En 2307, pour conserver son économie et son prestige, chaque nation continue d'agir dans son propre intérêt. Les conflits armés perdurent depuis le 21e siècle. C'est lors d'une démonstration des Enact de l'AEU et de l'attaque d'une station orbitale que débarquent de nouveaux MS appelés « Gundam ». Ils permettent d'annoncer au monde entier, du fait de leur élégance et de leur puissance, l'éradication de la totalité des conflits mondiaux par une mystérieuse organisation nommée « Celestial Being ».

Les pilotes des Gundam de Celestial Being, les Gundam Meisters, se font connaître grâce leurs agissements à la station orbitale de la LRH. Une vidéo d'un mystérieux homme, Aeolia Schenberg, définit aux yeux du monde entier le rôle cette armée privée naissante : éviter tout conflit armé dans le monde, notamment dans l'ex-Sri Lanka où sévit un conflit datant du 20e siècle.

L'intervention dans l'ex-Sri Lanka tourne au vinaigre pour Setsuna, le pilote de l'Exia : il se fait attaquer par un Flag de l'Union piloté par Graham Aker, un pilote d'élite du MSWAD. Ce dernier est d'ailleurs sur le point d'intégrer un Groupe d'Investigation Anti-Gundam au sein de l'Union. La nouvelle intervention de Celestial Being va-t-elle pouvoir se dérouler comme prévu ?

La 3e intervention de Celestial Being sur l'île de Ceylan ayant causé la mort de nombreux soldats, les membres de Celestial Being sont très rapidement considérés comme des terroristes. Du côté de la LRH, une unité anti-Gundam se forme autour du lieutenant-colonel Sergeï Smirnov. Mais ce dernier se voit confier une jeune fille, Soma Périès, sortant tout droit de l'Institut de Recherches Surhumaines.

Soma Périès, le Super Soldat nº 1, va tester dans l'espace son nouveau MS, le Tieren Taozi. Cet essai va attirer l'attention de Celestial Being, qui envoie en première ligne Allelujah. C'était sans compter la présence de civils sur la station orbitale de la LRH et une réaction inattendue d'Allelujah.

L'AEU est à deux doigts d'attaquer la Moralie, un petit pays dont la principale puissance est celle de PMC, une entreprise militaire privée spécialisée dans le développement des armes. Celestial Being se prépare donc à une nouvelle intervention en s'équipant davantage…

Un mercenaire nommé Ali Al-Saachez a pour mission de capturer un Gundam lors de l'intervention de Celestial Being en Moralie. Setsuna, face au MS du mercenaire, semble reconnaître une voix bien familière… Le monde entier continue donc à observer les faits et gestes de cette armée privée et à agir en conséquence.

L'intervention de Celestial Being en République de Moralie ne s'est pas passée sans encombres : des dommages collatéraux tant humains que matériels, mais surtout, l'agissement imprévisible de Setsuna qui était à deux doigts de révéler son identité fragilise davantage les liens entre Gundam Meisters. Mais l'émergence d'un nouvel ennemi, des terroristes s'attaquant aux civils, les met face à un nouvel objectif. Setsuna rencontrera au cours de cette mission la princesse d'Azadistan, Marina Ismaïl.

Marina Ismaïl, princesse du Royaume d'Azadistan, se lance dans des pourparlers avec l'ONU dans l'espoir d'obtenir gain de cause concernant l'énergie solaire. Dans le même temps, Celestial Being se rassemble dans l'espace sur le Ptolémée, mais la LRH prépare une stratégie pour contrecarrer les particules GN brouillant les ondes radio et ainsi repérer le vaisseau.

Le vaisseau de Celestial Being est tombé dans le piège de la LRH : les particules GN ont désactivé une zone de modules interactifs disposés dans l'espace. Repérés, un combat entre le Ptolémée et la LRH s'engage, mais la cible de ces derniers est tout autre…

Suite au combat face à la LRH, Allelujah confirme ses doutes : la pilote du Tieren Taozi provient du même institut que lui et a été génétiquement modifiée jeune à l'aide d'ondes cérébrales quantiques. Après longue réflexion avec son alter ego Hallelujah, il propose une nouvelle mission à la tacticienne Sumeragi ciblant cet Institut de Recherches Surhumaines de la LRH.

Marina Ismaïl est la princesse du Royaume d'Azadistan, une nation qui ne bénéficie pas de l'énergie et souffre de la crise du pétrole. Suite aux précédents pourparlers, l'ONU accepte de venir installer une nouvelle antenne réceptrice solaire, mais le pays est déchiré entre Réformistes et Conservateurs qui décident, pour manifester leur opposition, d'enlever la figure spirituelle Massoud Rachmadi et déclenchent ainsi une guerre civile.

La guerre civile faisant rage en Azadistan, Celestial Being est amené à intervenir assez rapidement, ce qui étouffe le coup d'État qui se préparait. Reste maintenant à déterminer la localisation de Massoud Rachmadi en laissant Setsuna, originaire des environs, faire une reconnaissance du terrain…

Celestial Being a publiquement libéré l'otage d'Azadistan devant des caméras du monde entier. Les trois blocs nationaux décident donc de riposter via l'organisation d'un exercice militaire conjoint de grande ampleur. Flairant le piège, la tacticienne hésite à faire intervenir les Gundam Meisters.

Les quatre Gundam Meisters sont envoyés dans le désert du Taklamakan, là où a lieu l'exercice militaire conjoint de la LRH, l'AEU et l'Union. Des milliers de MS sont présents et profitent d'un leurre terroriste pour capturer des Gundam.

À la stupeur générale, les quatre Gundam qui étaient sur le point d'être capturés se font sauver par trois nouveaux appareils fonctionnant également aux particules GN. Ce retournement de situation sauvant les Meisters de justesse pousse chaque camp à faire le bilan de l'arrivée mondiale de Celestial Being.

Les pilotes des trois nouveaux Gundam, Johann, Nena et Mikhaïl, décident d'aller rencontrer les Gundam Meisters de Celestial Being. Ce face-à-face tendu permet à chacun de mesurer les intentions et les volontés de l'autre. Les nouveaux Meisters informent qu'ils sont prêts à agir de leur propre chef suite aux dernières interventions de Celestial Being qu'ils jugent mitigées.

Après avoir défié Celestial Being, les Trinity agissent en tant que Gundam Meisters et commettent de plus en plus d'atrocités vis-à-vis des civils : l'objectif d'éradication des guerres perd lourdement en crédibilité auprès de l'opinion publique. Les interventions s'enchaînent, jusqu'à ce qu'ils arrivent en Espagne où s'est rendue Louise Halévy pour un mariage.

Dépassé par les interventions de Trinity, Setsuna prend les commandes de l'Exia pour les exterminer. Il est rapidement rejoint par le Virtue et le Dynamès. Acculés et effrayés par les conséquences d'un tel combat, les Trinity décident de battre en retraite en faisant part de quelques révélations sur les Meisters. Dans le même temps, Saji Crossroad se rend en Espagne voir Louise qui aurait été victime d'un accident l'empêchant de revenir au Japon.

Les doutes de Tieria se confirment : Véda aurait été piraté par un traître au sein de Celestial Being, qui a également permis de livrer en catimini des réacteurs solaires aux trois blocs nationaux, ce qui explique la récente alliance militaire contractée sous l'égide de l'ONU. Comment les Gundam Meisters vont gérer ce changement radical d'équilibre des puissances mondiales ?

Lockon a été sévèrement blessé en protégeant Tieria lors de la confrontation avec les nouveaux MS à réacteurs solaires, les GN-X. Ceux-ci, après leur échec contre le Ptolémée, décident d'en découdre une bonne fois pour toutes avec les Trinity. Setsuna décide d'intervenir et découvre un nouveau système hérité d'Aeolia Schenberg lui-même.

Le système Trans-Am a permis à Setsuna de s'échapper sous les yeux ébahis d'Alejandro Corner, la taupe de Celestial Being. Toutefois, le Throne Zwei de Mikhaïl a bel et bien été capturé pour revenir aux mains d'Ali Al-Saachez, l'ennemi juré de Setsuna, mais aussi celui de Lockon Stratos, désormais déchu de son œil directeur. Une bataille décisive dans l'espace se prépare et s'annonce difficile pour le Ptolémée.

En utilisant le système Trans-Am, Celestial Being arrive à avoir quelques heures de répit. L'équipage a du mal à encaisser la mort de Lockon Stratos, en particulier la jeune Feldt. De leur côté, les Nations Unies attendent de repérer le Ptolémée pour riposter, mais se retrouvent nez-à-nez avec un Mobile Armor non identifié.

Un MS des Nations Unies parvient à abattre une partie de l'équipage du Ptolémée, notamment Chris et Lichty. Setsuna et Lassé, de leur côté, démarrent leur affrontement contre l'Alvatore, le Mobile Armor venu soutenir l'ONU et piloté par le traître de Celestial Being, Alejandro Corner. Cette bataille décisive apportera-t-elle les réponses que cherchait Setsuna ?