Alors que les meilleurs amis Boco, Joe et Junichi demandent des comptes à la brute qui leur a pris leur argent, ils entendent un grand bruit venant du ciel.

Convaincu de détenir des informations top secrètes sur l'endroit où se trouvent les Kaiju, Brody voudrait aller les vérifier avec ses nouveaux amis.

À bord d'un navire high-tech de la Fondation Eustace, les enfants découvrent qu'un Kaiju a attaqué un paquebot et qu'ils pourraient bien être sa prochaine cible.

Les enfants sont emmenés sur une base minière pour y subir des tests, ce qui sème la discorde entre Boco et Joe. En parallèle, James annonce à Emiko vouloir partir.

Les enfants ont une vision troublante lorsque Boco touche un morceau d'olyrium. Ils comprennent alors le sort qu'Emiko leur réserve à eux et à Viras.

Alors que l'armée se lance dans une mission top secrète pour sauver Gamera, Boco envoie un message à Joe. Puis tout à coup, Gyaos attaque.