アフリカにそびえるＡＥＵの軌道エレベーター付近にあるＡＥＵの軍事演習場では、最新鋭のＭＳ（モビルスーツ）・イナクトのデモンストレーションが行われていた。ユニオンの軍人、グラハムとカタギリは、観客席でそのパフォーマンスを眺めていた。そこに上空から、刹那の駆るガンダムエクシアが、イナクトと対峙するよう会場に降り立つ。血気はやるイナクトのパイロット、パトリックは、ソニックブレイドを引き抜き、エクシアに切りかかるのだった。一方、パーティーが催されている人類革新連盟の軌道エレベータの高軌道ステーションに、テロリストのＭＳが近付いてきていた。

突然、全世界に対する武力介入を宣言したソレスタルビーイング。それを受けた超大国家群の首脳陣は半信半疑のまま、他勢力の行動ではないかとも考え、その存在や応対についての議論を繰り返していた。そんな中、刹那たちは世界に自分たちの存在を示すべく、長年続いている民族紛争への介入へと行動を移して…。

ソレスタルビーイングによるセカンドミッションが終了し、ますます混乱する世界。そんな中、ソレスタルビーイングを名乗る老紳士の正体を突き止めたジャーナリストの絹江だったが、深まる謎に考えをめぐらせる。そして、人類革新連盟の指揮官・セルゲイは、ガンダムに破壊された跡地を確かめるべくセイロン島に向かい…。

人革連領地で軍事介入による死者の慰霊祭が行われる様子をモニタリングするプトレマイオスのクルーたち。そして、世界がガンダムに対して徐々に動きを見せる中、ユニオンに属する南米の国・タリビアがエネルギー供給権を主張し、独立宣言をする。それを牽制するため、軍を派遣するユニオン。さらにガンダムも動き出し…。

アザディスタン王国の皇女・マリナは各国へ援助要請をしようと、アザディスタンを後にした。その頃、日本の学生・沙慈とルイスは、研修旅行のために人革連の低軌道ステーションへと向かっていた。リニアトレイン内での一時的な擬似重力などを楽しむ2人。一方、アレルヤは次の任務のために宇宙へと戻っていて…。

ヨーロッパ南部の一国・モラリアは、ソレスタルビーイングの活動で経済が破綻しかけていた。そのため、モラリアの技術や軍事力を必要とするAEUは、合同軍事演習を行うことにする。その情報をキャッチしたソレスタルビーイングが、それに対して介入行動に移る。大規模なミッションを前に、ガンダムたちは集結して…。

モラリア軍、PMCとの交戦時の最中、かつて刹那の行動を管理していた傭兵・サーシェスの乗るイナクトと対峙したエクシア。サーシェスの操縦に翻弄され、刹那はままならない攻撃を続ける。自分の攻撃パターンを読まれているようなその動きに、少年兵だった過去の記憶を呼び起こした刹那は、思わぬ行動に出て…。

ソレスタルビーイングの行動が世界に変化をもたらす。それは紛争が減少するだけでなく、新たなる争いの火種ともなりえていた。そんな中、外交旅行中だったマリナの宿泊先近くでテロ活動が起こった。郊外へと避難する際、彼女は自国の出で立ちをした少年を垣間見る。それは情報を掴み、テロリストを追っていた刹那だった。

度重なるソレスタルビーイングの軍事介入に、ユニオン、AEUがほぼ静観の態度を示す中、人類革新連盟は対立の姿勢を崩さずにいた。探査装置を大量投入し、物量にものを言わせた索敵ミッションを遂行するセルゲイ。その真の目的は、ガンダムを捕らえることにあって…。

執拗な人類革新連盟の追撃に苦戦する刹那たちガンダムマイスター。悪化していく状況に、プトレマイオスの戦術予報士であるスメラギは苦悩して…。

辛くもガンダム鹵獲作戦を退けたソレスタルビーイング。その戦闘中、敵パイロットの超兵・ピーリスと共鳴する何かを感じたアレルヤは、人革連の施設にいた頃の自分と、それが発端で現れたもう1人の自分「ハレルヤ」のことを顧みる。そして、ピーリスとの接触で未だ超兵の実験が行われていることを確信したアレルヤは…。

アザディスタンは保守派と改革派とに分かれ、情勢が不安定になっていた。そんな中、保守派の筆頭であるマスード・ラフマディが拉致されてしまう。ユニオンの要請により、アザディスタンへと出兵する任務に就くグラハムたち。ソレスタルビーイングも、アザディスタンへの紛争介入を見越し、刹那を偵察に向かわせて…。

国連の軍派遣で、保守派と改革派の対立によるアザディスタンの内情は悪化する一方だった。その中で、自分の想いや行動が結果と結びつかず、悔しさを噛み締めながらも、調査を続ける刹那。そして、MSの反応を見つけた刹那だったが、かつて戦場で剣を交えたパイロットのグラハムたちユニオンの軍人と出会ってしまい…。

世界規模での大掛かりな軍事演習が計画される中、それを自分たちへの挑戦だとわかりつつ、それに対して介入作戦を試みるソレスタルビーイングのメンバーたち。一方、各陣営の準備が着々と進む中、グラハムは対ガンダム調査隊に新規で配備されるカスタムチューンしたユニオンフラッグの姿に、高揚感を隠せずにいて…。

ユニオンなど3つの陣営による大規模な対ガンダムの鹵獲作戦がついに展開された。その作戦が合同軍事演習の名を語ったガンダムを呼び込む罠だとわかりつつも、それに対して武力介入を行うソレスタルビーイング。だが、その3つの陣営による長時間に渡る絶え間ない攻撃に、ガンダムマイスターたちは疲弊していき…。

これまで知らされていなかった新しいガンダムマイスターたちと、スローネというガンダムの出現に困惑するプトレマイオスのクルーたち。初顔合わせとなった会談で、その言動と立ち振る舞いに刹那たちは眉をひそめる。会談を終え、プトレマイオスを立ち去った彼らは、スローネを駆ってMSWADの基地に強襲をかけるが…。

刹那は、スローネによる武力介入のあり方に疑問を抱いていた。だが、スローネの出現は、3陣営の代表者たちにソレスタルビーイングに対抗する手段と戦力が潰えたと考えを改めさせた。そんな中、ソレスタルビーイングのエージェントである王留美は、スローネたちの動向と存在について確認しようとしていて…。

スローネによる一方的で過激な蹂躙は、刹那にソレスタルビーイングの理念を自問させることになった。そんな彼らの行為を紛争幇助の対象と断定した刹那は、エクシアでスローネ3機を強襲する。3対1と不利な状態の中で、刹那を救ったのはティエリアだった。さらにロックオンも加わり、刹那たちはスローネを翻弄するが…。

ある情報の提供によって気持ちが1つにまとまった3陣営は、軍事同盟を締結した。打倒ガンダムの名目で統合されつつある世界。皮肉にもそれは、今までのスローネによる絶対悪としての行動からだった。世界が変革していく様子を複雑な思いで眺める刹那たち。一方、人革連基地に攻撃を仕かけていたスローネたちだったが…。

1つになる世界とソレスタルビーイングの本懐。変わりゆく世界の奔流に巻き込まれながら、スメラギは万一の事態に備えて動いた。そんな中、ロックオンはヴェーダとの関係などに悩むティエリアに声をかける。そこに響く敵襲のアラート。それは、各国の軍によるソレスタルビーイング殲滅のための攻撃だった…。

スメラギの作戦と新武装によるサポートもあり、なんとか窮地を脱した刹那たち。だが、その代償は小さなものではなかった。世界の統合が進み、ガンダムはもはや捕獲対象ではなく、殲滅対象として存在していた。世界統合軍の圧倒的な力に、押される一方のスローネ。そんな中でも、刹那の瞳はまだ輝きを失っていなかった…。

サーシェスの駆るツヴァイに翻弄される刹那とトリニティたち。その戦いで得たものはソレスタルビーイングの反撃の切り札となりえるように思えたが、代わりに失ったものも大きかった。その後、地球に下りていた刹那とラッセは、急いでプトレマイオスに向かっていた。一方、統合軍の宇宙艦隊も同様の場所に向かっていて…。

ジンクスの猛追に、傷付いていくガンダム。悲しむいとまもないままに、状況はマイスターたちを戦地へと駆り立てる。ロックオンの想いが、アレルヤの気持ちが、ティエリアの決意が、そして刹那が、最後の灯火を一際明るく輝かせるかのように、深い闇の戦場を無尽に翔ける…。

漆黒の宇宙に次々と散る命。壊れ沈む艦、爆砕し消えるMS。刹那は自分の信念を誇示するように、相対する歪んだ存在を否定するように、最後の戦いに身を投じる…。