Le commandant Zentradi Britai Kridanik et son archiviste, Exsedol Folmo, commencent à soupçonner que les humains (ou "miclones") sont la "Protoculture" depuis longtemps perdu et envoyernt des vagues d'attaque pour tester leur théorie. Lors d'une attaque Zentradi, Global ordonne une transformation du Macross pour lutter dans ce mode. Toutefois, le passage se révèle désastreux pour les civils innocents et les infrastructures. Roy et Minmay convainquent Hikaru se joindre à la flotte UN Spacy sur le Macross pour qu'il puisse continuer à voler.

En utilisant une anomalie défensive laissé par la disparition des systèmes fold, ainsi que les anneaux de Saturne pour cacher le Macross, Misa et Claudia élaborent une nouvelle attaque stratégique contre les Zentradiens.

Une chaîne de télévision est lancée sur le Macross, et pour célébrer l'évènement, un concours de beauté pour élire la première Miss Macross à lieu. Minmay participe, mais, ce faisant, elle finit par manquer le dîner avec Hikaru la même nuit. Un vaisseau-espion Zentradi se rapproche du Macross et avec Max et Kakizaki en congé, Hikaru doit l'intercepter seulement.

Après avoir été capturé par les Zentradiens, Misa, Hikaru et Kakizaki sont "interrogés" sur la culture humaine par Britai, Exsedol et le commandant suprême de toutes les forces Zentradi, Golg Boddole Zer. Ils découvrent que les Zentradiens n'ont aucun sens de la culture et que l'intimité entre les hommes et les femmes est crainte. Max, après avoir été séparé des autres, élabore un plan pour les sauver. Pendant ce temps, Minmay commence une carrière de chanteuse sur le Macross.

Comme les 4 prisonniers miclone tentent de s'échapper, une redoutable femme pilote Zentradi, Milia Fallyna, tente d'approcher le Macross sur son armure Queadluun-Rau pour aider à infiltrer les 3 espions Zentradiens - maintenant micronisée à taille humaine.

Max rencontre Milia dans le parc et un combat au couteau entre les deux s'ensuit quand elle révèle qu'elle est une Zentradie. Max la bat pour la troisième fois, en épargnant sa vie, et ils tombent amoureux. Milia décide de rejoindre le Macross et leur mariage immédiat marque la première union entre humain et Zentradi, provoquant des célébrations partout le long de la ville Macross. Boddole Zer, d'autre part, n'aime pas l'idée et prévoit de régler la "contamination" de la culture humaine une fois pour toutes.