた第２小隊。後藤にも地元警察にも詳細は知らされず、一同は不審を抱えたまま現場待機を強いられる。事態の真相は陸上自衛隊の試作レイバー「HAL X10」の無人暴走だった。X10は陸自レイバーの追撃も振り切り非常線を突破。イングラムはX10を造成地に誘い込み、相手の弾切れを待って押さえ込みにかかるが、パワー負けしてしまう。やむなく遊馬がX10に取りつき、操縦席から暴走を止めようとするが……？

多摩市に建設中の超高層ビル、タワーシティで火災が発生。ビルを視察中だった海外要人らが地上200メートル付近に閉じ込められてしまう。第２小隊が救助に駆けつけるが、ビル内の通路には消防庁のレスキューレイバーが擱座。やむを得ずイングラムを屋上のクレーンで降ろし、外壁からビル内部へと侵入させる綱渡りの作戦が執られる。地上で警視庁幹部やマスコミが注視するなか、野明はビルに取り残された要人たちを救助できるのか!?

旧式と化してしまった＜97式パイソン改＞で、レイバー犯罪に挑み続ける第１小隊。そんな彼らに、軍用レイバーとすら渡り合えそうな最新鋭のレイバー＜SRX-70＞をほとんど無料で使ってもらいたい、という話が転がり込んできた。一も二もなく飛びつく福島課長。南雲も精鋭で構成されている自分の部隊が、あの第２小隊よりも劣る機体を使わされてきた悔しさがあるだけに、ようやく汚名を返上できるとご満悦だったのだが…。

都内の渋滞解消の切り札として建設が進められている、首都環状20号線。その作業を何者かが妨害しているとの通報があり、遊馬・野明・ひろみの３人が派遣されることになった。行き先は、東京近郊の鬼降村。その名を聞いて、ひろみは、昔読んだ早世してしまった娘を見て乱暴な鬼が心を入れ替え、娘を偲んで供養するという民話を思い出す。そして今回の事件は鬼の祟りかも知れない、と想像してしまうのだった…。

公安部外事１課に所属する高畑と名乗る男が、後藤に協力を要請してきた。テロリスト・犬走一直が、酒田港に入港する輸送船に積載されているソビエト軍の最新鋭レイバー＜ドシュカ＞を奪取しようとしているとのこと。しかし後藤は、何かキナ臭いものを感じ取り、一言のもとに要請を拒否する。怒り狂う高畑。その殺気だった雰囲気を悟った南雲が間に入り、最後は二人ほど部下を貸すことで決着。酒田行きを命じられた野明と遊馬だったが…。

「'50年のクリスマスを探しにいく」来日していた香貫花の祖母、レイ・クランシーが、そうメッセージを残してホテルから姿を消したのは、クリスマス・イヴの夕刻だった。途方にくれる香貫花だったが、その夜、第２小隊に待機命令が出てしまった。その少し前、東京港に数台のレイバーが夜の闇にまぎれて上陸していた。西独製の軍用レイバー＜ブロッケン＞４機と、ドクロのようなマスクの実験機＜ファントム＞。果たしてその目的とは!?

謎に包まれた敵の目的は、対レイバー用電磁兵器の実戦データの収集だった。＜ファントム＞の電磁波を正面から浴び、作動不能に陥る２号機。太田も捕虜の身となってしまう。野明も１号機で奮闘するものの、圧倒的な戦力差に苦戦、退却を強いられる。そして野明と入れ違いに、＜ヘルダイバー＞の実戦データを得ようと東京テレポートに潜入する陸自の不破。さまざまな思惑をはらみつつ、事態は緊迫していく。

正義の射撃バカ・太田功に見合いの話がやってきた。しかも相手は美人で良家のお嬢様・藤井綾乃。 張り切って見合いに臨んだ太田は緊張のあまり彼女の前で池にはまるという始末。これで望みはなくなったと思いきや、意外にもデートのお誘いが! 舞い上がる太田、仰天する第２小隊の面々。さっそく冷やかし半分に初デートの心得をレクチャーする一同だったがデートではドジの踏みっぱなし。しかし綾乃は気にするでもなく、優しく微笑みかけるのだった。

「オアシスの国」と呼ばれる小国から来日したウル王子。レイバー好きのウル王子は公務を影武者に任せ、特車二課に住み込んでイングラムを乗り回す始末。その直後、東京テレポートで捕獲したブロッケンが盗まれ、視察中の王子の影武者を狙う事件が発生。見かねた本物のウル王子は危険をかえりみず、自ら現場に向かうと主張する。ブロッケンと暗殺者の凶弾に狙われた怒りのウル王子は野明とイングラムに乗り込み、反撃を開始する！

警備部対抗の柔道大会に渋々参加した第２小隊の男性陣。ところが意地になった遊馬と太田が負傷。直後の出動は、香貫花が野明の１号機を指揮するが、香貫花の指示を野明が聞かず被害が拡大。ふたりの間に摩擦が生まれてしまう。南雲から「第２小隊の弱点は人間関係の複雑さ」と指摘された後藤の秘策はおでん屋台？　コップ酒をどんどん空ける第２小隊メンバーが酔って漏らしたそれぞれの本音と、香貫花が最後に流した涙の理由とは？

東京湾に迷い込んだザトウクジラ。クジラは「ザトちゃん」と命名され、第２小隊は見物客の整理に駆り出される。しかし海上保安庁の救出作戦は失敗。クジラに詳しい山崎の提案で仲間の鳴き声を流し、一時は湾外への連れ出しに成功するものの、翌日には戻ってきてしまう。飽きが早い世論は冷え込み、対策本部も解散。期待されない第２小隊に出番が回り、山崎は海上保安庁の中古レイバーで海中へ。そこにはなんと新たなクジラの姿が……。

札幌雪まつりに派遣された第２小隊。その背景には雪まつりを狙う過激派の犯行声明があった。会場で野明は第２小隊に家を壊され、引っ越しを余儀なくされたサトルという少年に出会う。そんななか犯行声明で予告された爆破事件が発生！　続く爆破を阻止すべく、雪像に隠された爆弾を必死に探す野明たち。その姿を見て、次第にサトルは心を開き始める。爆破までの時間が迫るなか、サトルは雪像にもうひとつの爆弾が埋められた跡を発見する！

第２小隊の謎多きボス・後藤喜一。その後藤の身辺に不審な嫌がらせが多発。エスカレートした嫌がらせは、第２小隊の出動先にまで及び、ついにはイングラムが民家を破壊してしまう事態に発展してしまう。海法警備部長と福島課長は後藤の責任を追求するが、逆に後藤は失態の影に意外な人物の存在を指摘。見事おとがめなしとなる。しかし安心したのもつかの間、当の犯人が「後藤憎し」と自作レイバーで特車二課棟に乗り込んできた！

新入隊員は芸能人!?　レイバー安全週間のパレードに向けて、人気絶頂のアイドル・松本加奈にイングラムの操縦を教えることになった第２小隊。自らを「先輩」と慕ってくる加奈と、加奈には甘すぎる男連中に野明も困惑気味。ところが身代金目的で加奈を狙った誘拐犯に、誤って野明のほうが誘拐されてしまった！　犯人は野明と引き換えにイングラム引渡しを要求。野明の身を案じた第２小隊メンバーは、秘密裏に救出作戦を決行する！

工事中の大深度施設、東京ジオシティにて爆破テロ発生！　残りの爆弾と最下層にいるテロリスト捜索のため、第２小隊が召集された。野明は爆弾処理に秀でた香貫花とイングラムで地下へ降りるが、ジオシティの先の地底湖に潜んでいたのは犯人ではなく、付近の神社で竜神として語り継がれる巨大生物だった！　破損した香貫花の２号機を連れ、必死に地上を目指す野明。その行く手に巨大生物と仕掛けられた爆弾のタイムリミットが迫る！

口喧嘩がこじれて仲違いした野明と遊馬。そのせいで第２小隊全体が気まずい雰囲気に。一方、自衛隊と民間警備会社のレイバーが伊豆大島での演習中に襲撃される事件が発生。両者を破壊したのは、東京テレポートを襲ったレイバー「ファントム」だった！　一連の事態をイングラムをおびき出す策だと読んだ後藤は、改修中の３号機を受け取るため遊馬を篠原重工へと派遣。野明は遊馬へのわだかまりを残したまま伊豆大島へと赴く……！

伊豆大島を舞台にしたファントムとの決着戦。姿を消していたファントムは夜半に再上陸。続いて第２小隊も上陸し、太田の２号機が先陣を切って戦うが、先の戦闘データで強化されたファントムに敗北。援軍に来た陸上自衛隊の空挺レイバーすらもファントムに退けられてしまう。遊馬と３号機の到着を待てずにとうとう飛び出してしまった野明。野明は朝焼けの三原山でファントムと死闘を演じるが、そこへさらにもう１機レイバーが出現した！

レイバー講習会で野明たちが出会った極道の藤岡組長。レイバー集めが趣味の組長は野明たちを気に入って、屋敷に呼んだり特車二課前でレイバーを乗り回したりと上機嫌。ところがライバルの大那組組長にカスタムレイバーを自慢され意気消沈してしまう。ならばと藤岡組長は警察無線を盗聴し、野明たちより先にレイバーを取り押さえて名を上げようと張り切るが、同じことを企てた大那組組長と現場で鉢合わせ。ついにレイバー抗争勃発か!?

半年間の研修を終え、アメリカに帰国する香貫花。彼女が特車二課を辞し、ニューヨーク市警へのレポートをまとめていたころ、第２小隊メンバーはお別れパーティー準備のため、あろうことか香貫花の部屋にこっそり侵入……。支度中の一同は香貫花のパソコンに残されたメンバーの個人データを盗み見てしまい、おまけに自身の分析結果に腹を立てた太田が部屋で大暴れしてしまう！　取り返しのつかない事態を前に一同は無事撤収できるのか？

別れの舞台は新東京国際空港。香貫花を見送る第２小隊メンバーだったが、彼女が乗ったジャンボ機が滑走路で緊急停止。機内にはハイジャック犯が潜り込んでいた！　犯人は以前に第２小隊が捕らえた過激派・犬走の釈放を要求。香貫花はスチュワーデスに変装し、操縦席から犯人の隙をうかがう。異常に気づいた第２小隊メンバーも管制塔から香貫花との通信に成功。香貫花とイングラム無き野明たちは、ハイジャックを阻止できるのか!?

第２小隊から香貫花が去り、２号機の指揮担当が進士に交代。しかし弱気な進士では太田をコントロールできず、出動現場で大揉めに。自らの警官としての適性に思い悩む進士。商社時代の先輩から引き抜きの声もかかり、破格の待遇に思わず気持ちが揺らぐなか、進士は迷いと辞表を抱えながら現場に出動。ところが先に陣取っていた機動隊の嫌がらせを受け、溜まりに溜まったストレスがついに爆発。太田より先に進士が暴走してしまうこととなり……。

香貫花の穴を埋めるべく、第２小隊に新隊員・熊耳がやってきた。料理にデータ整理、レイバーの操縦までこなすという熊耳に周囲は沸き立つが、遊馬は有能な熊耳がイングラムの操縦者になるのではと考え、危機感のない野明に発破をかける。熊耳の加入で変化のきざしを見せる第２小隊。そこへ立てこもり事件が発生し、後藤は熊耳のポジションを２号機指揮担当と発表する。新編成となった第２小隊は熊耳の作戦で犯人を追い詰める！

老朽化した巨大な洋館で実施されたイングラムの屋内訓練。ところがイングラムの不調に始まり、謎のメッセージ、怪しい人影など怪奇現象が続発。地元民から噂を聞き出した進士は、江戸時代から続く土地の因縁話を披露し、怪談が苦手という熊耳の思わぬ弱点まで発覚してしまう。さらに夜間訓練中の野明は中庭で不思議な男の子を目撃する。男の子が指差した場所を掘り起こす第２小隊の面々。野明たちが目の当たりにした怪奇現象の原因とは!?

陸の孤島、特車二課棟。そこで働く人々は中華料理屋「上海亭」からの出前を唯一の生命線としていた——。ある日、いつも通りにかけたはずの電話が、空腹で腹を立てた太田のために交渉決裂。いつまで経っても届かぬ出前に一同は我慢の限界を迎え、整備班のシゲの号令で上海亭への突撃を開始する。しかし現場で彼らを待っていたのは、想像を絶する惨劇だった……。数少ない生存者、熊耳が明かす「上海亭出前事件」の恐るべき真相とは!?

小笠原で極秘に行われた自衛隊のレイバー演習を何者かが強襲。謎の黒いレイバーは自衛隊機を全滅させ、浜辺に「ぐりふぉん参上」と記して姿を消す。グリフォンを貨物船で回収したのはシャフトの内海、そしてグリフォンの搭乗者はバドだった。内海は洋上で次の標的をイングラムに定める。一方、特車二課ではイングラムを下取りに出し、廉価版を導入する計画が浮上。その廉価版が出展される晴海のレイバーショウに内海と黒崎が現れた！

晴海で東京国際レイバーショウが開幕。警備にあたる野明と遊馬は、会場で内海とバドに再会する。イベントは無事に閉幕したものの、出展されたイングラムの量産機「エコノミー」の実力が気になる遊馬は、篠原重工に頼み込んで試乗。そこへ煙幕とともに突如グリフォンが出現した！　常識離れした動きを見せるバドのグリフォンは、太田の２号機と遊馬のエコノミーを一蹴。ただ一人残った野明の１号機はグリフォンを食い止められるのか!?

晴海を襲撃したグリフォンは空へと消えた。太田の２号機は大破し、遊馬と熊耳は負傷。第２小隊の戦力は激減し、野明は自身の力不足を痛感する。内海は墜落事故に偽装してバドとグリフォンを山中から回収。イングラムとの再戦計画を練るが、その裏で内海の独断専行を見かねたシャフト上層部は独自の警備組織「SSS」を召集していた。さらにSSSを追って米国からかつての仲間、香貫花も来日。宿命の再戦を前に、役者たちが集まり始める——。

内海とグリフォンの確保に動き出したシャフト上層部。しかし内海はSSSの包囲網を抜け、研究所からグリフォンごと逃走。海上ルートで東京へ向かう。一方、第２小隊は東京湾の大突堤、通称「バビロンの城門」でSSSがグリフォンを待ち伏せると予想。イングラムに重火器を装備させて大突堤に配置し、迎撃体制を組む。その夜、ついに貨物船からグリフォンが出撃。大突堤を舞台に第２小隊、グリフォン、SSSによる三つ巴の戦いが始まる……。

大突堤に上陸したグリフォンはSSSのレイバー部隊を圧倒。続いて到着した野明はイングラムでグリフォンの前に立ちはだかるが、足元を動き回るテレビクルーのせいで力を発揮できない。一進一退の攻防を繰り返す二機の影で、SSSはグリフォンに爆弾を仕掛けようとするが、野明の放った銃弾が爆弾に誘爆。イングラムとグリフォンは予想外のダメージを負ってしまう。爆発で気を失う野明の前に、再起動したグリフォンの影が忍び寄る——!!

大突堤での激闘は続いていた。野明の反撃と、太田たちの援護射撃はグリフォンを徐々に追い詰め、視界を失ったイングラムとグリフォンは機体の限界まで殴り合う。引き際を悟った内海はついにバドに撤退を命令。第２小隊はまたもグリフォンを取り逃がしてしまう。引き分けと呼ぶにはあまりにも惜しい結果に「いい勝負じゃ駄目だ」と涙を流す野明。戦いの数日後、帰国する香貫花を空港で見送る後藤は、怪しげな二人組とすれ違う……。

グリフォンとの死闘を終え、奥多摩の教習所で合宿訓練を行う第２小隊。和気藹々と訓練は進んでいたが、野明はまだグリフォン戦の手応えを感じられずにいた。ある晩、買出しに出た野明は、川を流れる一万円札を発見。その上流で不審な中年に遭遇する。付近を強盗犯が逃走中との情報も入るなか、野明のを心配した第２小隊メンバーは捜索隊を結成。野明を探す遊馬はその安否もさることながら、ここ最近の彼女の変調が気になっていた——。

度重なる太田の荒仕事のせいでレイバー保険が下りにくくなってしまった第２小隊。現場を把握するために派遣されてきた保険調査員のおばさん・尚代は持ち前の明るさで周囲に溶け込むが、太田だけはどうしても馴染めない。おまけに太田は尚代を連れた出動の際、玉突き事故を起こし意気消沈するが、後日レイバー保険が見直され、出動中の損害すべてに保険が下りることに。保険見直しの功労者、尚代との別れ際に見せた太田の男気とは？

第２小隊、地下迷宮（ダンジョン）へ！　多発する食料盗難を重く見た隊員たちは自警団を結成。その夜現れた犯人は、敷地内のマンホールで姿を消していた。捜索隊に選ばれた第２小隊だが、先行する太田と進士との連絡が途絶。野明たち残りのメンバーも地下道に赴く。そこに待つのは野生動物（モンスター）の群れ、盗まれた宝が集まる隠し部屋、そして恐るべき巨大生物（ボスキャラ）だった！　野明たちパーティーは無事生還できるのか!?

晴海でグリフォンに大敗したイングラムの量産機「エコノミー」の改良計画が山場を迎えた。篠原重工にテストパイロットとして赴いた野明は、改良機「マークII」の挙動に違和感を感じつつも、順調にテストをこなす。調整を繰り返し操作性が向上したマークIIを、太田や第１小隊の五味丘は評価するが、野明はどうしても不審を拭えない。テストの総仕上げは野明のイングラムとマークIIの模擬戦。特車二課の行く末を決める一戦の結果は——。

パトレイバー名物、怪獣退治再び！　首長竜「プレッシー」発見の報を受け、真夏の寂れた漁村に向かった第２小隊。ところがプレッシー騒ぎが報じられ、村に観光客が押し寄せてしまう。一連のブームの手回しが良すぎると怪しむ後藤たちが夜の海辺で見たのは、村おこしを目論んだ青年団と、プレッシーの上半身を着たレイバーだった！　一方プレッシーの下半身は海水浴場に出現。イングラムVSプレッシー（の下半身）、息詰まる南海の大決戦!?

バビロンプロジェクトの会議を警備する第２小隊。ところが会場のホテルのエレベーターで過激派のコンビが爆弾を誤爆。間抜けな犯人はそのまま屋上のラウンジに人質と取り残されてしまう。説得に応じない上、手持ちの爆薬で自ら足場を危うくしてしまう犯人。ラウンジが落下すれば地下の燃料パイプに引火する危険も判明し、現場は一刻の猶予もならない事態に。後藤は太田を犯人にけしかけ大胆な解決策に打って出る。その妙案とは!?

レイバーによるキャッシュディスペンサー強奪事件が立て続けに発生。犯人はかつて第２小隊が逮捕した過激派の犬走とハイジャック犯の猫渡、そしてふたりを保釈した猿滑の３人組だった。犯行現場に残された落書きに心当たりのある後藤は、犯人のひとりがかつて霞ヶ関ビルの爆破を企てた猿滑と推理。一方、３人組は次の目標を霞ヶ関ビルに定め、リターンマッチに闘志を燃やす。真夜中の都心を狙う３人組の計画を第２小隊は止められるのか!?

テレビ番組『はたらくお嬢さん』の取材を受けることになった野明。調子のいいテレビクルーの指示でわざとらしい演出も交えながらも収録は順調に進んでいたが、その矢先に自殺願望の男がレイバーで暴れる事件が発生。しかも警察の囲みを破って突撃したレポーターの桜山があっさり人質に取られ、そのうえ桜山は犯人を逆上させてしまう。捕まったレポーター自ら実況する前代未聞の生中継。「はたらくお嬢さん」こと野明はどうする？

ニューヨーク市警察に出張した整備班のシゲ。空港で旧知の香貫花に再会し、怪しげな通路を通って案内された先は大都会の地下に設けられたレイバー隊「CLAT」の秘密基地だった。どこかで見たような隊員たちと青いイングラムに面食らいつつも、シゲは持ち前の技術力で新装備を開発。そこへエネルギー結晶体を狙う悪の巨大ロボットが出現する。海を越えた摩天楼で展開されるテレビシリーズ最大の番外編、シゲはアメリカを救えるのか!?

近くて遠い、警察と自衛隊の微妙な距離。自衛隊の空挺レイバー「99式ヘルダイバー」の火力演習を第２小隊メンバーと見学した野明は、演習後に部隊長の不破からレイバーマニュアルを渡され、自衛隊でレイバーに乗らないかと誘われる。思わぬ人物から評価され、戸惑う野明。後日、野明はマニュアルを返そうと再び不破に会うが、ふたりの目の前を強盗犯が逃走。その追跡劇の最中、不破は野明の警察官としての資質に気づかされる——。

第１小隊に最新鋭レイバー、ゼロこと「AV-0」が導入されることに。ニューロンコンピュータを搭載し、イングラムを超えるスペックを持つゼロを前に、第２小隊も落ち着かない。太田との模擬戦から早くも性能を発揮したゼロだが、イングラムに愛着がある野明は状況を素直に喜べなかった。野明の迷いは現場でも現れ、犯人逮捕に手間取ったせいで第２小隊を再編成する話まで浮上。そしてついに野明は胸中の感情の正体に気づいてしまう。

前評判どおりの成果を上げる第１小隊のゼロ。そのころ野明の姿は北海道の郷里にあった。かつての愛犬「アルフォンス」との思い出を再確認した野明は、迎えに来た遊馬と再び東京へ。そこで待つのはレイバーテロを包囲した第１正体のゼロと第２小隊のイングラムによる共同作戦だった。現場に駆けつけた野明は自らアルフォンスと名づけ育ててきた愛機イングラムに再び乗り込む。「最後まで悔いがないように使うのが私の責任なんだ……！」