地球圈联邦‧独立治安维持部队“A-LAWS”，以不人道手段对反政府势力“卡达鲁”执行镇压、歼灭任务。纯源的干部克劳斯告知希琳，要加快在建设中的殖民地“荣誉”的同志救出作战。成为技师的沙慈在那个殖民地工作，却因为同僚是卡达鲁的成员而蒙上不白之冤，遭到A-LAWS的保安局人员逮捕，被送到高重力区进行强制劳动。

得知莱尔是卡达鲁成员的刹那，对莱尔表示若他有改变世界的意思，就加入天上人。另一方面，A-LAWS军本部也因为敢达再度出现而显得慌张。卡蒂．马涅钦、安德列等人接连受到荷马‧片桐司令徵召。此外还出现了神祕的面具男子身影。

阿里路亚被拘禁在反政府势力收监设施里。面对监督审问的皮里斯，阿里路亚对“玛莉”的呼唤未能传达给对方。　托勒密号组员得知了阿里路亚被关押在收监设施的事。面对一直不肯明确表态加入天上人的皇，刹那开口要求她订立援救计划。

A-LAWS为了展开下次作战，召来林特少校。卡蒂在分析前次与托勒密号的作战时，感觉到某些东西。纯源的干部克劳斯等人意图与天上人进行接触，而忧心玛莉娜行踪的希琳，也要求与他们同行。林特将水中用MA编入作战的追击，正逼近航向转往阿拉伯海的托勒密号。

联邦政府反过来利用天上人的出现，宣扬A-LAWS的重要性。这全是利冯兹进行情报操作下的指示。此外，利冯兹不只掌握变革者，还利用某个人物在世界上引发更大的波澜，试图推动统合计划。与卡达鲁会合的天人，得到克劳斯表明愿意全力协助的声明。另一方面，在非自愿状态下一再被卷入战事的沙慈，采取了某种行动。

纯源的士兵们因为A-LAWS的攻击而倒下。士兵临终前低喃的语句，令皇想起可憎的过去并因此昏厥。同一时间，从林特口中听取战果报告的卡蒂，也因为过当的作战而面色凝重。亲眼目睹攻击惨况而感到消沉的皮利斯，收到谢尔盖的来信。为皮利斯的心情著想的字句，令她感受到谢尔盖的关心，却也再度认清自己身为超兵的立场，重新立定投身战场的决心。

虽然靠著恢复意识的皇的作战，让托勒密号脱离战线，但是却无法捕捉到与皮里斯的先驱式一同坠落的堕天使。另一方面，迫降在海岸线的阿雷路亚与皮利斯离开MS，直接对峙了。

与自己有相同容貌的维珍尼出现，令提耶利亚感到惊愕。但是，维珍尼所洩露的变革者情报，更是动摇提耶利亚的内心。之後，取得A-LAWS的高官们将於宴会齐聚的情报，天人成员让刹那与提耶利亚潜入其中进行侦察任务。

刹那与提耶利亚和撒祖斯所驾驶的权天使对峙。虽然提耶利亚愤怒地攻向洛奥的仇人，却被对方的攻击力压倒。莱尔从提耶利亚的言谈中，得知撒祖斯就是杀死兄长尼尔的仇人。

在伊恩等人为00的支援机0强化战机进行调整时，A-LAWS又使用了新兵器。那惊人的威力令A-LAWS、以及利冯兹面露喜色。对他们的做法感到愤怒不已的提耶利亚，终於将变革者的存在告知天人的组员。

遭到A-LAWS突袭的托勒密号试图紧急脱逃，但是卡蒂的战略与新型MS令尖兵们陷入苦战。这时候，00的双重动力装置发挥出真正的能力。

A-LAWS的MS部队，逼近对卫星兵器【死兆炮】发动攻击的卡达鲁宇宙舰队。希林格的MS则是向刹那接近。不过，那是担任诱饵的刹那所做的刻意引诱。

遭受变革者发动的猛攻，托勒密号在受损的情况下降落到地球上。刹那前往地球寻找托勒密号，沙瑟斯驾驶的权天使钢弹却在此时出现了。

接受了卡达鲁的补给，托勒密号边航行边进行整修。为了突破联邦的包围网，00的战力是必须的，但是刹那至今仍未归舰。托勒密号只能采取守势应战，然而此时却传来联邦内部发生政变的情报。

A-LAWS突然撤退，这是因为收到联邦内部发生政变的情报。从卡达鲁方面捕捉到政变消息的刹那，将00的行进路线转向非洲。但是在那等著刹那的是，驾著新机体再度现身的武士道先生。

状况越发危急，而托勒密号在修理不完全的状态下无法打破现状。这时候，负伤的刹那为了完成现在应做的事，忍著伤势准备出击。接著，刹那对沙慈说出了某句话。

在轨道电梯崩塌的“崩柱事件”过後4个月，荷马等人接到一直保持沉默的天上人重新开始活动的报告。另一方面，提耶利亚对担心联邦将落入A-LAWS管控下的托勒密号组员提议，此刻应实行夺回韦达的作战。皇为此订立了以捕获变革者为要点的作战。

沙慈在混乱的战况中，寻找露意丝的机体。皮里斯也为了替施米洛夫报仇而搜寻著安德列驾驶的机体。与希林格交战时，刹那解放了双重动力装置的力量，使得00强化模组放出的粒子遍布战斗宙域周边。

即使被软禁在托勒密号，里凡穆还是一脸从容的微笑，对皇等人的问话也轻视般的不断做出敷衍的回答。这时候，菲特发出通讯告知蜜蕾娜被带走的消息。

留美发出的连络在隔了一段时间後送达，内容只有拉格朗日5所在宙域的座标。托勒密号的组员们感到可疑，但刹那却提议要过去。伊恩也因为琳达他们在那附近的天上人祕密工厂开发新装备而表示赞同，於是一行人前往留美的连络讯息中所指定的座标。希林格等人在先前的战斗中对00强化组件的力量感到咬牙切齿，开始怀疑在MS的性能之外，有什麼东西其他的影响。

将联邦军也统合在内的A-LAWS的大舰队，为了歼灭天上人而不断集结。古德曼等人在最後的决战前意气昂扬。在托勒密号上，认为战斗应有个了结的刹那等人彼此诉说决心。在最後决战前的短暂时光中，菲特将在实验室中培养的一株花交给刹那。那是过去，在当游击兵的少年时期也看过的、开在中东地方的花。

维珍妮终於展现出对利冯兹造反的意思。另一方面，A-LAWS与天人之战将卡达鲁、联邦军也卷入，战况极为激烈。此时，巨大的光束突然包围战场。

侵入敌方母舰的提耶利亚在那里得知惊人的事实。虽然托勒密号坚持采取防卫战，但是在敌人毫不休止的猛攻下被迫一路居於劣势。同伴们一个又一个倒下。彷佛是呼应著那生命之火一般，刹那发出怒吼。

刹那的00强化模组与利冯兹驾驶的MS 再生加农对峙。面对自称要领导人类的利冯兹，刹那展开攻击。另一方面，在托勒密号上，身体状态恢复的雷瑟回到舰桥，为了支援刹那而再度出动船舰。即使担心玛莉的安危，阿里路亚仍驾驶堕天使再战，与撒祖斯做出了断的莱尔则驾驶中度损伤的智天使再度回到战场。