Peter est en prison, accusé à tort du meurtre du sénateur Pratt. Le vrai coupable, le père de Neal, est en fuite. Déterminé à innocenter son coéquipier, Neal passe un marché avec Curtis Hagen, un escroc qu'il a lui-même fait incarcérer pour trafic d'oeuvres d'art. En échange de la libération de Peter, Neal doit voler un trésor. Mais, quand Peter est enfin libre, Curtis continue son chantage sur Neal...

A cause de ses nouvelles fonctions, Peter assigne un nouveau surveillant à Neal, David Seigel. Ils enquêtent ensemble sur des vendeurs d'objets de contrebande sur Internet. Neal découvre que les premières pistes les mènent à Mozzie...

Alors que Peter s'habitue à son nouveau poste au sein du FBI, Curtis Hagen ordonne à Neal de commettre un vol pour lui. Neal doit dérober le chapitre 13 du Codex de Mosconi, un livre qu'il est interdit d'ouvrir et qui est gardé sous haute surveillance dans un musée...

Alors que Neal fait à nouveau équipe avec Peter, ils enquêtent sur Mara Summer, une psychiatre suspectée de manipuler ses patients pour qu'ils commettent des crimes. Pour tenter d'en apprendre davantage, Neal se fait passer pour un patient...

William Wolcott, un homme fortuné, embauche Elizabeth pour l'aider à trouver un cadeau pour son fils Patrick, de retour après avoir disparu lorsqu'il était adolescent. Ellizabeth, qui connaissait le jeune homme car elle était sa tutrice, soupçonne que celui qui se présente comme le fils des Wolcott est en réalité un imposteur. Pour mener l'enquête, Neal devient le nouveau majordome de la famille...

Peter et Neal se font passer pour les entraîneurs d'une star du patinage artistique. Ils espèrent ainsi approcher des truands russes et les arrêter pour trafic de passeports. Mais paraître pour de vrais professionnels n'est pas aussi simple qu'ils l'avaient pensé. Ils risquent à tout moment d'être découverts...

Pendant que Neal tente de percer le mystère du Codex, Peter travaille sur une enquête classée confidentielle avec son ex-petite amie et ancienne partenaire, Jill. Tous deux traquent un génie de la technologie. Celui-ci a mis en vente, sur le marché noir, une puce qui pourrait nuire à la sécurité internationale...

Neal et Peter sont chargés d'une affaire peu commune pour le musée d'Histoire naturelle : le squelette d'un Tyrannosaurus Rex ainsi que son œuf ont été volés. Par ailleurs, Peter découvre que Neal entretient une relation avec Rebecca mais qu'il lui cache sa véritable identité…

Une pièce d'or galloise, que Neal avait volée pour faire sortir Peter de prison, vient de réapparaître. Peter est bien décidé à mettre la main sur le receleur mais Neal tente de brouiller les pistes. Par ailleurs, Neal et Mozzie élaborent une stratégie pour voler le fameux vitrail...

Bien que conscient que la trahison de Neal a joué un rôle dans sa sortie de prison, Peter n'arrive pas à lui pardonner et songe à accepter un nouveau poste à Washington. Curtis Hagen kidnappe Rebecca et fait pression sur Neal et Mozzie pour qu'ils décryptent le message caché du Codex qui mènerait à un mystérieux trésor...

Après avoir découvert que Rebecca lui a menti, Neal dévoile toute la vérité sur le Codex à Peter, apaisant ainsi les tensions entre eux. Tous deux découvrent que les assassins de Curtis Hagen et de Siegel sont une seule et même personne... Déterminé à arrêter Rebecca, Peter lui tend un piège en se servant de Neal comme appât...

Neal et Peter découvrent qu'un client tente de contacter Rebecca sur un de ses téléphones mis sous scellés. Déterminé à identifier l'inconnu, Peter décide alors de convaincre Diana, en congé maternité, de se faire passer pour Rebecca. Pendant ce temps, Mozzie réussit à déchiffrer les dernières énigmes du Codex…

Neal et Peter ont fini de déchiffrer le Codex et essayent de trouver le fameux diamant, caché dans New York, avant que quelqu'un d'autre n'y parvienne...

Neal est retenu prisonnier par Jim Boothe, un ancien associé de Rebecca. Ce dernier veut subtiliser un diamant qui lui servira de sésame pour intégrer un gang de voleurs notoire. Il exige de Neal sa coopération. Ce diamant étant actuellement sous la garde du FBI, Neal met sur pied un stratagème qui lui permettra de sauver sa peau et prévenir Peter par la même occasion…

Peter présente à ses supérieurs le plan de Neal qui lui permettrait de recouvrer sa liberté et faire tomber le gang des Panthères. Il est nerveux car il joue à quitte ou double avec sa carrière. Mais les choses se compliquent lorsqu´il apprend que Keller fait partie de ce gang…

Neal est tiraillé : il doit mener à bien une mission pour les Panthères et travailler avec Keller mais, pour cela, il devra escroquer une compagnie… De son côté, Peter travaille avec Interpol pour combattre le gang mais l'agent avec qui il est relation est maladroit et pourrait bien compromettre toute l'opération…

Le gang des Panthères semble s'intéresser à l'aéroport de San Francisco et Peter délègue l'affaire au bureau local du FBI. Cela permet au tandem d'enquêteurs de s'intéresser à une affaire impliquant Mozzie et une personne ressurgie de son passé : son épouse.

Woodford veut démasquer la taupe au sein des Panthères et charge Neal de mener l'enquête. Pendant ce temps, le FBI apprend que le gang vise la Réserve Fédérale et qu'il va utiliser pour cela toute sa puissance de feu. C'est à Neal, sous la houlette de Peter, de convaincre les criminels qu'il a un meilleur plan.

Neal et Mozzie vont mettre leur plan à exécution. Avec Peter infiltré chez les Panthères, ils savent que les enjeux sont énormes. D'autant qu'ils savent que Keller va tenter de les doubler. Mais, si leur plan fonctionne, les Panthères seront mis hors-jeu. Eux récolteront trente millions de dollars, directement de la Réserve Fédérale.