2040. Sur la colonie planétaire Eden, le ministère de la Défense teste les nouveaux avions transformer du projet Super Nova, un système de défense ultra-sophistiqué destiné à contrer des attaques extra-terrestres.Isamu Dyson, jeune pilote d'essai téméraire et casse-cou entre en compétition avec Guld, un ennemi de toujours engagé sur un projet concurrent. L'arrivée de Myung, l'ex-petite amie des deux pilotes, ne fera qu'aggraver la tension entre les deux pilotes.

Isamu, de retour à la base, rivalise de nouveau avec Guld pour le titre du meilleur pilote et la conquête du cœur de Myung, la productrice de la cyber-pop star Sharon Apple... Mais un message alerte les pilotes que Myung est en danger et ils volent tous les deux à son secours. La rivalité des deux pilotes risque de tourner en un violent combat aérien...

Furieux d'apprendre que les essais des Stealth Valkyries ont été brusquement interrompus, Isamu et Yang se dirigent vers la Terre pour se venger du Valkyrie sans pilote, le "Ghost X-9". Guld, qui a également appris la nouvelle, se lance à leur poursuite pour une ultime bataille. Les deux chasseurs s'affrontent au milieu des missiles d'interception tirés depuis la Terre. Au cours de ce combat à mort, Guld se souvient d'un événement fatidique qui était resté gravé dans sa mémoire.

Pendant ce temps, à Macross City, Sharon Apple absorbe les pensées de Myung et les transforme de façon terrifiante. Elle a désormais le contrôle total de la ville et de l'esprit de ses habitants. Sharon envoie le "Ghost X-9" à la poursuite d'Isamu et de Guld.