젊은 기술자 오키노 테츠로는 신형 로봇 불버스터와 함께 해수 퇴치 회사인 나미도메 공업을 찾아왔다. 그런 가운데 류간지마에 수수께끼의 생물 '거수'가 출현했고, 그렇게 부임하자마자 목숨을 건 전투에 나서게 되었는데.

오키노는 첫 출진을 무사히 끝마치고 돌아왔지만, 경리인 카타오카로부터 탄알 즉 경비를 너무 사용했다고 질책을 받았다. 한편 변함없이 자금 부족에 골머리를 앓던 사장 타지마는 기사회생을 위한 계획을 생각해 냈는데.

신생 나미도메가 출범한 그 순간, 오키노의 실수로 거수가 찍힌 동영상이 밖으로 유출된 사실이 발각되었다. 오키노가 책임을 지기 위해 퇴사를 결심하는 가운데, 타지마는 섬의 공기를 분석한 자료를 보고 어떤 가설을 이끌어냈는데.

거수가 섬에서 번식하고 있는가를 확인하기 위해 거수를 생포하자는 제안이 대두됐다. 그런 가운데 아루미는 근신 중이었던 오키노에게 찾아갔고, 그가 첫 출동 때 촬영했던 동영상에서 불현듯 믿기 어려운 사실을 알아냈는데.

인재 부족인 나미도메에 시오타로부터 자기네 젊은 사원을 파견 보내면 어떻겠냐는 제안이 들어왔다. 타지마는 이를 기꺼이 받아들였지만, 어째서인지 오키노는 만족스러운 얼굴이 아니었다. 그런 가운데, 분석 담당 연구원인 나기사가 거수의 수수께끼를 풀기 위해 어떤 조사를 해볼 것을 요청했는데.

시오타로부터 나마리 슈이치라는 젊은이가 나미도메로 파견을 오게 되었다. 그를 안내할 것을 지시받은 오키노는,그 앞에서 엘리트인 척하는 나마리를 보면서 분노를 삭였다. 그런 가운데, 거수 출현 경보가 울렸지만 나마리는 놀라운 이유로 출동할 것을 거부했는데.

미즈하라로부터 시로가 되살아났다는 연락이 와서, 아루미와 타지마가 급히 현장으로 향했다. 그렇게 미즈하라와 보관실에 들어갔는데, 그들을 기다리고 있었던 건 거수화가 진행된 시로였다. 셋은 필사적으로 도망치다가 창고에 갇히고 말았는데.

시오타의 임원인 와시즈가 갑자기 나미도메에 방문했다. 타지마를 비롯한 회사 인원들은 자금 지원을 기대하며 접대 준비에 힘썼으나, 그때 갑자기 섬에 거수가 출현했다! 그때 마침 정찰을 나가 있던 무토가 불버스터로 거수를 퇴치하러 나섰는데.

시오타와의 합병 이야기가 진행되는 가운데, 신형 수중 장갑기인 불덕을 도입하는 것도 현실적으로 다가오기 시작해 오키노는 들뜬 상태였다. 그런 상황에서 미즈하라는 거수 발생의 원인을 밝혀냈지만, 그 사실을 알아챈 시오타가 뒤에서 손을 쓰기 시작했는데.

거수에 대한 정보를 묵살하려고 하는 시오타 화학. 한편 나미도메 사원들 사이에 균열이 발생해 고심하던 타지마는, 어떤 결단을 내리게 되었다. 그런 가운데 오키노와 아루미는 무모해 보이는 어떤 계획을 세웠는데.

아루미가 거수에게 습격당해 부상을 입어 의식불명 상태에 빠지고 말았다. 거기에 더해 시오타는 나마리를 통해 섬 주민들을 자신의 편으로 끌어들이려 시도 중이었다. 그런 가운데 나미도메에 투자와 관련된 이야기를 하러 온 기묘한 방문객이 나타났는데.

나미도메는 섬 주민들과 함께 류간지마 탈환 작전을 결행했다. 그것은 거수와 가스가 시오타에 의한 공해임을 밝혀내고, 거수를 모두 소탕하는 것이었다. 하지만 작전이 한창인 가운데 전에 없었던 크기의 거대 괴수가 모습을 드러냈는데.