우주세기 0079. 스페이스 콜로니 '사이드3'는 지온 공국이라고 자칭하며 지구 연방에 독립전쟁을 선포했다. 인류의 절반 이상을 죽음에 이르게 한 이 전쟁은 교착 상태에 빠져있었다. 그런 상황에서 연방측의 콜로니 '사이드7'에 수상한 움직임을 감지한 지온 공국군의 샤아 아즈나블 소령은 모빌 슈트 자쿠 3기를 정찰대로 투입한다. 연방군은 그곳에서 건담을 중심으로 한 신예 모빌슈트의 개발 및 운영 테스트를 하고 있었다. 흥분한 신병 진은 초조한 마음에 폭주하여 독단으로 포격을 시작했다. 사이드7의 소년 아무로 레이는 다른 민간인들과 같이 전화에 휘말려 버리지만 거기서 아버지가 개발하던 건담 설명서를 우연히 줍는다. 이웃인 프라우의 가족들이 죽는 모습을 본 아무로는 건담의 조종석에 올라타 건담으로 자쿠에 맞서고 아무로는 완전한 아마추어인데도 빔사벨로 2기의 자쿠를 파괴하는데 성공한다. 하지만 샤아는 무사이 함에서 미사일을 발사, 사이드 7을 계속 공격한다.

아무로의 활약으로 자쿠는 격퇴했지만 피난민들을 받아들인 화이트 베이스는 폐허로 변한 콜로니에서 대피해야만 했다. 파올로 함장 이하, 숙련된 정규 군인들은 대부분은 사망하고 살아남은 소년 소녀들이 협력하여 탈출을 준비한다. 한편 샤아 소령은 연방의 모빌 슈트 기밀을 알아내기 위해 스스로 사이드7 내부로 잠입하나 세이라 마스에게 발견되고 여동생의 모습을 보고 경악한다. 파올로 함장으로부터 건담을 맡아 작업 중이었던 아무로는 도망가는 샤아를 쫓아 우주로 나온다. 이어 우주로 출항한 화이트 베이스의 모니터에는 접근하고 있는 특별한 기체가 띄워져있었다. 그 속도는 일반적인 기체의 3배! '붉은 혜성'이란 이명을 가진 샤아의 자쿠였다. 샤아는 건담에 총격을 퍼부으며 그 실력을 과시하지만 아무로는 건담으로 열심히 응전한다. 빔 라이플 일격으로 자쿠를 잡은 건담의 위력에 전율하며 샤아는 후퇴한다. 하지만 함선으로 돌아온 아무로에게 브라이트는 가혹한 말을 퍼붓는다. 살아남기위한 투쟁이 시작된 것이다.

화이트 베이스는 연방군 소행성기지 루나로 진로를 잡는다. 그 무렵, 신형 모빌슈트의 기밀 입수를 포기한 샤아 소령은 파푸아 보급함에서 증원 물자를 받으려고 한다. 하지만 화이트 베이스의 사관인 브라이트 노아는 그 순간이 바로 반격의 기회라고 판단하고 건담과 코어 파이터를 출격시킨다. 아무로는 브라이트에게 반발감을 느꼈지만 아마추어라고 생각되지 않는 정확한 건담의 조종으로 아마추어로 편성된 소대로 기습공격을 성공으로 이끌어 낸다. 공격을 받고 샤아 소령은 자쿠로 출격하여 '붉은 혜성'의 이름에 부끄럽지 않은 맹공을 하며 건담을 추적해 간다. 그러나 아무로의 진정한 목적은 샤아를 묶어두는 것이었다. 하야토와 카이의 건탱크는 그 틈에 파푸아를 포격하고 격침에 성공한다. 배를 잃은 가뎀 함장은 샤아의 제지를 뿌리치고 구형 자쿠로 싸움을 걸지만 건담의 적이 되지 못하고 전사하고 만다. 지나친 손실과 적 전법의 미숙함에 의문을 감추지 못하는 샤아. 그리고 첫 전략을 성공한 화이트 베이스는 루나로 향했다.

루나 II에 도착한 화이트 베이스. 하지만 브라이트와 아무로들을 기다린것은 와케인 사령관의 엄벌 조치였다. 연방군의 가장 중요한 기밀에 접촉한 소년들은 감옥으로 유폐되고 건담 및 새로운 무기도 봉인되어 버렸다. 한편, 샤아 소령은 부하와 노멀 슈트를 입고 루나 II에 침투한다. 화이트 베이스는 경계가 삼엄하여 접근하기 어려워 기뢰 폭파로 전함 마젤란을 날려 항구를 봉쇄한다. 연방군 병사들은 예상치 못한 공격을 받아 큰 혼란에 빠진다. 감옥의 전자 락이 해제되자 아무로는 브라이트와 협력하여 도주하고 반역죄를 각오하고 건담을 다시 기동시키려 시도한다. 군기에 충실한 와케인 사령관과 대립하는 브라이트. 파올로 함장의 통보로 드디어 건담의 출격을 인정받아 샤아의 자쿠 부대와 전투가 시작되었다. 마젤란을 포격으로 제거하고 출항하는 화이트베이스. 부하를 잃은 샤아는 철수하지만, 파올로 함장은 이미 숨을 거둔 상태였다. 함장의 우주 장례식이 거행되고 임무을 인계한 브라이트는 화이트 베이스의 진로를 지구로 향한다.

화이트 베이스는 남미의 연방군 본부 자브로를 목표로 대기권 돌입을 감행한다. 대기권 돌입의 위험한 타이밍을 노리고 샤아 소령은 자쿠 부대로 전대미문의 공격을 한다. 사라미스의 돌입 캡슐은 피탄당해 전투 불능이 되어 수용되고, 호위를 위해 출격했던 아무로는 새로운 장비 건담 해머로 자쿠 1기를 쓰러뜨린다. 하지만 또다른 자쿠와의 전투가 길어져 제한시간을 넘겨 귀환이 불가능한 상황에 이른다. 결국 자쿠는 불타버려 파일럿 크라운과 공중 분해된다. 건담도 같은 운명을 따라갈 것인가? 그때, 아무로는 설명서에서 대기권 돌파의 수단을 발견한다. 내열 필름 및 냉각 변화로 기체 온도는 저하되었고 건담은 화이트베이스에 무사히 수용된다. 하지만 내려선 북미대륙은 지온 공국군의 지배하에 있었다. 붙잡을 수 없으면 코스를 바꾼다는 샤아의 이중 전략이 성공한 것이었다.

북미대륙을 제압한 지온 공국군의 가우 공격공모와 전투기 돕 편대가 황야에 몰린 화이트 베이스를 습격한다. 지휘관은 자비가의 막내 가르마 자비였다. 아무로는 지친 몸으로 출격하여 건탱크의 지대공 포격으로 공습을 견제하려 하지만 적 전차 마젤라 어택으로 편성된 지상부대도 출격한다. 브라이트는 아무로에게 건담으로 갈아타 교묘한 적의 포위망을 돌파하도록 부탁한다. 시시각각 변화하는 전황과 서로 제멋대로 의견을 내고 명령을 내리는 주위에 신경이 곤두선 아무로는 겨우 나름대로 납득하고 출격한다. 하지만 그곳은 익숙하지 않은 중력이 있는 전장이었고 적은 모빌슈트 부대까지 가세하여 건담은 적의 집중 공격에 노출된다. 혼탁한 의식 속에서 아무로는 드디어 결기하여 건담을 적의 한가운데로 돌입시킨다. 그 집념에 영향을 받은 하야토 외 일행도 분발하여 형세를 역전시킨다. 환영하는 아이들 앞에 아무로는 자기 방으로 돌아가 시체처럼 잠든다. 그리고 건담의 실력을 깨달은 가르마는 건담 탈취를 결의하나 협력을 약속하는 샤아의 눈은 수상한 빛을 띄고 있었다.

적 정찰기의 감시하에 놓여 고립된 화이트 베이스. 브라이트는 코어 파이터를 탄도 궤도에 실어 사출하여 적진을 뛰어넘어 연방군 본부와 직접 연락을 취할 계획을 세운다. 아무로가 순조롭게 준비를 진행시키는 한편, 지구에 내릴 수 없는 상황이 초조했던 피난민 노인들은 아이들을 인질로 삼아 폭동을 일으킨다. 하지만 아무로는 자신이 해야 할 일을 할 뿐이라고 프라우에게 말하고 격납고로 향한다. 맹 스피드로 사출된 코어파이터. 목적을 눈치챈 샤아도 코무사이로 요격에 나선다. 아무로는 급가속에 견디지 못해 실신하고 격추 직전에 의식을 회복했지만, 적의 편대에 추격 때문에 작전은 중지되고 만다. 귀환 하던 아무로는 건담의 장비 교체와 자유 낙하 중의 공중전이라는 무모한 의뢰를 받는다. 샤아도 자쿠로 능숙한 공중 공격을 해왔다. 전투 종료 후 적은 다용도 모빌슈트의 형태 중 하나에 지나지 않는다는 것을 가르마에게 듣고 경악하는 샤아. 귀환한 아무로는 참을 수 없는 나머지 피난민들에게 고함치고 거기서 진지함을 본 노인들은 인질을 풀어주고 떠났다.

화이트베이스는 그레이트 캐년을 통과해 세인트 안젠으로 다가간다. 죽은 남편의 고향이 그곳에 있다는 페르시아와 코우리 모자를 비롯해 피난민의 일부가 지상에 내리고 싶다고 희망한다. 그것을 구실로 브라이트는 추격해오는 지온 공국군에게 일시휴전을 신청한다. 피난민을 태운 건패리는 불시착을 위장하는 연기를 내고 비밀리에 아무로의 건담을 실은 채 지상으로 강하하는데 성공한다. 브라이트의 교묘한 작전이 시작된 것이다. 하지만 정찰기 룻군의 바므로가 페르시아 모자를 돕기 위해 구명 캡슐을 투하하려고 되돌아왔다. 발견된 건담은 부득이 룻군을 격추한다. 곧 휴전이 끝나고 카이의 건캐논이 지상으로 하강하여 적을 유인한다. 샤아가 작전을 눈치챘을 땐 이미 늦어 호수 뒤편에서 건담이 협공하는 작전은 성공한다. 지나친 실패에 머리를 움켜쥐는 가르마. 그리고 페르시아에게 상처 치료를 받은 바므로는 그녀에게 사실을 말한다. 이 황야가 바로 1년전까지 세인트 안젠이 있던 곳이라고.. 충격을 받은 페르시아는 쓰러져 울었다.

거듭된 출격으로 아무로는 심신이 피폐해져가고 있었다. 사소한 감정의 엇갈림이 쌓여 마침내 명령을 거절하고 자기 방에 틀어박혀 버린 아무로. 한편 누나 키시리아의 체면을 신경쓴 가르마는 전국을 타개하려고 스스로 전투기 돕 편대를 이끌고 화이트베이스 토벌에 나선다. 고전하는 건 캐논과 건탱크. 브라이트는 임무를 거부하는 아무로에게 정신차리라고 따귀를 때리지만 오히려 아무로는 성질을 내고 둘이서 심한 말싸움을 벌인다. 하지만 브라이트가 말한 샤아라는 이름에 반응하고 프라우의 말로 자신이 남자임을 자각한 아무로는 드디어 분발한다. 포화 속으로 나온 건담은 아무로의 조종으로 점프력과 로켓 노즐을 이용한 공중전을 시작한다. 혼란에 빠진 돕을 차례차례로 격추하는 건담은 가르마 기의 날개를 잘라내지만 쫓아가려는 것을 미데아 수송기에게 제지당한다. 연방군 수송 부대의 마틸다 중위가 화이트베이스에 보급을 가져온 것이다. 완전히 고립된것은 아님을 안 아무로들은 순간 안도감을 느낀다.

지온 공국군이 점령한 북미 대륙의 뉴욕시 관저는 정재계 인사들이 모여 파티를 즐기고 있었다. 전 시장 에센바하의 딸 이셀리나와 사랑을 키워가는 가르마의 모습을 샤아는 차가운 눈으로 바라본다. 시내에 화이트베이스가 잠복했다는 보고를 받은 가르마는 장래를 맹세한 이셀리나를 위해서 가우 공격 항모에서 지휘를 잡아 융단 폭격으로 목마를 끌어내려 시도했다. 성과가 나지 않아 조바심을 더해가는 가르마를 위해 샤아는 자쿠에 의한 지상 공격을 신청하여 건담과 교전을 시작했다. 하지만 그것은 샤아의 무서운 음모의 시작이었다. 돔 구장에 잠복중인 '목마'를 발견한 샤아는 건담이 미끼라고 주의하라면서 가르마를 그 진로로 유도한다. 가우의 배후에서 일제히 포화를 받고 경악하는 가르마. 샤아는 크게 웃으면서 이것이 계획된 모략임을 그에게 말했다. 가르마는 집념을 발휘해 가우를 '목마'에 부딪혀 보려고 시도하지만 도중에 기체는 무참히 폭파되어 추락한다. 그 비보는 이셀리나와 가르마의 아버지 데킴 공왕에 충격을 준다. 새로운 비극의 막이 오르려고 하고 있었다.

지온공국의 수도 즘 시티는 가르마의 죽음을 안 자비가 일족이 전선에서 달려와 모여있었다. 젊은 아들의 죽음을 단지 애도하는 데킴 공왕에 비해 어디까지나 이것을 전쟁에 이용하려고 하는 기렌 총수. 한편, 죽은 가르마의 집무실을 방문한 이셀리나는 가르마의 전 부하인 다로타 소위에게 간청해 가우 공격항모의 화이트베이스 추격 임무에 동행한다. 건담은 건캐논과 가우의 날개로 뛰어 공격을 시작하고 봉인을 푼 빔 자벨린으로 파괴한다. 그러나 샤아의 룻군 정찰기의 폭격으로 화이트 베이스는 추진력을 잃고 사막에 비상착륙 하고만다. 난전에서 활약하는 건담의 모습을 본 이세리나는 가르마의 죽음에 원망을 담아 조종간을 잡고 건담에 부딪치려 시도한다. 건담은 작동을 중지하고 체크를 위해 밖으로 나온 아무로에게 이세리나는 총구를 겨눴다. 자신이 '원수'라고 부르는 것에 충격을 받는 아무로. 하지만 그녀는 방아쇠를 당기지 않고 숨을 거두었다. 이세리나를 땅에 묻으며 아무로는 낯선 사람에게 '원수'가 되어 버리는 전쟁의 실상에 대해 고뇌한다.

지온 공국에서는 기렌 총수가 가르마의 국장을 대대적으로 거행하려 하고 있었다. 동시에 역전의 맹장 람바 랄이 잔지발로 지구에 강하한다. 그의 임무는 화이트베이스 토벌이다. 한편, 아무로는 심신이 지친 채로, 이셀리나에게 원수라고 불린 것을 몽롱하게 회상한다. 화이트베이스를 발견한 람바 랄은 같이 온 여성 하몬에게 가볍게 키스를 하면서 신형 모빌슈트 구프를 타고 지상으로 출격한다. 류 때문에 억지로 건담의 조종석에 들어간 아무로는 브라이트의 명령으로 강제로 전장으로 보내진다. 그 허탈한 상태는 갑자기 습격한 구프의 히트로드의 충격으로 끊어진다. 가르마의 원수인 건담에 대해 일대일 승부를 거는 람바 랄. 자쿠와 큰 성능 차이를 과시한 구프지만 원호사격을 받고 잔지발로 일시 후퇴한다. 귀환한 아무로는 가르마의 국장과 기렌 자비의 연설 중계를 본다. 자신의 싸울 상대가 개인이나 무기가 아닌 국가라는 거대한 것임을 안 아무로였다.

화이트베이스는 해안에 정박하고 크루도 잠시 휴식을 취하고 있었다. 근처에 고향이 있는 아무로는 코어 파이터로 들리려고 한다. 거기에는 우주 생활이 싫어 독신 생활을 하고 있는 어머니가 기다리고 있을 것이기 때문이다. 하지만 집에는 난폭한 연방군 병사가 차지하고 있었고, 주변에도 전화의 흉터가 깊게 새겨져 있었다. 드디어 피난민 캠프에서 어머니와 감동의 재회를 이룬 아무로는 순찰 나온 지온병사를 피하기 위해 병자로 위장한다. 한편 초계에 나선 류의 코어 파이터는 지온군 정찰기와 교전하고 브라이트는 아무로에 긴급 호출을 명령했다. 하지만 그 벨소리는 지온병사의 주의를 아무로에게 쏠리게 만들었다. 자기 방어를 위해 어머니와 몸싸움을 한 지온병사를 쏜 아무로였지만 그 행위를 어머니가 질책한다. 단절을 느낀 아무로는 코어 파이터로 타고 건담으로 공중 장비 교체를 하고 지온군 기지를 철저하게 부수지만 그것마저 단순한 소모전에 불과했다. 전투를 마치고, 함께 살자는 어머니의 제안을 거부한 아무로는 동료가 기다리는 화이트베이스로 되돌아간다.

경비 부대 소속 지온군 콰란 상사들은 연방군의 모빌슈트를 잡아 공을 세워 본국으로 귀환하려고 독자적인 전략을 세우고 있었다. 한편, 보급을 계속하던 마틸다 중위는 연방군 레빌 장군의 의도를 브라이트에게 전한다. 유럽의 대작전을 앞두고 있기 때문에 당분간은 데이터 수집을 겸해 독자적으로 움직이라는 파격적인 지시였다. 다음날 아침 정찰망을 넘으려던 마틸다의 미데아 수송기가 습격을 받는다. 호위에 나선 건담 덕분에 마틸다는 탈출에 성공하지만 그것은 콰란들의 계획대로였다. 소형 와퍼는 건담에 접근해 차례차례로 폭탄을 설치한다. 실드가 폭발함으로써 장치를 눈치챈 아무로는 귀환하여 희생을 최소화 하기 위해 모두가 멀리 지켜보는 가운데 폭탄을 해제하려고 고군분투한다. 마지막 폭탄은 건담과 지면 사이에 있었다. 시한 장치가 작동하기 직전, 보다 못한 동료들이 뛰쳐나와 힘을 합쳐 모든 폭탄을 제거하는데 성공한다. 적도 필사적이라는걸 안 콰란들은 현지 사람으로 변장해 그 과감한 행동을 한 승무원들의 얼굴을 보러 오는 것이었다.

연방 공군에서 긴급 신호를 받고 훈련 중이던 아무로는 코어 파이터로 가까운 섬으로 출발한다. 불시착한 전투기 안에 시트에 묶인 빈사의 파일럿을 발견한다. 아무로는 응급 처치를 실시했으나 병사에게 적의를 품은 3명의 아이가 나타나고 도안이라는 남자가 자쿠를 타고 다가왔다. 코어 파이터로 항전을 시도한 아무로였지만 자쿠에 격추되어 상처를 입는다. 정신을 차린 아무로 옆에는 로랑이라고 하는 소녀가 있었다. 처음에는 그녀에게도 반발을 느낀 아무로였지만 점차 도안에게 관심을 가지게 된다. 사실 도안은 지온군 탈영병이었다. 추격자로부터 아이들을 보호하며 방위용 무기를 강탈하고 있었던 것이다. 접근하는 지온군을 화이트 베이스가 캐치해 귀환에 성공한 아무로는 건담으로 다시 출격한다. 그것을 제지하고 자쿠끼리의 격투전을 아무로에 과시하는 도안, 아이들의 부모를 죽인 이후 그는 죄의식에 사로잡혀 있었던 것이다. 자쿠를 쓰러뜨려도 추격에 대해 고민하는 도안을 보고 아무로는 도안의 자쿠를 바다로 던져 침몰시킨다. 그것은 그에게 뿌리 깊은 전투의 냄새를 지우기 위함이였다.

중앙 아시아 서쪽으로 진행하는 화이트 베이스에 레빌 장군의 밀사로부터 지구 연방군 본부의 오데사 작전이 5일 앞으로 다가온다는 연락을 받는다. 키시리아의 부하인 마 쿠베의 부대를 공격하는 대작전 개시일이다. 하지만 식량 창고에서 소금이 부족하게 된 화이트 베이스는 실크로드의 소금물 호수로의 우회를 피할수 없었다. 이미 이동한 호수에 망연자실해 하는 주방장의 타무라. 그 틈을 찔러 람바 랄 대가 모빌슈트를 전개하고 접근했다. 격납고로 향한 아무로 일행은 건담을 기동하여 무단 출격하는 세이라를 보고 놀란다. 시뮬레이션 조종은 마스터 하고 있었지만 첫 실전에서 생각대로 되지 않아 당황하는 세이라. 랄의 부하 코즌은 그 서투른 모습을 놓치지 않고 건담을 잡으려고 격투전을 벌였다. 아무로가 탄 건캐논의 지원으로 아코즈의 자쿠는 파괴되고 코즌도 자쿠에 탄 채로 포획당해 랄 대는 퇴각했다. 브라이트가 독방에 있을것을 지시한 세이라는 그 틈을 타 포로 코즌과 접촉한다. 오빠라고 생각한 샤아의 안부 확인이야말로 세이라의 출격 동기였던 것이다. 곧 화이트베이스 앞에 새로운 소금 호수가 모습을 드러냈다.

확보한 자쿠의 데이터를 가지고 전투 시뮬레이션에 여념이 없는 아무로. 미라이가 목욕 중에 키카가 망가뜨린 수도를 수리하는 등 일상적으로 그 재능은 의지가 되기 시작했다. 포로가 된 코즌은 숨겨놨던 폭약으로 감방의 열쇠를 파괴하고 탈출하지만 동행해야 할 세이라가 소리를 질러 궁지에 빠진다. 동시에 전방에서 미사일이 날아와 아무로에게 건담 출격을 명령하지만 자만한 아무로는 독단으로 탑승기를 건탱크로 변경한다.통신실에서 랄 대에 정보 제공을 감행하는 코즌. 아무로 앞에 랄의 구프가 출현하고 전력 차 때문에 후퇴하게 된다. 오무르가 발사한 바주카의 폭풍에 휘말려 결국 사망하는 코즌. 아무로는 건담으로 교체한 후 시뮬레이션에 기초한 싸움을 시도하지만 실전은 힘겨웠고 원호를 받아 간신히 탈출에 성공한다. 전투가 끝나고 파일럿으로 아무로는 부적격자가 아닐까 의심을 품은 브라이트는 미라이와 상담한다. 우연히 대화를 들은 아무로는 심한 충격을 받아 건담을 발진시켜 어둠속으로 탈출한다.

지온군 월면 그라나다 기지의 키시리아 자비 소장은 자원 채굴 담당 마 쿠베 대령을 만나기 위해 전함 그와진을 타고 지구로 향한다. 탈주자는 사형이라는 말에 당황한 프라우는 아무로를 데리고 돌아오려고 버기로 쫓지만 설득은 실패로 끝난다. 도망을 계속하던 아무로는 마 쿠베와 키시리아의 광산 기지를 발견했다. 기습을 받은 키시리아는 거대 병기 앗잠의 테스트를 겸하기 위해 마쿠베와 출격한다. 중화기에 농락당하는 건담에게 금속 가루 리더가 살포된다. 바구니 처럼 둘러싼 철사가 방열 자기장을 형성하면 부착된 리더는 순식간에 4천도의 열을 생성한다. 적의 출력이 약해진 틈을 빔 자벨린으로 역전에 성공하는 건담. 모빌 슈트의 실력을 깨닫게된 키시리아는 기밀 유지를 위해 광산 기지를 자폭시키고 대피한다. 승리에 기뻐하는 아무로였지만, 사실 백개가 넘는 지온군 채굴기지의 하나에 불과하다는걸 인식하고 아연실색했다. 브라이트 또한 이 습격이 지온군의 가드를 굳히게 했다고 고심하고 있었다.

사막을 혼자 방랑하는 아무로. 겨우 도착한 고요한 레스토랑에 람바 랄이 군사를 이끌고 들어온다. 동행한 여성은 아무로의 날카로운 눈빛에 호의를 가지고 식사를 특별히 주문했지만 아무로는 이유가 없다고 사절한다. 그 대응에 람바 랄도 호감을 가지기 시작했을 때, 연방군의 제복을 입은 프라우가 보초에게 붙잡힌다. 아무로의 아는 사람으로 판명나자 가게 내부는 긴장에 휩싸인다. 하지만 람바 랄은 케이프 속에서 몰래 총을 쥔 소년의 용기에 경의를 보이고 풀어준다. 동시에 병사에게 목마가 있는곳을 알아내기 위해 뒤쫓으라고 지시하는 람바 랄. 행동을 일으킨 람바 랄 대에 아무로는 숨겨둔 건담을 기동하여 이동한다. 건담의 당당한 전투에 파일럿이 평범한 자가 아님을 간파한 람바 랄은 실력의 모든 것을 걸고 건담과 싸운다. 격투 끝에 서로의 얼굴을 알아본 아무로와 람바 랄. 소년이 전장에 나와 있는것에 놀란 람바 랄이였지만 기체를 버리고 탈출에 성공했다. 돌아온 아무로는 독방에 넣어지고 절규하지만 곧 람바 랄을 이기고 싶다는 결의가 그의 표정을 바꾸는 것이었다.

오데사 데이가 접근하고 화이트 베이스에 불안한 공기가 감돌고 있었다. 람바 랄은 반드시 공격해 온다고 예언하고 배에서 내리겠다고까지 말한 아무로의 대담한 행동에 무심코 때려 버린 류. 브라이트도 지온에 투항하지 않았던 아무로를 이해하려고 노력하고 있었다. 하지만 그런 관계에 불만을 품은 하야토와 카이 등 4명은 버기로 도망치고 뒤를 쫓아가 설득을 시도한 것은 역시 류 였다. 신형 모빌슈트 '돔'의 보급이 차질이 생기자 람바 랄은 본래 게릴라 방식인 소형 전차 큐이를 타고 백병전을 걸어왔다. 강적과 싸웠던 람바 랄은 돌입한 화이트 베이스 함내가 소년병뿐이고 아이도 있는것에 당혹감을 감추지 못했다. 혼란 속에서 세이라와 마주친 람바 랄은 움직일 수 없었다. 그 순간의 망설임이 생명의 위기가 되었다. 류와 무승부가 나고 작전 실패를 인정한 람바 랄은 아무로의 건담을 향해 폭탄을 안고 자결, 장렬한 최후를 맞이한다. 건담의 공격으로 갤럽은 파괴되었지만 류는 빈사수준의 중상을 입고 말았다.

람바 랄이 죽은 후 하몬은 타치 중위 등 16명의 동료와 함께 사명을 완수하여 그 마음에 응하려고 결의한다. 아무로와 전투를 예감하면서 출격하는 하몬. 엉켜버린 인간 관계를 고민하던 류는 중상을 입은 몸이면서도 브라이트와 함께 독방의 아무로에게 가서 관계 복구를 시도한다. 화이트베이스에 접근한 하몬 부대는 부족한 병력으로 약한 부분을 일점 돌파하는 '송곳전법'을 시작했다. 드디어 아무로는 감옥에서 나왔지만, 람바 랄의 백병전은 곳곳에 피해를 남기고 있었다. 건담 장비 교체를 성공시킨 아무로는 접근하는 카고의 자폭을 감지하고 전진하여 저지를 시도한다. 카고를 막기 위해 움직일 수 없게 된 건담의 등에 하몬은 마젤라 포탑의 포구를 붙여 직접 사격을 실시한다. 절체절명의 위기에 빠진 아무로, 그 때 한 기의 코어 파이터가 나타나 마젤라에 들이받아 자폭한다. 위기에서 벗어난 아무로 였지만, 폭발한 기체에 류가 타고 있던 것을 알게 된다. 류가 모든것을 걸고 화이트 베이스와 동료를 구한 것에 충격을 받은 승무원들은 석양에 쓰러져 우는것이었다.

흩어져 있는 마 쿠베의 광산 기지를 격파하면서 유럽으로 이동하는 화이트 베이스. 드디어 연대감이 생긴 소년들은 꾸준한 전과를 올리게 되었다. 그러나 과로를 버티지 못한 브라이트는 고열로 쓰러져 버린다. 마 쿠베 대령은 주다크에서 연방군의 정보를 얻고 있었지만 예상 이상의 피해를 받자 화가 나 연방군의 내통자 엘란에게 전력을 억누르도록 지시한다. 리프트 제트를 사용하여 화이트 베이스 접근에 성공한 마 쿠베의 병사들은 미노프스키 입자 사출구와 ECM 발신기를 폭파한다. 무방비가 된 화이트 베이스는 돕 편대의 접근에 속수무책이다. 게다가 브라이트 대신 지휘를 맡은 미라이는 미숙한 상황 파악 능력과 부족한 경험 때문에 전투에 큰 혼란을 가져온다. 건담을 공중 도킹에 성공시킨 아무로는 구프 지상부대를 쓰러뜨리지만 화이트 베이스는 더 마 쿠베의 함정에 점점 더 깊이 빠지게 된다. 지상에서 강력한 메가입자포의 빔을 맞고 대파된 화이트베이스는 불시착한다. 비행 불능을 확인한 미라이는 네빌 장군에 원군을 요청하는데...

오데사 작전을 앞두고 불안한 표정으로 보급을 기다리는 미라이에게 브라이트는 함장 대리를 정식으로 요청하고 인계 메모를 전달했다. 그 때 네빌 장군은 오데사 작전 수행을 앞당기기 위해 유럽 전선 기지에 도착했다. 화이트 베이스를 높이 평가하는 네빌은 엔진 수리와 동시에 건담의 파워업을 위한 메카를 가져가 테스트를 겸해 실전 투입할 것을 마틸다에게 지시한다. 이 정보는 엘란 중장을 통해 마 쿠베에게 전달되고, 미데아 수송대는 도다이 YS에 탄 구프 3기 편대의 매복과 조우하게된다. SOS를 감지한 세이라는 미라이의 지시를 기다리지 않고 출격을 명령했다. 동경하던 마틸다의 구조에 발벗고 나서는 아무로였지만 미데아 수송대를 파괴한 구프는 이번에는 건담을 겨냥했다. 히트로드 공격에 고전하는 건담. 마틸다가 열심히 보호하던 G 파이터가 출격했다. 엄청난 기동력을 얻은 건담은 상공을 날며 겨우 구프의 격퇴에 성공한다. 미라이는 지휘관 대리로서의 역할을 인정받고 소년들도 자랑스럽게 마틸다를 맞이한다.

달에 있는 그라나다의 키시리아는 귀중한 자원을 공급해온 마 쿠베의 위기에 신형 모빌슈트 '돔'과 검은 삼연성을 보내도록 지시를 내린다. 보급 부대의 마틸다 중위는 화이트 베이스의 소년들에게 큰 인기를 얻고 카이의 제안으로 기념 사진을 촬영한다. 동경하는 사람의 사진을 손에 넣은 아무로는 들떠 버린다. 한편, 레빌 장군은 루움 전쟁 때 그를 포로로 잡았던 검은 삼연성의 참전을 듣고 오데사 작전 개시를 앞당기게 명령하고 빠르게 전달되는 정보에 놀라는 엘란. 세키 기술 대령의 지휘로 수리가 진행 되는 가운데 아무로는 마틸다에게 보급 부대에 들어간 이유를 묻는다. 전쟁이라는 파괴 속에서 무언가를 만들 수 있기 때문이라는 답변에 아무로는 감명을 받는다. 검은 삼연성의 돔이 화이트 베이스에 접근하고 G아머의 파일럿으로 임명된 세이라는 망설이면서도 건담과 함께 출격한다. 검은 삼연성의 돔은 제트 스트림 어택으로 아무로를 농락한다. 아무로는 적의 의표를 찍르는 공격으로 맛슈의 돔을 파괴하지만 이 전투에서 마틸다가 희생되고 만다. 추모의 자리에서 마음 속에서 마틸다의 이름을 절규한다….

동료 맛슈의 죽음을 애도하는 검은 삼연성의 가이아와 오르테가. G파이터를 테스트 하고 있던 아무로는 연방군의 소형 비행기가 지온 군에서 이륙하는 광경을 발견하고 놀란다. 뒤를 쫓은 아무로는 이동 사령부 빅 트레이에 착함하고 간첩의 존재를 엘란 중장에게 말한다. 본성을 드러낸 엘란은 아무로에 총을 겨누지만 달려온 연방군 병사에 의해 구속된다. 결국 오데사 작전은 발동되고 양군도 가진 물량을 최대한 투입하여 격전을 펼친다. 화이트 베이스도 검은 삼연성의 맹공을 받고 있었다. G메카 중에서 건담이 모습을 나타내면 돔은 기다렸다는 듯이 덮친다. 배신자의 검거에 궁지에 빠진 마 쿠베는 비장의 카드로서 남극 조약에서 금지된 수소 폭탄의 사용을 암시하는 공갈을 친다. 레빌 장군은 진군을 멈추지 않고 미사일은 결국 발사되고 만다. 브라이트는 아무로에게 수소폭탄 저지를 지시하고, 건담은 빔 사벨로 탄두 부분을 잘라 연방군을 궁지에서 구해낸다. 이리하여 오데사 전투는 연방군의 승리로 끝나고 화이트 베이스의 소년들은 연방군의 레빌 장군과 친근하게 악수를 나눈다.

남미 자브로의 지구연방군 본부로 향하기 전에 화이트베이스는 북아일랜드의 보급기지 벨파스트에서 수리를 받게 된다. 간첩소녀 미하루에게 그 정보를 받은 것은 붉은 혜성의 샤아였다. 키시리아의 부하가 되어 잠수함 매드 앵글러 대를 이끌고 활동을 시작하고 있었던 것이다. 아무로 일행은 군의 가장 중요한 기밀을 알았기에 연방군이 되지 않으면 편생 감옥에 들어갈 가능성이 있다고 레빌 장군에게 통보를 받는다. 계속해서 레빌은 건담의 활약이 실마리가 되어 지온 군의 움직임이 활발해지고 주변 전장에 다양한 모빌슈트가 등장하고 있으며 그 중에는 모빌 아머라는것도 포함된다고 말한다. 잠수함 유콘에서 수륙양용 모빌 슈트 고그가 발진하고 치열한 교전을 시작했다. 아무로는 건담의 새로운 무기 하이퍼 해머, G불로 나서지만 고그의 두꺼운 장갑에 고전을 면치못한다. 바다에서 간신히 고그의 격파에 성공하는 건담. 자신의 자존심을 건드렸던 목마의 하얀 모빌 슈트의 출현에 샤아는 혼자 미소짓는다.

신병기 G파츠의 프레젠테이션을 하는 아무로. 그동안 카이는 자리를 뜬다. 군인이 되기 싫어했던 카이는 배에서 내릴 것을 결의한 것이다. 정처 없이 거리로 나선 카이는 이전 기지에서 말을 걸어 왔던 소녀 미하루와 재회했다. 그녀의 집에서 어린 동생을 위해 열심히 사는 미하루를 보고 사정을 눈치챈 카이는 은근히 화이트 베이스에 대한 정보를 흘려준다. 미하루는 즉시 매드 앵글러 대에 연락을 취했다. 하지만 목마의 행선지에 관심이 있는 샤아는 고그와 신형 수륙 양용 모빌슈트 '즈고크'를 출격시켜 혼란을 틈타 미하루에게 내부로 침투하도록 명령한다. 수중에서의 공격에 고전하는 건담과 건캐논. 카이는 미하루의 집에서 떠나긴 했지만 화이트베이스의 고전이 걱정되자 견디지 못하고 오토바이를 타고 화이트 베이스로 달려간다. 카라하의 즈고크와 치열한 수중전을 전개하는 건담. 동생들과 헤어진 미하루는 그 사이 화이트 베이스에 들어간다. 카이의 건탱크는 절묘한 타이밍에 떠오른 즈고크를 포격해 승리를 이끌어낸다. 카이는 복귀하고 여자 간첩을 태운 채 화이트베이스는 남미로 출항해 나간다.

미하루는 화이트 베이스의 진로를 찾으려고 함내를 정찰하던 중에 카이에게 발각당한다. 미하루를 자기 방에 숨겨두고 정보룰 알려주는 카이였지만 그 직후 샤아의 부하 븐이 어업 조합원으로 변장하고 제트기로 착함한다. 신속하게 미하루와 접촉하고 철수하는 븐. 카이는 미하루의 존재를 밝힐 수 없어 어쩔 수 없었다. 샤아와 합류한 븐이 신 모빌아머 '그라브로'에 탑승하여 즈고크 2대를 이끌고 바다에서 화이트 베이스 습격을 시작한다. 아이들까지 휘말리는 것을 목격한 미하루는 자신의 행위에 무거운 책임을 느끼고 만다. 아무로 일행은 온 힘을 다해 요격하지만 건담은 수중에서 그라브로에게 다리를 잡혀 뜻밖의 고전을 면치 못하고 있었다. 속죄를 위해 카이와 건페리로 출격하는 미하루. 하지만 미사일 발사 때 예상치 못한 폭풍이 그녀를 날려버리고 대서양에서 미하루는 사라진다. 복귀 후 미하루의 부재를 눈치채고 눈물을 흘리는 카이. 밀항자이기 때문에 슬픔을 나눌 사람도 그 밖에 없기에 혼자 절규하는 카이였다.

화이트 베이스는 고난 끝에 남미 자브로 지구 연방군 본부로 도착했다. 하지만 동시에 지온 공국군의 매드 앵글러 대도 추적하고 있었다. 샤아 대령은 북미에서 신형 모빌슈트 '조크'를 수령하고 원군의 도착을 기다리지 않고 1차 공격대를 발진시킨다. 화이트 베이스 정비를 지휘하는 우디 대위가 전사한 마틸다 중위의 약혼녀라는것을 알고 아무로는 깊은 감회에 잠긴다. 결국 지온군 편대가 자브로 상공에 접근하고 많은 모빌슈트를 강하시켜 총공격을 시작한다. 방어에 참가한 아무로는 건담의 양산 타입 '짐'을 날렵하게 잡는 빨간 즈고크를 발견한다. 바로 샤아의 기체다! 우디 대위도 약혼자가 지키려고 했던 화이트 베이스를 지키려다 희생되고 만다. 다시 전장에서 대결하는 숙명의 라이벌. 샤아가 돌아왔다는 보고를 들고 화이트 베이스는 놀라움에 휩싸인다. 그 중에서도 세이라는 한층 큰 충격을 보여주었다.

샤아 대령의 즈고크는 아카하나 등 특수 공작원의 모빌 슈트 '앗가이'를 이끌고 자브로 기지로 잠입한다. 아무로 일동은 계급을 받아 군인으로서 연방군에 정식으로 편입된다. 한편, 카츠, 레츠, 키카의 처우가 문제가 되어 육아 센터에 맡기지만 그 곳을 싫어했던 3명의 아이들은 도망친다. 도망친 곳은 연방군의 모빌 슈트 '짐'의 공장이였다. 마침 그곳을 폭파하려고 준비하던 특수 공작원들에게 들켜 묶이고 만 아이들. 작은 용사들은 열심히 줄을 자르고 시한 폭탄을 하나도 남김없이 때어내려고 분전한다. 폭탄을 실은 차량으로 공장에서 떨어뜨리려고 할 때 우연히 만난 아무로 일행의 대응으로 폭탄은 잘 처리되었다. 전투가 시작된 지하에서 아이들을 쫓아온 세이라는 샤아와 조우해 서로 남매임을 확인한다. 아무로의 활약으로 앗가이는 파괴되었지만 샤아는 즈고크로 도망친다. 아이들의 화이트 베이스에 잔류가 인정될 무렵, 연방군 고관들은 화이트 베이스를 미끼로 쓸 것임을 브라이트에게 전달한다.

티암 함대 제 13 독립부대로 배속된 화이트 베이스는 자브로에서 우주로 발진하는 주력 부대 대신 적의 관심을 돌릴 미끼가 되도록 명령받는다. 보충 요원으로 슬랫거 로우 중위가 오고 우주의 전장으로 비상하는 화이트베이스, 샤아 대령도 전함 잔지발로 추격한다. 도중에 미끼인 것을 눈치챈 샤아였지만, 반대로 이것을 호기로 보고 추격전을 건다. 토쿠완 대위가 타는 고속 모빌아머 '비그로'와 릭돔 2기가 발진, 아무로의 G스카이, 세이라의 G불 이지가 대응한다. 공격하는 적을 오빠로 생각한 세이라는 집중력이 떨어진다. 샤아의 잔지발은 적의 포화를 아랑곳하지 않고 화이트베이스로 돌진하여 간다. 그 위기를 타개한 것을 슬랫거가 발사한 주포였다. 전투 중에 건담은 비그로의 팔에 붙잡히고, 내부의 아무로는 쇼크로 의식을 잃고 만다. 하지만 아무로는 놀라운 속도로 회복하고 다음 순간 비그로는 빔에 꿰뚫린다. 격전이 끝나고 슬랫거도 그 실력을 인정받으며 화이트 베이스의 함내에도 안도감이 돈다.

비그로의 파일럿 토쿠완의 죽음을 애도하던 드미트리는 실용 테스트전에 폐기됐던 모빌아머 '자쿠레로'로 복수에 나선다. 확산 빔 포와 미사일에 고전하는 하야토의 건캐논. 그러나 G아머와 함께 고속 전투에 대응한 건담은 빔 사벨로 자쿠레로의 엔진을 공격해 일순간에 격파한다. 샤아는 목마의 진로에 있는 전 부하인 도렌 대위와 연락하여 협공을 의뢰했다. 슬랫거 중위는 다른 1기의 G파이터 조종사로 출격해 릭 돔 편대와 교전한다. 함대전에 집중하고 있던 도렌은 출격한 건담을 놓친것을 알고 불안에 빠진다. 모빌슈트 부대를 아군에 맡긴 건담은 감지되지 않도록 바로 위쪽으로 접근하여 바주카 연사로 스와멜을 격침. 이어 빔 사벨로 기함 카멜의 브리지를 베어 지휘관 도렌을 처치하여 강행돌파 작전을 성공으로 이끌었다. 믿었던 도렌의 패배를 듣고 전율을 감추지 못하는 샤아. 브라이트는 샤아의 잔지발과 접촉을 피하기 위해 사이드6로 전진을 지시했다.

도즐 자비 중장은 샤아의 무능을 증명하기 위해 우주 요새 솔로몬에서 콘스콘 기동 부대를 출격시켰다. 순찰중인 G아머는 수수께끼의 모빌 아머 '브라우 브로'를 격파하고, 화이트 베이스는 중립 국가 사이드6의 영공 안으로 무사히 들어갈 수 있었다. 이곳의 검사를 담당하는 캄란 블룸은 한때 미라이의 약혼자였지만 미라이는 환대에 냉담한 반응을 나타낸다. 다운 타운으로 쇼핑 나온 아무로 또한 뜻밖의 인물을 재회한다. 바로 사이드7에서 우주로 빨려나가 실종된 아버지 템 레이였다. 그러나 고물상으로 살고있는 아버지는 산소 결핍증으로 뇌장애가 일어난 상태였고, 아무로는 슬픔에 오열한다. 캄란의 배려로 화이트 베이스는 전쟁 상인으로 소문난 펠가미노의 도크에서 수리를 받고자 했다. 승리의 기회라고 생각한 콘스콘. 하지만 아무로는 뛰어난 전투 능력을 발휘하여 12기의 릭 돔을 3분이내에 전멸시킨다. 화이트 베이스의 위법행위는 아버지가 은폐해 준다고 말하는 캄란, 미라이는 눈물을 흘리며 사랑의 말에 등을 돌리며 떠난다.

수리를 받지 않은채 사이드6에 돌아간 화이트 베이스는 출항까지 시간을 보내고 있었다. 그 잠깐의 시간동안 아버지를 만나려고 버기를 끌고 나간 아무로는 갑작스런 호우를 피해 들린 별장에서 호수의 백조를 바라보는 이상한 소녀와 조우한다. 아버지와의 힘든 이별을 마친 아무로는 돌아가는 길에 버기가 진흙탕에 빠져 움직일 수 없게 된다. 그때 그를 도운 것은 전함 잔지발로 사이드6에 입항한 샤아 대령이었다. 그 옆에서 미소를 짓는것은 호수에서 만난 소녀 라라아였다. 매복중인 콘스콘을 견제하기 위해 캄란은 자가용 우주정의 수반을 신청한다. 완고하게 거절하는 미라이를 슬랫거는 때리고 함께 설득했다. 캄란의 고속정을 따라 출항하는 화이트 베이스. 사이드6 영공을 벗어나는 순간 릭 돔 편대가 습격한다. 아무로는 적의 공격을 완벽하게 간파하고, 그 모습을 호텔 TV중계로 보고 있던 라라아는 샤아에게 건담의 승리를 예언했다. 콘스콘 대는 전멸하고 아무로는 눈물을 참으면서 사이드6를 뒤로 한다.

브라이트는 과거 루나 II 사령관 와케인에게서 우주요새 솔로몬 침공시 함께 선봉이 될 것임을 듣는다. 솔로몬의 도즐 중장은 기렌 총수의 보급이 개발 중인 모빌아머 '빅 잠' 1기라는 것을 알고 분개하고 있었다. 드디어 연방군의 솔로몬 공략전이 시작되었다. 빔과 미사일로 혼잡한 가혹한 전장. 연방군은 짐과 간이 모빌슈트 '볼'을 출격시켜 물량 전을 전개한다. 연방군 선봉 함대가 버티고 있는 동안에 주력인 티암 함대는 사이드1의 공역에 거울 배치를 끝내고 있었다. 태양광이 모인 집점이 이동하여 솔로몬을 불태운다. 연방군의 비장의 카드 솔라 시스템의 위력이었다. 격전 중 부상을 당한 하야토는 화이트 베이스에 수용되고 아무로와의 실력 차이에 눈물을 흘린다. 아무로는 돌파구가 열린 솔로몬에 침입하고 함락을 염려한 도즐은 아내 제나와 사랑하는 딸 미네바를 만일에 대비하여 대피시킨다. 반격을 결의한 도즐 앞에 빅 잠의 거구가 마침내 기동한다.

솔로몬 공략 중 슬랫거 중위의 G파이터는 피탄을 당한다. 그의 안부를 염려한 미라이는 브라이트에게 브리지를 내려가는것을 허락받는다. 마중나온 미라이의 눈물에 모든것을 깨달은 슬랫거는 어머니의 유품이라고 칭하는 반지를 맡기고 이윽고 두 사람은 키스한다. 궁지에 몰린 도즐 중장은 스스로 빅 잠으로 응전한다. 빔을 왜곡하며 강력한 메가입자포를 발사하는 빅 잠에 연방군 병사들은 공포에 떤다. 솔로몬을 포기한 도즐은 연방군 주력 함대에 특공을 결의한다. 연방 측의 전함은 차례차례로 빅잠의 빔 공격에 격파되고 티암 함대도 희생된다. 슬랫거는 건담을 도킹시켜 빅잠에 목숨을 건 공격을 한다. 슬랫거의 죽음과 맞바꾸어 아무로는 빅잠의 품으로 들어가 격파에 성공한다. 끝까지 목숨을 걸고 싸우는 도즐 중장의 악의를 보고 전율하는 아무로. 제나의 캡슐은 마 쿠베 대령의 함대에 구출되고 슬랫거의 죽음을 들은 미라이는 크게 슬퍼한다. 이렇게 격전에서 살아남은 화이트 베이스는 일시적인 안도감을 얻는다.

솔로몬 함락 소식을 받고 기렌 총수는 우주 요새 아 바오아 쿠를 지온 공국 최종 방위선으로 선고한다. 화이트 베이스는 레저와 목축용의 텍사스 존의 암초 공역에 있었지만, 마 쿠베 대령이 자신을 위해 개발된 모빌슈트 '걍'을 타고 샤아의 눈앞에서 건담을 해치워 상사 키시리아에 보답하고자 계책을 세운다. 사막화가 진행된 텍사스 콜로니에 샤아가 방문한 목적은 프라나간 박사의 감독하에 라라아와 신형 모빌아머의 실험을 할 계획이었지만 에르메스는 아직 도착하지 않았다. 마 쿠베는 겹겹이 함정을 파 건담을 콜로니 깊은 곳으로 유인하지만 다가오는 아무로의 마음을 알아챈 라라아는 왠지 설레임을 느껴버린다. 샤아는 신형 모빌슈트 '겔구그'로 전투에 개입하나 마 쿠베는 고집을 부려 그것을 거절한다. 격렬하게 검을 주고 받은 끝에 걍은 건담에 쓰러지고, 마 쿠베는 백자 항아리를 떠올리며 사망한다. 폭풍에 휩쓸릴 뻔한 라라아를 겔구그가 막지만 마음의 공진을 느낀 아무로와 라라아는 서로의 이름을 입에 담는다.

화이트베이스와 지온군의 고속중순양함 티베는 교착 상태에 빠져있었다. 증원을 얻을 수 없는 건담을 샤아는 겔구그로 덮친다. 꾸준히 사격을 피하는 적을 뉴타입이라고 확신하는 샤아. 하지만 겔구그가 작동 불량에 빠지고 샤아는 거짓 폭발을 일으켜 탈출을 도모한다. 와케인 사령관의 전함 마젤란이 접근하여 균형은 꺠져 화이트베이스는 텍사스 콜로니 안으로 진입하는데 성공한다. 아무로 수색에 나섰던 세이라의 버기 앞에 샤아가 나타나 두사람은 재회한다. 캐스발과 아르테시아. 이 남매는 뉴타입 사상을 내건 지온 즘 다이쿤의 자식들이었던 것이다. 아버지를 암살한 것은 자비가라고 생각했던 캐스발은 복수를 위해 지온 군에 들어간 것을 밝힌다. 그러나 이 대화의 전체 이야기는 브라이트에게 통신 감청되고 있었다. 아무로를 무사히 회수한 화이트 베이스지만 샤아의 잔지발에 격침된 와케인 함의 잔해를 발견하고 크루는 절규한다. 통신을 의심스럽게 생각한 브라이트에게 세이라는 출신을 밝히고, 오빠가 남긴 편지를 읽고 혼자서 침대에서 눈물을 흘린다.

지구연방군은 점령한 솔로몬을 지온 본국 침공의 마지막 거점으로 개조하고 레빌 장군을 맞이한다. 하지만 "라…라…."라는 소리를 동반한 보이지 않는 적의 습격이 연발하여 공사를 방해한다. 라라아가 탄 모빌아머 '에르메스'가 드디어 움직이기 시작했던 것이다. 그 당시 지온 공국에서 '목성에서 돌아온 남자'라는 샤리아 블이 뉴타입으로 인정받아 기렌 총수와 알현하고 있었다. 키시리아에게로 보낸 진심을 알아달라하는 기렌. 월면기지 그라나다에서 브라우 브로를 받은 샤라이 블은 에르메스를 조정중인 샤아와 합류한다. 한편 화이트 베이스에서는 세이라가 샤아와의 관계를 브라이트에게 털어놓고 있었다. 출격한 샤리아 블의 브라우 브로의 올 레인지 공격을 착실하게 피하여 아무로의 건담은 브라우 브로를 격파한다. 건담의 조종계는 결국 아무로의 발달된 반사신경을 따라갈 수 없게 되었다. 심각한 파문이 크루에 퍼져 간다.

연방군 기술부의 모스크 한 박사는 건담의 관절에 전자 공학을 응용한 기술인 마그넷 코팅을 하는것으로 반응속도의 향상을 시도한다. 지온 공국에선 달의 그라나다와 우주 요새 아 바오아 쿠 사이를 마지막 방어선으로 정하고 본토 결전에 대비해 스페이스 콜로니 '마할'의 주민들을 강제 퇴거시키고 있었다. 기렌 총수는 마할을 솔라 시스템으로 개조하는 허가서를 아버지 데긴 공왕에게 제출한다. 한편 라라아의 전과에 자신감이 있었던 샤아는 에르메스를 실전에 투입하고 2척의 전함을 즉시 침몰시키는 라라아의 놀라운 능력에 아군의 파일럿은 공포를 느낀다. 그 당시 지구 연방군은 '별 1호 작전'을 발동시키고 있었다. 건담의 개수때문에 함대 집결에 늦은 화이트 베이스도 드디어 출항하고 키시리아 직할 유격대에 배속된 샤아의 부대와 전투에 들어간다. 겔구그로 출격한 샤아는 아무로의 건담과 라라아의 에르메스 사이 뉴타입끼리의 격전 속에서 방해꾼 취급을 받는 꼴에 처한다. 라라아의 막대한 전과는 높이 평가되었지만 건담과의 전투에서 이상반응을 나타내는 라라아의 모습에 샤아는 불안함을 느낀다.

기렌에게 절망한 데긴 공왕은 스스로 전함 그레이트 데긴을 출항시켜 평화 교섭에 나선다. 하지만 기렌은 이 움직임 마저 감지하고 있었다. 키시리아는 샤아의 동기가 자비가 타도에서 뉴타입으로 옮긴 것을 확인하고 아무로 역시 자신의 뉴 타입 경험을 승무원에게 고백하고 있었다. 키시리아 함대와 제 13독립 함대는 교전을 시작하고 라라아의 에르메스는 아무로의 건담을 향해 직진한다. 사이코뮤로 유도되는 비트는 올레인지 공격으로 건담을 포위하지만 아무로는 그것을 완전히 격파한다. 급진화하는 두사람의 의식은 공명하고 사고가 직집 연결되어 대화를 시작한다. 하지만 겔구그로 두사람 사이에 비집고 들어가는 샤아. 샤아가 건담에 당하려는 찰나 엘메스가 샤아를 감싸며 아무로의 건담의 빔 사벨을에 찔린다. 아무로의 의도와 반대로 라라아의 생명이 지는 순간 두사람은 미래의 환상을 본다. 바로 뉴타입이 부른 비극이었다. 이윽고 데긴 공왕이 레빌 장군과 접촉을 시작하고 기렌은 솔라 레이를 발사한다. 증오의 빛이 부르는 참극을 예감하고 아무로는 절규한다.

직경 6km에 달하는 콜로니 레이저 솔라 레이의 빛이 데긴 공왕과 레빌장군을 포함한 연방군 주력함대의 약 절반을 증발시켜버린다. 기렌은 이 틈을 타 아 바오아 쿠 군인을 상대로 전투의지를 고양시키는 연설을 한다. 지휘계통과 전력을 잃고 혼란스러운 연방군 함대는 남은 전력을 결집한 후 아 바오아 쿠로 진격을 시작한다. 공모 도로스로 이들과 맞서 싸우는 기렌. 키시리아와 요새에 도착한 샤아는 자신의 뉴타입 가능성에 걸수밖에 없다며 미완성 모빌슈트 '지옹'에 탑승하여 출격한다. 기렌이 지휘하는 사령관실에 들어간 키시리아는 총수의 진의를 듣고 오빠인 기렌이 아버지를 죽였다고 확신을 갖는다. 키시리아의 레이저 라이플이 기렌의 머리를 관통하고 군사들 앞에서 주권 교체가 일어난다. 그 직후 공모 도로스가 침몰하고 지구 연방군은 모빌슈트 부대를 앞세워 요새에 돌입한다. 그리고 샤아는 지옹의 전력을 마음껏 발휘 할 수 없는 자신에 초조해하면서도 아무로의 건담과 전투를 종결짓고자 하고 있었다.

연방군은 모빌슈트 부대를 아 바오아 쿠에 진입시키려고 하고 있었다. 화이트 베이스는 엔진에 직격을 받아 요새 안에서 정지하고 백병전이 시작되었다. 건담과 지옹은 승부 끝에 서로 대파된다. 건담에서 내려 진짜로 처치해야 할 적을 인식한 아무로 앞을 샤아가 가로막는다. 모빌슈트에서 내려 요새에서 총격전 끝에 검으로 접전하는 숙명의 두 사람. 세이라가 끼어들어 아무로와 샤아의 결판은 나지 않았다. 세이라에게 작별을 고한 샤아는 도망쳐 키시리아의 잔지발을 포격해 그녀를 죽게 만든다. 절망적인 상황 속에서 아무로는 건담의 잔해를 발견하고 조종석으로 미끄러져 들어갔다. 라라아의 목소리에 이끌려 아무로는 멀리에서 열심히 싸우는 동료의 모습을 본다. 아무로의 말에 유도되어 승무원들은 탈출에 성공한다. 하지만 정작 아무로의 모습만이 보이지 않는다. 세이라가 단념했을 때 아이들의 함성에 응하듯 아무로의 코어 파이터가 폭발중에 튀어나온다. 아무로는 돌아갈 장소를 찾은 것이다. 그리고 우주세기 0080년, 지구연방정부와 지온공화국 간의 종전 협정이 체결되었다.