在耸立於非洲的AEU轨道电梯附近，AEU的军事演习场中正在进行最新锐的MS制定式的公开展示。联合的军人葛拉汉和片桐，也在来宾席上观看著表演。此时刹那驾驶著能天使敢达自空而降，彷佛要和制定式对峙般地伫立在会场中。个性冲动的制定式驾驶员柏齐，就拔出了音速刀向能天使斩去。另一方面，人类革新联盟在轨道电梯的高轨道站举办宴会，但恐怖分子的MS却正在接近。

由天人对全世界发起的武力镇压宣言，各国的首脑们都采半信半疑的态度，对於天上人的存在以及如何对应不断讨论。而天上人为了向世界宣告自己的存在，於是决定以行动介入长年持续的民族纷争。另外，世界经济联合的古莱哈姆对於在竞技会场出现的敢达产生了相当大的兴趣。

在天上人结束了第2件任务後，整个世界的情势也更为混乱了。此时，绢江虽然试图找出那位自称天上人的老绅士来历，却发现更加谜团重重，让她深感困惑。 从太空返回地球的谢尔盖，为了确认战场上所遗留下来的线索而前往锡兰岛。葛拉汉和片桐则是因联合方面对钢弹的存在深感忧心，授命加入特殊任务部队。

托勒密号上的乘组员们，透过萤幕观看人革连领地内所举办的阵亡人员追悼会。众人忧心人革连反而会因此加强军事力量，不过提耶利亚只冷冷地说道，唯有持续进行武力介入，才能达到根除纷争的目标。而实际上，人革连高层派了一位少女加入施米洛夫的部队中，作为对抗钢弹的王牌。葛拉汉等人的部队也有数名优秀驾驶员加入。 就在世界各国逐渐取得对抗钢弹共识的过程中，原本隶属联合旗下的南美国家“塔利比亚”，突然主张该国应拥有能源供给权，并且宣告将自联合中独立。为了牵制塔利比亚国内的震汤局势，联合也派遣了部队前往该国。在这个举世瞩目的情势中，敢达展开了行动。

在世界局势极端混乱的情况下，阿札迪斯坦王国的玛莉娜公主为了向各国寻求经济援助，决定出国进行外交之旅。日本学生沙慈与露易丝为了参加因获得奖学金才能成行的研修旅行，前往人革连的低轨道太空站。沙慈与露意丝因为线性列车中所暂时产生的拟似无重力状态而兴奋不已。另一方面，阿里路亚为了下一个任务所需，也搭上了线性列车重返太空

位於欧洲南部，以军需产业为主要经济来源的国家、摩拉利亚共和国，受到天上人阵营行动的影响而令经济陷入困境。AEU认为摩拉利亚的技术与军事力量，对於开发太空是不可或缺的，因此决定伸出援手，表明愿意对该国提供支援，并且进行联合作战演习。得到这项情报的天上人，决定对此采取介入行动。在执行这项重大任务前，能天使敢达获得了GN长刀、GN短刀两项新武器，力天使敢达也加装了GN全覆护盾。然而，过去曾负责管理刹那行动的佣兵──亚里·艾露·撒祖斯，却现身在摩拉利亚的民营军事公司中。

在与摩拉利亚军及PMC交战的过程中，沙瑟斯所驾驶的制定式与能天使敢达互相对峙。在沙瑟斯高超的驾驶技术下，刹那只能单方面地遭受攻击。对手彷佛完全看穿自身攻击模式的行动，令刹那回想起身为少年兵时的回忆，并且做出了惊人的行动。

在与摩拉利亚军及PMC交战的过程中，撒祖斯所驾驶的制定式与能天使敢达互相对峙。在撒祖斯高超的驾驶技术下，刹那只能单方面地遭受攻击。对手彷佛完全看穿自身攻击模式的行动，令刹那回想起身为少年兵时的回忆，并且做出了惊人的行动。

联合和AEU对天上人不断进行军事介入的行动始终静观其变，人革联则不改其对立态度。施米洛夫投入了大量的探测装置，试图以资源优势来达成侦搜行动。而他真正的用意，在於捕获钢弹。

面对人革联部队执拗的追击，敢达尖兵们陷入了苦战。面对不断恶化的战况，战术预报士皇感到苦恼不已。

刹那与天人成员历经千辛万苦，终於化解了人革连的敢达捕获作战。提耶利亚对於皇的战术疏失公开表示强烈不满，但这其实是源於他犯下暴露双灵敢达存在的过失，因自责焦躁而生的迁怒。在先前的战斗中，阿里路亚与敌方的超兵索玛．皮利斯产生了某些共鸣，令他开始独自回想自己的过去。

遵循自古以来的习俗教化，过著传统生活的保守派，以及企图改善不断恶化的能源问题，让国家更为富强的改革派，在阿札迪斯坦王国内部产生了对立。玛莉娜虽然被拥立为改革派代表人物，但在内政与外交的推展上却不如预期，仍然限於困境中。

自身的想法与行动，造就了事与愿违的结果，令刹那悔恨不已。随著联合国部队派兵进驻，阿札迪斯坦王国内保守派与改革派对立的情况也越来越激烈。刹那发现其中有第三势力介入的迹象，因此决定继续调查。

各阵营正在筹画一场世界级的大规模军事演习，而天上人成员们也发现其用意在於诱出自己，不过他们仍决心继续进行武力介入任务。虽然他们在执行计画前的闲暇时刻仍谈笑风生，但仍无法掩饰内心有所不安的神情。

由三大阵营携手合作的大规模敢达捕获作战终於开始了。虽然明白名义上是联合演习，实际上是企图诱使敢达现身的陷阱，但天上人仍将计就计地进行武力介入。历经长时间毫不间断的攻击後，敢达尖兵们疲惫不已。在人革联MS部队的猛烈攻击下，力天使与主天使陷入无法动弹的困境，而能天使与德天使也无法突破AEU部队的包围网。

“监视者”负责监督天人的动向，仅在全体意见一致时，握有反对天人行动的否决权。在他们齐聚一堂时，亚历汉卓‧科纳回顾了天人至今所执行过的各种武力介入行动。

由於来历不明的新敢达尖兵以及名为座天使敢达的机体突然现身，令托勒密号的乘组员们感到困惑不已。在双方首度面谈之际，其言行举止也让刹那等人感到忧心忡忡。当他们结束会谈，离开托勒密之後，随即接到了下一个任务，那就是以座天使敢达突袭MSWAD基地。

刹那对於座天使敢达队执行武力介入的方式抱持著疑问。然而随著座天使敢达的出现，令原本对抗天上人的手段与战力近乎崩溃，这点也让三大阵营领袖不得不重新思索新的对应方式。就在世界情势逐渐朝向天上人理念发展的过程中，王留美为了打探座天使敢达队的来历与动向，与亚历汉卓进行了接触。

对於座天使的单方面毁灭性的攻击,刹那开始省思天上人的理念就迳为何。对於座天使牵连一般平民的行为，刹那认定他们是助长纷争的一方，决定驾驶能天使突袭座天使。从三对一的劣势中拯救了刹那的人，是经由人性面思考，认同刹那看法的提耶利亚。

各阵的反敢达行动原本已暂时受挫，不过在收到了某份情报後却有了转机，令三大阵营取得了共识，让这三大国家群缔结了军事同盟。整个世界为了打倒敢达这个理由而逐渐统合起来。而令人感到讽刺的是，这全是拜座天使先前的恶劣行径所致。

逐渐统合为一的世界，这正是天上人所追寻的目标。在时势产生惊人变动的情况下，皇为了预防万一而有所安排。在提耶利亚为了自身存在意义，以及与吠陀之间的关系感到苦恼时，洛克昂给了他提示。

在皇的作战指示，以及新武装的支援下，刹那等人总算脱离险境。不过他们也付出了相当大的代价。随著世界逐渐统合，敢达也从企图捕获的对象，成了必须歼灭的目标。面对世界统合军的压倒性战力，就连三架座天使也被打得毫无还手之力。不过就算身处此等绝境，刹那的眼神依旧未曾失去光

撒祖斯驾驶著座天使二型将刹那与东尼迪玩弄於股掌之间。在这场战斗中，天上人原以为取得足以进行反击的最後王牌，然而却也相对失去了无可比拟之物。前往地球的刹那与雷瑟，利用突袭用货柜十万火急地赶往托勒密所在的宙域。为了歼灭钢弹，联合国军的宇宙舰队锁定了托勒密。各大阵营的驾驶员们，也各自怀抱著不同的决心，迎向这场最终决战。

在GN-X的穷追猛打下，各敢达都已满身疮痍。虽然万分悲伤，但敢达使者们仍勇敢前往战场。洛奥的思念、阿里路亚的心情、提耶利亚的决心，加上刹那带著烛火燃起最後光辉般的气势，迎向仅有无尽黑暗的战场。

生命持续在漆黑的太空中消逝。舰艇受创沈没、MS爆炸四散。刹那为了展示自身的信念、否定已被扭曲的时势，而毅然决然地投入最後之战。

地球圈联邦‧独立治安维持部队“A-LAWS”，以不人道手段对反政府势力“卡达鲁”执行镇压、歼灭任务。纯源的干部克劳斯告知希琳，要加快在建设中的殖民地“荣誉”的同志救出作战。成为技师的沙慈在那个殖民地工作，却因为同僚是卡达鲁的成员而蒙上不白之冤，遭到A-LAWS的保安局人员逮捕，被送到高重力区进行强制劳动。

得知莱尔是卡达鲁成员的刹那，对莱尔表示若他有改变世界的意思，就加入天上人。另一方面，A-LAWS军本部也因为敢达再度出现而显得慌张。卡蒂．马涅钦、安德列等人接连受到荷马‧片桐司令徵召。此外还出现了神祕的面具男子身影。

阿里路亚被拘禁在反政府势力收监设施里。面对监督审问的皮里斯，阿里路亚对“玛莉”的呼唤未能传达给对方。　托勒密号组员得知了阿里路亚被关押在收监设施的事。面对一直不肯明确表态加入天上人的皇，刹那开口要求她订立援救计划。

A-LAWS为了展开下次作战，召来林特少校。卡蒂在分析前次与托勒密号的作战时，感觉到某些东西。纯源的干部克劳斯等人意图与天上人进行接触，而忧心玛莉娜行踪的希琳，也要求与他们同行。林特将水中用MA编入作战的追击，正逼近航向转往阿拉伯海的托勒密号。

联邦政府反过来利用天上人的出现，宣扬A-LAWS的重要性。这全是利冯兹进行情报操作下的指示。此外，利冯兹不只掌握变革者，还利用某个人物在世界上引发更大的波澜，试图推动统合计划。与卡达鲁会合的天人，得到克劳斯表明愿意全力协助的声明。另一方面，在非自愿状态下一再被卷入战事的沙慈，采取了某种行动。

纯源的士兵们因为A-LAWS的攻击而倒下。士兵临终前低喃的语句，令皇想起可憎的过去并因此昏厥。同一时间，从林特口中听取战果报告的卡蒂，也因为过当的作战而面色凝重。亲眼目睹攻击惨况而感到消沉的皮利斯，收到谢尔盖的来信。为皮利斯的心情著想的字句，令她感受到谢尔盖的关心，却也再度认清自己身为超兵的立场，重新立定投身战场的决心。

虽然靠著恢复意识的皇的作战，让托勒密号脱离战线，但是却无法捕捉到与皮里斯的先驱式一同坠落的堕天使。另一方面，迫降在海岸线的阿雷路亚与皮利斯离开MS，直接对峙了。

与自己有相同容貌的维珍尼出现，令提耶利亚感到惊愕。但是，维珍尼所洩露的变革者情报，更是动摇提耶利亚的内心。之後，取得A-LAWS的高官们将於宴会齐聚的情报，天人成员让刹那与提耶利亚潜入其中进行侦察任务。

刹那与提耶利亚和撒祖斯所驾驶的权天使对峙。虽然提耶利亚愤怒地攻向洛奥的仇人，却被对方的攻击力压倒。莱尔从提耶利亚的言谈中，得知撒祖斯就是杀死兄长尼尔的仇人。

在反对联邦蛮横再生计划的中东诸国当中，以蘇伊尔王国的国力最为强大。忧心蘇伊尔起义引发中东诸国追随的联邦，决定派遣A-LAWS到蘇伊尔，并下令正规军的谢尔盖在蘇伊尔国境周边监视状况。另一方面，期待蘇伊尔起义的卡达鲁，成功敲定与蘇伊尔国王为共同战斗进行会谈。

在伊恩等人为00的支援机0强化战机进行调整时，A-LAWS又使用了新兵器。那惊人的威力令A-LAWS、以及利冯兹面露喜色。对他们的做法感到愤怒不已的提耶利亚，终於将变革者的存在告知天人的组员。

遭到A-LAWS突袭的托勒密号试图紧急脱逃，但是卡蒂的战略与新型MS令尖兵们陷入苦战。这时候，00的双重动力装置发挥出真正的能力。

A-LAWS的MS部队，逼近对卫星兵器【死兆炮】发动攻击的卡达鲁宇宙舰队。希林格的MS则是向刹那接近。不过，那是担任诱饵的刹那所做的刻意引诱。

遭受变革者发动的猛攻，托勒密号在受损的情况下降落到地球上。刹那前往地球寻找托勒密号，沙瑟斯驾驶的权天使钢弹却在此时出现了。

接受了卡达鲁的补给，托勒密号边航行边进行整修。为了突破联邦的包围网，00的战力是必须的，但是刹那至今仍未归舰。托勒密号只能采取守势应战，然而此时却传来联邦内部发生政变的情报。

A-LAWS突然撤退，这是因为收到联邦内部发生政变的情报。从卡达鲁方面捕捉到政变消息的刹那，将00的行进路线转向非洲。但是在那等著刹那的是，驾著新机体再度现身的武士道先生。

状况越发危急，而托勒密号在修理不完全的状态下无法打破现状。这时候，负伤的刹那为了完成现在应做的事，忍著伤势准备出击。接著，刹那对沙慈说出了某句话。

在轨道电梯崩塌的“崩柱事件”过後4个月，荷马等人接到一直保持沉默的天上人重新开始活动的报告。另一方面，提耶利亚对担心联邦将落入A-LAWS管控下的托勒密号组员提议，此刻应实行夺回韦达的作战。皇为此订立了以捕获变革者为要点的作战。

沙慈在混乱的战况中，寻找露意丝的机体。皮里斯也为了替施米洛夫报仇而搜寻著安德列驾驶的机体。与希林格交战时，刹那解放了双重动力装置的力量，使得00强化模组放出的粒子遍布战斗宙域周边。

即使被软禁在托勒密号，里凡穆还是一脸从容的微笑，对皇等人的问话也轻视般的不断做出敷衍的回答。这时候，菲特发出通讯告知蜜蕾娜被带走的消息。

留美发出的连络在隔了一段时间後送达，内容只有拉格朗日5所在宙域的座标。托勒密号的组员们感到可疑，但刹那却提议要过去。伊恩也因为琳达他们在那附近的天上人祕密工厂开发新装备而表示赞同，於是一行人前往留美的连络讯息中所指定的座标。希林格等人在先前的战斗中对00强化组件的力量感到咬牙切齿，开始怀疑在MS的性能之外，有什麼东西其他的影响。

将联邦军也统合在内的A-LAWS的大舰队，为了歼灭天上人而不断集结。古德曼等人在最後的决战前意气昂扬。在托勒密号上，认为战斗应有个了结的刹那等人彼此诉说决心。在最後决战前的短暂时光中，菲特将在实验室中培养的一株花交给刹那。那是过去，在当游击兵的少年时期也看过的、开在中东地方的花。

维珍妮终於展现出对利冯兹造反的意思。另一方面，A-LAWS与天人之战将卡达鲁、联邦军也卷入，战况极为激烈。此时，巨大的光束突然包围战场。

侵入敌方母舰的提耶利亚在那里得知惊人的事实。虽然托勒密号坚持采取防卫战，但是在敌人毫不休止的猛攻下被迫一路居於劣势。同伴们一个又一个倒下。彷佛是呼应著那生命之火一般，刹那发出怒吼。

刹那的00强化模组与利冯兹驾驶的MS 再生加农对峙。面对自称要领导人类的利冯兹，刹那展开攻击。另一方面，在托勒密号上，身体状态恢复的雷瑟回到舰桥，为了支援刹那而再度出动船舰。即使担心玛莉的安危，阿里路亚仍驾驶堕天使再战，与撒祖斯做出了断的莱尔则驾驶中度损伤的智天使再度回到战场。