明治十一年，东京下町。“神谷活心流”师范代的神谷薰，欺骗那个流派的名字的街头斩追赶着“刽子手拔刀斋”。有一天晚上，薰遇到了一个拿着刀走路的男人。马上追问男人，简直没有战斗的样子。“这就是那个刽子手拔刀斋？”薰惊讶的样子，男人自称是“流浪人”绯村剑心。

从欺骗神谷活心流的名字的街头斩骚动的解决开始一周。虽然神谷道场的污名已散，但薰的门生并没有增加的迹象。就在这时，路过的少年明神弥彦偷了剑心的钱包。剑心把钱包交给被偷走的自己不好的人。弥彦反对对孩子的施舍，但他有收集金钱的理由。

弥彦被剑心打动，决心从小偷那里洗脚。拒绝向关东集英组上缴而抵抗也被群殴，穷途末路。剑心进入助太刀，把事情收起来。弥彦后悔自己没能解决，希望自己变强。看到这一幕的剑心，带弥彦去了神谷道场。

在剑心、薰、弥彦拜访的牛肉火锅店“赤贝子”，喝醉了的自由民权运动的壮士们使议论白热化，扔了的铫子碰上剑心引起骚动。正好在店里的男子相乐左之助，看不下去站起来，用一枪打飞了民权壮士。左之助看穿了剑心的实力，表现出了兴趣。“你不买我打架吗？”

与轻松挥舞着巨大刀剑、斩马刀的左之助对决的剑心。剑心对以一击无法企及的异常打击强度而自豪的左之助，打进了连击。倒在地上的左之助。看来胜败已成定局。但是左之助在意识朦胧中，想起了对胜利执着的十年前赤报队的过去。

警察署长把委托带到剑心的身边。据说希望打倒瞄准原·维新志士反复斩杀的杀人鬼『黑笠』。剑心和左之助护卫在斩奸状中收到杀害预告的谷十三郎。上午一点，在预告的时刻出现的黑笠。其原形是从幕末时期开始以暗杀职业而闻名的流浪刽子手鹈堂刃卫。

刃卫知道了剑心在刽子手拔刀斋时期的强大，将薰作为人质煽动剑心的愤怒。展开壮烈战斗的两个人。但是刃卫认为剑心还没有恢复以前的力量，对薰施加了二阶堂平法“心之一方”，封锁了呼吸。离薰窒息死亡还有两分钟——剑心的愤怒达到了顶点。

左之助的朋友因过量摄取鸦片而丧命。但是鸦片是被禁止的毒品，而且买也很贵，是普通人买不到的东西。在疑惑着为什么的剑心和左之助面前，神秘的女人高荷惠出现了。击退想要抓住惠的武田观柳的私兵的剑心们。但是惠拿着鸦片……。

御庭番众之一的火男袭击了藏匿惠的神谷道场。用口吐火的必杀『火焰吐息』攻击剑心和左之助。对强有力的中位隐密的登场预料剑心们的败北的惠，打算从那个场合逃跑。薰挽留着那样的惠。“我是为了你而战斗的”这样说着，说要相信剑心的强大。

事发一周后，观柳一伙人毫无动静，无从宣泄怒气的左之助也因此失去冷静。此时小惠突然不告而别，只留下一封信。剑心一行人发现异状，立刻赶往观柳宅邸…

在观柳邸为了夺回惠而奔走的剑心、左之助、弥彦。阻挡在他们面前的是御庭番众的密探方般若。作为拳击家的实力和用『伸臂之术』玩弄剑心，不过，在战斗中暴露了术的秘密的剑心漂亮地攻略给大家看。被认为有胜负的时候，般若卸下自己的面具，露出惊愕的素颜。

剑心终于与御庭番众的头目·四乃森苍紫对峙。幕府末期，因无血开城而没能战斗就结束了任务，失去了存在意义的异形战斗狂们=御庭番众。苍紫怀着遗憾，一心追求最强称号。作为曾经的维新志士，不能原谅没有大义之争的剑心。幕府末期以杀人为生的两人，赌上自尊心展开了激战。

为一举击垮剑心与四乃森苍紫，武田观柳出动了格林机关砲，朝剑心等人疯狂地扫射。听闻枪响连忙赶来的其他「御庭番众」，眼见头子陷入危机，纷纷奋不顾身地以身护主…

弥彦为了某个目的，瞒着小薰等人偷偷地来到赤别户打零工，却在无意间发现新店员三条燕遭人威胁。为了帮助小燕，弥彦决定不借助剑心等人的帮助，选择独自与敌人一战…

某日，小薰在剑心与弥彦的陪同下到前川道场授课。不料途中突然闯进一名上门踢馆的男子，指名要与前川师父比武。而这个名叫雷十太的男子，其实是为了某个目的才四处踢馆…

小薰发现冢山由太郎不懂剑术，便邀他至神谷道场练剑。天赋不错的由太郎在勤练之下，更是进步神速。然而某日，剑心等人走在夜路时却遭雷十太从后方偷袭，雷十太的招式甚至误伤了由太郎…

剑心虽已看穿雷十太的擅用招式「饭纲」的原理，但在右手负伤的情况下，对战起来显得有些吃力。所有纷争落幕后，身心俱疲的由太郎则是在父亲的安排下准备离开日本…

在一趟帮人跑腿买画的过程中，左之助意外地与赤报队旧识月冈克浩重逢。就在两人聊天叙旧时，左之助也得知了克浩策划多年的计划…

为了帮赤报队与相乐总三洗刷污名，并推翻明治政府，月冈克浩带着自制的炸弹，与左之助来到内务省。然而剑心却彷彿知情似的，早一步出现在内务省的庭院内…

时光倒回剑心的流浪人时期…某一天他流浪到横滨时，意外邂逅身分成谜、总是戴着面具的外籍医师艾尔达。然而艾尔达免费行医的举动引来当地大夫石津泥庵的不满，甚至企图对他不利…

石津泥庵为了除掉艾尔达，找来西洋的剑术高手艾斯皮拉尔。然而艾斯皮拉尔远渡重洋赴日的目的，只为与日本武士一战。当艾斯皮拉尔碰上剑心，一场东洋武士与西洋剑士的对决就此展开…

某日，剑心等人外出返家时，发现左之助遭人打成重伤。剑心从遗留在现场的打斗迹象和物品判断，出手伤人的很可能就是维新志士的宿敌，前新撰组队员斋藤一…

解决赤末后，剑心返家才赫然发现斋藤就在道场里。过去两人曾多次交手，但最终没能分出高下。幕府末年的未完之战，如今又在明治这个新时代重新点燃战火…

内务大臣大久保利通现身后，道出过去担任政府刺客的志志雄真实正在京都密谋造反，并希望剑心协助暗杀志志雄。如今国难当前，不杀生的流浪人·绯村剑心将会如何选择…