De gigantesques vaisseaux spatiaux apparaissent au-dessus des principales villes du monde. Les visiteurs promettent la paix, et de nombreux humains tombent sous le charme de leurs promesses. Mais d'autres comprennent que les aliens ont un plan bien plus sombre.

Erika et le Père Jack, qui ont décidé de rejoindre la résistance, se retrouvent soudain traqués par un "chercheur" des V. Pendant ce temps Chad, qui sait qu'il a été trop accommodant durant son interview exclusive d'Anna, décide de se rattraper lors de son prochain bulletin d'information. La femme de Dale Maddox et la police commencent à interroger Erika sur ses activités.

Cent passeports diplomatiques sont offerts aux Visiteurs américains. Erica doit faire équipe avec un officier V afin d'éliminer une menace terroriste.Ryan recrute des alliés pour résister aux Visiteurs.

Erica travaille avec de nouveaux alliés pour mettre à jour une menace biologique qui pourrait venir des Visiteurs. Anna reçoit un invité spécial sur le vaisseau mère tout en menant l'enquête sur le meurtre d'un V. Pendant ce temps, Chad fait un reportage sur les centres de Guérison des V afin de montrer leurs incroyables capacités médicales: mais certaines de ses découvertes le font douter.

Erica se retrouve en danger quand elle est attaquée chez elle. Un nouveau membre dangereux est recruté par la Résistance. Anna se demande pourquoi Chad n’a pas réagit suite à l'anévrisme qui lui a été diagnostiqué. Et l’inquiétude de Ryan grandit autour de la grossesse “exceptionnelle” de Val.

Anna annonce son nouveau programme invitant des humains choisis à rester sur les vaisseaux. Ryan doit gérer la grossesse de Valerie, alors qu’Erica conduit Tyler chez son père.

Erica, Ryan et Jack partent à la recherche du légendaire John May dans le but de sauver Georgie, détenu dans le vaisseau mère. Lisa s’immisce dans la vie de Tyler et de son père, poussant ce dernier à révéler le secret familial qui a causé sa séparation avec Erica.

Chad et Anna sont à Genève, en Suisse, pour le Sommet des Nations Unies de l’énergie, où Anna souhaite faire un cadeau au monde. Pendant ce temps, Erica découvre qu’une enquête a lieu autour de la Fifth Column, alors que Valerie a disparu.

Ryan et Valérie sont en fuite car les visiteurs veulent tuer le bébé, incarnation d’une menace pour le peuple d’Anna. Rapidement, Erica découvre que son ami est en danger et doit trouver un moyen de le localiser.

Ryan, Erica, Father Jack et Hobbes essaient d’éviter d’être pris après avoir détruit une navette de transport des visiteurs. Chad continue de questionner Father Jack

Anna annonce au monde que les visiteurs envisagent de quitter la Terre suite à l’agression de sa fille. Erica tente de retrouver un scientifique que les V cherchent aussi.

Le traqueur est aux trousses de Val, alors que celle-ci a perdu les eaux et que le bébé va bientôt naître. Erica est invitée, avec Tyler, par Anna sur le vaisseau-mère et va en profiter pour passer à l'offensive et essayer de détruire les soldats en gestation. Chad découvrira la vérité et saura qu'il s'est fait manipuler depuis le début...

A la suite des évènements de "Red Sky", Erica part à la recherche d'un scientifique qui peut lui dire ce qu'est le ciel rouge et apprend l'horrible vérité sur les véritables intentions des Vs. Sur le vaisseau-mère, Ryan est gardé en isolation pour qu'Anna puisse faire des expériences sur son nouveau né hybride. Après avoir été utilisé par Anna, Chad décide de rejoindre la Cinquième Colonne.

Anna et Diana s'affrontent dans les entrailles du vaisseau-mère. Diana était présente dans ce vaisseau depuis 15 ans et n'a pas vu Anna une seule fois pendant tout ce temps. Parallèlement, Erica fait analyser le sang de Tyler et apprend que les Vs ont fait quelque chose de sinistre sur elle quand elle était enceinte.

Erica apprend que sa partenaire, Malik est une V et doit se battre pour sa vie. Elle doit empêcher Anna de découvrir qu'elle fait partie de la Cinquième Colonne. Parallèlement, Anna apprend que Malik a disparu et ordonne à Ryan de la trouver tandis que Lisa se rend compte que son corps commence à changer, la poussant à devenir de plus en plus comme sa mère.

Après l'assassinat par la faction radicale de la Cinquième Colonne de trois Ambassadeurs de la Paix, Erica se lance dans une mission pour traquer leur leader, Eli Cohn, un ancien agent du Mossad. Parallèlement, tandis que Jack et d'autres prêtres à travers le monde commencent à élever la voix contre les Visiteurs, Anna retourne au Vatican pour tenter de convaincre les leaders d'une religion organisée que les Visiteurs sont vraiment venus "en paix".

Anna utilise son nouveau cadeau à l'humanité, "Concordia", comme couverture pour cacher une flotte d'invasion contenant des vaisseaux de reproduction qui seront utilisés pour s'assurer de la perpétuation des Visiteurs pour les générations futures. Parallèlement, Eli Cohn essaie de convaincre Erica et la Cinquième Colonne que le gala "Concordia" est le moment parfait pour assassiner Anna.

Anna, enragée par l'audace croissante des attaques de la Cinquième Colonne, enrôle Ryan pour tenter d'effacer la Cinquième Colonne d'un seul coup. Parallèlement, le Père Travis, suivant les ordres du Vatican, demande à Jack de quitter l'église. Lisa rencontre Diana, sa grand-mère dont Anna avait dit qu'elle était morte, pour la première fois.

Erica, cherchant à se venger d'Anna, se rend à Tokyo pour mener une mission destinée à porter un coup fatal à Anna. Parallèlement, Anna apprend que le niveau de phosphore de Tyler est trop bas, même après la Pluie Rouge, et qu'il pourrait lui devenir inutile. Enfin, Lisa et Diana s'entendent bien et commencent à former une alliance contre Anna.

Erica, maintenant officiellement en charge de la Cinquième Colonne au niveau mondial, conduit ses troupes dans une attaque très risquée contre Anna. De son côté, Anna, se rapprochant peu à peu de son plan de détruire l'humanité, trouve un obstacle majeur en la personne d'un candidat au programme "Vivre à bord". Enfin, Ryan se glisse de nouveau dans le vaisseau mère pour tenter de secourir sa fille.

Anna -Commandante suprême des visiteurs- inaugure le chantier de lancement du vaste programme de construction « Concordia », dernier "cadeau des Visiteurs à l'humanité" afin de finaliser son plan d'invasion massive. Le rapprochement manifeste entre Tyler Evans et sa mère -Erica Evans- ainsi que les critiques de plus en plus acerbes de Carrie, la co-présentatrice de Chad Deker, perturbe la stratégie d'invasion d'Anna. Marcus -fidèle lieutenant d'Anna- prend contact avec « sa » reine, Diana, qui lui affirme qu'Anna est éprise d'émotions humaines, et qu'elle mènera leur espèce à la perte. Dans le même temps, Anna réalise qu'elle aura du mal à contrôler l'âme humaine et décide, pour maîtriser l'humanité, de lui faire profiter de sa félicité...

Anna est obsédée à l’idée que Lisa procrée avec Tyler afin d’assurer la survie des Visiteurs, tandis qu’Erica et Diana ordonnent à Lisa de faire une tentative de coup d’état et de la destituer avant que l’humanité ne soit détruite, Ryan et Joshua tentent de faire sortir Diana de sa prison pour la mettre en sécurité sur Terre. Tout echec aurait des conséquences désastreuses...