지구권 통일 연합의 강압적인 정치에 의해 식민지 주민의 불만이 모이고 있는 시대. AC 195년.

군사 조직의 수면 아래에서 독재와 지배를 계획한 비밀 결사 OZ의 독재를 막기 위해 각 콜로니에서 5기의 건담이 운석으로 위장하여 지구 강하 작전 오퍼레이션 메테오를 실행한다. 그러나 히이로 유이가 타는 윙 건담은 공수 작전의 궤도에서 OZ 공격 수송선에 발견된다.

수송선에 탑승하고 있던 젝스는 먼저 전략을 감지하고 MS리오로 참전한다. 젝스의 작전으로 바다로 침몰한 윙 건담.

간발의 차로 탈출에 성공한 히이로 유이는 인근 해안에 표류한다. 아버지 도리안 외교관의 일을 위해 우주에서 지구로 돌아온 리리나 도리안. 해안에 표류하던 히이로를 발견했다. 리리나에게 얼굴을 보인 히이로 유이는 자살을 도모하지만 실패하고 달려온 구급차를 빼앗아 도주한다.

그리고 며칠 후 히이로는 리리나의 학교에 전학 온다. 무사한 것에 안도하는 리리나 대해 히이로는 "너를 죽이겠다"고 선포한다.

해저에 가라앉은 윙 건담을 OZ군이 회수하지 못하게 기체 파괴를 위한 행동을 개시한 히이로.

한편, 연합군도 건담의 회수를 위해 남쪽 JAP 지점으로 향하고 있었다. 윙 건담의 회수는 젝스의 지휘하에 무사히 마무리되는 듯하지만 사신이라는 별명을 가진 건담 데스사이즈를 조종하는 듀오 맥스웰이 등장한다. 윙 건담 회수 반은 별다른 저항도 못하고 전부 격추되어 버린다.

한편 히이로는 연합군의 해저 기지에서 어뢰를 입수 건담을 자폭시키려 하지만 히이로가 있는 곳을 찾던 리리나와 조우한다. 히이로의 모습을 본 리리나를 말살하려고 총을 겨누지만 두 사람 사이에 듀오가 리리나를 돕기 위하여 발포. 히이로는 총상을 입는다. 듀오는 리리나를 구하기 위한 행동이었지만 히이로를 쏜 행동에 대해 비난받는다.

그때 윙 건담을 회수한 건담 데스사이즈가 수면 위로 부상. 히이로는 리리나와 듀오가 대화하는 틈을 타 어뢰를 2기의 건담에 발사해 버린다.

연합군 병원의 치료실에 수송된 히이로. 샐리 포는 히이로가 나이에 어울리지 않는 단련된 몸에 의문을 가지게 된다.

히이로의 문병을 온 리리나에 샐리는 히이로의 정체에 대해 묻는다. 그 틈을 타 히이로에게 흥미를 느낀 듀오의 도움으로 군 시설에서의 탈출에 성공한다.

한편 젝스는 건담이 지중해 코르시아 기지에 수용되는 에어리즈를 노리고 나올 것으로 예측하고 기지를 방문한다. 그곳에서 구면의 병사에게서 MS의 원형 톨기스를 양도한다. 젝스는 건담 1기는 산업 보급 기지로 향할 것으로 예상하고, 다른 건담 4기의 공습 가능성을 귀띔해준다.

그때 기지에 트로와 버튼이 탑승하는 건담 헤비암즈가 모습을 드러낸다. 또한 카트르의 건담 샌드록과 마그아낙 부대도 함께 등장한다.

기지를 괴멸로 몰아넣은 전투가 끝날 무렵. 2기의 건담 파일럿 카트르와 트로와 두 사람은 서로가 동지임을 알게 된다.

젝스는 빅토리아 기지에서 한때 친하게 지냈던 루크레치아 노인과 재회한다. 노인은 MS 파일럿 양성소에서 신병 육성에 전력을 쏟고 있었다.

그때 우페이의 셴롱이 신형 MS 토라스 파괴를 위해 기지를 습격하고 토라스 수송기를 파괴해 버린다. 제자를 잃어 괴로운 노인은 젝스와 함께 싸울 것을 마음에 맹세한다.

그 무렵 히이로는 데스사이즈 부품을 이용하여 윙 건담을 수리 출격한다. 또한 수면 아래에서는 OZ의 레이디 언이 리리나 아버지인 도리안 외무 차관 암살 계획을 꾸미고 있었던 것이었다.

우주 콜로니에 방문한 도리안 외무 차관. 호위 중인 스페셜즈의 레이디 언은 비밀리에 도리안 외무 차관 암살을 위해 폭탄 테러를 벌인다.

공교롭게도 그 자리에 있던 리리나는 사망 직전 도리안에게 자신이 친딸이 아니라 무너진 국가의 공주 리리나 피스크래프트라는 것을 알게 된다. 그리고 그녀는 지하 조직의 아지트에서 반OZ 세력인 Dr.J에게 히이로의 정체도 듣게 된다.

사실 히이로는 OZ 소멸을 위해 지구에 강하했던 에이전트였다. 그리고, 히이로는 그의 이름이 아니라 한 때 우주 식민지를 정리한 전설의 지도자 히이로 유이에서 가지고 온 코드명이었던 것이다.

어쨌든 사건의 주범인 레이디 언의 모습은 나타나는 것 없이 콜로니 측의 테러 행동이라는 형태로 매스컴을 통해 알려지게 된다.

아버지 도리안의 마지막 말을 듣고 피스크래프트 왕국의 공주임을 받아들이고, 지구로 귀환한 리리나.

한편 히이로는 다음 지령을 받아 학교를 나올 수속을 하고 있었다. 리리나는 히이로에게 Dr.J와 만난 일을 이야기하고 마지막 댄스파티로 초대한다. 그것은 피스크래프트 가문의 사람으로 살겠다고 결의한 리리나 도리안의 마지막 밤 이기도 했다.

그 무렵 우페이는 단독 행동을 개시하고, 트로와는 서커스단에서 광대 분장을 하고 침입한다.

댄스파티를 즐기는 리리나와 히이로 앞에 갑자기 MS부대를 이끌고 온 레이디 언이 등장한다. 레이디 언의 목적은 하나. 도리안 암살 현장을 목격한 리리나를 말살하기 위해서다.

혼란 속에서 히이로는 윙 건담으로 응전한다. 리리나가 건물 잔해에 깔릴 뻔할 때 히이로는 순간적으로 그녀를 감싸 버린다. 자신의 행동에 혼란을 느낀 히이로는 홀연히 떠나버린다.

뉴 에드워즈의 지구권 통일 연합의 기지에서 연합 정상회의가 개최되었다.

트레즈는 레이디 언에게 OZ의 정상들이 모인다고 오보를 내보내도록 명령한다. 그 내용을 들은 지하 조직은 뉴 에드워즈 습격을 각 건담들에게 명령하고 만다. 그 회의에서 온건파 노벤다 원수는 콜로니와의 공존을 옹호했다. 회의에 참석하는 대다수가 평화의 길을 여는것에 대해 동참한다.

하지만 오보에 놀아난 건담들의 습격으로 정상들은 기지 탈출을 강요당한다. 그리고 그 탈출 셔틀을 히이로는 파괴해버린다. 이것을 계기로 트레즈는 오퍼레이션 데이 브레이크를 개시. 각지의 스페셜즈는 일제히 봉기하여 쿠데타를 성공한다.

무사히 임무를 완수했다고 생각했던 건담 파일럿들은 우페이에 의해 자신들의 잘못을 깨닫게 된다.

트레즈의 의도대로 오퍼레이션 데이 브레이크는 성공하고 지구권 통일 연합의 군사력을 장악한 OZ는 역사의 무대로 뛰어올랐다.

레이디 언은 수면 아래에서 건담 파괴를 위해 뉴 에드워즈 기지 자폭 계획을 진행하고 있었다. 우연히 그 계획을 알게 된 샐리 포는 히이로에게 기지의 자폭을 멈춰달라고 부탁한다.

노벤다 원수를 말살한 죄를 보상받기 위해 히이로는 기지 중심에 돌입하고 훌륭하게 폭파 저지에 성공한다.

한편, 수송기를 강탈해 뉴 에드워즈 기지에서 탈출 성공한 트로와 우페이 일행은 베링 해협가에 있는 트레즈 함대에 습격을 가했다. 그리고 트레즈에게 맨몸으로 일대일 대결을 도전한 우페이는 완전히 패배하고 만다.

그 무렵 젝스는 룩셈부르크 연합 본부를 제압하고 다이고 장군을 말살하고 있었다. 그것은 13년 전에 젝스(밀리아르드 피스크래프트)의 아버지인 피스크래프트 왕을 살해한 것에 대한 보복이었다.

룩셈부르크에 머물던 젝스는 완성된 톨기스와 만난다.

그러나 기체의 성능은 테스트를 위해 탑승한 오토를 중상을 입힐 정도로 무시무시했다. 그래도 젝스는 톨기스를 사용하여 생크킹덤 기지 공략에 나선다. 파일럿의 조종 가능한 능력 이상의 파워를 자랑한 톨기스에 역시 젝스도 상처를 입고 만다.

그 무렵 히이로와 듀오는 중국의 요새 섬을 공격할 때를 노리기 위해 대안 학교로 전학했다. 리리나 역시 히이로를 쫓아 왔다.

우페이는 서커스단의 트로와에게 의지하여 생활하고, 카트르는 다른 건담들이 같은 목적으로 움직이고 있다는 것을 확신하게 된다. 상처를 입고 출동이 불가능하게 된 젝스 대신 오토가 독단으로 톨기스를 타고 출격, 자기의 목숨과 바꿔서 생크킹덤 기지를 공략했다.

옛날 고향 생크킹덤에 내려선 젝스는 부왕의 초상화 앞에서 여동생인 리리나 피스크래프트에게 가문을 잇게 하고 자신은 싸우는 길을 선택한다.

트레즈는 룩셈부르크 기지에 도착. 타이밍을 맞춰 레이디 언의 지휘 아래 신형 토러스를 우주로 쏘아 올릴 계획이 실행되고 있었다. 그러나 토러스 수송을 저지하려고 등장할 건담들의 섬멸을 목적으로 하고 있었다. 우페이를 제외한 4기의 건담은 함정임을 느끼면서도 출격한다.

젝스는 톨기스에 탑승하고 윙건담에게 순수한 1 대 1 싸움을 건다. 기대를 훨씬 능가하는 건담의 전투 능력에 OZ의 상황은 점차 어려워지고 있었다.

레이디 언은 바르지 요새의 미사일을 콜로니에 조준하고 건담들에게 항복을 강요한다. 당황하는 건담 파일럿들과 OZ 사이에 윙 건담의 개발자인 Dr.J의 통신이 연결된다. 항복은 하지만 건담은 넘겨줄 수 없다고 선언한다.

그것을 들은 히이로는 콕핏을 열고 스스로 윙 건담과 함께 자폭한다.

레이디 언의 전략에 패배한 건담 파일럿들. 그 중 듀오와 카트르는 마그아낙 부대에 유도되어 전장에서 벗어난다.

지하 기지가 있는 도시에 도착한 두 사람은 서로가 비슷한 처지에 놓여있고, 같은 임무를 받고 있다는 걸 확인한다. 두 사람을 환영하는 연회에서 마을을 정찰하고 있던 OZ 군인들이 마을에 폭탄을 설치한다.

지하 기지의 존재가 공개된 마그아낙 대는 OZ의 MS와 전투를 시작한다. OZ는 이전부터 기지의 존재를 감지하고 건담 말살을 위해 들어온 것이다. 콜로니를 방패로 삼고 있는 지금, 듀오와 카트르는 출격하지 못하고 단지 마그아낙 부대의 호의에 따라 탈출하는 방법밖엔 없었다.

한편, 레이디 언이 참석하는 파티 정보를 우연히 들은 리리나는 홀로 모스크바로 향한다. 양아버지인 도리안 외무 차관의 복수를 하기 위해서였다. 드레스에 권총을 숨기고 다가오는 레이디 언을 향해 총구를 겨냥한 리리나.

하지만 총알이 빗나가 암살은 실패하고 만다. 레이디 언의 부하가 쫓는 동안 리리나는 웨릿지 후작을 비롯한 피스크래프트 가문에 인연이 있는 사람들의 도움으로 도망친다.

윙 건담 자폭으로부터 약 1개월이 지나가고 있었다. 히이로는 중상을 입고서도 목숨을 유지한 채 트로와가 머물고 있는 서커스 수레에서 눈을 뜬다.

그 무렵, OZ와 손잡은 군사독재국가 분토 공화국에서는 전 연합군 소령 샐리 포를 시작으로 게릴라 부대가 과감하게 저항을 계속하고 있었다. 분토 공화국의 중국 오지로 숨어 있던 우페이는 "왜 약한 자가 싸우는 것인가"를 계속하면서 셴롱 건담으로 게릴라 집단을 구해준다. 그것을 계기로 샐리와 만난 우페이는 점차 전쟁에 망설임을 풀려고 하고 있었다.

건담의 존재를 알게 된 분토 공화국의 대령은 게릴라 기지 습격을 명령한다. 또한 OZ와의 관계를 유지하기 위해 반OZ 파의 젊은 장교도 말살한다.

그 포악한 행위에 반발하면서 약하지만 싸운다는 의지를 바꾸지 않는 게릴라 집단을 보며 우페이는 참전을 결심한다. 압도적인 셴롱 건담의 파괴력으로 분토 공화국 군대를 괴멸시킨다.

젝스는 레이크 '빅토리아' 기지에서 톨기스 조정에 착수했다. 그곳으로 제33독립 전대 소속인 노인의 제자 알렉스와 뮬러가 찾아온다. 이전 연합군과 대립을 했던 모가디지오 요새 공략을 위해 보급차 들른 것이다.

그러나 기지에는 톨기스 밖에 병력이 없어서 젝스가 그들의 지휘하에 들어가 싸우게 된다. 톨기스의 기동 능력으로 요새의 최대 무기 노벤타 포도 침묵하고 젝스는 적에게 항복을 권고한다.

하지만 알렉스와 뮬러는 항복을 선언한 군인을 학살. 그 포악한 행위에 젝스는 두 사람이 탑승한 MS를 베어 버리는 것이었다.

그 무렵 러시아 남부 OZ 기지에서 건담 헤비암즈를 몰고 쇼를 시작한 트로와. OZ의 수송기를 차례로 파괴해 나가는 헤비암즈. 그리고 탄약이 다 떨어질 때 트로와는 자폭을 결심한다.

각국의 왕후 귀족들이 모이는 롬펠러 재단의 회의가 거행되고 있었다. 그 회의에 리리나는 노인과 동행하여 평화주의 피스크래프트 왕실 대표로 참석한다. 그런 리리나는 전쟁을 칭찬하는 재단의 이념에 대해 강한 반감을 느낀다. 그 무렵 젝스는 기밀로 회수한 윙 건담의 수리에 임하고 있었다.

그러나 트레즈의 정보통에 인해 재단에서 폭파 명령이 내려온다. 그 결과 레이크 '빅토리아' 기지에서 윙 건담 폭파가 행해지게 되었다. 하지만 그것은 톨기스의 파츠로 만들어낸 연극에 불과했다.

같은 무렵 히이로는 트로와와 행동을 함께하고 있었다. 온건파 노벤터 원수를 살해한 속죄 때문에 마르세유에있는 손녀의 실비아 노벤타를 찾아간다.

마르세유는 OZ가 이전 연합군을 일소하기 위해 기지 공격을 시작했다. 전투의 화염에 휩싸인 도시에서 히이로는 실비아를 구출하고 자신의 죄를 자백하고 그녀에게 총을 전달하여 심판을 받고자 하지만 히이로의 몸을 관통하는 총알은 없었다.

노벤타 원수 속죄 투어를 마친 히이로와 트로와. 그러나 심판은 받지 않았다. 두 사람을 미행하기 위해 OZ가 따라붙는다.

궁지에 빠진 두 사람을 도운 것은 젝스의 명령을 받고 달려온 노인이었다. 노인의 말에 따르면 젝스가 남극에서 윙 건담을 수리하고서 히이로와의 싸움을 기다리고 있다고 한다. 그것을 수락한 히이로와 트로와는 노인과 함께 남극으로 향한다.

그러나 이 정보는 OZ알고 있던 롬펠러 재단의 조사단은 남극으로 향하는 노인의 수송선을 습격한다. 트로와는 건담의 존재를 숨기기 위해 적의 MS를 전멸시킨다.

정보 노출을 막기위한 그의 행동에 노인은 할 말을 잃는다.

노인이 데려온 히이로와 트로와는 남극 대륙에 도착했다. 젝스는 복구를 완료시킨 윙 건담을 히이로에게 보여준다. 히이로는 당황하면서도 젝스에게 감사의 마음을 나타내지만, 히이로는 트로와의 헤비암즈로 결전에 임한다.

젝스와 히이로, 두 사람의 전투가 계속되는 가운데 히이로의 행방을 쫓고 있던 리리나가 두 사람 사이에 끼어든다. 리리나는 히이로에게 젝스를 죽이라고 외쳤다. 그러나 노인은 리리나에게 젝스가 친오빠 밀리아르도 피스크래프트라는 충격적인 사실을 알려 준다.

그때 OZ 조사대가 나타나 싸움은 중단당한다. 젝스는 히이로와 리리나를 탈출시키기 위해 톨기스 1기로 응전하고 스스로 미끼가 된다.

우주에 진출한 OZ는 지구와 우주의 평화를 유지하는 조직으로 콜로니 주민의 지지를 받으려 연기 중이다. 그 지휘봉을 잡은 것은 비정한 군인이 아니라 우아한 여인으로 변신한 레이디 언이었다.

그 정보를 알게 된 듀오와 카트르는 콜로니 지배의 제1단계로 회유책을 쓴다고 판단. OZ에 저항하기 위해 우주로 갈 결심을 한다.

그들은 다른 건담들에게 우주에 갈 필요성을 알리기 위해 OZ의 우주 항구를 습격하고 불리한 싸움을 건다. 하지만 콜로니는 OZ에 반격하는 건담을 적으로 선언해버려 싸움의 의미를 잃어버리는 듀오와 카트르. 그러나 두 사람 앞에 나타난 우페이의 말을 통해 다시 희망을 찾아 나설 수 있었다.

한편, 히이로와 트로와도 우주에 오르기 위해 OZ기지를 습격한다.

북극에서 건담의 파일럿과 노인을 놓아주고, 혼자 전쟁터에 머물러 있던 젝스는 조사단 MS 부대를 섬멸시키고 있었다. 젝스는 모든 힘을 잃고, 롬 펠라 재단에 투항하지만 재단 소속의 기사가 되어달라는 트레즈의 권유는 거절한다. 재단파가 구 연합군의 격전에 휘말려 젝스 마키스로써 전장에 들어가는 것을 받아들인다.

그 무렵 우주에서는 카트르가 탑승하는 셔틀을 놓고 이전 연합군과 OZ가 격돌한다. OZ 셔틀 회수하는 작전의 이면에는 레이디 안이 잡은 5명의 건담 개발자에게 건담이나 톨기스 이상의 성능을 내는 MS를 만드는 조건으로 카트르의 신병을 요구한 것이다.

구 연합 기지는 모빌 돌과 토러스 부대에 전멸 상태가 되지만 카트르의 구출은 성공한다.

군인 젝스 마키스의 이름을 죽이는 싸움에서 빈사의 중상을 입은 젝스는 하워드에게 구출된다. 하워드는 톨기스 개발자라는 사실을 말하고 젝스가 톨기스 함께 우주로 향하는 것을 권한다.

우주에서는 OZ의 콜로니 회유 작전이 순조롭게 진행되어 식민지 주민도 건담을 전쟁의 상징으로 생각하고 엄청나게 싫어하게 되었다. 듀오는 OZ의 우주 요새 바르지 파괴 때문에 절반이 파괴된 데스 사이즈로 참전한다. 최악의 사태에 자폭 장치를 작동시키지만 작동하지 않는다. 그리고 마침내 OZ에 생포되어 버린다.

히이로는 5명의 건담 개발자와 듀오를 제어하기 위해 기지에 침입했다. 그러나 듀오를 제거하지 않고 구출한 히이로는 건담 개발자 말살을 위한 작전을 전개한다.

같은 무렵 우페이도 벌지 기지를 습격한다.

히이로는 OZ 달 기지에 많은 건다늄 합금이 옮겨져 있는 현장을 목격하고 신형 MS개발 사실을 감지한다. 기지 내에서는 건담 개발자 닥터 J, 프로페서 G, 닥터 S, H 교수, O 노사가 새로운 기체 메리크리우스와 바이에이트를 개발 중이었다.

지구에선 샐리가 회수된 샌드록을 파괴하기 위해 OZ의 기지에 잠입하고 있었다. 마그아낙 대와 마주친 샐리는 마구아낙 대에 건담을 전달하고 다른 건담을 찾아 떠난다.

레이디 언은 콜로니 군사 강화와 독립을 촉구했다. 콜로니는 그 안을 받아들이고 군 정비 지원병을 모집. 트로와는 지원병에 들어가 신형 MS 저지를 위해 침입한 히이로와 대치한다. 히이로는 트로와의 진심을 깨닫고 OZ에 투항한다.

OZ는 민간인과 협조를 도모하기 위해 세레모니를 실시한다. 그것은 지원병의 건담 데스사이즈 파괴였다. 세레모니 실행에 발탁된 트로와는 훌륭한 연기로 데스사이즈를 폭파. OZ의 신뢰를 얻으려는 그의 전략은 성공하지만, 그의 눈에는 지금까지 흘린 적이 없는 눈물이 떨어지고 있었다.

OZ는 콜로니에 접근해오는 정체불명의 MS를 발견한다. MS 요격에 발탁된 히이로와 트로와는 완성된 메리크리우스와 바이에이트로 출격한다. 수수께끼의 MS 톨기스에 탑승하고 있던 젝스는 상대의 싸우는 모습에서 건담 파일럿임을 깨닫고 투항한다.

그 무렵 우주를 표류하고 있던 카트르는 위너 가문의 자원 위성에 도달한다. 누나 이리아에게 보호되어 치료를 받는 카트르. 오랜만에 아버지와 재회하지만 건담 파일럿으로 싸움을 계속하는 카트르를 전쟁을 반대하는 아버지와의 의견 충돌은 끊이지 않는다.

전쟁을 두려워한 카트르의 아버지는 위너가문 자원 위성을 OZ에서 보호하기 위해 콜로니에서 분리를 결행. 그러나 그 행위는 무장화를 추진한 콜로니 주민의 독선적인 행위로 판단되고 반감을 사게 된다. 그리고 식민지는 설치한 빔 포로 자원 위성을 파괴.

전쟁 반대파였던 아버지의 최후를 목격한 카트르의 마음에 뭔가가 바뀌려 하고 있었다.

콜로니로 끌려간 젝스는 지구에서 온 친선 대사 밀리아르도 피스크래프트라 소개하고 대표인 레이디 언과 만난다. 젝스에게 콜로니 D120의 긴타가 접촉한다.

모빌 돌의 완성을 자부하는 롬펠러 재단 델마이유 공작은 모든 연합 세력을 말살하기 위해 콜로니 D120의 침략을 시작한다. 그 전투에는 성녀에서 군인으로 돌아온 레이디 언도 참전하고 있었다.

젝스는 톨기스로 공방에 참가하지만 콜로니 D120 사람들은 이미 패배를 받아들일 각오를 했다. D120은 모든 우주에 사는 사람들에게 콜로니의 취약성을 알리기 위해 희생되는 것을 선택하고 있었던 것이다. 예상대로 우주 요새 바르지는 D120 콜로니를 조준한다. 그러나 트로와에 의해 콜로니는 위기를 회피한다.

신형 모빌 돌 생산을 위한 달 기지에 급하게 돌아온 츠바로프 셔틀의 앞에 대파된 셴롱 건담이 모습을 드러낸다. 건담에 깊은 관심을 보였던 츠바로프는 함께 달 기지로 향하는 것을 결정한다.

하지만 이것은 셴롱 건담의 강화를 위해 우페이가 계획한 전략이었다.

지구에서 샐리 포가 윙 건담을 회수하고 있을 무렵, 달 표면 기지에서는 츠바로프 지휘하에 5명의 박사에 의해 새로운 MS의 개발이 진행되고 있었다. 그러나 개발자들은 건담 데스사이즈와 셴롱 건담의 개조 작업에 있었다.

콜로니는 성녀 레이디 언의 의도대로 콜로니의 무장 화가 강화되고 젊은이들은 속속 OZ에 참가 의도를 표시하는 쪽으로 흘러가고 있었다.

그 안에 침입한 듀오는 파일럿을 지원한 힐데 슈바이커라는 소녀와 만난다. 힐데는 무장화를 호소하는 OZ의 생각을 올바른 판단이라 생각하고 듀오에게도 지원자고 권유한다. 달 공장 파괴를 위해 OZ에 침입한 듀오는 힐데에게 발견되어 리오로 탈출을 시도한다. 하지만 추격해온 그녀의 미숙함을 보다 못해 포로가 되어 버린다.

듀오에게 싸우는 의미를 들은 힐데는 새로운 생각을 이끌어낸다. 달 기지 근처에서 힐데의 도움으로 탈출에 성공한 듀오는 개조 중인 건담 데스사이즈와 셴롱 건담을 발견하고선 OZ에 사로잡히는 것을 선택한다.

거기에 마찬가지로 호송되어 온 우페이, 히이로와 만나게 된다.

누군가에 의한 기습으로 OZ 자원 위성이 소멸되버렸다는 정보가 들어간다. 그것도 적은 버스터 라이플 하나로 파괴한 것 같았다. 5명의 박사들은 경이적인 위력에서 오리지널 건담 = 윙 건담 제로라고 짐작한다.

메리쿠리우스와 바이에이트로 요격을 나간 트로와와 히이로는 윙 건담 제로의 파일럿이 카트르 임을 확인한다. 트로와는 새로운 전력으로 OZ반격의 기회를 생각했지만, 히이로는 카트르의 행동에 의문을 느끼고 있었다. 윙 건담 제로에 접근한 바이에이트는 공격을 받고 만다. 카트르는 이전의 상냥함을 완전히 잃고선 계속 콜로니 파괴를 선언 한다.

그 무렵 모빌 돌보다 건담 파일럿들을 우선하는 레이디 언에 자극을 느낀 츠바로프는 조종사와 5명의 박사들의 감방의 공기 공급 장치를 꺼버린다. 버둥거리는 듀오와 대조적으로 우페이는 냉정하게 개량형 건담의 검사를 하고 있었다...

카트르는 윙 건담 제로에 탑승해 히이로가 조종하는 메리크리우스와 격전을 벌이고 있었다. 그러나 힘의 차이가 분명해 카트르는 히이로에게 전투 중지를 요구한다.

거기에 반개한 트토와의 바이에이트가 2기 사이에 끼어들어 윙 건담 제로의 트윈 버스터 라이플을 제대로 맞는다. 폭발 중 트로와는 카트르가 예전에 상냥했던 카트르로 돌아가길 간절히 원하지만, 그 방법을 찾아내지 못한 채 폭염에 휩싸여 버린다. 트로와를 잃은 충격에서 정신을 되찾은 카트르는 자신이 저지른 잘못에 깊은 상처를 입게 된다.

한편 지구에서는 롬펠러 재단이 모빌돌 시스템의 완성을 선언. 반항 파의 트레즈는 건담 파일럿을 옹호하다 유폐되는 신세가 된다.

트레즈의 의지를 이해한 레이디 언은 의견 대립 중인 츠바로프가 지휘하는 달 기지에 공격을 가한다. 레이디 언은 스스로 달 기지에 침입하여 5명의 박사와 건담 파일럿을 방출. 듀오와 우페이는 곧바로 신형 건담 데스사이즈 헬과 알트론 건담에 탑승해 모빌 돌 비르고를 상대로 싸운다.

목적을 달성한 레이디 언은 그 대가로 츠바로프의 탄알에 맞아 쓰러져 버린다.

트레즈의 유배로 OZ 내부는 큰 변화를 맞이하고 있었다. 트레즈의 뜻을 옹호하는 젊은 군인들을 중심으로 트레즈 파와 롬펠러 재단 파로 나뉘게 된 것이다. 그리고 츠바로프는 모빌 돌 생산 라인을 완성해 트레즈 파 제거 및 재단 지배의 확립을 위해 오페레이션 노바를 발동한다.

모빌 돌을 완벽한 전사라 생각한 츠바로프는 눈엣가시인 건담 파일럿 말살을 계획하고 있었다. 그러나 트레즈 파의 군인에 의해 구출된 히이로와 카트르를 5명의 박사 곁으로 데리고 갔다. 그리고는 제로 시스템 분석에 대한 도움을 요청한다.

제로 시스템 테스트를 위해 탑승한 히이로는 시스템에 완전히 녹아들어 폭주해버린다. 이전에 제로 시스템에 지배되었던 카트르는 메리크리우스에 탑승해서 히이로를 저지한다. 싸우면 안 된다는 카트르의 비통한 외침이 히이로를 제정신으로 돌려놓는다.

피스크래프트 왕가의 정통 후계자로 생크 킹덤 왕국에 머물고 있던 리리나. 지구보다 훨씬 먼 우주에 있는 히이로의 안부를 걱정하는 그녀는 운명적인 만남이 있었던 날을 회상한다.

오퍼레이션 메테오의 존재도 모르고 유성을 본 일, 그리고 해변에서 정신을 잃고 있던 히이로와의 만남. 임무를 위해 히이로의 얼굴을 본 자신을 죽이려고 선언했던 일. 그리고 아버지 도리안 외무 차관의 죽음. 출생의 비밀과 운명. 리리나를 둘러싼 환경은 전쟁이 발발하기 이전과 비교하면 많이 바뀌어 있었다.

그녀의 운명과 마찬가지로 지구도 콜로니도 모두가 변해 버렸다. 콜로니는 OZ의 책략으로 무력을 가지게 된다.

고민하면서도 자신의 싸움을 계속해나가는 건담 파일럿들. 격동의 세계에서 리리나는 완전 평화주의를 관철했던 옛날 생크 킹덤의 의사를 이어 평화를 목표로 결심을 굳히고 있었다. 전쟁을 끝내고, 언젠가 히이로와 또 만날 날을 손꼽으면서...

롬펠러 재단의 역적으로 몰려 유폐된 트레즈. 그 또한 리리나처럼 전투를 회상한다. 트레이즈가 OZ의 총수가 된 것은 한때 지구의 자연을 지키기 위해 활동하고 있었던 롬펠러 재단에 동참하기 위해서였다. 그리하여 예전 지구연합에 MS부대 OZ를 설립한 것이다.

그러나 어리석은 전쟁으로 생각을 바꾼 롬펠러 재단은 더는 트레즈와 맞는 의견이 없었다. 오히려 순수한 전투를 수행한 건담 파일럿들, 자신의 신념을 위해 싸우는 젝스, 이해로서 올바른 길을 인도 내려고 하는 레이디 언이야말로 그의 이상이었다. 트레즈는 유폐가 생각을 정리하기 좋은 기회라고 생각하고 잠시 침묵의 시간을 맞이한다.

그러나 이대로 몰락하는 것이 아니라 다시 시대의 무대에 서기 위한 비장의 카드. 신형 MS 건담 에피온 제작을 비밀리에 진행하고 있던 것이었다.

생크 킹덤의 원수로 취임한 리리나. 한때 피스크래프트왕이 제창한 완전평화주의를 잇는다. 그러나 권력에서 재단 산하에 들어가는 나라는 많지 않았다.

히이로와 카트르는 남해 소국의 장군 타운센드의 보호 아래 잠시의 평화의 시간을 보내고 있었다. 그러나 재단의 건담 말살 명령이 내려져 타운센드에게 건담 파일럿의 신병 인도를 명령이 내려온다. 그러나 재단 반대파의 타운센드는 이를 히이로에게 통보하고 도망을 돕지만 히이로는 이들을 요격을 한다.

윙 건담 회수에 성공한 샐리는 운송 중 OZ에 잡혀 있었다. 그러나 노인에게 구출되고 서로 건담 파일럿을 아는 사람으로서 서로 협력한다. 샐리는 생크 킹덤을 위해 건담을 양도한다.

다음날 생크 킹덤 학원에 한 명의 전학생이 나타난다. 롬펠러 재단 간부 델마이유 공작의 손녀, 도로시 카탈로니아였다. 전쟁을 사랑하는 그녀에게 경계심을 품는 노인이지만 리리나는 그녀를 따뜻하게 맞이한다.

지구는 트레즈 파와 롬펠러 재단과의 대립은 격렬함을 더해 가고 있었다. 싸움을 원한 히이로는 트레즈 파 군인 코드명 레드 원으로 전투에 참가하고 있었다.

카트르는 히이로의 뜻을 모른 채 전투에서 벗어나 조용한 도시로 몸을 피하고 있었다. 그곳은 긴 전쟁에 지친 민중이 완전평화주의에 희미한 희망을 품고 있는 도시였다. 그 마을은 완전평화주의를 관철한 생크 킹덤의 존재를 듣는다. 생크 킹덤을 지키는 것이 지구에서 자신이 해야 할 일이라고 깨달은 카트르는 히이로와 함께 떠나려 한다.

싸움을 계속하고 있었던 히이로는 생크 킹덤에 속한 노인과 조우한다. 히이로와 카트르가 있는 곳을 드디어 찾아낸 리리나는 생크 킹덤 원수가 아닌 어린 소녀의 미소로 그들을 맞았다.

생크킹덤에 초대된 히이로와 카트르는 생크 킹덤 학원에 편입했다. 히이로는 도로시의 도발로 펜싱 경기를 한다. 히이로의 정체를 안 도로시는 일부러 암살된 평화주의 지도자 건담 파일럿 히이로 유이 이야기를 시작한다.

그 무렵 재단파 OZ의 세력에서 벗어난 트레즈 파는 생크킹덤 주변 숲에 몸을 숨기고 있었다. 재단 파의 목적은 생크킹덤을 전쟁에 연루시키는 것이다. 부상자도 있다는 정보를 듣게 된 리리나는 그들을 받아들이게 하지만 트레즈 파는 자폭을 각오하고 있었다. 생크킹덤 시가지조차도 전장으로 만들려고 하는 재단 파 OZ 앞에 노인은 리리나에겐 비밀로 한 채 토러스로 요격에 들어간다.

히이로는 트레즈 파에게로 가서 무방비 상태인 생크킹덤을 지켜달라고 요청한다. 트레즈 파의 활약과 카트르, 노인의 토러스, 히이로의 윙 건담에 의해 어떻게든 전장으로의 변모는 면했다. 그러나 이 사건은 노인이 비밀리에 준비하고 있던 군사 행동을 리리나가 알게 돼버렸다.

완전평화주의에 반하는 행위에 처벌을 각오한 노인이었지만 리리나는 방어의 필요성을 이해하고 노인의 행동에 동참한다.

우주에 머물고 있던 듀오. 건담 데스사이즈 헬을 완성하기 위해 OZ의 수송선을 습격했다. 그것은 동시에 모빌 돌 비르고의 제작을 방해하는 행동이기도 하다.

그 무렵 OZ의 트란트는 윙 건담 제로에 포함된 제로 시스템에 깊은 관심을 보인다. 그리고 츠바로프에 보고도 하지 않고, 테스트를 반복한다.

더 우수한 파일럿을 탑승시켜 제로 시스템의 데이터를 수집하려는 트란트는, 콜로니를 방패로 듀오에게 시스템 해명을 위한 협력을 협박한다. 할 수 없이 윙 제로 시스템을 체험한 듀오. 그는 라이플로 힐데를 죽이고 식민지를 폭파하는 환각을 보게 되고, 공포에 떨게 된다.

트란트의 폭주를 눈치챈 츠바로프는 OZ의 MS 부대를 파견하고 실험을 중지시키려고 한다. 그러나 트란트는 듀오를 내리게 하고 본인이 윙 건담 제로에 탑승한다. 제로 시스템에 매료된 트란트는 살육을 반복할 뿐이다.

롬펠러 재단은 오퍼레이션 노바 이후 꾸준히 그 권력을 넓혀 가고 있었다.

재단에 맞서기 위해 밀리아르도 피스크래프트로 우주에 올라간 젝스. 그의 행동에서 재단은 밀리아르도가 곧 젝스라고 확신한다. 재단 회의에서 리리나는 델마이유 공작에서 젝스가 친오빠인 밀리아르도인지 추궁 당하지만, 평화주의의 관철을 위해 그의 존재를 부정한다.

델마이유 공작은 생크킹덤과 리리나의 존재가 앞으로의 재단을 위협할 것으로 판단하고, 몰래 리리나 암살 계획을 실행에 옮기고 있었다. 그러나 도로시가 노인에게 익명으로 정보를 흘려둔 덕에 무사히 탈출한다.

한편, 히이로는 생크킹덤을 지켜달라고 카트르에게 부탁하고 혼자서 룩셈부르크로 향했다. 재단에서 트레즈 파를 없애기 위해 강하 작전에 가세하기 위해. 모빌 돌의 압도적인 수에 윙 건담에게 위기가 찾아온다.

그때 윙 건담에게 들려오는 무전. 그것은 유폐되어 있어야 할 트레즈였다.

룩셈부르크의 격전에서 모빌 돌을 상대로 가혹한 전투 중인 히이로. 그러나 트레즈 파 결사의 돌격에서 어떻게든 위기를 탈출한다.

유폐지인 고성에서 히이로는 결국 트레즈와 만난다. 암살을 목적으로 방문한 히이로에게 되려 건담 에피온을 소개한다. 히이로는 에피온을 받고 다시 룩셈부르크 전투에 참전한다.

그러나 에피온은 윙 제로와 같은 제로 시스템을 탑재한 기체이었다. 히이로는 시스템의 영향으로 적과 아군의 판별을 잃고 전장에 있는 모든 MS를 파괴해 버린다.

간신히 제정신으로 돌아왔을 때 성난 전장의 땅에 남는 것은 히이로의 에피온뿐이었다. 우주에서는 윙 제로 파괴 작전이 결행되고 있었다.

젝스는 어떻게든 톨기스로 모빌 돌의 주의를 끌고 윙 제로로 갈아타는 데 성공한다.

우페이는 고향 콜로니로 돌아가 수행을 계속했다. OZ에 저항을 계속하고 있던 콜로니는 습격을 받고 만다.

우페이는 알트론 건담으로 참전한다. 그러나 전투 중 OZ는 우페이의 콜로니를 방패로 투항을 요구한다. 요구에도 주눅이 들지 않고 자긍심 높은 일족은 우페이에게 뒤를 맡기며 콜로니를 자폭시켰다. 폭발에 우페이는 충격과 OZ에 대한 격렬한 분노에 휩싸인다.

우페이 혼자 OZ를 상대로 싸우고 있다는 것을 알게 된 젝스는 건담 파일럿과의 교섭을 위해 피스밀리온으로 그곳에 향한다. 그러나 교섭을 거부한 우페이는 젝스를 악으로 간주하고 맞서 싸운다.

윙 건담 제로로 응전하는 젝스이지만 제로 시스템의 영향을 받아 피스밀리언까지 공격하고 만다. 그 무렵 콜로니 안 캐서린이 몸을 담고 있는 서커스단에서 트로와도 광대로서 서커스에 참가 중이다. 빈사 상태로 우주를 방황한 트로와는 구출된 때 모든 기억 잃어버렸다. 그런 트로와를 캐서린이 자신의 동생으로 서커스단에 두는 것을 결정한다.

카트르는 샌드록을 찾기 위해 마그아낙 부대를 찾아 사막으로 떠난다.

젝스는 생크킹덤의 안부를 걱정하고 지구로 강하한다. 그러나 때는 이미 늦어 생크킹덤은 붕괴 후였다.

그러나 그 안에서 전투를 계속하고 있는 에피온의 존재를 발견한다. 제로 시스템에 지배되고 완전히 자신을 잃은 히이로는 젝스의 윙 건담 제로를 공격한다. 두 사람의 순수한 전투, 시스템은 한계를 넘어 파일럿을 거부한다. 두 사람은 간신히 시스템에서 해방된다. 트레즈가 제작한 기체 에피온은 젝스가, 윙 제로에는 히이로가 탑승하고 각자의 목적지로 이동한다.

우주에서는 혁명군 화이트 팽이 봉기. 아르테미스 레볼루션 달 기지 제압에 성공한다. 츠바로프는 모빌 돌로 반격을 시도하지만 알트론 건담 앞에 그 야망은 무너지게 된다. 델마이유 공작은 민중의 지지를 얻기 위하여 리리나을 재단 대표의 지위에 두려고 한다.

리리나는 많은 피가 흐르는 것을 막기 위해 어쩔 수 없이 델마이유의 의견을 따른다.

리리나는 재단의 대표로 지구 전역과 우주를 향해 취임 선언을 하고 있었다. 분쟁 중인 국가는 모든 벽을 제거하고 지구를 하나의 국가로 전망되는 세계 국가의 설립을 선언한다.

그녀를 지지하는 목소리는 델마이유 후작의 의도대로 갈수록 높아지고 있었다. 재단의 움직임을 알게 된 트레즈는 리리나를 대표로 선택한 것이 공작에 유리하게 작용하지는 않을 거라고 지적한다.

위너 가로 돌아온 카트르는 트로와의 소재를 알려주려 방문한 듀오와 재회한다. 트로와를 맞이하기 위해 서커스단에 방문 두 사람. 카트르의 모습을 봐도 기억은 돌아오지 않고, 건담 파일럿들에게 말할 수 없는 공포만을 느끼고 있는 것 같았다.

그 당시 콜로니에도 OZ와 화이트 팽 전쟁의 영향을 받게 된다. 카트르는 콜로니를 사수하기 위해 출격한다.

그 모습에 트로와는 기억이 돌아오지 않은 채로 전장에 향한다.

델마이유 후작은 생크킹덤에서 데려온 리리나를 이용해 지구권 통일 연합의 대표로 두는 것으로 활동을 정당화시키려 하고 있었다.

그러나 재단 중에서도 델마이유 후작의 독재에 대한 비판의 목소리도 나오고 있어 리리나의 등장은 반대로 후작의 입장을 위태롭게 하는 것이었다. 사실이 재단의 변화를 가지고 오고 있는 것은 다름 아닌 델마이유 후작의 손녀 도로시였다.

그 당시 히이로는 재단 본부에 침입. 리리나를 죽이면 국가 자체가 거짓 평화라고 민중이 이해 하리라 판단하고 리리나를 찾아가고 있었다.

한편, 우주에서는 혁명 조직 화이트 팽의 세력이 커지고 있었다. 화이트 팽은 건담을 수중에 넣으려고 듀오와의 접촉을 도모해왔다. 그러나 듀오는 OZ와 별반 다르지 않다고 느끼고 초대를 사절한다.

화이트 팽의 지도자 간즈는 지구에 내려와 젝스에게 리더가 되라고 요청한다.

리리나는 재단 간부 회의에서 지배자가 무기를 버리고 완전한 평화를 호소하지 않는 이상 전쟁은 끝나지 않을 거라고 주장한다. 델마이유 후작은 리리나의 발언을 무시한다.

그러나 다음날 재단 총회에서 리리나는 OZ의 무장 해제 선언을 제창하고 회장은 찬동 박수의 소용돌이에 휩싸였다. 회장 구석에서 리리나 암살 기회를 노리고 있던 히이로는 계획을 변경하고 리리나 방식의 평화로의 싸움을 지켜보게 된다.

한편 우주는 행방을 감춘 젝스를 대신 하워드가 지휘하는 전함 피스밀리언이 카트르와 듀오 일행과 접촉하고 있었다. 그리고 화이트 팽은 리브라로 공격을 시작한다. 알트론 건담을 지구의 의견으로 판단한다.

리리나가 주창한 완전 평화 옹호에 상반되는 선언이 친오빠 밀리아르도 피스크래프트에게 발표되는 것이었다.

젝스의 지구 배제 선언은 지구에서 완전평화를 주장하던 리리나의 입장에 영향을 주고 있었다. 그것을 계기로 유폐되어 있던 트레즈가 쿠데타를 발생시킨다. 여왕 리리나를 떠나보내고, 다시 OZ 총수 자리에 오른 것이다. 하지만 이는 롬펠러 재단에 사로잡힌 그녀를 해방시켜주려는 트레즈 나름의 배려였다.

민간인의 신분으로 돌아온 리리나는 젝스의 행동을 억제하기 위하여 우주로 향할 결심을 한다. 또한 리리나의 진심을 알고 도로시도 우주로 향하는 준비를 한다.

마찬가지로 우주도 변할 수 있도록 OZ 우주 기지를 기습하는 히이로. 그래서 건담 헤비암즈를 나르고 우주 비행 계획을 실행에 옮기고 있는 샐리와 만난다.

우주는 OZ 마지막 요새 바르지와 화이트 팽의 격렬한 싸움이 계속되고 있었다. 젝스도 스스로 건담 에피온를 몰고 전장으로 향한다. 에피온의 빔 소드는 벌지포는 파괴해 버린다. 노인은 전투 지역에 도착하여 젝스에게 진의를 묻지만, 만족할 만한 답은 얻을수 없었다.

지구에 귀환한 셔틀 속엔 계속 혼수상태에 있는 레이디 언의 모습이 있었다. 벌지 요새에서 트레즈의 충실한 부하들에게 지켜져 탈출한 것이었다.

트레즈는 전 지구에 화이트 팽의 위협을 받을 때는 전면 전쟁을 하겠다고 의지를 다진다. 트레즈의 복귀는 화이트 팽에도 영향을 미치게 되어 트레즈 파들이 계속해서 배신하는 상황이 발생.

우페이는 전투에서 손상된 알트론 건담을 몰며 혼자 전투를 계속했다. 히이로와 샐리에 의해 셔틀로 피신한 우페이는 피스밀리언에서 함께 싸우자는 샐리의 제안을 거절하고 혼자 싸운다. 추격대를 보내온 화이트 팽에게 히이로는 알트론 건담을 타려는 우페이에게 윙 건담 제로에 탑승하도록 말한다.

우페이는 제로 시스템을 통해 진정 처치해야 적을 깨닫고 다른 건담 파일럿들과 행동을 함께하는 것에 동의한다.

피스밀리언에 5명의 건담 파일럿들이 집결. 그러나 트로와는 계속 기억상실 상태였다. OZ의 잔당이 민간인 콜로니를 점거하고 화이트팽에게 리브라 반환을 요구된다. 그러나 젝스는 그 요청에 따르지 않고, 리브라의 주포를 콜로니로 향하게 한다.

피스밀리언에서 상황을 지켜보던 트로와는 콜로니에 있는 캐서린을 발견한다. 개조 중이던 헤비암즈 대신 윙 건담 제로를 타고 그녀를 구출하기 위해 콜로니로 향한다. 그러나 제로 시스템에 농락되고 콜로니를 적으로 간주하고 라이플로 조준하는 트로와.

그때 카트르가 그를 막아선다. 평정심을 되찾고 함께 기억도 되살아난 트로와. 그러나 여전히 리브라의 조준은 콜로니를 향하게 한 채였다. 리리나는 젝스를 막기 위해 호소하지만 리브라의 주포는 콜로니를 향해 발사한다.

리리나는 젝스의 진의를 알기 위해 리브라에 도착했다. 그러나 그의 행동을 멈출 수는 없었다.

피스밀리언에 있는 건담 파일럿에게 화이트 팽은 대량의 모빌 돌을 보내온다. 건담 파일럿들은 어떻게든 응전하지만, 전술이 프로그램되어있는 모빌돌 앞에 고전을 면치 못한다.

카트르는 작전 행동을 취할 것을 제안. 히이로는 샌드록에 제로 시스템을 승선한다. 그때 다시 그들 앞에 나타나는 모빌돌. 도로시가 제로 시스템을 응용한 지휘 시스템을 사용하고 있던 것이다

카트르도 마침내 제로 시스템 시동. 훌륭한 지휘로 전세를 역전시킨다.

제로 시스템을 컨트롤 하게 된 카트르는 자신감을 되찾고 있었다. 도로시는 리리나를 리브라에 초청하여 안내한다. 혼자가 된 리리나는 거기서 리브라의 데이터 수집을 위해 단독으로 침입한 힐데와 만난다. 리리나와 힐데는 서로 건담 파일럿을 아는 사람으로서 이야기를 나눈다. 힐데는 리리나에게 함께 탈출하자고 하지만 리리나는 리브라에 남아있는 것을 선택한다.

리브라에서 탈출한 힐데는 모빌돌화된 메리크리우스와 바이에이트에게 포위된다. 위기에 빠지지만, 듀오에게 구출된다. 히이로는 힐데에게서 리리나가 리브라에 있다는 정보를 얻는다.

OZ는 모든 군사력을 자원 위성 MO-Ⅱ에 집결시키고 있었다. 히이로는 윙 건담 제로를 피스밀리언에 맡긴 채 리리나 구출을 위해 리브라에 잠입한다. 그러나 아직도 리리나는 젝스와 대화를 끝내지 못하고 있었다. 상반된 리리나와 젝스의 생각.

히이로는 젝스의 마음을 이해하고 리리나를 데리고 나간다. 트레즈에게 일대일 대결을 신청받은 젝스는 이를 거부하고 리브라에서 MO-Ⅱ를 파괴하려고 시도한다. 젝스가 발사 스위치를 누른 순간 트레즈의 위기를 구한 것은 윙 건담을 타고 날아온 레이디 언이었다.

그리고 마침내 지구 대 우주의 마지막 전투가 시작되었다.

젝스가 이끄는 화이트 팽과 트레이즈가 지휘하는 지구군의 싸움은 격렬해지고 있었다. 어느 쪽에도 속하지 않는 건담 파일럿들은 현재 리브라가 인류에 대해 위협적이라고 판단하고 진격을 시작한다.

그러나 앞길을 막는 에피온과 비르고Ⅱ의 절묘한 조합에 발목을 붙잡히고 있었다. 그동안 젝스는 피스밀리언를 공격하지만, 그의 앞에 토러스를 탄 노인이 나타난다. 그러나 노인은 젝스에게 공격을 하지 않는다. 노인의 주장에 진 젝스는 피스밀리언을 놓치고, 피스밀리언은 리브라의 주포를 파괴한다.

리브라는 더는 대응할 수단이 없는 것처럼 보였다. 젝스는 아직 엔진이 움직이는 것을 확인하고 리브라를 지구에 강하시키려고 한다

히이로는 결전의 시간이 왔다고 깨닫고 리리나를 리브라에 둔 채 윙 건담 제로에 탑승한다. 그때 우페이는 히이로와 마찬가지로 결단을 내기 위해 트레즈에게로, 리브라에 침입한 카트르는 도로시와 대치하고 있었다.

전 우주를 둘러싼 전쟁은 막을 내렸다. 그러나 히이로와 젝스의 싸움은 아직 끝나지 않았다.

패배를 선언한 레이디 언은 자원 위성 MO-Ⅱ에 생존자를 구출하도록 지시. 거기에 도착한 리리나 일행을 기분 좋게 맞이했다. 레이디 언은 전쟁이 가진 슬픔과 공허함을 민중의 마음에 새기게 하려고 전 우주에 젝스와 히이로의 싸움을 중계했다. 하워드는 리브라가 낙하하는 경우 지구 전역에 피해가 것을 지적했다.

듀오에 의해 리브라에 도착한 건담 개발자들은 낙하를 저지하려고 행동한다. 거기에 오퍼레이션 메테오의 지령을 낸 칸즈가 나타났다. 우주의 지도자 히이로 유이의 복수를 위해 오퍼레이션 메테오를 발동. 지금 또한 리브라를 지구에 떨어뜨리려고 하는 칸즈. 그러나 건담 개발자들은 전란을 초래한 스스로를 심판하기 위해 리브라를 자폭시켰다.

그러나 여전히 낙하 중인 리브라의 일부분. 그 부분을 파괴하기 위해서는 건담의 자폭 장치밖에 없다고 판단한 히이로는 자폭 장치에 손을 올린다.

As Heero and Zechs come to the end of their final duel, the battleship Libra and Peacemillion descend upon the earth threatening to engulf the world in a never ending winter.... Meanwhile Trowa helps out the wounded Quatre, and Duo delivers the "lords of plague" to peacemillion, in the hopes of averting the tradgedy of the battleships plunge.