由于英雄出现在世界各国，战争迎来终结。 肩负日本和平的英雄「Shy」，是个超级腼腆的女孩子。 某天，Shy被找去游乐园的英雄秀当嘉宾，

那里的云霄飞车却发生了意外……！？

惟子因为游乐园的意外受了重伤，因此转学到辉就读的学校成为她的同学。 辉因为没能毫发无伤救下她感到愧疚。 而在故作坚强忍耐疼痛的惟子身边，突然出现了一名神秘少年……

事件发生的几天后，惟子跟辉两个人一起出门游玩。 惟子卯足干劲想对辉道谢，辉则是起初不太习惯而感到不知所措。 就在两人之间的气氛变得越来越融洽时，Spirit来电要两人一同前往英雄们的总部，而英国的英雄「Stardust」也同样被叫来总部。

面对能力是操纵热、空气、力量「流向」的Stardust，Shy根本束手无策只能挨打。Stardust看穿Shy由于性格天真不适合当英雄，不过随着场边惟子的加油声传来，Shy自身拥有的能力也跟着觉醒。

辉结束跟Stardust的一战回到日常生活中，久违地拜访了附近的文具店。面对腰痛无法登山的老闆娘，辉把治好自己伤口的瑞士英雄“Lady Black”介绍给她。之后不知为何却变成三个人一起去登山……？

收到北极发生意外的消息，Shy和Spirit一同前往现场。与中国的英雄“眠龙”会合之后，三人奔赴当地，但他们乘坐的直升机却坠毁了。袭击他们的正是Stigma的组织“亚马拉里克”的成员之一，操纵寒冰的少女“斯维塔”。

Shy一行人击退了斯维塔，不过Spirit身受重伤。回到基地的英雄们，为了找出Stigma的目标，听惟子讲述先前透过戒指连结Stigma内心世界的经历。另一方面，斯维塔跟自己小时候长得很像这件事令Spirit始终耿耿于怀。

为了调查斯维塔的相关情报，Spirit与Shy一同前往Spirit的故乡。Spirit的母亲在她儿时便已不在人世，她久违地造访了自己成长的孤儿院，调查过往的纪录。然而她们却在那裡发现Spirit的母亲丽娅少女时代的照片，竟与斯维塔长得一模一样。

Shy和Spirit与来袭的斯维塔、唔呼呼开战，但斯维塔却将整个孤儿院关进了她的“内心世界(亚马拉里克)”。在这个与外界隔绝的空间之中，一般人甚至无法保有意识。Shy她们只好一边与敌人交战，一边试图把遭到牵连的孤儿院众人救出去，然而……

斯维塔的真正身分，原来是因为Stigma的力量甦醒的Spirit母亲丽塔娜，而她的力量也导致Spirit的儿时记忆被唤醒。接触到母亲辛酸过往的Spirit解除转心，无法继续战斗下去。

Spirit因为Shy的关係找回自己的心，再次进行转心，并将幼年时期没能传达的想法告诉妈妈斯维塔。眼看两人就要心意相通，唔呼呼却出手妨碍。为了阻止力量开始失控的斯维塔，Shy和Spirit使出浑身解数一战。

辉结束在俄罗斯的战斗回归日常生活，却因为累积疲劳感冒了。尽管辉嘴上说自己没问题，担心她的惟子却坚持要照顾生病的她……

英雄们在经历与斯维塔、唔呼呼的一战之后回归日常生活，于各自的国家继续大显身手。此时，Shy不知为何居然要接受记者专访……

放假期间辉与惟子两人一起出去玩，遇见了一位名叫天王寺暧的少女，她表示今天是第一次造访这个城镇，无法坐视不管的两人决定当起导游。暧起初告诉两人自己是来旅行的，但后来却坦言其实是离家出走。

辉和惟子从突然出现于眼前的忍者朱鹭丸口中得知，暧是忍者村的公主。两人进而得知暧是受自己的随身佩刀「心刀・无垢」指引，来到这个城镇。暧看穿辉其实就是英雄 Shy，然后不知为何便决定要住到辉的家中……

Shy和暧有了共同的目标，那就是「亚马拉里克」。她们为了更加了解彼此，一起出门修行。Shy得到暧的启蒙，感受到刀刃、石头这些物品的内心。另一方面，在突然出现的黑球笼罩之下，东京消失了。各国英雄接获通知后集结到天帝身边，开始讨论作战方针。

以队长 Shy 为首，加上 Spirit、Lady Black、眠龙、以及暧五人为了拯救东京市民，冲入了黑球之中。在那里面，人们象是丧失心灵一样站在街上。在感到震惊的五人面前，亚马拉里克的“愤怒之龙”怒气突然现身，并袭击了过来。

在怒气之后，唔呼呼出现了。Spirit 表示由她来与唔呼呼战斗，要 Shy、暧和 Lady Black 先走一步。另一方面，暧在见过亚马拉里克的成员后便开始感到迷惘。她告诉大家身处黑球中心的空虚，其实是她的双胞胎妹妹昧，自己本来打算击败她。随后，暧开始说起以前发生的某起事件。

在 Shy、暧以及 Lady Black 面前，出现了来自亚马拉里克的新敌人祈愿。Lady Black 因为祈愿的「爱之箭」一时被迫觉醒了对 Shy 的爱意，清醒后气到发抖的她决定负责跟祈愿打到底。与此同时，正在对战的怒气与眠龙，双方都已经筋疲力尽了……

当黑球内部的众人战得如火如荼之际，Stigma 与 Stardust 在黑球外展开对峙。亚马拉里克的成员之一夸巴拉奉 Stigma 命令与 Stardust 开打。看似一下就倒地的她，却透过附身 Stardust，发挥了自己的真本事。

Shy 和暧终于抵达空虚面前，但空虚却吸收了暧，两人合为一体。变身后的空虚使出强力的攻击，使 Shy 失去战意一时昏了过去。在逐渐模糊的意识中，Shy 遇见了心刀无垢的内心。拿起无垢觉醒崭新力量的 Shy，再一次站了起来。

Shy借助无垢的力量，顺利解除空虚的变身救出了暧。尽管Shy也尝试拯救空虚的心灵，被逼到绝境的空虚却试图打破黑球，将恐惧散播到全世界。然而随后赶到的Spirit、Lady Black与眠龙挡下了空虚的攻击。

Members of Amarariruku combine their powers to shatter the top of the black sphere, releasing the city's fear into the outside world. Mai attempts to sacrifice herself to shield the outside world, but she finds she's not alone.

With their plans thwarted, members of Amarariruku retreat. In the aftermath of the black ball's collapse, the heroes face the weight of unforeseen consequences to their victory.