アフリカにそびえるＡＥＵの軌道エレベーター付近にあるＡＥＵの軍事演習場では、最新鋭のＭＳ（モビルスーツ）・イナクトのデモンストレーションが行われていた。ユニオンの軍人、グラハムとカタギリは、観客席でそのパフォーマンスを眺めていた。そこに上空から、刹那の駆るガンダムエクシアが、イナクトと対峙するよう会場に降り立つ。血気はやるイナクトのパイロット、パトリックは、ソニックブレイドを引き抜き、エクシアに切りかかるのだった。一方、パーティーが催されている人類革新連盟の軌道エレベータの高軌道ステーションに、テロリストのＭＳが近付いてきていた。

突然、全世界に対する武力介入を宣言したソレスタルビーイング。それを受けた超大国家群の首脳陣は半信半疑のまま、他勢力の行動ではないかとも考え、その存在や応対についての議論を繰り返していた。そんな中、刹那たちは世界に自分たちの存在を示すべく、長年続いている民族紛争への介入へと行動を移して…。

ソレスタルビーイングによるセカンドミッションが終了し、ますます混乱する世界。そんな中、ソレスタルビーイングを名乗る老紳士の正体を突き止めたジャーナリストの絹江だったが、深まる謎に考えをめぐらせる。そして、人類革新連盟の指揮官・セルゲイは、ガンダムに破壊された跡地を確かめるべくセイロン島に向かい…。

人革連領地で軍事介入による死者の慰霊祭が行われる様子をモニタリングするプトレマイオスのクルーたち。そして、世界がガンダムに対して徐々に動きを見せる中、ユニオンに属する南米の国・タリビアがエネルギー供給権を主張し、独立宣言をする。それを牽制するため、軍を派遣するユニオン。さらにガンダムも動き出し…。

アザディスタン王国の皇女・マリナは各国へ援助要請をしようと、アザディスタンを後にした。その頃、日本の学生・沙慈とルイスは、研修旅行のために人革連の低軌道ステーションへと向かっていた。リニアトレイン内での一時的な擬似重力などを楽しむ2人。一方、アレルヤは次の任務のために宇宙へと戻っていて…。

ヨーロッパ南部の一国・モラリアは、ソレスタルビーイングの活動で経済が破綻しかけていた。そのため、モラリアの技術や軍事力を必要とするAEUは、合同軍事演習を行うことにする。その情報をキャッチしたソレスタルビーイングが、それに対して介入行動に移る。大規模なミッションを前に、ガンダムたちは集結して…。

モラリア軍、PMCとの交戦時の最中、かつて刹那の行動を管理していた傭兵・サーシェスの乗るイナクトと対峙したエクシア。サーシェスの操縦に翻弄され、刹那はままならない攻撃を続ける。自分の攻撃パターンを読まれているようなその動きに、少年兵だった過去の記憶を呼び起こした刹那は、思わぬ行動に出て…。

ソレスタルビーイングの行動が世界に変化をもたらす。それは紛争が減少するだけでなく、新たなる争いの火種ともなりえていた。そんな中、外交旅行中だったマリナの宿泊先近くでテロ活動が起こった。郊外へと避難する際、彼女は自国の出で立ちをした少年を垣間見る。それは情報を掴み、テロリストを追っていた刹那だった。

度重なるソレスタルビーイングの軍事介入に、ユニオン、AEUがほぼ静観の態度を示す中、人類革新連盟は対立の姿勢を崩さずにいた。探査装置を大量投入し、物量にものを言わせた索敵ミッションを遂行するセルゲイ。その真の目的は、ガンダムを捕らえることにあって…。

執拗な人類革新連盟の追撃に苦戦する刹那たちガンダムマイスター。悪化していく状況に、プトレマイオスの戦術予報士であるスメラギは苦悩して…。

辛くもガンダム鹵獲作戦を退けたソレスタルビーイング。その戦闘中、敵パイロットの超兵・ピーリスと共鳴する何かを感じたアレルヤは、人革連の施設にいた頃の自分と、それが発端で現れたもう1人の自分「ハレルヤ」のことを顧みる。そして、ピーリスとの接触で未だ超兵の実験が行われていることを確信したアレルヤは…。

アザディスタンは保守派と改革派とに分かれ、情勢が不安定になっていた。そんな中、保守派の筆頭であるマスード・ラフマディが拉致されてしまう。ユニオンの要請により、アザディスタンへと出兵する任務に就くグラハムたち。ソレスタルビーイングも、アザディスタンへの紛争介入を見越し、刹那を偵察に向かわせて…。

国連の軍派遣で、保守派と改革派の対立によるアザディスタンの内情は悪化する一方だった。その中で、自分の想いや行動が結果と結びつかず、悔しさを噛み締めながらも、調査を続ける刹那。そして、MSの反応を見つけた刹那だったが、かつて戦場で剣を交えたパイロットのグラハムたちユニオンの軍人と出会ってしまい…。

世界規模での大掛かりな軍事演習が計画される中、それを自分たちへの挑戦だとわかりつつ、それに対して介入作戦を試みるソレスタルビーイングのメンバーたち。一方、各陣営の準備が着々と進む中、グラハムは対ガンダム調査隊に新規で配備されるカスタムチューンしたユニオンフラッグの姿に、高揚感を隠せずにいて…。

ユニオンなど3つの陣営による大規模な対ガンダムの鹵獲作戦がついに展開された。その作戦が合同軍事演習の名を語ったガンダムを呼び込む罠だとわかりつつも、それに対して武力介入を行うソレスタルビーイング。だが、その3つの陣営による長時間に渡る絶え間ない攻撃に、ガンダムマイスターたちは疲弊していき…。

ソレスタルビーイングの動向を見つめ、全員の意思が統一された時のみ、その行動の拒否権を司る「監視者」。彼らが一堂に会する場所で、アレハンドロ・コーナーはこれまでのソレスタルビーイングの介入行動について振り返る。

これまで知らされていなかった新しいガンダムマイスターたちと、スローネというガンダムの出現に困惑するプトレマイオスのクルーたち。初顔合わせとなった会談で、その言動と立ち振る舞いに刹那たちは眉をひそめる。会談を終え、プトレマイオスを立ち去った彼らは、スローネを駆ってMSWADの基地に強襲をかけるが…。

刹那は、スローネによる武力介入のあり方に疑問を抱いていた。だが、スローネの出現は、3陣営の代表者たちにソレスタルビーイングに対抗する手段と戦力が潰えたと考えを改めさせた。そんな中、ソレスタルビーイングのエージェントである王留美は、スローネたちの動向と存在について確認しようとしていて…。

スローネによる一方的で過激な蹂躙は、刹那にソレスタルビーイングの理念を自問させることになった。そんな彼らの行為を紛争幇助の対象と断定した刹那は、エクシアでスローネ3機を強襲する。3対1と不利な状態の中で、刹那を救ったのはティエリアだった。さらにロックオンも加わり、刹那たちはスローネを翻弄するが…。

ある情報の提供によって気持ちが1つにまとまった3陣営は、軍事同盟を締結した。打倒ガンダムの名目で統合されつつある世界。皮肉にもそれは、今までのスローネによる絶対悪としての行動からだった。世界が変革していく様子を複雑な思いで眺める刹那たち。一方、人革連基地に攻撃を仕かけていたスローネたちだったが…。

1つになる世界とソレスタルビーイングの本懐。変わりゆく世界の奔流に巻き込まれながら、スメラギは万一の事態に備えて動いた。そんな中、ロックオンはヴェーダとの関係などに悩むティエリアに声をかける。そこに響く敵襲のアラート。それは、各国の軍によるソレスタルビーイング殲滅のための攻撃だった…。

スメラギの作戦と新武装によるサポートもあり、なんとか窮地を脱した刹那たち。だが、その代償は小さなものではなかった。世界の統合が進み、ガンダムはもはや捕獲対象ではなく、殲滅対象として存在していた。世界統合軍の圧倒的な力に、押される一方のスローネ。そんな中でも、刹那の瞳はまだ輝きを失っていなかった…。

サーシェスの駆るツヴァイに翻弄される刹那とトリニティたち。その戦いで得たものはソレスタルビーイングの反撃の切り札となりえるように思えたが、代わりに失ったものも大きかった。その後、地球に下りていた刹那とラッセは、急いでプトレマイオスに向かっていた。一方、統合軍の宇宙艦隊も同様の場所に向かっていて…。

ジンクスの猛追に、傷付いていくガンダム。悲しむいとまもないままに、状況はマイスターたちを戦地へと駆り立てる。ロックオンの想いが、アレルヤの気持ちが、ティエリアの決意が、そして刹那が、最後の灯火を一際明るく輝かせるかのように、深い闇の戦場を無尽に翔ける…。

漆黒の宇宙に次々と散る命。壊れ沈む艦、爆砕し消えるMS。刹那は自分の信念を誇示するように、相対する歪んだ存在を否定するように、最後の戦いに身を投じる…。

Included on the final DVD of the first season, a tongue-in-cheek sneak peek at the coming second season.

A recap of the first season, from Setsuna point of view.

地球圏連邦・独立治安維持部隊アロウズは、非人道的な手段で、反政府勢力カタロンの鎮圧、殲滅任務を行っていた。長らく1人でアロウズの動向を探っていた刹那は、建設途中のコロニー・プラウド内への進入に成功する。そして、そこで偶然にも刹那は、冤罪で捕らえられ強制労働させられていた沙慈との再会を果たし…。

ガンダムの再登場によりにわかに慌しくなっていたアロウズの軍本部。そして、カティなどが続々とホーマー・カタギリ司令によって召集されていた。そこには謎の仮面の男の姿もあった。一方、プトレマイオス2の艦内に軟禁されている沙慈は、ルイスを襲ったのは刹那たちとは別部隊であった「スローネ」であることを知り…。

アレルヤは反政府勢力収監施設に拘束されていた。尋問に立ち会うピーリスに、彼は「マリー」へと呼びかけるがその声は届かない…。アレルヤが捕らえられていることを知ったプトレマイオスクルー。ソレスタルビーイングへの参加に煮え切らない態度を取るスメラギへ、刹那は救出プランを立案するよう、言葉を投げかけて…。

アロウズは次なる作戦を展開するため、リント少佐を招聘した。そんな中、ソレスタルビーイングとの接触を図ろうとするカタロン幹部のクラウスたちに、マリナの行方を心配したシーリンも同行を申し出る。そしてアラビア海へと進路を向けたプトレマイオスに、水中用MAの利用を作戦に組み入れたリントの追撃の手が迫る…。

ソレスタルビーイングの出現を逆手にとり、アロウズの重要性を説く連邦政府。それはリボンズによる情報操作の指示でもあった。また、リボンズはイノベイターだけでなく、ある人物を使い統合計画を推進しようと試みる。その中で、カタロンと合流したソレスタルビーイングは、クラウスから協力を惜しまないと言葉を受け…。

アロウズの攻撃により倒れるカタロンの兵士。今際の際につぶやかれた言葉に、スメラギは忌むべき過去を思い返し、気を失ってしまった。時を同じくして、リントから戦果報告を受けていたカティも、その作戦に表情を曇らせていた。そして攻撃の惨事を目の当たりにし、消沈するピーリスへセルゲイからのメッセージが届き…。

意識を取り戻したスメラギの作戦により、戦線から離脱したプトレマイオスだったが、ピーリスのアヘッドと共に墜落したアリオスを補足できずにいた。一方、海岸線へと不時着したアレルヤとピーリスはMSを降り、直接対峙するが…。

自分と同じ容姿をしたリジェネの出現にティエリアは驚愕した。しかし、リジェネの口よりもたらされたイノベイターの情報は、さらにティエリアの心を揺り動かした。その後、アロウズの高官たちが集まるパーティの情報を得たソレスタルビーイングのメンバーは、偵察任務として刹那と、ティエリアを潜入させる…。

サーシェスの駆るアルケーガンダムと対峙した刹那とティエリア。ロックオンの仇と怒りを向けるティエリアだが、その攻撃力に圧倒されてしまう。ライルはティエリアの言動から、サーシェスが兄・ニールの仇であることを知るのだった…。

連邦の再生計画に反対する中東諸国の中でも最大の国力を持つスイール王国。スイールの蜂起とそれによる中東諸国の追随を懸念する連邦は、スイールへアロウズ派遣を決定、正規軍のセルゲイに国境付近で状況監視の命を下す。一方、スイールの蜂起を期待するカタロンは、スイール国王と共闘のための会談を取り付けて…。

イアンたちの手により、ダブルオーの支援機オーライザーの調整が進む中、更なるアロウズの新兵器が稼動した。そのすさまじい威力にアロウズ、そしてリボンズは笑みを浮かべる。彼らのやり方に激しい憤りを覚えたティエリアは、ついにイノベイターの存在をソレスタルビーイングのクルーに明かすのだった…。

アロウズの強襲にあい、急ぎ脱出を図るプトレマイオス。だがカティの戦略と新型のMSに苦戦を強いられるマイスターたち。そんな中、ダブルオーのツインドライヴが真の能力を発揮する…。

衛星兵器「メメントモリ」へ攻撃を仕掛けるカタロンの宇宙艦隊に、なおもアロウズＭＳ部隊が迫る。そして刹那に接近していくヒリングのMS。しかしそれは、囮役である刹那の誘導だった…。

イノベイターからの猛攻を受け、破損しながらも、地球へと降下するプトレマイオス。地球へと向かいプトレマイオスを探す刹那だったが、そこにサーシェスの乗るアルケーガンダムが現れる…。

カタロンの補給を受け、修理をしながら巡航するプトレマイオス。連邦の包囲網を抜けるために、ダブルオーの戦力は必須だったが、刹那はいまだ帰艦せずにいた。防戦一方のプトレマイオスだったが、そこに連邦内部でのクーデター勃発の情報が入ってくる…。

アロウズの突然の撤退、それは連邦内部でのクーデター勃発を告げる情報によるものだった。カタロンからクーデターの情報をキャッチした刹那は、ダブルオーの進路をアフリカへと向ける。だがそこで刹那を待ち構えていたのは、新たな機体を携え再び姿を現したミスター・ブシドーだった…。

状況が逼迫する中、修理が不完全なまま現状を打開できずにいたプトレマイオス。そんな中、負傷した刹那は、今なすべきことをなすために、傷を負った体で立ち上がる。そして刹那は沙慈にある言葉をかけて…。

連邦がアロウズの傘下に下ったことを懸念するプトレマイオスクルーに、今こそヴェーダを取り戻す作戦を決行すべきと進言するティエリア。そのためにイノベイター捕獲を主眼とした作戦をスメラギは立案する。

混乱する戦況の中、ルイスの機体を探し求める沙慈。ピーリスもまた、セルゲイの仇を討とうとアンドレイの乗るMSを探す。ヒリングとの交戦時に、刹那がツインドライヴの力を解放させると、ダブルオーライザーから放たれた粒子が戦闘宙域一帯に広がった…。

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プトレマイオスに軟禁されるも、余裕の笑みを浮かべ、スメラギらの問いかけにも見下すようにはぐらかす返答を重ねるリヴァイヴ。その時、フェルトから、ミレイナが連れ去られたという通信が入る…。

時間差があって届いた留美からの連絡は、ラグランジュ5のある宙域のポイントだけのものだった。不審に思うプトレマイオスクルー一同だったが、刹那は進路を向けるよう提案する。一方、ヒリングたちは、先の戦闘でのダブルオーライザーの力に歯噛みし、MSの性能以上に、何かがあるのではと思い始める…。

アロウズの大艦隊が、ソレスタルビーイング殲滅のため集結しつつあった。一方、プトレマイオスでは戦いの決着をつけるべく刹那たちが互いの決意を口にする。最後の決戦まで間もない中、刹那にラボで生成された一輪の花を渡すフェルト。それは彼がゲリラ兵だった少年時代にも見たことのある中東地方に咲く花だった…。

リボンズにとうとう造反の意思を示したリジェネ。一方、カタロン、連邦軍をも巻き込んだ、アロウズとソレスタルビーイングの戦いは熾烈を極めていた。そこに突如、巨大な光の帯が戦場を包み込む…。

敵母艦内に侵入したティエリアはそこで驚愕の事実を知る。そして…。防戦に撤するプトレマイオスだったが、敵の休むことのない猛攻に劣勢を強いられ続けていた。1人、また1人と倒れていく仲間たち。その命の灯火に応えるよう、刹那が吼える…。

最後の決戦に身を投じる刹那。ライルの意思が、アレルヤの想いが、ティエリアの思念が漆黒の宇宙を翔ける時、ダブルオーライザーから発せられた粒子が周囲一帯を包み込む…。

Included on the final DVD of the second season, a tongue-in-cheek preview of Gundam 00's upcoming feature film.