ある事件の責任を負って刑事をクビになったブライアン・ナイトレイダー。

そんな彼の元にある一通の手紙が届く。「国連移民局特別捜査班…≪マージナルサービス≫？」

封書に書いてある住所を目指すとそこは、怪しい看板にマーモットのはく製、カッパの銅像などが飾られた、見るからに不気味なオカルトショップだった。

≪境界人≫の存在に疑心暗鬼になりながら、事件の真相を知るため任務に就くブライアン。

赤いユニフォームに身を包み、ゼノ、ロビン、ボルツと向かったのはUFO墜落によって土壌が汚染された森、JUKAI。そこにドラッグの製造場所があると言う。

専用ヘリで現地に向かう最中、一発のミサイルが機体に命中する。

≪境界人≫は芸能人やスポーツ選手の中にもいるという。

ドラッグを製造する為に必要なオーパーツの一つ、水晶ドクロを所持している疑惑があの世界的スーパースター、ラバー・スーツにかけられた。その水晶ドクロを奪還すべく、≪マージナルサービス≫はラバーが主催するチャリティーオークションへ潜入調査に向かう。

澁宿で爆発テロ事件が多発し、≪マージナルサービス≫の基地も狙われた。基地も狙われたことから≪境界人≫の犯行の可能性が高いと捜査を始める≪マージナルサービス≫。

膨大な量の犯行映像を調べるロビンとボルツ。一方、≪境界人≫の情報を得ようと、ラバー・スーツと関係性の高いイザベラ・ソーンに話を聞きに行くブライアンとゼノ。ブライアンはそこで≪境界人≫が受けている待遇を知ることになる。

クリスマスの朝、ブライアンは知らぬ着信音で目を覚ます。誰かからの笑えない悪戯に憤慨しながら、≪マージナルサービス≫の基地へ向かうと、基地にも一通の不審なメールが届いていた。ライラの静止もむなしく、メールは開かれサイバー攻撃を受けることに。さらなる攻撃を食い止めるべく捜査に乗り出す≪マージナルサービス≫。犯人に翻弄される中、ライラには犯人に心あたりがあった。

半魚人の長からラバーにロビンとボルツが連れ去られてしまったことを知らされる≪マージナルサービス≫。ゼノとブライアンは2人を奪還する為、グランパス島へ向かっていた。

一方、ボルツとロビンは別々の部屋に囚われていたが、各々脱出を試みる。

その脱出の最中、ロビンはボルツの過去を、ボルツはロビンの過去を知ることになる……。

ラバーの逃亡先としてヒガシノ島というとある島が浮かびあがった。

ラバー確保の為、船で島に向わねばならないのだが、自然が嫌いなサイラスは気がのらない。

一方のブライアンは意気揚々と、「とりあえず『アレ』さえ忘れなければいい」と言う。そう、海パンだ。そして、始まる船上の釣り対決。だが、釣り上げたのは魚ではなく……そう、サメだった。

ラバーの身柄は国連上層部に管理されることとなった。ゼノは尋問ができなくなったことに激しく憤慨するが、煮え切らないセオドアの様子に何かを隠しているのではと疑い始める。しかし具合の悪さと激昂が重なり、倒れてしまう。サイラスの研究室で目を覚ましたゼノは、ブライアンに「セオドアの様子がおかしい……」と持ち掛ける。

国連幹部の息子が誘拐される事件が発生。≪マージナルサービス≫は現場に向かう。誘拐された子供部屋を調べている最中、ゼノは壁に描かれた奇妙なマークを発見する。途端「この事件は俺一人でやる」と言い出し、単独行動をし始めるゼノ。

≪マージナルサービス≫の基地にも戻っていない状況に心配するメンバー達。ブライアンはゼノの過去を聞き出そうとセオドアに詰め寄った。

ゼノがイザベラを不当に連行。大量の武器とデータを持ち去り、姿をくらましてしまった。ブライアンは捜査をさせてくれと頼むが、セオドアはゼノが一般人ではない為、管轄外だという。メンバー達もできる範囲の中でゼノを探すも、目撃情報もなく足取りをつかむことができずダニーの墓で落ち込むブライアン。するとそこに現れたのは……。

ラバーに事の真相を聞いたブライアンは、皆神山でゼノと再会。一緒に子供たちを助けようと提案する。それでもゼノは「俺だけでケリをつける」と頑なな態度を崩さない。そんな二人のケンカをよそに、地球壊滅の危機……グレイショックが再び起きようとしていた。